5,6-二芳基-2,3-二氢-1-吡咯里嗪酮类化合物抗炎作用的三维构效关系研究

目的 研究 5 ,6 二芳基 2 ,3 二氢 1 吡咯里嗪酮类化合物抗炎作用的三维构效关系 ,为进一步设计新结构类型化合物提供理论依据。方法和结果 用计算机辅助药物设计专家系统 (Apex 3D)软件模拟并构建药效基团模型和三维构效关系 (3D QSAR)方程。结论 化合物的抗炎活性与分子总疏水性、空间体积和吡里酮环 1位基团和两个次级作用部位的性质有关 ;增加吡里酮环 1位基团π电子密度 ,降低分子总疏水性 ,及减弱 6位苯环对位取代 。

苯并呋喃/噻吩联二苯类PTP1B抑制剂三维构效关系研究

主要采用比较分子力场分析方法 (CoMFA)对苯并呋喃 /噻吩联二苯类PTP1B (proteintyrosinephosphatase 1B)抑制剂进行了三维构效关系的研究 ,考察了静电场、立体场和氢键场对构效关系的影响 .交叉系数q2 的值达到 0 .5 8,表明CoMFA得到的构效关系模型比较理想 .同时testset中分子的预测活性也表明 ,模型具有较好的预测能力 .研究还表明 ,氢键场的加入不一定有利于模型的改善 .通过对分子场等值面图的分析 ,可以观察到叠合分子周围立体场和静电场对化合物活性的影响 ,为改进原有化合物的结构 ,提高它们的活性提供了指导 .还尝试采用比较分子相似性指数分析方法 (CoMSIA)对这一系列化合物作了研究 ,结果表明虽然CoMSIA中加入了疏水场 ,但是对于研究的体系 。

N－亚硝基化合物的结构／致癌活性的三维构效关系研究

用比较力场分析研究了Ｎ－亚硝基化合物的结构与致癌活性的关系，考察了网络结构和探针原子对结果的影响．结果表明，立体效应和静电作用场是描述其致癌活性和进行结构性能关系研究的最重要的结构参数。

光系统Ⅱ抑制剂—顺式氰基丙烯酸酯化合物的三维构效关系和电子结构研究

以距离比较法所获得的顺式氰基丙烯酸酯化合物的活性构象为模板,对39个该类化合物采用比较分子场方法进行了三维构效关系的研究。结果表明,所获得的药效团模型具有很好的预测能力。同时采用量子化学的方法对活性构象模板分子电子结构作了讨论。

维甲类化合物构效关系研究：抗致癌活性的三维构效关系

使用比较分子场分析法（ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｆｉｅｌｄａｎａｌｙｓｉｓ，ＣｏＭＦＡ）［１］建立了一个维甲类化合物抗致癌活性的三维构效关系（３Ｄ－ＱＳＡＲ）模型，用交叉验证法（ｃｒｏｓｓ－ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ）、和非交叉验证方法（ｎｏｎ－ｃｒｏｓｓ－ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ）分别验证和建立的分子场模型，高的交叉验证回归系数（＝０．９０５）说明系列化合物分子周围空间场和静电场分布的差异与其生物活性差异间存在良好的相关性。用这个模型预测在建立模型时没有包括进去的三个化合物的活性，预测值接近实验值，提示该模型有较好的活性预测能力，可用来指导设计新的高活性维甲分子。化合物分子的最低能量构象未必是其活性构象。用得到的化合物最低能量构象进行ＣｏＭＦＡ研究，其交叉验证系数较低（＝０．４２０），不具有统计学意义。但将部分分子的单键微弱旋转，构象能变化控制在２ｋｃａｌ·ｍｏｌ－１之内，其它分子采取最低能量构象，则得到高的交叉验证系数。叠合的配体分子场模拟了配体分子周围的作用环境，反映受体结合部位与配体之间存在相互作用的基团和（或）原子的空间和静电性质，分子场模型在作为预测活性模板的同时也在一定程度上映射出受体结合?

NMDA受体甘氨酸位点拮抗剂的三维构效关系研究

目的 建立NMDA受体甘氨酸位点拮抗剂的三维构效关系 (3D QSAR)模型。方法和结果 使用比较分子场分析法 (CoMFA)建立的 3D QSAR模型 ,交叉验证回归系数R2 cv、非交叉验证回归系数R2 和标准偏差SEE分别为 0 6 5 0 ,0 940和 0 330 ,说明系列化合物分子周围立体场和静电场的分布与生物活性间存在良好的相关性。结论 所得模型较好的模拟了受体结合腔穴的立体和静电性质 ,可用于综合解释已报道的甘氨酸位点拮抗剂构效关系研究结果 ,并对文献中较少或较模糊的一些区域作了新的探讨 ,可用来指导设计新的先导物分子。

三唑嘧啶磺酰胺类抑制剂的三维构效关系

三唑嘧啶磺酰胺类除草剂是作用于乙酰乳酸合成酶的一类新型除草剂 .本研究利用限制性系统搜索 ,确定了活性构象 ,并用比较分子场方法 ( COMFA)研究了 2 4个化合物的三维定量构效关系 ,建立了具有较强预测能力的 3D- QSAR模型 .研究结果表明 ,影响其药效的主要因素是空间结构 .

光系统(II)抑制剂三维构效关系的研究

采用比较分子场方法 ( Co MFA)对顺式氰基丙烯酸酯化合物进行了三维构效关系的研究 ,获得了具有较强预测能力的四点药效团模型 .距离空间图显示四点为苯环中心 (疏水中心 * )、羰基氧 ( O* * )和碳 ( C# )原子以及乙氧基的氧原子 ( O# # ) .原子间的距离为 :*— * * 0 .3 6 87nm,*— # 0 .3 6 56 nm,# #— * * 0 .3 950 nm,# #— # 0 .3 950 nm.

糖蛋白IIb/IIIa受体拮抗剂三维构效关系研究

目的：研究三维构效关系，建立药效模型，为设计新型糖蛋白ＩＩｂ／ＩＩＩａ 受体拮抗剂提供指导。方法和结果：利用比较分子力场方法，建立了ＩＩｂ／ＩＩＩａ 受体拮抗剂的三维定量构效模型。在比较分子力场分析中，利用拮抗剂晶体结构为模板，进行了多种分子叠合形式研究，建立了具有良好预测能力的三维定量构效关系模型，表征模型预测能力的交叉验证系数ＲＣＶ２ ＝ ０－８３４ ，传统相关系数Ｒ２ ＝ ０－９８８，Ｆ＝ ３２３－６３ ，标准偏差ＳＥ（Ｓｔａｎｄａｒｄ Ｅｒｒｏｒ ｏｆＥｓｔｉｍａｔｅ）＝ ０－１３５ 。结论：所得模型解释了已有的构效关系，系数等势图映射的受体性质与实验结果相一致，可以指导新的拮抗剂设计。

比较分子场分析研究哒嗪酮等体系的三维构效关系

用比较分子场分析（CoMFA）法对两个体系的化合物进行了研究，得到了预报能力较强的模型.初步的研究表明，作为一种三维定量构效（3D-QSAR）方法，它能够揭示分子三维结构对活性的贡献，有较广阔的应用前景．

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能关系(ΧⅢ)──用比较分子力场方法研究4-肟醚基喹唑啉类化合物的结构与抗烟草花叶病毒活性的三维构效关系

应用比较分子力场分析 (Co MFA)方法研究 4 -肟醚基喹唑啉类化合物抗烟草花叶病毒活性的三维构效关系 (3 D-QSAR) ,引入分子的摩尔折射率 (MR)和偶极矩 (DIPOLE)分别作为 Co MFA的第三和第四个场 .在此基础上进行偏最小二乘 (PLS)分析 :交叉验证 (leave-one-out)结果为 r2cv=0 .4 43 ,非交叉验证 (novalidation)结果为 r2 =0 .93 2 ,说明所建立的模型有较好的可靠性 ,并且在三维等值线图的基础上得到了一个此类化合物的模拟作用模型 。

旱生香茶菜二萜化合物细胞毒活性的三维构效研究

应用比较分子力场法(COMFA)研究了一系列旱生香茶菜二萜化合物对人红细胞白血病(K562)、人早幼粒白血病(HL60)、人胃腺癌(MKN28)和人结肠癌(HCT)细胞体外抗肿瘤活性进行了三维定量构效关系的初步研究,其结果将为香茶菜二萜的结构修饰和简化,先导化合物的发现提供理论依据。

喹诺酮类抗菌剂的三维构效关系和受体图形

<正>众所周知,Koga等曾对符合结构式1的71个喹诺酮化合物进行QSAR研究,从而得出了一个从统计学意义看的最佳相关方程(方程1).此方程用对大肠杆菌NIHJ的MIC(mol/L)为生物活性指标.L_1表示R_1长度的Verloop’s STERIMOL参数.E_3~6 表示R_6的Taft-Kutter-Hansch立体参数(E_(?)).∑π_(6,7,8)表示R_6、R_7和R_8三个取代基的疏水常数(π’S)之和,该参数的二次方(∑π_(6,7,8))~2似乎与化合物转运至作用部位(s)的疏水效应有关.I_7是一个与R_7相关的指示变量,当R_7=H时为0,否则用一个单位表示.I_(7n-co)是另一个指示变量.当7—氨基取代的骨架上有酰基时用一个单位表示,否则为0.B_4~8是R_8的STERIMOL参数,它表示相对于R_1垂直方向上的R_8的最大宽度(R_7 —边).∑∏_(6,7,8)表示R_6、R_7和R_8三个取代基的Swain-Lup-ton-Hansch诱导电性参数(F’_2)之和.

雪花胺类化合物的三维构效关系研究

雪花胺是一类重要的乙酰胆碱脂酶抑制剂，有可能发展成治疗阿尔茨海默病的药物.利用分子力学计算得到了这类化合物的优势构象，并对这些化合物进行了CoMFA研究．发现，对于雪花胺类化合物，影响其药效的主要因素是空间结构，电荷作用力的影响较小．对空间因素的进一步分析发现，对于该类分子，不宜用空阻较大的基团进行取代．由电荷影响的分析得到了在不同位置上取代基所应有的电行性质．三维定量构效关系研究为基于雪花胺的抑制剂设计提供了方案．

PD-1/PD-L1抑制剂的三维定量构效关系和分子对接研究

目的探讨程序性死亡受体-1(PD-1)、程序性死亡受体配体-1(PD-L1)抑制剂的三维定量构效关系和分子对接研究。方法针对现有的小分子化合物进行合理研究,取45个新型o-(联苯-3-基甲/氧基)硝基苯抑制剂进行三维定量构效关系研究,包括使用分子力场分析法(comparative molecular field analysis,CoMFA)和比较分子相似性指数法(comparative molecular similarity indices analysis,CoMSIA),并且对分子对接,观察小分子与5J89蛋白的结合效果。结果Co MFA模型(q^(2)=0.644,r^(2)=0.950)和CoMSIA模型(q^(2)=0.622,r^(2)=0.998)具有一定预测能力。TYR:56、GLN:66氨基酸是影响这些抑制剂活性的主要氨基酸。结论该研究是计算机辅助药物方法在抗肿瘤方面的应用,可为开发PD-1/PD-L1抑制剂作为抗癌药物提供参考。

1-[(2-羟乙氧基)甲基]-苯硫基胸腺嘧啶类化合物抗爱滋病活性的三维构效关系研究

HEPT类化合物(1-[(2-hydroxyethoxy)methyl]-6-(phenylthio)-thymine derivatives)是一类抗爱滋病的新药,本文用CoMFA(Comaparative Molecular Field Analsis)方法对34个HEPT类化合物的三维关系进行了研究,获得了较好的相关模型。

丙型肝炎病毒抑制剂的三维药效团和构效关系

通过CATALYST软件包得到了两类HCVNS3丝氨酸蛋白酶抑制剂的三维药效团模型.尽管这两类抑制剂具有完全不同的骨架结构,但得到的药效团却具有共同的特性.这表明当这两类抑制剂和受体发生相互作用时,可能采用了相似的结合模式.根据药效团模型,进行了三维构效关系的研究.结果表明 ,得到的药效团模型具有很好的预测能力 (线性回归系数R=0.89).

人白细胞介素-6受体胞外区配基结合功能域活性部位的三维构效关系

以人生长激素受体（Ｋ５２－Ｌ２５１）的晶体结构为模板，同源模建人白细胞介素－６ 受体（ｈＩＬ－６Ｒ）（Ｖ１０６－Ｐ３２２）的空间结构，并预测与配基（ＩＬ－６）结合的活性部位．根据 ｈＩＬ－６Ｒ配基结合功能域中重要氨基酸点突变对活性部位空间构象的影响，验证预测部 位的正确性．理论分析表明，ｈＩＬ－６Ｒ配基结合功能域中４个保守的半胱氨酸（Ｃｙｓ），近膜 侧１９３位Ｃｙｓ及“ＷＳＥＷＳ”主型框架的点突变均导致受体与配基的结合受阻；而２１１ 位Ｃｙｓ，２７７位Ｃｙｓ点突变却有利于受体与配基的结合．研究结果提示，预测的ｈＩＬ－６Ｒ 的活性部位确是ｈＩＬ－６Ｒ和配基（ＩＬ－６）结合的分子基础，可以作为进行小分子ｈＩＬ－６Ｒ拮 抗剂设计的靶部位。

化合物毒性及三维结构参数的定量构效关系研究

目的:建立小分子化合物毒性的三维定量构效关系模型,探索化合物毒性数据和三维结构参数之间关系的方法。方法:利用比较分子力场分析方法(CoMFA),建立了一组对发光菌有急性毒性的小分子的三维定量构效模型。结果:模型的交叉验证相关系数q2=0.731,非交叉验证相关系数r2=0.973,标准偏差SE=0.122,F=70.910。结论:该模型具有较好的预测能力,表明在甲基的邻对位减小取代基体积或电负性可以降低化合物毒性。

一类鬼臼毒素衍生物抗癌(KB细胞)活性的三维定量构效关系

采用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似因子分析(CoMSIA)方法,对99个鬼臼毒素衍生物的抗癌活性系统地作了三维定量构效关系研究,均得到了较为理想的模型.CoMFA所得模型的交叉验证系数q^2=0.644,非交叉验证相关系数r^2=0.930,标准偏差S=0.134,F=161.325,立体场与静电场贡献分别为64.6%和35.4%.CoMSIA所得模型的q^2=0.764,r^2=0.964,S=0.096,F=324.112,立体场、静电场、疏水场、氢键给体场、氢键受体场贡献分别为9.5%,22.0%,21.9%,23.9%和22.7%.两模型的等值面图为改造此类化合物的结构、提高药物活性提供了理论依据和研究方向.