真核生物多基因预测结果整合算法

针对独立基因预测算法可靠性较差的缺点,提出了真核生物多基因预测结果整合算法(Algorithm for integration of multiple eukaryotic gene prediction results,AIMEGPR)。该算法在综合分析各种预测算法结果的基础上,首先用极大似然法估计各种预测算法的性能参数,然后利用这些性能参数计算基因证据区间上各个基因片段归属于各种基因元件类型的后验概率,最后采用动态规划法在基因证据区间上确定最优的一致基因结构。AIMEGPR既不需要人工定制整合规则,也不需要复杂的训练学习,因此AIMEGPR尤其在基因组新测序物种上进行编码基因注释时具有十分显著的优越性。实验结果表明,利用AIMEGPR算法对多基因预测结果整合可以明显提高一致基因的可靠性。

非平衡群体基因变异测量的Shannon信息量方法

在Ｓｈａｎｎｏｎ信息量的基础上，对非平衡群体建立了群体基因型相对信息量Ｓ＇（Ｇ），纯合体相对信息量Ｓ＇Ｊ（Ｇ）、杂合体相对信息量Ｓ＇Ｈ（Ｇ）的概念，并赋予它们以遗传学意义．与基因一致度Ｊ和基因多样度Ｄ进行了理论比较，结果表明，二者在数量规律上有很好的一致性，但又是相对独立的指标体系，且各相对信息量还有新的内涵．Ｓ＇（Ｇ）既能表征基因变异，又能反映基因型水平上的遗传变异，Ｓ＇Ｊ（Ｇ）主要反映纯合体的遗传变异，Ｓ＇Ｈ（Ｇ）主要反映杂合体的遗传变异．各相对信息量既可反映群体的遗传变异程度，又能比较不同位点间的遗传变异程度．

大肠埃希菌耐药谱型、基因型和生物膜表型关系研究

以ATCC25922为研究对象,采用改良结晶紫染色,快速银染法和扫描电镜技术对其生物被膜进行定量和定性研究,建立大肠埃希菌生物被膜体外模型,利用优化的模型条件对249株临床分离株进行验证。采用琼脂平板计数法绘制大肠埃希菌浮游菌和被膜菌生长曲线,比较其生长特性的异同。对不同成膜能力的大肠埃希菌临床分离株进行色氨酸定量试验,分析不同培养条件对生物被膜菌胞外基质分泌量的影响。快速银染法和扫描电镜定性研究结果表明,大肠埃希菌形成生物被膜后,形成一种浮游细菌和生物被膜细菌共同分布于同一生存空间内的特殊生理结构;不同稀释度的接种量对细菌生物被膜生物量的变化影响不显著(P>0.05)。249株大肠埃希菌分为强成膜能力、中等成膜能力、弱成膜能力和无成膜能力4个表型,分别占3.21%、18.88%、51.81%、26.10%。

产金属酶嗜麦芽窄食单胞菌13株的耐药谱和基因型分析

目的 :研究产金属 β内酰胺酶 (MBL)的嗜麦芽窄食单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。 方法 :MBLE试验检测临床分离对亚胺培南耐药嗜麦芽窄食单胞菌的产MBL菌株 ;E试验检测MBL阳性株对 1 1种抗菌药物的药敏结果 ;用肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应 (ERIC PCR)方法确定菌株之间的同源性。结果 :MBLE试验检测到MBL阳性株1 3株 ,为我院 1 998— 2 0 0 2年医院感染株 ,1 2株来源于下呼吸道感染 ,1株为尿路感染。 1 3株MBL阳性株对亚胺培南、庆大霉素、阿米卡星、头孢噻肟和头孢曲松均耐药 ,对哌拉西林 三唑巴坦、替卡西林 克拉维酸、头孢哌酮 舒巴坦、头孢他啶、头孢吡肟和环丙沙星等 6种抗菌药物呈现 8种耐药模式 ;ERIC PCR结果显示 ,1 3株MBL阳性株呈现 1 0种基因型 ,4株MBL阳性株为同一基因型 ,其余 9株为独立的基因型。综合分析 ,菌株来源、药敏谱和基因型与之间无显著相关性。结论 :我院产MBL嗜麦芽窄食单胞菌感染以下呼吸道为主 ,其发生呈散发性 ,抗生素的选择性压力可能是造成耐药谱和基因型多态性的主要原因。

碳青霉烯类耐药大肠埃希菌耐药基因型检测及同源性分析

目的检测临床分离碳青霉烯类耐药大肠埃希菌的耐药基因型,并对其同源性进行分析,研究其流行情况。方法收集铜陵市人民医院2012年9月至2016年10月临床分离碳青霉烯类耐药大肠埃希菌,采用VITEK-2 Compact全自动微生物鉴定仪进行鉴定,改良Hodge试验检测碳青霉烯酶表型,EDTA双纸片协同试验进行金属酶初筛,聚合酶链反应(PCR)检测碳青霉烯酶基因(bla KPC、bla IMP、bla VIM、bla NDM和bla OXA-48),并对阳性扩增产物进行基因测序;同源性分析采用肠杆菌科基因间重复一致序列聚合酶链反应技术(ERIC-PCR)。结果共收集碳青霉烯类耐药大肠埃希菌25株,8株改良Hodge试验阳性,13株金属酶初筛试验阳性,其中4株携带bla NDM-1基因,1株携带bla IMP-4基因,1株携带bla KPC-2基因;ERIC-PCR检测分为10种型别。结论碳青霉烯类耐药大肠埃希菌的耐药机制主要是产金属酶,携带NDM-1型碳青霉烯酶大肠埃希菌需重点监测;碳青霉烯类耐药大肠埃希菌未在医院引起克隆流行。

3种基因分型方法在鲍曼不动杆菌中的应用评价

目的比较3种基因分型方法在鲍曼不动杆菌中的应用。方法采用琼脂稀释法检测重症监护室（ICU）分离的30株鲍曼不动杆菌的最小抑菌浓度（MIC）;分别以肠杆菌科基因间重复一致性序列（ERIC）、基因外回文重复序列（REP）及随机多态性核苷酸序列（RAPD）为引物进行PCR扩增,利用电泳指纹图谱进行基因分型,并进行聚类分析。结果 30株鲍曼不动杆菌仅对头孢哌酮/舒巴坦有较低的耐药率;ERIC-PCR基因分型法的扩增条带最为丰富,能扩增出4∽7个条带,RAPD和REP-PCR扩增条带较少,分别扩增出1∽5和1∽4个条带;3种方法分别将30株鲍曼不动杆菌分为4、4、3个群。结论头孢哌酮/舒巴坦对于多重耐药鲍曼不动杆菌依然有较好的敏感性;本试验初步证实3种方法均可作为鲍曼不动杆菌基因分型的可选方法,ERIC-PCR较另外两种方法扩增条带更丰富,分辨率更好。

3款猪50K SNP芯片基因型填充至序列数据的效果评估

【目的】利用猪50K SNP(Single nucleotide polymorphisms)芯片开展基因组育种已经得到了广泛的应用与认可。基因型填充可在不增加基因型检测成本的前提下大幅提高基因型数据量,有利于开展复杂性状的遗传解析与遗传评估。本研究旨在评估3款猪SNP芯片基因型填充至序列数据的填充效果。【方法】选用3款芯片共同检测的48头杜洛克猪群体作为填充的目标群体,260头猪的全基因组测序数据作为参考群体,使用Beagle5.1软件进行基因型填充,对比3款不同猪SNP芯片纽勤50K、中芯一号50K和液相50K基因型填充至序列数据的填充效果。【结果】3款芯片原始的SNP数分别为50697、57466和50885个。填充至序列后,未质控时位点填充准确性(基因型一致性)分别为0.886、0.886和0.898,质控过滤DR^(2)(Dosage R-squared)<0.95的位点后,填充准确性(基因型一致性)分别提升至0.974、0.976和0.969,位点数分别为3393066、3139095和3320627个。【结论】不同芯片基因型填充至序列数据具有可行性,通过基因型填充可获得高质量的高密度基因型数据,可为后续的育种应用研究打下基础。

万古霉素非敏感肠球菌的筛选和基因型分析

目的对实验室保存的325株肠球菌进行万古霉素非敏感肠球菌筛选,并对筛选出的菌株进行耐药表型、耐药基因型、菌株同源性分析。方法采用琼脂平皿二倍稀释法筛选万古霉素非敏感肠球菌,并检测菌株对替考拉宁的敏感性;采用PCR方法检测万古霉素非敏感肠球菌的耐药基因型;通过肠道细菌基因间重复一致序列(ERIC)PCR技术、脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术、多位点序列分型(MLST)技术进行菌株的同源性分析。结果从325株临床分离肠球菌中共筛选出17株万古霉素非敏感肠球菌,包括1株粪肠球菌、11株屎肠球菌和5株鹑鸡肠球菌。其中1株粪肠球菌和11株屎肠球菌对万古霉素显示高水平耐药,对替考拉宁耐药或中介耐药,PCR检测结果显示van A型;5株鹑鸡肠球菌对万古霉素中介耐药,对替考拉宁敏感,PCR检测结果显示van C1型。ERIC同源性分析显示同基因型的大多数菌株显示相似的分型;PFGE同源性分析显示,17株临床万古霉素非敏感肠球菌分型不同,不属于单克隆流行播散;MLST同源性分析显示,1株临床万古霉素非敏感粪肠球菌属于ST4,11株临床万古霉素非敏感屎肠球菌共分为6个ST型,其中4株属于ST78,是屎肠球菌出现频率最高的ST型。结论我国万古霉素耐药菌在粪肠球菌中分离率较低,但屎肠球菌中万古霉素耐药情况较严重,并且耐药菌株携带易于传播和转移的van A基因。同源性分析结果显示万古霉素耐药存在同源性传播的可能性。

ERIC-PCR技术与MLST技术对30株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的基因分型结果观察

目的采用肠杆菌基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)技术与多位点序列分型技术(MLST)技术分析耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌菌株的基因分型,为临床用药与院感控制提供依据。方法采用VITEK-2细菌分析仪检测30株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌菌株对阿米卡星、氨苄西林等16种抗菌药的耐药性。提取30株菌株的基因组DNA,制备菌株基因组模板,扩增碳青霉烯酶基因(KPC-2、NDM-1、IMP、VIM、OXA),对扩增阳性产物进行测序,所得序列在NCBI网站上进行Blast比对,确定碳青霉烯酶耐药基因的分型。ERIC-PCR基因分型法:根据肠细菌基因间共有重复序列ERIC设计引物,对30株肺炎克雷伯菌进行基因分型,运用NTSYS软件对ERIC-PCR得到的电泳图进行聚类分析。MLST基因分型法:扩增肺炎克雷伯菌的7个管家基因(rpo B、gap A、mdh、pgi、pho E、inf B和ton B)片段,扩增片段测序后与数据库数据比对得出等位基因谱,从而得到相应的序列型(ST)。结果30株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌菌株对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、氨曲南、头孢他啶、头孢唑林、头孢吡肟、亚胺培南、和哌拉西林/他唑巴坦的耐药率均为100%,阿米卡星和复方新诺明的耐药率为76.6%,其他药物的耐药性介于两者之间。30株菌均为多重耐药菌,在检测的16种药物中,耐药率介于76.6%~100%。30株菌株中25株菌KPC-2基因扩增阳性,2株NDM基因扩增阳性,1株KPC-2、NDM-1基因,2株未检测到碳青霉烯酶基因。30株耐碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌株的MLST方法分型为5个ST型,其中ST11(83.3%,25/30)、ST641(6.6%,2/30)、ST76(3.3%,1/30)、ST392(3.3%,1/30)和ST1322(3.3%,1/30);ERIC-PCR分型为5个谱型,分别为A型(83.3%,25/30),B型(6.6%,2/30)、C型(3.3%,1/30)、D型(3.3%,1/30)和E型(3.3%,1/30)。结论30株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌菌株均为多重耐药菌。ERIC-PCR与MLST分型用于肺炎克雷伯菌的基因分型中分辨率相同。

耐碳青霉烯类大肠埃希菌产碳青霉烯酶基因型和同源性检测及分析

目的检测并分析耐碳青霉烯类大肠埃希菌(CRECO)产碳青霉烯酶基因型及其同源性。方法对2020年湖北省十堰市3家三甲医院临床分离的31株CRECO采用MALDI-TOF质谱仪进行菌种再鉴定,K-B纸片扩散法和E test条复核药敏结果,得到23株CRECO。采用碳青霉烯类药物的协同试验初筛产碳青霉烯酶基因型,PCR法检测8种常见碳青霉烯酶基因型并对阳性产物测序,用肠杆菌科基因间重复一致序列(ERIC)PCR法检测其同源性。结果23株CRECO中,9株产NDM-5酶,6株产KPC-2酶,2株产IMP-4酶。产碳青霉烯酶的大肠埃希菌大多从呼吸系统标本中分离出,多数来自呼吸重症病房,大多数为70岁以上老年患者,且患者经历过机械辅助通气、留置尿管或外科手术等侵入性操作。23株CRECO只对少数几种抗生素(阿米卡星、庆大霉素、复方新诺明)耐药率较低。同源性分析结果显示,本地区CRECO分7型,未见覆盖本地区的优势型别。结论十堰地区CRECO耐药机制复杂,产酶基因型主要是NDM-5和KPC-2基因,菌株对多种抗生素耐药。未发现本地区的克隆菌株爆发流行。

某医院耐碳青霉烯酶类鲍曼不动杆菌耐药基因研究和同源性分析

目的研究本院耐碳青霉烯酶类鲍曼不动杆菌(CRAB)的耐药基因情况,并通过基因检测分析细菌同源性,为防止院内感染、预防性用药提供依据。方法收集无锡市骨科医院2019年1—11月临床分离的56株CRAB菌株,细菌经过分离培养,采用BD Phoenix100全自动微生物分析鉴定仪进行菌株鉴定和药敏试验,并采用PCR的方法检测鲍曼不动杆菌的碳青霉烯类耐药基因,菌株的同源性分析使用肠杆菌科基因组内重复一致序列聚合酶链反应(ERIC-PCR)方法。结果56株CRAB菌株中有48株(85.7%)OXA51基因阳性,52株(92.9%)OXA23基因阳性,均未检测到OXA24及OXA58基因,对OXA23和OXA51阳性细菌进行同源性分析,38株(80.0%)属于同一基因谱。所有细菌对18种药物耐药率>95.0%,且对美罗培南,亚胺培南的耐药率均>98.0%。结论无锡市骨科医院CRAB主要为OXA23型、OXA51型菌株,且该类细菌呈多重耐药,提示临床应加强医院感染的管理,防止该类鲍曼不动杆菌的暴发传播。

一种副干酪乳杆菌快速鉴定方法的建立及应用

目的:基于肠杆菌基因间重复一致序列聚合酶链反应技术(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-Polymerase Chain Reaction,ERIC-PCR),寻找并制备一对引物探针,灵敏、准确地从复杂生境中鉴定副干酪乳杆菌。方法:寻找副干酪乳杆菌HP-B1145的肠杆菌基因间重复一致序列(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus,ERIC)最佳反应体系,对ERIC片段回收纯化得到特定条带及序列结果,据此设计引物,快速鉴定副干酪乳杆菌。结果:根据回收得到的副干酪乳杆菌HP-B1145 ERIC片段,设计出了一对引物探针(1145-S-F:5’-GCAGGATGCTGATTGTTAGCAG-3’;1145-S-R:5’-CTCCGACCAAAGCGACTATGAC-3’)。结论:根据引物特异性、准确性、普适性、含量限度实验得出,设计的引物能准确灵敏地从复杂生境中鉴定副干酪乳杆菌。

一株祁连野生羊肚菌多基因联合分子鉴定及其生物地理分析

【背景】青海野生羊肚菌野生资源丰富,但物种识别度低,相关研究滞后。【目的】鉴定识别采集自青海祁连的野生羊肚菌并分析其生物地理。【方法】利用形态学、多基因谱系一致性系统发育学物种识别法与多基因分子系统学相结合的方法,鉴定野生羊肚菌并分析该物种分化时间和重建祖先区域。【结果】野生羊肚菌菌株MQL-1子实体菌盖呈黄褐色,圆顶,菌柄呈白色、中空,形似羊肚菌,孢子大小为(21.17±4.33)μm×(14.26±3.25)μm,菌丝直径(13.95±3.19)μm。系统发育分析结果表明分离到的菌株MQL-1与羊肚菌属中的黄色羊肚菌类群的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列相似性高达99%,多基因谱系一致性系统发育学物种识别法将MQL-1识别为粗柄羊肚菌(Morchella crassipes)。分化时间估算和祖先重建结果表明青海祁连粗柄羊肚菌MQL-1与云南M.crassipes M10的分化时间12.75 Mya(百万年前),其重建的最可能的祖先区域为印度(52.49%)。【结论】本研究得到了一株青海祁连地区粗柄羊肚菌菌株并确定了其正确的科学命名,丰富了青海省羊肚菌资源信息数据库,为后续的工作奠定了基础,也为真菌研究提供新思路。

长沙地区临床分离碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌的分子流行病学特征

目的:了解长沙地区临床分离鲍曼不动杆菌的耐药性,探讨碳青霉烯类抗生素耐药菌株的分子流行病学特征。方法:收集长沙地区10所综合性医院2010年3月至2010年12月间临床分离的非重复鲍曼不动杆菌株205株;采用K-B法检测药物敏感性,改良双纸片协同试验检测金属β-内酰胺酶(金属酶),改良Hodge试验筛查碳青霉烯酶;PCR扩增OXA-23,OXA-24,OXA-51,OXA-58及IMP-1和VIM-2型碳青霉烯酶基因,并进行测序分析。应用肠杆菌科基因间一致重复序列聚合酶链反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR,ERIC-PCR)对菌株进行DNA分型及同源性分析。结果:在监测的18种药物中,耐药率超过50%的达14种。其中哌拉西林耐药率最高(80.5%),头孢哌酮/舒巴坦耐药率最低(2.5%)。共筛选出耐碳青霉烯类药物鲍曼不动杆菌115株,其金属酶表型及基因检测均为阴性;改良Hodge试验阳性71株,其中64株OXA-23基因扩增阳性。115株菌株OXA-51均阳性,未检出OXA-24,OXA-58基因。115株菌株共分为7个ERIC基因型。其中A型19株,B型72株,为主要的流行克隆。结论:长沙地区临床分离鲍曼不动杆菌多重耐药十分严重;产OXA-23和OXA-51型碳青霉烯酶是鲍曼不动杆菌对碳青霉烯类药物耐药的重要机制,且碳青霉烯类耐药菌株存在克隆流行。

ERIC-PCR与PFGE检测铜绿假单胞菌同源性的方法学比较

目的比较肠杆菌基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)与限制性内切酶联合脉冲场凝胶电泳(PFGE)检测铜绿假单胞菌同源性的方法学一致性。方法分别用ERIC-PCR和PFGE对北京某医院48株铜绿假单胞菌株进行分型,明确其是否有克隆传播。结果 ERIC-PCR方法鉴定有34株为同一克隆来源,其余14株被分为9种基因型。PFGE方法分型鉴定有38株为同一克隆来源,其余10株表现为7种基因型,均提示脑外科内的铜绿假单胞菌在2010年存在一个克隆株传播。两种方法学结果的符合率为89.5%,PFGE重复3次结果相似度达96.6%,ERIC-PCR重复5次结果相似度达75.4%。结论 ERIC-PC操作简便快速,重复性较好,与PFGE结果一致性高,适合在基层医院进行细菌流行病学分析。

轮状病毒感染与健康儿童肠道菌群结构的比较

目的比较轮状病毒(RV)感染与健康儿童肠道菌群结构的差异,为临床治疗提供有价值的参考依据。方法采集20例RV感染及6例健康儿童粪便样品,提取粪便样品中细菌的混合DNA,先通过肠道菌重复性基因内一致性序列(ERIC)-聚合酶链反应(PCR)结合分子杂交技术分析两组儿童之间肠道微生物组成的相似性;再扩增粪便样品中菌群的16 S rDNA基因V3区,利用PCR-TGGE技术分析肠道菌群的组成情况,研究两组儿童肠道微生物菌群组成的差异。结果肠道菌群的组成有很强的宿主专一性。RV感染与健康儿童相比,肠道菌群中糖皮质激素(GC)水平较低的细菌明显减少。微生态制剂治疗组温度梯度凝胶电泳(TGGE)条带数有一个逐渐增加的过程。结论轮状病毒感染时,可致患儿肠道菌群紊乱,但用抗生素治疗将更致肠道微生态失调,不利于患儿肠道菌群恢复,建议临床医师在轮状病毒感染时,慎用抗生素。

苏云金芽孢杆菌与蜡状芽孢杆菌亲缘关系研究

目的探讨苏云金芽孢杆菌(Bt)与蜡状芽孢杆菌(Bc)的亲缘关系,为Bt鉴定、安全性评价及降低其致病风险等提供科学依据。方法采用肠杆菌基因间重复一致序列-PCR(ERIC-PCR)技术,对6株苏云金芽孢杆菌和3株蜡状芽孢杆菌及对照菌株的基因组DNA进行扩增,对其指纹图谱进行分析;回收并克隆重复性好的苏云金芽孢杆菌基因组DNA扩增片段,以其为探针,分别与供试菌株基因组DNA进行杂交。结果与蜡状芽孢杆菌相比,苏云金芽孢杆菌菌株间基因组DNA指纹图谱较一致;所有供试苏云金芽孢杆菌菌株均扩增产生一条250 bp左右的片段;苏云金芽孢杆菌与蜡状芽孢杆菌均可扩增产生600 bp左右的共有DNA片段。此外,以苏云金芽孢杆菌500 bp片段为探针与苏云金芽孢杆菌基因组DNA杂交有很好的特异性。结论肠杆菌基因间重复一致序列-PCR指纹图谱可以正确反映苏云金芽孢杆菌与蜡状芽孢杆菌亲缘关系;500 bp片段可以作为苏云金芽孢杆菌鉴定探针。

仔猪黄白痢大肠杆菌耐药性检测及ERIC图谱分析

以47株黄白痢临床分离大肠杆菌为材料，通过Kirby-Bauer法检测细菌耐药表型并用PCR扩增I型整合酶基因，进而对不同耐药谱菌株进行以肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应（ERIC-PCR）基因分型并用统计分析软件SPSS16，0聚类．耐药表型检测结果显示：47株大肠杆菌均呈多重耐药，共9种耐药表型；I型整合子阳性菌株检出率为95．7％（45／47）；ERIC-PCR扩增出现稳定可重复的基因指纹图谱，耐9～13种药物菌株（85．1％，40／47）的ERIC指纹图谱分别显示出2种主要谱型，各代表1个猪场的菌株类型．聚类分析提示，相同耐药谱的来自同一猪场和不同猪场分离株的平均相似率分别为68．7％和53．5％，显著高于47株菌的平均相似率37．3％．说明菌株耐药性可能与特定的ERIC指纹图谱相关，ERIC指纹图谱分析可作为考察猪源致病性大肠杆菌多重耐药表型与基因型特征的新视角．

猪源肠出血性大肠杆菌的分离、鉴定及特性研究

目的探讨猪源肠出血性大肠埃希菌病原学特征。方法对所分离的菌株进行生化鉴定、药敏试验,并使用聚合酶链反应(PCR)技术检测毒力基因、耐药基因,同时对致病性的菌株进行外膜蛋白分型、REP-PCR和ERIC-PCR分析。结果从315株大肠杆菌中筛选到山梨醇阴性的EHEC21株,其中含有stx1基因的菌株有4株,含有stx2基因3株,含有eae基因的17株,外膜蛋白分型属于三个型,其中OMP-1型最多,有15株,OMP-2型3株,OMP-3型3株,REP-PCR和ERIC-PCR结果显示这些致病性菌株带型差异性较大,分属于不同的亚群。结论华中地区是养殖业比较发达的地区,而且人均消费猪肉比例也较高,EHEC的存在对人是一种潜在的威胁,应加强监测力度,防止该菌在人群中感染和流行。

基于ERIC-PCR技术的部分灵芝栽培菌种亲缘关系分析

采用基于肠杆菌基因间重复性一致序列(ERIC-PCR)的技术对灵芝9个栽培菌株和1个野生菌株进行了亲缘关系分析。结果表明,ERIC-PCR技术能够有效地对供试灵芝菌株进行亲缘关系分析,各菌株间表现出较为丰富的遗传多样性。聚类分析表明野生菌株Gl01与各栽培菌株间亲缘关系最远,其次为菌株212,接下来为菌株919和717,而菌株Sk5和616相似水平达超过95%,表明这2个菌株可能为同株异名菌株。