常染色体STR三等位基因型在法医DNA分析中的研究进展

常染色体STR三等位基因型是法医DNA分析中常见的异常分型现象,给实际检案中证据权重的评估带来困难和不确定性。本文对法医DNA分析中常染色体STR三等位基因型的分类、形成机制、发生率、遗传模式、证据量化评估方法等进行综述,着重基于三等位基因型的不同类型阐述其形成机制及相应的遗传模式,并对三等位基因型的判定及其在亲子鉴定和个体识别中的证据量化评估策略进行讨论,为法医DNA分析中科学化、规范化地解析此类异常分型现象提供参考。

Penta D基因座出现II型三等位基因型1例

本案在日常亲权鉴定工作中,按照《亲权鉴定技术规范》(GB/T 37223—2018)等方法,对常染色体STR基因座分型后,在Penta D基因座,被检母的基因型为“8/9”,可疑父的基因型为“11/13”,孩子的基因型经验证及图谱分析后判定为II型三等位基因(8/9/11)。经最新检索,本案中II型Penta D基因座三等位基因(8/9/11)尚未被STRBase数据库收录,系国内外首次报道。

亲子鉴定中Penta D出现三等位基因1例

1案例1.1简要案情因需要办理孩子户口,蒋某(男)要求与孩子(男)进行亲子鉴定。本鉴定机构分别采取了被检父与孩子的指尖血作为本次鉴定的样本。1.2检验方法采用Chelex-100法提取血样DNA,分别使用PowerPlex®Fusion System(美国Promega公司)、AGCU EX22荧光检测试剂盒和AGCU Database Y24荧光检测试剂盒(无锡中德美联生物技术有限公司),在9700型PCR仪(美国Applied Biosystems公司)上进行复合扩增,扩增产物使用3500基因分析仪(美国Applied Biosystems公司)进行毛细管电泳,使用GeneMapperTM ID-X v1.4软件(美国Applied Biosystems公司)进行STR分型。

参照多重PCR片段分析法进行实时荧光PCR法对ABCB1三等位基因测定结果读取方法的确定

目的为解决实时荧光PCR法对三等位基因测定结果无法正常读取的问题,通过参照多重PCR片段分析法,确定实时荧光PCR法读取方法,实现临床对ABCB1三等位基因准确、简便且价格低廉的检测。方法收集西安市精神卫生中心2020年3月-2021年3月DNA样本2794例,抽取5%作为实验样本,分别进行实时荧光PCR法和多重PCR片段分析法测定。根据PCR曲线Ct值的比较以及多重PCR片段分析法碱基峰位强度的比较,对比分析两种方法的判读结果,对其中报告结果不相同的样本进行数据核查并确定PCR读取方法。结果共抽取139例样本,其中存在120例等位基因及19例三等位基因,实时荧光PCR法和多重PCR片段分析法对等位基因的检测结果完全一致。根据多重PCR片段分析结果,对19例三等位基因制定了实时荧光PCR法的读取方法:扩增曲线图中,当∣∣Ct._(G)-Ct._(T)∣-∣Ct._(G)-Ct._(A)∣∣<3,分别读取两组碱基Ct值小的碱基,将其组合形成判读结果;当∣∣Ct._(G)-Ct._(T)∣-∣Ct._(G)-Ct._(A)∣∣≥3,读取两组碱基Ct值最小的碱基,其纯合型即为判读结果。根据读取方法,修正实时荧光PCR法的测定结果为:1例G/G,1例A/A,4例T/G,5例T/A,8例T/T,与多重PCR片段分析法结果一致。结论通过多重PCR片段分析法制定实时荧光PCR法对ABCB1三等位基因的读取方法,两者判读结果一致性良好。

STR基因座中检出三等位基因1例

某日，王某在家被他人强奸。公安机关提取了王某、王某丈夫、嫌疑人的血样及王某阴道擦拭物、王某外阴擦拭卫生纸进行DNA检验。王某阴道擦拭物P30检验为阳性．王某外阴擦拭卫生纸P30检验为阴性。用二次消化法提取王某阴道擦拭物上混合斑DNA．其余检材采用Chelex-100法。

Goldeneye 20A试剂盒检测发现TPOX基因座三等位基因一例

本文报道了二联体检案中孩子的TPOX基因座上检测到三等位基因1例。采用Goldeneye 20A试剂盒检测,3500DX遗传分析仪电泳,Genemapper基因分型软件基因分型,确认其基因分型为(8,9,11)。亲子鉴定中检测到三等位基因时,在排除污染前提下,至少需两种试剂盒检测确认,以保证鉴定结果及PI计算的可靠性。为提高检案的准确性,需谨慎对待三等位基因的检测、峰型判断、分析和确认,进而也可为产生三等位基因的可能机制提供基础信息。

常染色体STR基因座三等位基因在法医DNA鉴定及临床实践中的意义

常染色体STR分型偶尔可检测出三等位基因。已有大量文献报道三等位基因,且被基因库收录。三等位基因的出现不但会对法医DNA案件分析结果产生一定的影响,而且利用三等位基因的特殊表现模式,对某些特定疾病的诊断与筛查也具有重要的价值。本文对常染色体STR三等位基因的形成机制和峰型表现模式、产生三等位基因的基因座、三等位基因对法医DNA鉴定产生的影响、在临床疾病的辅助诊断实践中的应用价值及三等位基因的未来应用展望做一综述。

易被误判为三等位基因的分型结果1例

1案例1.1简要案情因亲缘关系鉴定需要,被检父姚某、孩子母亲梁某及孩子要求进行亲子鉴定,采集末梢血,制成血卡,阴干后避光干燥保存。1.2检验过程与结果1.2.1初次检验使用Microreader^(TM) 21 ID系统(北京阅微基因技术有限公司)复合扩增3人血样基因座,反应体系和循环参数均按照试剂盒说明书设置。

法医DNA鉴定中三等位基因的检测与分析

目的探讨三等位基因的类型和特点,为司法实践中法医鉴定人正确研判三等位基因现象提供科学依据。方法收集来自西安交通大学法医学司法鉴定中心6个案例样本,利用Chelex-100提取DNA,通过复合PCR扩增和毛细管电泳进行STR基因型分析。结果39个STR等位基因中检出5个具有三等位基因的基因座,其中D18S51基因座检出3例,D21S11检出2例,D2S441、D2S1338及D21S1270各检出1例,采用不同试剂盒验证结果均一致。Type1型表现峰高面积不均衡,检出率为50%(4/8);Type2型表现峰高面积均衡,检出率为50%(4/8)。测序结果证实,D2S441为位于2p14的简单序列STR基因座,重复单位TCTA;D2S1338为位于2q35的复合序列STR基因座,重复单位TGCC和TTCC。结论在DNA鉴定中遇到三等位基因,需用不同试剂盒验证,或者增加性染色体基因座检测,亲权指数计算时须慎重。

三等位基因的遗传关系分析1例

1案例资料 魏某（疑父）、妻子卢某（母）和儿子（子）因出国公证要求进行亲子鉴定,确定父子亲子关系。1.1 DNA分型检验采用Chelex-100法分别提取上述3人新鲜血液、疑父与子的头发和口腔拭子的DNA,采用Identifiler复合扩增试剂盒（ABI公司,美国）、PowerplexTM16system（Promega公司,美国）荧光标记复合扩增试剂盒和STR-Typer 10G（科登公司,珠海）荧光复合扩增试剂盒进行检测。

D13S317基因座三等位基因遗传学分析

正常情况下常染色体STR基因座具有两个等位基因,分型图谱表现为1条（纯合子）或2条（杂合子）等位基因条带。但如发生基因变异,相关基因座可出现3个等位基因,称之为三等位基因[1]。本文报道D13S317基因座三等位基因1例,并对其遗传规律进行分析。

DYF387S1基因座检出三等位基因1例

1案例资料1.1简要案情2015年8月7日凌晨,某地发生一起盗窃案。采集嫌疑人血样、烟蒂、鞋子等样本送检。

亲子鉴定Penta D检出三等位基因1例

笔者在亲子鉴定过程中碰遇到1例Penta D为三等位基因,现报道如下。 1案例资料 某日,李某来本鉴定所要求做亲子鉴定。由于小孩只有11个月,不便带到司法鉴定所,故让其自行采取孩子的口腔拭子,李某在本鉴定所采取血样。

三联体常染色体STR三带型基因座父权指数计算

目的探讨三联体亲子鉴定中常染色体STR三带型基因座父权指数的计算方法。方法通过9691例三联体亲子鉴定中发现的30例三带型,对其父-母-子表型作分析研究而将相关三带型分为五类,根据孟德尔遗传规律和常规三联体父权指数的计算原理,推算各类型的父权指数。结果循例推断出五种类型三联体常染色体STR三带型基因座父权指数的计算公式。结论对于三联体亲子鉴定中的三带型基因座,其父权指数可按推导的公式进行计算。

D21S11和Penta D基因座STR分型异常2例

1案例资料 1.1案件简介 案例1某年10月下旬,市郊花坛内发现一名男婴,经走访是王某夫妇所遗弃,采集王某夫妇和婴儿纸质血样要求DNA检验,结果发现男婴D21S11、Penta D基因座STR分型检出三等位基因。 案例2某年4月7日上午,城区文化广场附近小溪岸边发现一具女尸,其尸体东南侧50m范围内有滴落状血迹,DNA检验系一女性所留,但Penta D基因座检出三等位基因,采集嫌疑对象和其父母血样进行DNA检验。

联合应用D21S11和Penta D基因座STR分型快速检测唐氏综合征的特征图谱分析

目的探讨联合D21S11和Penta D两个基因座STR分型,在快速检测唐氏综合征(Down Syndrome,DS)中的可行性。方法外周血细胞染色体核型分析确诊DS,提取基因组DNA,通过荧光复合扩增和毛细管电泳,分析D21S11和Penta D基因座STR分型及图谱特征,计算峰高比值和峰面积比值。结果与100例正常人STR分型未见三等位基因不同,94例DS患者中,D21S11和Penta D基因座均为三峰型、双峰型和单峰型三等位基因者33例,D21S11或Penta D其中之一为三峰型或双峰型三等位基因,且另一基因座为双峰型或单峰型三等位基因59例;不符合双基因座双峰型三等位基因者2例。两个基因座、多种等位基因型联合分析,可将通常的单基因座三峰型三等位基因判断DS的检出率由47.87%或36.17%提高到双基因座联合检出率达97.87%。结论采用Goldeneye 20A试剂盒中D21S11和Penta D两个基因座的6种等位基因型联合分析,对DS快速检测具有良好的应用价值。

30个常染色体InDel位点在21三体综合征案例中的应用1例

1案例1.1简要案情2014年本中心受某福利院的委托,受理了一例因认亲需要而进行的亲子鉴定,征得当事人的同意,采取母亲及孩子血样,进行STR分型实验。1.2检验方法1.2.1DNA提取采用常规Chelex-100法[1]分别提取母亲与孩子血样DNA,采用GoldeneyeTM 20A试剂盒(北京基点认知),进行19个常染色体STR基因座和Amelogenin性别基因座分型检测,采用Investigator DIPplex kit (Qiagen,Germany)进行30个常染色体InDel位点检测,扩增体系和扩增程序按相关操作手册进行。

一例Bardet-Biedl综合征患者MKKS基因新变异的遗传学分析

目的对一例Bardet-Biedl综合征(Bardet-Biedl syndrome,BBS)患者进行遗传学分析。方法收集患者的临床资料,对患者进行纤毛病相关基因的高通量测序,并对候选变异进行生物信息学分析。结果在先证者中检出MKKS基因c.635C>T(p.Ser212Phe)和c.1664C>G(p.Thr555Arg)杂合变异及TMEM67基因c.2498T>C(p.Ile833Thr)杂合变异。其母亲携带MKKS基因c.635C>T(p.Ser212Phe)杂合变异,而未携带MKKS基因c.1664C>G(p.Thr555Arg)及TMEM67基因c.2498T>C(p.Ile833Thr)变异。上述3个变异位点所对应的氨基酸序列在不同物种中高度保守。结论MKKS基因c.635C>T(p.Ser212Phe)和c.1664C>G(p.Thr555Arg)复合杂合变异可能为患者的遗传学病因。TMEM67基因c.2498T>C(p.Ile833Thr)杂合变异对其疾病表型是否具有修饰作用还有待进一步的研究。