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PRRSV、CSFV、PRV和PCV2四重实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用 被引量:1
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作者 李欣 杨莉 +4 位作者 刘光亮 王文秀 刘海隆 曹宗喜 张艳 《动物医学进展》 北大核心 2024年第6期7-14,共8页
为建立同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)的四重荧光定量PCR(qPCR)检测方法,针对PRRSV的ORF2基因、CSFV的5′UTR基因、PRV的gB基因、PCV2的ORF2基因设计了引物及Taq Ma... 为建立同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)的四重荧光定量PCR(qPCR)检测方法,针对PRRSV的ORF2基因、CSFV的5′UTR基因、PRV的gB基因、PCV2的ORF2基因设计了引物及Taq Man探针,并进行反应体系优化,敏感性、特异性验证,建立了同时检测上述4种病原的四重实时荧光定量PCR。结果显示,所建立的四重荧光PCR扩增效率(E)、相关系数(R^(2))及曲线斜率均在正常范围内,检测PRRSV、CSFV、PRV、PCV2 E值、R^(2)、斜率分别为92.9%、0.998、-3.504,90.7%、0.998、-3.566,94.3%、0.996、-3.466,94.2%、0.997及-3.470。PRRSV、CSFV、PRV、PCV2重组质粒最低检出限分别达到10^(2)、10^(2)、10^(2)、10^(3) copies/μL;四重qPCR反应体系中的多条引物间不发生交叉反应,经评价该方法特异性良好;批内和批间重复性试验结果显示,变异系数(CV)均在1%以下,具有良好的重复性。分别使用该方法和相应的国标荧光定量检测法对采集的298份临床样品进行检测对比,两种方法检测PRRSV、CSFV、PRV、PCV2阳性符合率分别为96.08%、96.38%、100%、94.95%,均在94%以上。结果表明,建立的检测方法方便、灵敏、高效、特异性强,适用于猪呼吸道疾病病原学、流行病学研究以及临床病例的诊断,并为猪呼吸道疾病的预防和控制提供技术支撑。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 猪瘟病毒 猪伪狂犬病病毒 猪圆环病毒2型 实时荧光定量pcr
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林麝源化脓隐秘杆菌、溶血性曼氏杆菌和肺炎链球菌三重实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:3
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作者 唐婕 刘二龙 +5 位作者 周建文 杨超 索丽娟 边坤 蒋本模 王艳 《动物医学进展》 北大核心 2020年第12期23-27,共5页
为快速准确检测化脓隐秘杆菌、溶血性曼氏杆菌和肺炎链球菌,分别根据化脓隐秘杆菌plo基因、溶血性曼氏杆菌ICEMh1基因和肺炎链球菌pspC基因的特异性序列设计引物和探针,以重组质粒a.p-m.h1-s.p为标准品,通过优化反应条件,建立一种检测... 为快速准确检测化脓隐秘杆菌、溶血性曼氏杆菌和肺炎链球菌,分别根据化脓隐秘杆菌plo基因、溶血性曼氏杆菌ICEMh1基因和肺炎链球菌pspC基因的特异性序列设计引物和探针,以重组质粒a.p-m.h1-s.p为标准品,通过优化反应条件,建立一种检测化脓隐秘杆菌、溶血性曼氏杆菌和肺炎链球菌三重实时荧光定量PCR方法,对其特异性、灵敏度和可重复性进行测试。结果表明,建立的方法对标准品阳性质粒的最低检测量为20拷贝,标准曲线在1.25×10^6 copies/μL^1.0×101 copies/μL范围内具有良好的线性关系。对2016年-2018年在陕西省收集的病料中化脓隐秘杆菌、溶血性曼氏杆菌和肺炎链球菌检出率分别为66.67%、5.5%和44.44%。建立的三重实时荧光定量PCR方法能快速、准确和稳定地检测化脓隐秘杆菌、溶血性曼氏杆菌和肺炎链球菌。 展开更多
关键词 林麝 化脓隐秘杆菌 溶血性曼氏杆菌 肺炎链球菌 实时荧光定量pcr
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PPRV、RVFV、SBV三重普通及实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用研究 被引量:4
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作者 赵文华 李富祥 杨仕标 《现代畜牧兽医》 2021年第2期5-11,共7页
为同时检测小反刍兽疫病毒(PPRV)、裂谷热病毒(RVFV)及施马伦贝格病毒(SBV) 3种外来动物疫病病原,根据GenBank相关病毒序列设计引物及探针,建立PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR及三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,并初步应用于临床检测。... 为同时检测小反刍兽疫病毒(PPRV)、裂谷热病毒(RVFV)及施马伦贝格病毒(SBV) 3种外来动物疫病病原,根据GenBank相关病毒序列设计引物及探针,建立PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR及三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,并初步应用于临床检测。结果显示:所建立的PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR方法可同步特异性检测PPRV、RVFV、SBV,检测敏感度可达10~3 copies/μL DNA;对临床症状相似的羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、蓝舌病及鹿流行性出血热等病毒未有扩增。所建立的PPRV、RVFV、SBV三重实时荧光定量RT-PCR方法对PPRV、RVFV、SBV有特异荧光信号,检测敏感度可达10~(1.33)~10~(2.13) copies/μL DNA;而对临床症状相似羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、蓝舌病及鹿流行性出血热等病毒未有荧光信号。应用PPRV、RVFV、SBV三重实时荧光定量RT-PCR方法检测925份临床样本,检出一例PPRV阳性样本,经常规RT-PCR扩增及序列测定Blast确定为PPRV谱系IV型毒株。研究所建立的PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR方法和三重实时荧光定量RT-PCR方法可同步特异性检测3种病原,并初步应用于临床样本的检测。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒 裂谷热病毒 施马伦贝格病毒 普通RT-pcr 实时荧光定量RT-pcr
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布氏杆菌和结核杆菌二重实时荧光定量PCR检测方法的建立与初步应用 被引量:17
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作者 孟茹 陈创夫 +4 位作者 张辉 乔军 任艳 王正荣 蒋松 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1012-1017,共6页
本试验旨在利用二重实时荧光定量PCR技术建立鉴别诊断布氏杆菌和结核杆菌的方法。通过筛选布氏杆菌omp10、omp19、omp17、omp25、omp31和结核杆菌cfp10基因的最佳引物组合,建立二重实时定量PCR鉴别诊断方法,对该方法进行稳定性、特异性... 本试验旨在利用二重实时荧光定量PCR技术建立鉴别诊断布氏杆菌和结核杆菌的方法。通过筛选布氏杆菌omp10、omp19、omp17、omp25、omp31和结核杆菌cfp10基因的最佳引物组合,建立二重实时定量PCR鉴别诊断方法,对该方法进行稳定性、特异性和敏感性试验,并对临床样品及模拟样品进行检测。经筛选布氏杆菌的omp25基因与结核杆菌cfp10基因引物组合最佳,该二重实时荧光定量PCR方法中布氏杆菌Tm值为88~89℃,结核杆菌Tm值为90~91℃,对其他供试的菌株则为阴性;该方法对布氏杆菌的DNA最低检出量为20拷贝.μL-1,结核杆菌为50拷贝.μL-1,两病原都存在时为100拷贝.μL-1,比常规PCR高100倍。利用所建立的二重荧光定量PCR方法及常规PCR,对24份结核痰样、11份布氏杆菌基因粗提物及30份模拟奶样进行检测,符合率为100%。本试验建立的方法可用于同时检测布氏杆菌和结核杆菌,并且具有良好的特异性、敏感性和稳定性。 展开更多
关键词 布氏杆菌 结核杆菌 实时荧光定量pcr
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单增李斯特菌三重实时荧光PCR检测的建立及其毒力基因在分离菌株中分布 被引量:8
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作者 刘二龙 袁慕云 +7 位作者 吕英姿 陈颖 王娉 许龙岩 李嘉琪 郑高彬 杜雅萍 林学勤 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期451-456,共6页
目的建立同时检测单增李斯特菌(Listeria monocytogenes,Lm)溶血素基因hlyA、内化素基因inlA和磷脂酶C基因plcB的TaqMan-MGB三重实时荧光PCR检测方法,并对101株单增李斯特菌的hlyA、inlA和plcB基因进行了检测,分析3个毒力基因在多位点... 目的建立同时检测单增李斯特菌(Listeria monocytogenes,Lm)溶血素基因hlyA、内化素基因inlA和磷脂酶C基因plcB的TaqMan-MGB三重实时荧光PCR检测方法,并对101株单增李斯特菌的hlyA、inlA和plcB基因进行了检测,分析3个毒力基因在多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)聚类群组中的分布情况。方法根据单增李斯特菌毒力基因hlyA、inlA和plcB的保守序列设计引物和小沟结合物(minor groove binder,MGB)探针建立三重荧光PCR方法,对其特异性、灵敏度和可重复性进行了测试,并对分离的101株单增李斯特菌进行三重PCR检测。结果建立的三重实时荧光PCR方法特异于单增李斯特菌的检测,重复性良好,组内Ct值变异系数均小于1.5%,灵敏度可达100CFU/mL。对101株单增李斯特菌的hlyA、inlA和plcB的检出率分别为98%、75%和98%。在可被MLST分型的89株菌株中,groupI的30株菌株有20株均缺失inlA基因;groupII的57株菌株中有56株三个基因均检出;groupIII的菌株hlyA、inlA和plcB三个基因均未检出。结论本文建立的三重实时荧光PCR方法能准确、快速、稳定的检测单增李斯特菌,101株单增李斯特菌的hlyA、inlA、plcB三个毒力基因的检出情况与单增李斯特菌的MLST分型聚类有较一致的关系,对分析单增李斯特菌毒力的强弱有重要参考意义。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 TaqMan-MGB实时荧光pcr 毒力基因分布 多位点序列分型
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犬瘟热病毒、犬细小病毒二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用 被引量:6
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作者 赵雪丽 刘毅 +5 位作者 班付国 闫若潜 王华俊 王淑娟 马震原 王东方 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第8期2086-2094,共9页
为建立一种特异、高通量检测犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)和犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,本研究选取高度保守且具有型特异性的CDV H基因和CPVVP2基因序列,设计CDV和CPV特异... 为建立一种特异、高通量检测犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)和犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,本研究选取高度保守且具有型特异性的CDV H基因和CPVVP2基因序列,设计CDV和CPV特异性引物对及TaqMan MGB探针;经反应条件优化,建立了检测CDV和CPV的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,并进行了敏感性、特异性和重复性试验。结果显示,该方法检测CDV、CPV的标准曲线线性相关系数(R^2)分别为0.997和0.993,最低检出限均为10拷贝/μL,具有较高的灵敏性;对犬副流感病毒等4种病原对照和阴性对照均未出现扩增,特异性良好;CDV、CPV标准品批间试验结果显示,该方法具有很好的重复性;对48份临床疑似CDV或CPV感染样品检测结果显示,14份为CDV阳性,19份为CPV阳性,4份为CDV/CPV双阳性,与CDV H基因、CPVVP2基因测序结果符合率为100%。本研究建立的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法具有灵敏、特异、高通量和可准确定量等优点,可用于临床CDV/CPV病毒感染各个时期的快速鉴别检测。 展开更多
关键词 犬瘟热病毒(CDV) H基因 犬细小病毒(CPV) VP2基因 TaqMan MGB探针实时荧光定量pcr
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猪链球菌2型主要毒力因子三重荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:13
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作者 王蓉蓉 孙卫东 +5 位作者 蒋蔚 刘迎春 陈永军 薛俊欣 张梦 王权 《中国动物传染病学报》 CAS 2014年第6期25-31,共7页
根据GenBank中猪链球菌2型三种毒力因子CP2SJ、MRP、EF基因序列,利用Primer Express 3.0软件分别设计3对特异性的引物及相应的Taqman探针。CP2SJ、MRP、EF探针5′端分别标记FAM、HEX、CY5荧光发射基团,3′端标记BHQ1淬灭荧光基团。通过... 根据GenBank中猪链球菌2型三种毒力因子CP2SJ、MRP、EF基因序列,利用Primer Express 3.0软件分别设计3对特异性的引物及相应的Taqman探针。CP2SJ、MRP、EF探针5′端分别标记FAM、HEX、CY5荧光发射基团,3′端标记BHQ1淬灭荧光基团。通过优化反应体系和程序,建立了一种基于Taqman探针法的三重荧光定量PCR,可同时检测上述三种毒力基因。该方法灵敏度高,CP2SJ、MRP、EF的最低检测限分别为90、40、60拷贝数/μL的质粒;特异性强,与其他病原菌无交叉反应;重复性好,变异系数均小于3%。整个检测扩增在60 min内完成。以上结果表明本试验所建立的三重荧光定量PCR方法的敏感性、重复性及特异性均较好,可用于同时快速检测猪链球菌2型三种毒力因子。 展开更多
关键词 猪链球菌2型 荧光定量pcr 毒力因子
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几种外来动物病毒多重普通和实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用
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作者 赵文华 李富祥 杨仕标 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2022年第2期27-33,38,共8页
为了能够同时开展对小反刍兽疫病毒(PPRV)、蓝舌病血清8型病毒(BTV8)、鹿流行性出血热血清1型病毒(EHDV1)和非洲马瘟病毒(AHSV)4种外来动物疫病病原体的核酸检测,本试验根据GenBank中相关病毒序列设计引物和探针,建立多重普通逆转录PCR(... 为了能够同时开展对小反刍兽疫病毒(PPRV)、蓝舌病血清8型病毒(BTV8)、鹿流行性出血热血清1型病毒(EHDV1)和非洲马瘟病毒(AHSV)4种外来动物疫病病原体的核酸检测,本试验根据GenBank中相关病毒序列设计引物和探针,建立多重普通逆转录PCR(RT-PCR)和实时荧光定量RT-PCR检测方法,并在采集的临床样本检测中进行初步应用验证。结果显示:建立的PPRV/BTV8/EHDV1三重实时荧光定量RT-PCR检测方法仅对PPRV、BTV8和EHDV1有特异荧光信号,检测敏感度可达10^(1.70)~10^(2.08) copies/μL DNA;建立的PPRV/BTV8/EHDV1/AHSV四重普通RT-PCR方法可特异性同步检测PPRV、BTV8、EHDV1和AHSV,检测敏感度可达10^(3) copies/μL DNA;2种方法对羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、牛病毒性腹泻等临床相似的病毒均无扩增。在925份临床样本中检测出1例PPRV核酸阳性样本;经核苷酸序列测定及BLAST比对确定为谱系Ⅳ型PPRV毒株序列。本试验所建立的三重实时荧光定量RT-PCR检测方法和四重普通RT-PCR方法可特异性同步检测相应的3种或4种病毒病原,且具有临床样本检测的应用潜力。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒 蓝舌病病毒8型 流行性出血热病毒1型 非洲马瘟病毒 普通RT-pcr 实时荧光定量RT-pcr
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B型禽偏肺病毒TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立及应用
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作者 沈海强 车艳杰 +3 位作者 宋新宇 高冉 付旭彬 金天明 《中国家禽》 北大核心 2024年第9期121-127,共7页
试验旨在开发一种特异性检测B亚型禽偏肺病毒(aMPV-B)的方法。研究参照GenBank中的aMPV-G基因序列设计一对特异性引物,建立aMPV-B TaqMan荧光定量PCR方法,优化该方法的反应条件,建立标准曲线,进行特异性、重复性和敏感性试验,并将该方... 试验旨在开发一种特异性检测B亚型禽偏肺病毒(aMPV-B)的方法。研究参照GenBank中的aMPV-G基因序列设计一对特异性引物,建立aMPV-B TaqMan荧光定量PCR方法,优化该方法的反应条件,建立标准曲线,进行特异性、重复性和敏感性试验,并将该方法用于临床样品的检测。结果显示:建立的TaqMan荧光定量PCR方法只能检测出B亚型aMPV,其敏感性能达到1.34×10^(1) copies/µL,斜率为-3.346,截距为40.01,相关系数(R2)为1.00,循环阈值(Ct)与模板拷贝数之间呈现良好的相关性;临床样品检测结果显示,该方法检测出18份样品阳性,而普通PCR仅检测出10份阳性。综上所述,建立的aMPV-B TaqMan荧光定量PCR方法在样品检测中表现出良好的特异性和较高的敏感性,适用于临床样品的aMPV-B检测。 展开更多
关键词 B型禽偏肺病毒 G基因 实时荧光定量pcr tapman荧光探针
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鉴别高、低致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒二重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:3
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作者 孔刚锐 吴志明 +7 位作者 闫若潜 赵明军 王东方 赵雪丽 闫志玲 程俊贞 陈慧娟 靳利粉 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第12期27-33,共7页
据GenBank登录的高、低致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(highly and lowly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus,HP/LP-PRRSV)的非结构蛋白2(Nsp2)基因序列设计特异性引物和TaqMan MGB荧光探针,经优化反应条... 据GenBank登录的高、低致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(highly and lowly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus,HP/LP-PRRSV)的非结构蛋白2(Nsp2)基因序列设计特异性引物和TaqMan MGB荧光探针,经优化反应条件,建立鉴别HP/LP-PRRSV二重TaqMan MGB实时荧光定量RT-PCR(Real-time fluorescent quantitative RTPCR)检测方法;对该二重实时荧光定量RT-PCR方法进行了敏感性、特异性和重复性试验;对疑似PRRSV感染临床样品进行了应用检测,同时与建立的HP/LP-PRRSV二重RT-PCR方法进行了对比试验。结果显示,成功建立了鉴别HP/LPPRRSV的二重实时荧光定量RT-PCR检测方法,HP/LP-PRRSV标准曲线的循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,相关系数分别为0.998和0.997;该方法灵敏度可达101拷贝/μL;特异性高,对HP/LP-PRRSV阳性对照扩增呈阳性反应,而对5个对照病原均呈阴性反应;不同浓度的HP/LP-PRRSV重组质粒分别重复扩增3次,重复结果良好;对25份临床疑似PRRSV感染样品进行了应用检测,阳性检出率为92%,较普通二重RT-PCR方法阳性检出率高。 展开更多
关键词 低致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒 实时荧光定量RT—pcr TAQMAN MGB荧光探针 检测 应用
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猪塞内卡病毒A、猪水疱病毒和口蹄疫病毒三重荧光定量PCR检测方法的建立与应用 被引量:2
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作者 苏博 吴志敏 +8 位作者 张馨月 赵涵 鲍迪 张添琪 张嘉钰 梁湘雨 孟凡茹 王开 胡桂学 《动物医学进展》 北大核心 2023年第9期12-18,共7页
为建立一种鉴别猪塞内卡病毒A(SVA)、猪水疱病毒(SVDV)、口蹄疫病毒(FMDV)的方法,针对3种病毒的基因保守区域设计引物和探针,建立了可同时检测上述3种病毒的Taq Man三重荧光定量PCR方法。该方法仅能特异性扩增SVA和FMDV病毒基因以及SVD... 为建立一种鉴别猪塞内卡病毒A(SVA)、猪水疱病毒(SVDV)、口蹄疫病毒(FMDV)的方法,针对3种病毒的基因保守区域设计引物和探针,建立了可同时检测上述3种病毒的Taq Man三重荧光定量PCR方法。该方法仅能特异性扩增SVA和FMDV病毒基因以及SVDV阳性质粒,与猪繁殖与呼吸综合征病毒、经典猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒、猪圆环病毒2型、伪狂犬病病毒的阳性样品cDNA或DNA无交叉反应,对3种病毒核酸的最低检出限均为10 copies/μL,组内和组间变异系数均小于4%。应用该方法对2019-2022年采集的吉林省部分地区267份病料和本实验室留存的30份猪血清样品进行检测,未检出SVA、FMDV以及SVDV。建立的三重荧光PCR方法有利于对3种病毒进行有效的流行病学调查,可给快速准确鉴别致猪水疱症状病毒性疾病提供诊断方法。 展开更多
关键词 塞内卡病毒A 猪水疱病毒 口蹄疫病毒 荧光定量pcr
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三重实时荧光PCR检测纯培养物和环境水体中霍乱弧菌方法的建立及应用 被引量:2
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作者 麻丽丹 王殿夫 +1 位作者 王多春 曹际娟 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期40-44,共5页
本研究建立了检测O1群、O139群、非O1和非O139群霍乱弧菌(Vibrio cholerae)的三重实时荧光PCR方法,并进行纯培养物和环境水体标本的检测评价。根据O1群和O139群霍乱弧菌O抗原编码基因rfb序列和霍乱弧菌种特异的溶血素编码基因hlyA序列... 本研究建立了检测O1群、O139群、非O1和非O139群霍乱弧菌(Vibrio cholerae)的三重实时荧光PCR方法,并进行纯培养物和环境水体标本的检测评价。根据O1群和O139群霍乱弧菌O抗原编码基因rfb序列和霍乱弧菌种特异的溶血素编码基因hlyA序列设计引物和探针,利用荧光标记物,建立同时检测霍乱弧菌O1群、O139群、非O1和非O139群的三重实时荧光PCR方法,对所建立的方法分别进行了灵敏度和特异性评价,同时与传统培养法进行了比较。研究建立的方法能特异扩增出O1群、O139群、非O1和非O139群霍乱弧菌;而对其它8种弧菌没有扩增;实时荧光PCR检测252份环境水体标本的增菌液,与常规分离方法相比显示了较高灵敏度,所有常规分离方法阳性标本其荧光PCR检测亦为阳性。本研究可用于环境水体样本中霍乱弧菌常规分离前的快速筛查和纯培养物的确认。 展开更多
关键词 霍乱弧菌 实时荧光pcr
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三重荧光定量PCR快速检测水产品中的双链DNA病毒的研究 被引量:1
13
作者 黄佳鸣 宁喜斌 +3 位作者 史秀杰 刘葒 丛健 兰文升 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期311-315,共5页
目的:建立对水产品中三种双链DNA病毒(斑点叉尾鮰病毒、锦鲤疱疹病毒、流行性造血器官坏死病毒)快速、敏感、特异的检测方法。方法:针对三种病毒的DNA聚合酶基因的保守序列设计三对特异性引物和三条Taqman探针,优化体系,建立三重荧光定... 目的:建立对水产品中三种双链DNA病毒(斑点叉尾鮰病毒、锦鲤疱疹病毒、流行性造血器官坏死病毒)快速、敏感、特异的检测方法。方法:针对三种病毒的DNA聚合酶基因的保守序列设计三对特异性引物和三条Taqman探针,优化体系,建立三重荧光定量PCR体系,并对该方法的灵敏性和特异性评估。结果:建立的三重荧光定量PCR体系特异性强,引物之间及引物和探针之间无相互干扰。对三种病毒的检测限均能达到102拷贝/μL。结论:该方法体系稳定,重复性好,可操作性强,对水产品中的双链DNA病毒的快速检测具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 斑点叉尾鮰病毒 锦鲤疱疹病毒 流行性造血器官坏死病毒 荧光定量pcr
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双重实时荧光定量PCR检测人维生素D受体的方法学构建 被引量:1
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作者 喻妙梅 于洋 +3 位作者 张俊 姚霜 潘丽莉 罗光华 《天津医药》 CAS 2016年第2期237-240,共4页
目的 建立单管检测人维生素D受体(VDR)及甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因的双重实时荧光定量聚合酶链反应(dual real-time PCR)的方法。方法 以GAPDH基因为内参,采用Primer Premier 5.0软件设计特异性引物及Taq Man探针,进行PCR... 目的 建立单管检测人维生素D受体(VDR)及甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因的双重实时荧光定量聚合酶链反应(dual real-time PCR)的方法。方法 以GAPDH基因为内参,采用Primer Premier 5.0软件设计特异性引物及Taq Man探针,进行PCR扩增检测VDR基因。将VDR及GAPDH扩增产物片段纯化后克隆构建成重组质粒,作为定量检测基因表达的标准品,并用于分析该方法的灵敏度和重复性。结果 PCR扩增产物经测序分析证实为VDR及GAPDH特异性片段;该方法检测VDR与GAPDH灵敏度达40拷贝/μL;线性范围为4.00×10~1~4.00×10~5拷贝/μL;决定系数R2分别为0.998、0.999;扩增效率E分别为96.10%、85.15%;批内变异系数(CV)分别为0.09%~1.21%、0.35%~0.88%;批间CV分别为0.17%~0.51%、0.51%~2.46%。结论 成功建立了单管检测人VDR及GAPDH的双重实时荧光定量PCR方法,且该方法特异性好、灵敏度高、可快速高通量检测VDR的相对表达量,有效缩短时间,减小实验误差。 展开更多
关键词 受体 骨化 聚合酶链反应 甘油醛-3-磷酸脱氢酶类 维生素D受体 实时荧光定量pcr
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TMV、CMV和PVY三重荧光定量PCR同步检测方法的建立
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作者 白静科 牛龙龙 +4 位作者 吴彦辉 李建华 李小杰 李成军 李淑君 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2023年第5期55-61,共7页
为建立同时检测烟草普通花叶病毒(TMV)、黄瓜花叶病毒(CMV)和马铃薯Y病毒(PVY)的多重荧光定量PCR方法,本研究根据GenBank中TMV、CMV及PVY的CP基因保守序列设计引物和探针,并对反应体系进行了优化,建立了可同时检测TMV、CMV和PVY的三重... 为建立同时检测烟草普通花叶病毒(TMV)、黄瓜花叶病毒(CMV)和马铃薯Y病毒(PVY)的多重荧光定量PCR方法,本研究根据GenBank中TMV、CMV及PVY的CP基因保守序列设计引物和探针,并对反应体系进行了优化,建立了可同时检测TMV、CMV和PVY的三重荧光定量PCR方法,并评价了该方法的敏感性、特异性、重复性及准确性。结果显示,建立的方法中TMV、CMV和PVY的检测下限分别为2.60×10^(1)、1.25×10^(1)、2.33×10^(1) copies/µL,检测灵敏度比普通PCR法提高10倍;该方法可特异性检测出TMV、CMV和PVY,但烟草蚀纹病毒(TEV)、烟草脉带花叶病毒(TVBMV)和番茄斑萎病毒(TSWV)无法检出且无交叉反应,批内与批间重复性试验变异系数均小于1.5%,24份样本检测结果中TMV、CMV和PVY的阳性检出率分别为75%、100%和41.67%,且三重荧光定量PCR方法与普通单重PCR方法得出一致的检测结果。结果表明本研究建立的三重荧光定量PCR检测方法具有特异性强、稳定性好、准确性高等优点,可为后续TMV、CMV和PVY的病害诊断与流行调查提供技术支持。 展开更多
关键词 烟草普通花叶病毒 黄瓜花叶病毒 马铃薯Y病毒 荧光定量pcr
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基于P72、MGF和CD2v基因的非洲猪瘟三重荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:1
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作者 张红云 陈秋英 +4 位作者 严斯刚 杜泓明 陆志翔 郑敏 罗廷荣 《广西农学报》 2023年第1期32-39,共8页
非洲猪瘟在临床上出现多种毒株,主要分为野毒株和基因变异毒株。因其在临床上造成不同程度的危害,有必要建立一种方法进行正确诊断和健康监测。为实现野毒株和基因变异毒株的鉴别诊断,研究根据GenBank中的ASFV中国流行株(登录号:MK33318... 非洲猪瘟在临床上出现多种毒株,主要分为野毒株和基因变异毒株。因其在临床上造成不同程度的危害,有必要建立一种方法进行正确诊断和健康监测。为实现野毒株和基因变异毒株的鉴别诊断,研究根据GenBank中的ASFV中国流行株(登录号:MK333180.1)的P72、CD2v、MGF基因保守序列设计引物,建立一种可以同时检测上述三种基因的三重荧光定量PCR方法。三重荧光定量PCR方法对猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒2型(PRV)和猪圆环病毒(PCV2)检测均无交叉反应,表现出较强的特异性。敏感性检测显示针对P72、CD2v和MGF重组质粒标准品的最低检测下限为103~102 copies/mL。在重复性试验中,大部分组间变异系数均小于2%或接近2%,具有较好的重复性。试验表明,三重荧光定量PCR方法可用来鉴别野毒株和基因变异毒株。 展开更多
关键词 非洲猪瘟 野毒株 基因缺失毒株 荧光定量pcr 检测方法
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诺如病毒和轮状病毒三重荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:3
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作者 安微 郑晶 +5 位作者 车颖欣 陈世界 张婧 杨苗 谢礼 林华 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2022年第8期49-54,58,共7页
为了建立一种能同时检测GI型诺如病毒(GI-NV)、GII型诺如病毒(GII-NV)和A群轮状病毒(A-RV)的三重荧光定量PCR检测方法,本试验根据GI-NV和GII-NV的开放阅读框1(Orf1)与开放阅读框2(Orf2)基因之间保守序列、A-RV的非结构蛋白3(Nsp3)基因... 为了建立一种能同时检测GI型诺如病毒(GI-NV)、GII型诺如病毒(GII-NV)和A群轮状病毒(A-RV)的三重荧光定量PCR检测方法,本试验根据GI-NV和GII-NV的开放阅读框1(Orf1)与开放阅读框2(Orf2)基因之间保守序列、A-RV的非结构蛋白3(Nsp3)基因保守序列,分别设计合成3对特异性引物和3个TaqMan探针,人工合成含有目标序列的基因,制备重组质粒标准品,绘制标准曲线,并对该检测方法的特异性、灵敏度、重复性进行评估。同时通过检测收集的109份动物源食品样品,对建立的方法与商品化试剂盒进行检测比对。结果显示:该方法可以特异性地区分GI-NV、GII-NV和A-RV,而与其他病原无交叉反应;该方法的最低检出限均为1×102 copies/μL的质粒标准品,具有较高的敏感性;组内和组间重复性试验结果显示,变异系数均小于5%,重复性较好;该方法与商品化的试剂盒检测结果符合率为100%。结果表明,本试验建立的检测方法能够快速、准确区分GI-NV、GII-NV和A-RV。 展开更多
关键词 诺如病毒 轮状病毒 荧光定量pcr 标准曲线 动物源食品
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三重荧光定量PCR检测水产动物源细菌磺胺类耐药基因 被引量:3
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作者 黄国秋 童桂香 +3 位作者 韦信贤 陈静 吴明媛 黎小正 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期64-70,共7页
根据Gen Bank中细菌磺胺类耐药基因Sul1、Sul2和Sul3的保守序列设计3对特异性引物及相应Taq Man探针,以重组质粒标准品为模板对反应条件进行优化,建立一种可同时检测上述3种耐药基因的三重荧光定量PCR方法,并对该方法进行敏感性、特异... 根据Gen Bank中细菌磺胺类耐药基因Sul1、Sul2和Sul3的保守序列设计3对特异性引物及相应Taq Man探针,以重组质粒标准品为模板对反应条件进行优化,建立一种可同时检测上述3种耐药基因的三重荧光定量PCR方法,并对该方法进行敏感性、特异性、重复性及临床菌株检测试验。结果表明:该方法定量范围为1×10~1~1×10~8拷贝/反应时,其标准曲线呈良好的线性关系;该方法灵敏度高(3个基因的最低质粒检测限均可达到10拷贝/反应)、特异性强(与其他病原菌及病毒无交叉反应)、重复性好(变异系数均小于2%);对临床菌株的检测结果与药敏试验结果的符合率达94.2%,且整个检测过程可在2 h内完成。所建立的可同时检测Sul1、Sul2和Sul3基因的三重荧光定量PCR方法可用于临床检测细菌的磺胺类耐药基因。 展开更多
关键词 水产动物源细菌 磺胺类耐药基因 荧光定量pcr
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三疣梭子蟹附肢再生过程中qRT-PCR内参基因的筛选与Wnt7b表达研究应用
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作者 王思翔 付媛媛 +3 位作者 翟伟 郑霞 刘磊 王春琳 《核农学报》 CAS 北大核心 2025年第1期29-37,共9页
为筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)附肢再生过程中的最适内参基因,以附肢再生不同阶段的三疣梭子蟹为研究对象,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对细胞骨架蛋白基因(β-actin)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)、18S rRNA(18S)... 为筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)附肢再生过程中的最适内参基因,以附肢再生不同阶段的三疣梭子蟹为研究对象,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对细胞骨架蛋白基因(β-actin)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)、18S rRNA(18S)、转录延伸因子基因(EF1α)、核糖体蛋白L18基因(RPL18)、细胞色素C氧化酶基因(COX)和组蛋白基因(HIS)共7个候选内参基因在肌肉、眼柄、血淋巴、肝胰腺、鳃、心脏和再生附肢共7种组织中的表达水平进行检测,并利用△Ct、geNorm、NormFinder和BestKeeper程序对候选内参基因的稳定性进行评价,筛选出合适的内参,最后以最适内参基因作为参考,分析再生相关基因Wnt7b的表达水平。结果显示,在不同组织中综合稳定性最好的是RPL18,而在不同再生阶段的再生附肢中β-actin和RPL18基因做双内参基因更适合。以RPL18和β-actin作双内参基因研究Wnt7b的表达水平时发现,Wnt7b基因在三疣梭子蟹附肢再生过程中的表达呈先上升后下降再上升的趋势;Wnt7b基因在三疣梭子蟹各组织中均有表达,除再生附肢和血淋巴外其他组织中的表达量都较低。本研究结果为甲壳类再生发育相关研究内参基因的选择及分子调控机制研究提供了参考。 展开更多
关键词 疣梭子蟹 内参基因 附肢再生 实时荧光定量pcr
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诺如病毒和轮状病毒多重荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用 被引量:2
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作者 蒋立立 吴永彬 +5 位作者 刘志冰 何黎莹 黄杨 林晓燕 杨海英 王兴叶 《动物医学进展》 北大核心 2023年第3期43-48,共6页
诺如病毒和轮状病毒感染可引起临床高发且症状相似的胃肠炎,急需能够快速准确鉴定两种病毒的方法。用基因保守区域设计特异性引物和探针,通过引物优化、温度调整、性能评估等建立从粪便中特异性检出诺如病毒(GⅠ、GⅡ型)和A组轮状病毒... 诺如病毒和轮状病毒感染可引起临床高发且症状相似的胃肠炎,急需能够快速准确鉴定两种病毒的方法。用基因保守区域设计特异性引物和探针,通过引物优化、温度调整、性能评估等建立从粪便中特异性检出诺如病毒(GⅠ、GⅡ型)和A组轮状病毒试剂盒。结果显示,最低检测下限为1.0×10^(3)copies/mL,与当前交叉流行的其他16种病原均不发生特异性反应;组内及组间重复性良好,预混液在不同储存条件下,其检测能力与未处理组无差异。临床收集的276份腹泻样品,共检出诺如病毒GⅠ型15份,GⅡ型74份,A组轮状病毒45份,其检测结果与单一PCR检测结果一致。以上结果表明建立的三重荧光定量PCR检测方法具有灵敏度高、特异性强、性能稳定等特点,将为2种3个型病毒的特异性检测和疫情防控提供技术支持。 展开更多
关键词 诺如病毒 轮状病毒 荧光定量pcr
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