三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态分型的方法研究

目的建立三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态（single nucleotide polymorphisms，SNP）分型的方法。方法丙烯酰胺基团修饰的PCR产物与丙烯酰胺单体混合后，在丙烯酰胺基团修饰的玻片上点样进行共聚合，建成三维凝胶DNA阵列；芯片与一对特异探针和一对分别标记了Cy3或Cy5的通用序列标签（Tag1和Tag2）进行杂交；杂交后用施加电场的方法去除非特异吸附和错配，最后通过双色荧光共聚焦扫描进行SNP分型。结果3-D凝胶芯片不但具有很高的固定效率，而且可以提供高效的杂交环境；通用序列标签的使用不需对每个位点都标记荧光，使检测成本大幅降低；外加电场使得单碱基错配容易识别，且能显著降低芯片的信噪比。结论基于3-D凝胶的基因芯片技术用于大样本SNPs分型简单易操作，且高通量、高特异性、低成本，该方法将可以更广泛地应用于不同需求的DNA检测中。