基于线粒体COⅠ和16S rRNA基因序列比较分析东海带鱼群体遗传多样性

测定了东海带鱼(Trichiurus lepturus Linnaeus)三个群体(命名为A:122°32′E 29°55′N、B:123°30′E26°75N;C:124°24′E 27°26′N)72个个体的线粒体DNA16S rRNA和COⅠ基因序列,通过单基因序列和联合序列分析,研究了东海带鱼群体的遗传变异情况。分别得到1130 bp的COⅠ基因序列片段和554 bp的16S rRNA序列片段,其中COⅠ基因片段的T、C、A、G含量分别为29.0%、28.9%、24.4%和17.7%;16S rRNA基因片段的T、C、A、G含量分别为22.7%、27.6%、28.0%和21.7%。基于线粒体16S rRNA、COⅠ和16S+COⅠ基因序列分析,72个个体中分别确定43个,8个和49个单倍型,存在单倍型共享现象。群体的单倍型多样性指数为0.9766—0.9992,显示了群体内的单倍型较为丰富。3个群体间各序列平均核苷酸差异数(K)在5.111—9.024和0.0045—0.0076,核苷酸多样性指数(π)为0.0048—0.0084,显示不同带鱼群体遗传多态性丰富。使用邻接法构建的分子进化树揭示同一群体内大部分个体聚在一起。分析结果表明,群体A遗传背景比群体B、群体C较为丰富,群体内部个体差异大于群体间差异,群体间基因交流频率较高,遗传分化不明显,初步判定东海带鱼3个群体的遗传多样性偏低。

东海带鱼资源变动及其栖息地驱动因子研究进展

【目的】从栖息地角度解析东海带鱼种群变动的原因,揭示东海带鱼资源变动的主要影响因子。【方法】通过综述我国60多年的东海带鱼研究成果,从栖息地选择、种群数量年间波动、生物学变化等角度阐述东海带鱼对栖息地环境变化的适应性表现。【结果与结论】揭示东海带鱼“衰而不竭”除了与带鱼偏r-选择型的生活史特征和摄饵可塑性强的习性有关外,还与其较强的栖息地环境适应性有关,其中温度、盐度和饵料对带鱼的影响较明显。现阶段应重点从海流(温度、盐度)和关键饵料生物历史变化等角度揭示东海带鱼资源变动的原因,为东海带鱼资源保护和生境修复提供科学依据。

MS-222对东海带鱼幼鱼的麻醉效果研究

为研究MS-222麻醉剂对东海带鱼Trichiurus haumela幼鱼的麻醉效果,在水温(26. 0±1. 0)℃条件下,对体质量为(43. 21±0. 52) g的东海带鱼进行了不同MS-222浓度的麻醉试验,根据鱼体在最终麻醉状态和复苏过程中的行为特征,把麻醉程度分为6个时期,复苏过程分为4个时期,测定了麻醉和复苏各期试验鱼的呼吸频率,并利用不同质量浓度的麻醉剂,研究了其对东海带鱼幼鱼的麻醉程度和麻醉效果,以及对血清皮质醇和血糖水平的影响。结果表明:当MS-222麻醉剂浓度低于20 mg/L时,试验鱼的最终麻醉程度为0期;当麻醉剂浓度高于80 mg/L时,试验鱼的最终麻醉程度均能达到6期;试验鱼的入麻时间随着MS-222浓度的升高而减少,复苏时间随MS-222浓度的升高而增加;在本试验条件下,测得的MS-222有效质量浓度为120～140 mg/L;在MS-222浓度为20、40 mg/L条件下,血清皮质醇含量随麻醉时间的延长呈先上升后下降的趋势,在MS-222浓度为60 mg/L条件下,血清皮质醇含量呈逐渐下降的趋势,各浓度组试验鱼在6 h时血清皮质醇含量最低,但无显著性差异(P>0. 05);各试验组鱼血糖含量随麻醉时间的延长呈逐渐下降的趋势,均在6 h时降至最低,也无显著性差异(P>0. 05)。研究表明,MS-222麻醉剂对东海带鱼幼鱼的有效质量浓度为120～140 mg/L,具有良好的麻醉效果。

基于低压核磁共振(LF-NMR)技术对东海带鱼(Trichiurus lepturus)保鲜品质及水分迁移特性的研究

为探究东海带鱼(Trichiurus lepturus)在低压核磁共振(LF-NMR)技术下的品质变化及水分迁移特性,以挥发性盐基氮(TVB-N)含量、pH、水分含量为指标,并分析NMR横向弛豫时间T_(2)反演谱图和MRI成像,研究不同电场强度(DY_(1)~DY_(4)分别为0,2,2.5,3 kV/m)对带鱼内部水分迁移及品质的影响。分析TVB-N数据发现,DY_(3)(E=2.5 kV/m)、DY_(4)(E=3 kV/m)在贮藏后期表现出更佳的保鲜优势。在0~40 d贮藏期内,不同电场强度条件下的带鱼pH值均呈先降后升趋势。电场的添加能降低自由水的流动性,抑制微生物生长,减少带鱼体内水分流失。分析NMR横向弛豫时间T_(2)反演谱图发现,T_(2)1、T_(22)、T_(23)峰面积均有不同程度减小,其中T_(22)信号幅度变化最大,表明电场的添加能改变带鱼体内水分迁移路径,维持较高的水分含量,增加带鱼持水性和保水性。MRI成像图表明在贮藏期间,电场处理后带鱼水分保有率得到了提升,保鲜效果优于未施加电场带鱼,且电场强度越大,体外迁移水分越少。实验表明低压核磁共振(LF-NMR)技术对东海带鱼具有良好的保鲜效果,对低压核磁共振(LF-NMR)技术的保鲜应用提供一定的理论指导作用。

东海带鱼(Trichiurus japanicus)肝脏转录组SSR和SNP特征分析

本研究以东海带鱼转录组测序数据为基础,采用MISA软件进行SSR筛选,利用Samtools和GATK进行SNP筛选,并进行SSR和SNP的特征分析。结果共获得SSR49311个,其中完整的微卫星共有44625个,复合型SSR数目为4687个。SSR片段长度11~374bp。重复长度小于20bp的序列,有30997条,其中长度在12~20bp的SSR为7523个,约占总数的29.35%,呈中等多态性,重复长度大于20bp长序列为13627个,约占总数的53.18%,呈较高多态性;共获得SNP位点数876199个,其中颠换335218个,转换540981个,转换、颠换比例为1.61∶1。在非编码区的SNP数量为578020个;在编码区的SNP总数298179个,在编码区的碱基转换类型中C→T占比最高,为22.09%。另本研究提供了SSR和SNP原始引物各10对。研究结果可为今后带鱼的分子标记开发、遗传连锁图谱构建以及种质资源保护等提供基础数据。

基于高通量测序的东海带鱼肠道菌群结构分析

以东海带鱼为研究对象,利用高通量测序技术,分析了其肠道菌群结构特征。测序结果共获得36 129条有效序列,聚类到245个OUTs,有效序列中有4条序列(0. 01%)无法进行物种分类,其余分属于16个细菌门,共77个科、127个属。在门的水平上,相对丰度最高的是变形菌门(Proteobacteria,52. 30%),其次为厚壁菌门(Firmicutes,30. 66%);在属的水平上,以弧菌科(Vibrionaceae,49. 38%)的发光杆菌属(Photobacterium,47. 90%)、梭菌科(Clostridiaceae_1,25. 40%)的分节丝状菌(Candidatus_Arthromitus,17. 04%)为主。OTU稀释曲线逐渐趋于平缓,且覆盖率Good’s Coverage指数为100%,表明样品测序深度足够大,OUT数量接近实际情况。

Application of CEDA and ASPIC computer packages to the hairtail (Trichiurus japonicus) fishery in the East China Sea

Surplus-production models are widely used in fish stock assessment and fisheries management due to their simplicity and lower data demands than age-structured models such as Virtual Population Analysis. The CEDA (catch-effort data analysis) and ASPIC (a surplus-production model incorporating covariates) computer packages are data-fitting or parameter estimation tools that have been developed to analyze catch-and-effort data using non-equilibrium surplus production models. We applied CEDA and ASPIC to the hairtail (Trichiurus japonicus) fishery in the East China Sea. Both packages produced robust results and yielded similar estimates. In CEDA, the Schaefer surplus production model with log-normal error assumption produced results close to those of ASPIC. CEDA is sensitive to the choice of initial proportion, while ASPIC is not. However, CEDA produced higher R 2 values than ASPIC.