Taqman三重实时PCR快速检测原料乳中致泻性大肠埃希氏菌

建立可对原料乳中致泻性大肠埃希氏菌(包括肠致病性大肠埃希氏菌、肠侵袭性大肠埃希氏菌和肠产毒性大肠埃希氏菌)同时进行快速检测的Taqman三重实时PCR方法。以致病菌中常见的eae、ipaH和lt基因为目的片段,选择3种特异性引物和Taqman探针进行三重实时PCR扩增,研究反应的特异性、检测限和重复性,并用所建立的方法对38份原料乳进行检测。结果表明,扩增曲线形态良好,对原料乳中其他常见致病菌无交叉反应,对含致病菌为1 cfu.mL-1的乳样经2 h增菌处理后检测结果呈阳性,对原料乳样重复性检测的CV值均小于5%。完成全部检测过程只需大约6 h。该方法快速准确,可应用于原料乳中致泻性大肠埃希氏菌的快速检测和污染调查。

单增李斯特菌三重实时荧光PCR检测的建立及其毒力基因在分离菌株中分布

目的建立同时检测单增李斯特菌(Listeria monocytogenes,Lm)溶血素基因hlyA、内化素基因inlA和磷脂酶C基因plcB的TaqMan-MGB三重实时荧光PCR检测方法,并对101株单增李斯特菌的hlyA、inlA和plcB基因进行了检测,分析3个毒力基因在多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)聚类群组中的分布情况。方法根据单增李斯特菌毒力基因hlyA、inlA和plcB的保守序列设计引物和小沟结合物(minor groove binder,MGB)探针建立三重荧光PCR方法,对其特异性、灵敏度和可重复性进行了测试,并对分离的101株单增李斯特菌进行三重PCR检测。结果建立的三重实时荧光PCR方法特异于单增李斯特菌的检测,重复性良好,组内Ct值变异系数均小于1.5%,灵敏度可达100CFU/mL。对101株单增李斯特菌的hlyA、inlA和plcB的检出率分别为98%、75%和98%。在可被MLST分型的89株菌株中,groupI的30株菌株有20株均缺失inlA基因;groupII的57株菌株中有56株三个基因均检出;groupIII的菌株hlyA、inlA和plcB三个基因均未检出。结论本文建立的三重实时荧光PCR方法能准确、快速、稳定的检测单增李斯特菌,101株单增李斯特菌的hlyA、inlA、plcB三个毒力基因的检出情况与单增李斯特菌的MLST分型聚类有较一致的关系,对分析单增李斯特菌毒力的强弱有重要参考意义。

林麝源化脓隐秘杆菌、溶血性曼氏杆菌和肺炎链球菌三重实时荧光定量PCR检测方法的建立

为快速准确检测化脓隐秘杆菌、溶血性曼氏杆菌和肺炎链球菌,分别根据化脓隐秘杆菌plo基因、溶血性曼氏杆菌ICEMh1基因和肺炎链球菌pspC基因的特异性序列设计引物和探针,以重组质粒a.p-m.h1-s.p为标准品,通过优化反应条件,建立一种检测化脓隐秘杆菌、溶血性曼氏杆菌和肺炎链球菌三重实时荧光定量PCR方法,对其特异性、灵敏度和可重复性进行测试。结果表明,建立的方法对标准品阳性质粒的最低检测量为20拷贝,标准曲线在1.25×10^6 copies/μL^1.0×101 copies/μL范围内具有良好的线性关系。对2016年-2018年在陕西省收集的病料中化脓隐秘杆菌、溶血性曼氏杆菌和肺炎链球菌检出率分别为66.67%、5.5%和44.44%。建立的三重实时荧光定量PCR方法能快速、准确和稳定地检测化脓隐秘杆菌、溶血性曼氏杆菌和肺炎链球菌。

三重实时荧光PCR检测纯培养物和环境水体中霍乱弧菌方法的建立及应用

本研究建立了检测O1群、O139群、非O1和非O139群霍乱弧菌(Vibrio cholerae)的三重实时荧光PCR方法,并进行纯培养物和环境水体标本的检测评价。根据O1群和O139群霍乱弧菌O抗原编码基因rfb序列和霍乱弧菌种特异的溶血素编码基因hlyA序列设计引物和探针,利用荧光标记物,建立同时检测霍乱弧菌O1群、O139群、非O1和非O139群的三重实时荧光PCR方法,对所建立的方法分别进行了灵敏度和特异性评价,同时与传统培养法进行了比较。研究建立的方法能特异扩增出O1群、O139群、非O1和非O139群霍乱弧菌;而对其它8种弧菌没有扩增;实时荧光PCR检测252份环境水体标本的增菌液,与常规分离方法相比显示了较高灵敏度,所有常规分离方法阳性标本其荧光PCR检测亦为阳性。本研究可用于环境水体样本中霍乱弧菌常规分离前的快速筛查和纯培养物的确认。

三重实时荧光PCR法检测急性胃肠炎聚集性疫情的探讨

目的:探讨三重实时荧光PCR法在急性胃肠炎聚集性疫情中快速检测GⅠ/GⅡ型诺如病毒和A组轮状病毒的应用。方法:采集2020年11月12日一起学校急性胃肠炎聚集性疫情中的疑似病例、临床诊断病例、密切接触者标本及环境标本共373份,用三重实时荧光RT-PCR法同时检测诺如病毒(基因组GⅠ/GⅡ)和A组轮状病毒核酸,根据不同病毒核酸的检出率分析该疫情的主要病原体,分析病原体在感染者中年龄的分布影响。结果:373份标本中检出诺如病毒(基因组GⅠ/GⅡ)144份,检出率38.61%;检出A组轮状病毒2份,检出率0.54%;检出诺如病毒和A组轮状病毒混合感染6份,检出率1.61%。不同性别间诺如病毒感染阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。不同职业间诺如病毒感染阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。>45岁组人群诺如病毒感染阳性率最高,26~35岁组阳性率最低,不同年龄组人群阳性率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:诺如病毒可能是导致本次疫情的主要病原体,同时存在诺如病毒和A组轮状病毒混合感染的情况,三重实时荧光PCR法同时检测多种病毒为疫情快速处置提供了实验室依据。

多重实时荧光PCR快速检测转基因大豆

采用多重实时荧光PCR技术,对大豆筛选基因35S启动子(cauliflower mosaic virus,CaMV 35S)、NOS终止子(nopaline synthase,NOS)和内源基因Lectin设计合成了多对检测引物和探针,在筛选各基因合适的检测引物和探针的基础上,摸索引物组合和扩增条件,最终确定合适的探针引物组合和试验条件,建立转基因大豆快速初筛技术。该方法可在1 h内同时完成对转基因大豆3个基因片段的实时荧光PCR检测。方法特异性强,灵敏度高,可用于大豆转基因成分的快速检测,大大提高检验效率,可为消费者的食品安全及我国大豆的进出口检验提供有效的技术支持。

三种鱼类链球菌三重实时荧光PCR方法的建立

对3种链球菌基因序列的分析,设计了3条Taq Man探针,并选择3种无相互干扰的荧光基团进行标记。建立了三重实时荧光PCR的检测方法,同时对建立的方法进行了特异性、灵敏度、稳定性和重复性评价,并且与传统培养法进行了比较。结果显示,试验建立的方法能特异扩增出3种链球菌的标准阳性菌株;3种链球菌之间没有交叉反应;S.agalactiae的检测灵敏度约为1.52×10^1 CFU/mL;S.dysgalactiae的检测灵敏度约为1.33×10^2 CFU/mL;S.milleri的检测灵敏度约为1.76×10^1 CFU/mL;3种链球菌检测反应的CV值均小于5%;对采集的287份样品进行检测,共计检出5份S.agalactiae阳性样品、3份S.dysgalactiae阳性样品和1份S.milleri阳性样品与传统细菌分离鉴定的方法检测结果一致。该检测方法灵敏度高、特异性强,具有良好的实用性。

基于全自动核酸提取的荧光定量PCR鉴别羊肉制品真伪

目的建立一种基于自动化的快速核酸提取方法,联合三重实时荧光定量PCR技术,鉴别羊肉制品的真伪。方法分别采用全自动核酸提取法、磁珠手提法与柱提法对不同状态羊肉制品进行核酸提取,比较不同方法的提取时间差异,通过三重实时荧光定量PCR扩增结果评估不同方法的提取效果。以GB/T38164—2019《常见畜禽动物源性成分检测方法实时荧光PCR法》为对照,对市售的羊肉制品进行平行检测,评估本方法的检测性能。结果与磁珠手提法、柱提法相比,全自动核酸提取法的提取时间缩短了15~30 min,且提取的核酸扩增效果更好。全自动核酸提取法在羊猪混合样品中羊源核酸检出限为0.010mg/g。全自动核酸提取法在生鲜肉、生肉及熟肉制品等多种类型产品中提取的羊源核酸PCR检测结果的变异系数(coefficient of variation,CV)均小于3.000%。分别采用三重实时荧光定量PCR法与GB/T38164—2019对全自动提取的21份市售的涵盖不同类型的羊肉制品核酸进行平行检测,符合率为100.00%。结论本研究方法可为羊肉制品掺假的快速真伪鉴别提供操作简便、稳定灵敏、快速准确的整套解决方案。

玉米转基因成分三重实时荧光PCR筛选检测

本研究开发建立了三重实时荧光PCR反应体系对玉米及其加工制品的转基因成分进行高通量快速检测。以玉米单拷贝内源基因adh1(编码乙醇脱氢酶的基因)、启动子(35S promoter from cauliflower mosaic virus, p-35S)和t-NOS终止子(terminator of nopaline synthase gene from Agrobacterium tumefaciens, t-NOS)等常用转基因元件为靶标基因,以转基因玉米MON863、NK603、MON810、Bt11,非转基因玉米粉2019054以及转基因大豆粉,棉花籽和小麦粉等非玉米农作物样本共8份测试样品进行方法特异性分析,对10个玉米品系种子样本和41份玉米食品样品进行方法适用性分析和日常样本筛查检测,用标准曲线法验证方法的检测低限和重复性。结果表明该体系能在转基因阳性样本DNA为模板的一个反应管中同时检出3个靶标基因,在非转基因的玉米样本中仅检出内源基因,检测结果符合标示值;adh1、p-35S和t-NOS三种靶标基因扩增效率分别为96.84%、94.92%和93.80%,线性相关系数分别为0.999、0.990和0.997,检测低限为10个拷贝。该方法的建立可用于玉米等同源产品的出入境检测以及市场流通的符合性筛查检测。

三重实时荧光PCR检测方法在病毒性腹泻病原体检测中的应用

目的了解腹泻样本中病毒性腹泻病原体情况,为本地区病毒性腹泻疾病的防控提供基础资料。方法收集2019年本院的61份临床腹泻病人粪便标本,提取核酸,用三重实时荧光PCR检测方法进行检测。结果在61份临床腹泻标本中检测出轮状病毒阳性标本3份,腺病毒阳性标本1份,诺如病毒GI型标本1份,诺如病毒GII型标本7份。结论腹泻样本中有多种致腹泻病毒存在,病毒性腹泻病原组成较为复杂,建议开展诺如病毒、轮状病毒、腺病毒的分子流行病学研究。

基于基因拷贝数的缺失型α地中海贫血检测体系研究

目的建立并评价基于α珠蛋白基因拷贝数变化的缺失型α地中海贫血检测体系。方法建立三重TapMan实时荧光定量PCR检测体系,结合2^-△△ct相对定量分析的原理,根据缺失型α地中海贫血分子机制中α珠蛋白基因和看家基因的拷贝数比例差异,快速诊断α地中海贫血基因拷贝数。以本研究建立的方法检测69例已知α地中海贫血基因型标本和100例临床标本,并通过Gap-PCR+MLPA技术进行验证,评价该方法的敏感度与特异度。结果本研究建立的检测体系对100例临床标本进行α地中海贫血基因型的检测,敏感度和特异度均为100%;临床常规检测方法的特异度为100%,敏感度只有96%。结论本研究建立的检测体系敏感度高,特异性好,能够检测临床常规检验方法未检出的非常见型α地中海贫血基因型,减少或避免出生缺陷,优生优育。