丙型肝炎病毒NS5B RNA聚合酶抑制剂研究进展

丙型肝炎病毒（hepatitis C virus,HCV）是引起慢性肝炎并进而发展为肝硬化和肝细胞癌的主要病原体之一。目前,临床上采用α-干扰素（IFN-α）和利巴韦林（RBV）联合用药治疗丙型肝炎,但有效率仅为40%~50%。寻找HCV特定靶向抗病毒治疗药物是抗HCV研究的重要方向,相应靶点包括NS2和NS3蛋白酶,NS4A、NS4B、NS5A和NS5B,其中以NS5B RNA依赖性RNA聚合酶（NS5B RdRp）为靶标的抗HCV药物研究近年来颇受关注。本文在介绍NS5B及NS5B RdRp结构和功能的基础上,总结归纳以NS5B RdRp为靶点的HCV特定靶向抗病毒治疗药物研究的主要策略,以及近年来相关NS5BRdRp抑制剂的研究进展。

基于机器学习方法的丙型肝炎病毒聚合酶NS5B非核苷抑制剂的定量构效关系研究

对89个苯并异噻唑和苯并噻嗪类丙型肝炎病毒(HCV)NS5B聚合酶非核苷抑制剂进行了定量构效关系(QSAR)研究.采用遗传算法组合偏最小二乘(GA-PLS)和线性逐步回归分析(LSRA)两种特征选择方法选择最优描述符子集,然后建立多元线性回归和偏最小二乘线性回归模型.并首次尝试使用遗传算法耦合支持向量机方法(GA-SVM)对两种特征选择方法所选的描述符子集分别建立非线性支持向量机回归模型.三种机器学习方法所建模型均得到比较满意的预测效果.采用LSRA所选的6个描述符建立的三个QSAR模型对于测试集的相关系数为0.958-0.962,GA-SVM法给出最好的预测精度(0.962).采用GA-PLS所选的7个描述符建立的三个QSAR模型对于测试集的相关系数为0.918-0.960,偏最小二乘回归模型的结果最好(0.960).本工作提供了一种有效的方法来预测丙型肝炎病毒抑制剂的生物活性,该方法也可以扩展到其他类似的定量构效关系研究领域.

丙型肝炎病毒NS5A抑制剂的3D-QSAR研究

丙型病毒性肝炎感染是输血后肝炎的主要病因之一。NS5A蛋白的小分子抑制剂显示出很强的体外抑制病毒生长的活性,并且初步的临床评价也证实了NS5A抑制剂能很好地抑制体内丙型肝炎病毒的生长。因此,研发高效的NS5A小分子抑制剂为治疗丙型肝炎提供了新的策略。进行了daclatasvir丙型肝炎病毒NS5A复制抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,通过SYBYL-X 2.1.1分子模拟软件系统搜寻方法搜寻出化合物的最低能量构象,然后在Triops力场中用共轭梯度最小化进行优化。应用比较分子力场分析(Co MFA)和比较分子相似性指数分析(Co MSIA)进行分子活性构象的选择、分子叠合、建立空间场范围以及数据统计。用22个衍生物作为训练集建立模型,用6个衍生物作为测试集来验证模型的优劣。结果表明:Co MFA模的交叉相互验证系数q2=0.578,回归系数r2=0.939,Co MSIA模型的q2=0.584,r2=0.968。这些结论为丙型肝炎病毒NS5A复合体抑制剂的药物设计和筛选提供了理论依据。

丙型肝炎病毒(HCV)非结构区NS3-5B蛋白的真核表达载体构建及其在BHK-21细胞中的表达

通过PCR方法扩增出HCV NS3-5b全长基因序列,克隆入真核表达载体pIRES2-EGFP中,构建重组质粒pIRES2-EGFP-NS3-5b。利用脂质体将该质粒转染至BHK-21细胞,通过荧光成像和Western Blot检测NS3-5b基因的表达。结果显示成功构建了真核表达载体pIRES2-EGFP-NS3-5b,并且NS3/4A蛋白和NS5B蛋白得到特异性表达,为下一步建立HCV RdRp活性的细胞评价系统和动物模型评价系统奠定了实验和理论基础。

广西地区基因1型丙型肝炎患者NS5A抑制剂天然耐药突变的研究

目的:探讨广西地区未进行抗病毒治疗的基因1型丙型肝炎患者对NS5A抑制剂的天然耐药突变情况。方法:收集2013年5月至2017年11月在广西医科大学第一附属医院感染性疾病科门诊就诊的基因1型丙型肝炎患者134例。提取患者的HCV RNA,设计针对NS5A区域的特异性引物进行巢式PCR扩增,PCR产物经纯化后测序,进行序列比对和耐药分析。结果:134例样本中有119例(基因1a型19例,基因1b型100例)扩增成功,其中53例(44.5%)存在天然耐药位点突变。基因1a型NS5A区7例(36.9%)存在耐药突变(Q30H,n=1,5.3%;H58P,n=1,5.3%;M28T+H58P,n=1,5.3%;H58P+E62D,n=4,21.0%)。基因1b型有46例(46.0%)存在天然耐药突变(R30Q,n=23,23.0%;Y93H,n=6,6.0%;Q54H,n=4,4.0%;P58S,n=4,4.0%;Q54H+P58S,n=4,4.0%;L31M+R30Q,n=2,2.0%;Q54H+R30Q,n=2,2.0%)。结论:广西地区未接受抗病毒治疗的基因1型丙型肝炎患者中有部分患者存在针对NS5A抑制剂的天然耐药位点突变,其突变有单位点突变也有联合位点突变。

慢性丙型肝炎患者NS5B聚合酶抑制剂耐药位点检测及特点分析

目的针对186例未行抗病毒治疗的慢性丙型肝炎(慢性丙肝)患者进行NS5B聚合酶抑制剂相关的耐药位点检测,同时分析其特点。方法依据NS5B区域的变异位点相关特点,将其分成3段来进行扩增,同时NS5B聚合酶抑制剂相关的耐药位点分析主要采用自行设计的型别特异性引物来进行巣式PCR,产物纯化后直接进行测序鉴定,同时还对患者的临床资料来进行相关分析。定量资料,比如人口学指标、生化指标以及血液学指标、病毒学指标等参数之间的比较主要采用t检验或ANOVA方差进行分析,而组间的非参数比较主要采取Mann Whitney U检验,而分类资料采用χ~2检验。结果核苷类聚合酶抑制剂耐药的变异位点A15G、S96T、S282T主要是在HCV 6a型别中发生,在HCV 1b型别中却并未发现变异位点;对非核苷类的聚合酶抑制剂耐药的变异位点如C316N、S365A主要是在HCV 1b型别中可见,1482L、V499A主要是在HCV 6a以及HCV 2a型别中多见。另外一些新的变异位点A15S、S365P、S365F、S368A以及S368L等位点的变异能否导致耐药性还需进一步研究。结论我国的慢性丙肝患者对于NS5B聚合酶抑制剂确实存在预存的耐药位点,同时变异发生率主要依据HCV基因型而不同,并且不同的基因型号也会存在不同的耐药,这就提示可以在抗病毒药物治疗前进行基因检测。

第二代丙型肝炎病毒NS3/4A丝氨酸蛋白酶抑制剂研究进展

本文综述了近年来基于特拉匹韦(telaprevir)、波西匹韦(boceprevir)和BILN-2061等第一代HCV NS3/4A丝氨酸蛋白酶抑制剂的第二代抑制剂的结构改造。第二代抑制剂可有效提高抑制效力,显著改善药代动力学参数,可在一定程度上克服由第一代抑制剂诱导产生的耐药性。同时探讨了各类抑制剂的构效关系。

丙型肝炎病毒NS3丝氨酸蛋白酶抑制剂研究进展

综述了近年来丙型肝炎病毒NS3丝氨酸蛋白酶抑制剂的研究概况,从结构上分为肽醛类、硼酸类、α-酮酸类、肽酸类、四氢吡咯-5,5-反式-内酰胺非肽类和α-酮酰胺等。并探讨了各类药物的构效关系。

慢性丙型肝炎患者NS3/4A蛋白酶抑制剂预存耐药的临床研究

【目的】了解我国华南地区从未接受任何抗病毒治疗的慢性丙型肝炎(慢丙肝)患者NS3/4A蛋白酶抑制剂相关耐药位点的流行情况、临床特点包括其对干扰素联合利巴韦林抗病毒治疗的影响。【方法】在接受抗病毒治疗前对183例慢丙肝患者的NS3/4A蛋白酶抑制剂相关的耐药位点采用自行设计型别特异性引物行巢式PCR,PCR产物纯化后直接测序法鉴定,有变异的患者为变异组(125例),无变异的患者为野生组(37例),对两组患者的临床资料包括干扰素联合利巴韦林抗病毒治疗后的持续病毒应答率等进行分析。【结果】183例患者中162例患者样本的NS3区扩增成功,其中125例(77.16%)患者检出耐药相关的变异位点266个,其中HCV 1b型A156S变异率为18.33%(11/60),T54S为5.00%(3/60);HCV 2a型V36L变异率为100.00%(14/14),A156S为64.29%(9/14);HCV 6a型Q80K变异率为95.45%(84/88),V36L为4.55%(4/88),D168E为2.27%(2/88),变异组患者经干扰素联合利巴韦林抗病毒治疗后的持续病毒性应答率为81.60%(102/125),而野生组的为81.03%(30/37),两者比较无明显差异(P=0.943)。【结论】我国不同基因型的慢丙肝患者对NS3/4A蛋白酶抑制剂存在不同的预存耐药,耐药变异对慢丙肝患者疾病状态包括干扰素联合利巴韦林的疗效无影响。预存耐药的存在警示我们未来在使用此类药物时需分析病毒基因型及预存耐药变异情况,从而为患者提供最好的病毒学监测及最优的治疗方案。

丙型肝炎病毒NS5A基因变异与干扰素疗效的关系

目的:探讨HCV1b型慢性丙型肝炎患者HCV NS5A基因变异与干扰素(IFN)疗效的关系,NS5A_(2209-2248)片断是否存在干扰素敏感决定区(ISDR)。方法:留取慢性丙型肝炎患者干扰素治疗前血清,应用RT-PCR法扩增NS5A基因片段,用直接测序法进行核苷酸及氨基酸序列测定。结果:11例HCV1b型患者中1例为中间型,其余为野生型。2例表现为完全应答,均为野生型,9例为无应答。两组之间核苷酸及氨基酸序列无显著差异。对1例患者的动态观察发现,干扰素治疗后其核苷酸及氨基酸序列均有所变化,改变了其在基因树中的位置。结论:HCV1b型NS5A基因变异与干扰素疗效无关,NS5A_(2209-2248)区高度保守。未证实存在ISDR。干扰素治疗可引起HCV准种改变。

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5ATP1的反式调节基因筛选

目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5ATP1反式激活的相关基因,从分子生物学的角度研究HCV致病机制。方法:以NS5ATP1表达质粒pcDNA3.1(-)-NS5ATP1转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)转染的HepG2细胞为对照组,从中分别提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaⅠ酶切后将实验组cDNA分成2组,分别与2种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行2次消减杂交及2次抑制性聚合酶链反应(PCR)扩增,将产物与pGEM-Teasy载体连接,构建cDNA消减文库,并转化大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆经PCR扩增后进行测序及生物信息学分析。结果:成功构建NS5ATP1反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。文库扩增后将阳性克隆经菌落PCR分析,得到90个200～1000bp的插入片断。挑选含插入片段的30个克隆进行测序,通过生物信息学分析得到3种已知序列的基因(Ras癌基因家族成员RAN、DNA依赖的RNA聚合酶Ⅱ多肽C、核糖体蛋白L2)和1个未知功能的序列(推测为新基因)。结论:筛选得到的cDNA基因全长序列包括一些与细胞基因表达及恶性转化相关的蛋白质编码基因,为HCVNS5A可能存在的调控机制提供新的线索。

应用抑制性消减杂交技术克隆和筛选丙型肝炎病毒NS3蛋白反式激活基因1的反式调节基因

目的:筛选与克隆丙型肝炎病毒(HCV)NS3反式激活基因1 的反式激活基因,了解其可能存在的调节功能线索. 方法:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioin- formatics),技术筛选并克隆NS3TP1反式激活的新型靶基因. 以NS3TP1表达质粒pcDNA3.1(-)-NS3TP1转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经Rsa I酶切后, 将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应(PCR),将产物与pGEM-Teasy载体连接,构建cDNA 消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析. 结果:成功构建人NS3TP1反式激活基因差异表达的cDNA 消减文库.文库扩增后得到68个阳性克隆,进行菌落PCR 分析,均得到200-1000 bp插入片段.随机挑选其中36个插入片段测序,并通过生物信息学分析获得其全长基因序列,结果共获得23种编码基因,其中3个为未知功能的新基因. 结论:筛选到的cDNA全长序列,包括一些与细胞生长调节、物质代谢、免疫及细胞凋亡密切相关的蛋白编码基因, 推测了NS3TP1可能存在的调控机制的线索.

丙型肝炎病毒5’-非编码区与NS 5b区酶切分型对比研究

探讨北京与河南地区丙型肝炎病毒(HCV)基因型分布情况以及HCV 5’-NCR和HCV NS5b两区域分型结果之间的差异。对56例慢性丙型肝炎和80例有偿供血员的HCV RNA阳性血清。同时进行HCV 5’-NCR和HCV NS5b酶切分型研究。HCV 5’-NCR和HCV NS5b两区域的Ⅱ/1b型感染率北京地区分别占85.7％和87.5％,河南地区分别占68.8％和70.0％。HCV Ⅱ/lb型为北京和河南地区HCV感染的优势株,同时HCV 5’-NCR和HCV NS5b区酶切分型结果间具有良好的相互对应关系。

丙型肝炎病毒非结构区NS5A研究进展

0引言 目前全球各国丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)感染率为0.5%～4%,平均为3%左右[1-12],其中20%左右是急性肝炎,70%～80%转变成慢性肝炎,而慢性丙型肝炎一般经过20 a～30 a发展为肝硬变或肝细胞癌(HCC),HCV相关性终末期肝病已成为欧美一些国家进行肝移植的主要适应证[12-28],危害极大.HCV是正单股RNA病毒,包括5′非编码区(5′non-coderegion,5′-NCR),一个长约9400bp的单一开放阅读框(openreading frame,ORF)和3′非编码区(3′non-encode region,3′-NCR),5′-NCR其间有内源性核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES)其中OFR包括结构区(structural region)和非结构区(nonstructural region),在结构区中有C,E1,E2,P7区,在非结构区中有NS2,NS3,NS4A,NS5A和NS5B区等[24,29-33].近年来,有关HCV NS5A区的结构与功能倍受关注,现就HCV NS5A作一综述.

新的HCV蛋白酶抑制剂可有效抵抗丙型肝炎病毒

德国萨尔大学医院的Christoph Sarrazin博士及其同事在4月的《胃肠病学》（Gastroenterology，2007；132：1270—1278，1611—1615）杂志上报道。一种新的口服HCV蛋白酶抑制剂SCH503034，可被良好耐受，并可有效地抵抗干扰素难治的基因型1丙型肝炎病毒（HCV）。SCH503034是NS3蛋白酶的一种特异性抑制剂，在HCV复制中起重要作用。

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A的研究进展

对丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白NS5A的研究表明，NS5A在HCV转录、复制及细胞信号转导中有重要作用。NS5A影响干扰素(IFN)治疗丙型肝炎的疗效，但日本和欧洲对这方面的研究结果间存在差异，现就这方面的进展作一综述。

丙型肝炎病毒丝氨酸蛋白酶及抑制剂研究进展

丙型肝炎病毒 (heptitis cvirus,HCV)丝氨酸蛋白酶 (serine protease)是催化病毒前体蛋白中非结构蛋白部分裂解的关键蛋白酶。对病毒复制和宿主细胞都有重要作用 ,是当前抗病毒研究的一个重要靶点。本文从丝氨酸蛋白酶结构、功能和抑制剂等三方面 ,介绍丝氨酸蛋白酶的研究进展 。

丙型肝炎病毒的非结构蛋白3抑制剂

丙型肝炎严重威胁人类健康,非结构蛋白3(NS3)在丙型肝炎病毒(HCV)多聚蛋白水解过程中起重要作用,被公认为治疗丙型肝炎的有效药物靶标。该文介绍目前国内外有关NS3蛋白酶抑制剂(包括寡肽类抑制剂和非肽小分子抑制剂)的研究进展。

丙型肝炎病毒非结构蛋白5A结合蛋白37小鼠同源基因的克隆化及结构分析

目的:克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)结合蛋白37(NS5ABP37)的小鼠同源基因,为阐明小鼠NS5ABP37基因的生物学功能奠定基础,探索HCVNS5A蛋白与NS5ABP37蛋白之间的结合在慢性丙型肝炎的发病机制中可能的作用.方法:利用酵母双杂交系统3,以HCVNS5A蛋白作为诱饵,筛选肝细胞cDNA文库,首先获得HCVNS5A结合的人肝细胞蛋白的新的编码基因.利用生物信息学(bioinformatics)技术确定NS5ABP37的小鼠同源基因序列.利用GenBank在线分析软件,对小鼠NS5ABP37蛋白一级结构特点进行分析.结果:通过酵母双杂交技术获得了人NS5ABP37的编码基因.利用生物信息学技术确定了小鼠NS5ABP37的基因序列.利用分子生物学技术获得了小鼠的NS5ABP37的基因克隆,小鼠NSSABP37基因开放读码框架(ORF)为1488nt,编码产物由495aa组成.计算分子量为54583.67道尔顿,预测等电点(pI)为4.70.小鼠NS5ABP37与白细胞抗原相关(leukocyteantigenrelated,EAR)蛋白前体蛋白(LARproteinprecursor)同源.小鼠HCVNS5ABP37基因序列被美国核苷酸数据库GenBank收录,收录号为AY234860.结论:成功确定、克隆了小鼠的NS5ABP37基因序列,并证实与白细胞抗原相关蛋白前体蛋白具有一定的同源性.这一结果,为进一步阐明小鼠的NS5ABP37基因的功能,阐明HCV感染的发病机制奠定了坚实的基础.

民族药野梦花基源及提取物抗丙型肝炎病毒NS3/4A蛋白酶活性研究

目的研究民族药野梦花基源及提取物体外抗丙型肝炎病毒(HCV NS3/4A)蛋白酶活性。方法采用生药学常用鉴别方法确定野梦花基源,利用系统溶剂萃取法提取和初步分离野梦花,经荧光法测试野梦花提取物抗HCV NS3/4A蛋白酶活性。结果野梦花为瑞香科植物(Daphne papyracea Wall.ex Steud.var.crassiuscula Rehd.),其乙酸乙酯和正丁醇提取物,在浓度为100μg.ml-1时,对HCV NS3/4A蛋白酶的抑制率分别为70.5%和65.4%。结论民族药野梦花的乙酸乙酯和正丁醇部位为抗HCV NS3/4A蛋白酶的有效部位。