逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术同时检测水中多种肠道病毒

建立了一种利用通用引物RT-PCR技术检测水中肠道病毒的方法.利用脊髓灰质炎病毒1～3型,柯萨奇病毒B3型作为参考病毒株,根据肠道病毒RNA5′非编码区中具有高度同源性的序列来设计通用引物.比较了M-MLV酶和AMV酶的逆转录效果,AMV酶能够成功地从地表水和生活污水中逆转录病毒RNA,更适于实际应用.对比研究了PCR过程中的退火温度,c(Mg2+)等因素对RT-PCR检测结果的影响,选择退火温度55℃,c(Mg2+)为2 mmol/L的反应条件,优化了RT-PCR检测方法.通过检测水样中接种的连续稀释的病毒,确定了该检测方法的灵敏度为38 CCID50.考察人工污染的地表水、污水、二级处理出水样品发现,检测灵敏度基本一致.该方法可应用在实际环境的肠道病毒检测中.

逆转录-聚合酶链反应在乙型脑炎诊断中的建立

目的 运用逆转录 -半套式 -聚合酶链反应技术 (RT -semi-nested -PCR) ,建立一种新的早期快速检测乙型脑炎病毒的方法。方法 收集临床诊断的 37例乙脑和 15例非乙脑病人标本 (包括血清、脑脊液 )分别为 6 3份和 30份 ,同时用RT -semi-nested -PCR、IgM捕获法ELISA(MacELISA)进行检测。 结果 血清和脑脊液中可成功检测出JEVRNA ,经1 5 %凝胶电泳 ,出现特异性条带 ,符合预计值 4 0 0bp。结论 RT -semi-nested -PCR对检测JEV感染 ,从实验设计到实验条件 ,都是合理的 ,有较高的敏感性和特异性。可用于乙脑的早期诊断。

用SYBR Green I实时逆转录-聚合酶链反应定量检测人、小鼠精子中CatSper1 mRNA

目的:建立并优化SYBR GreenI实时RT-PCR体系,定量检测人、小鼠成熟精子中的CatSper1 mRNA。方法:用TRIzol分别提取人、小鼠成熟精子中的总RNA,逆转录后用SYBR GreenI实时PCR定量检测CatSper1 mRNA。SYBR GreenI实时PCR采用普通PCR试剂,加入SYBR GreenI染料,优化退火温度、Mg2+浓度及上、下游引物比例,并在PCR循环时采用四步法以消除引物二聚体的影响。优化完成后用不同浓度的精子cDNA为模板做标准曲线,以检测SYBR GreenI实时PCR的扩增效率。结果:定量检测CatSper1 mRNA的SYBR GreenI实时PCR体系适宜退火温度、Mg2+浓度及上、下游引物比例分别为63℃、3.0mmol/L和1∶1,四步法中采集荧光的温度为88℃。优化后用人和小鼠精子cDNA为模板做标准曲线分别为Y=-3.402log(X)+25.99和Y=-3.409log(X)+24.09,扩增效率分别为96.8%和96.5%,可定量检测人、小鼠成熟精子中的CatSper1 mRNA。结论:用普通的逆转录及PCR系统和试剂,建立了一种方便、廉价、可靠的SYBR GreenI实时荧光定量RT-PCR系统,可用于人、小鼠精子中CatSper1 mRNA定量检测。

实时逆转录-聚合酶链反应绝对定量实验优化的研究

目的 探讨优化实验反应条件 ,使实时逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)绝对定量能获得准确可靠的结果。方法 建立质粒标准品作为外参照 ;以管家基因GAPDH作为内参照 ,并对Mg2 + 、引物与探针比例、Buffer等进行优化。结果 优化条件后 ,RT PCR反应的扩增效率接近了理论最佳值 ,并可使靶基因与管家基因扩增效率保持一致 ,保证了方法的稳定性和可靠性。结论 为了获得可靠、重复性好的实时RT PCR绝对定量结果 ,应对实验方法进行优化。

用逆转录-聚合酶链反应检测乳腺癌患者骨髓微转移30例报道

目的 :通过分子生物学技术检测乳腺癌患者的微转移灶。方法 :患者常规行乳癌根治术 ,在完成皮瓣游离后 ,于胸骨柄处行骨穿 ,吸取骨髓 3～ 4ml,所采骨髓行RT -PCR检测其细胞角蛋白 19(KT19)含量。切除标本常规送病理。结果 :30例患者临床病理汇报同侧腋窝淋巴结转移阳性 17例 ,胸骨骨髓KT19阳性 7性 ,占4 1.12 % ,其中 3例肿块直径≥ 5 .0cm ,位于内乳内 ,临床未触及锁骨上淋巴结肿大 ;同侧腋窝淋巴结转移阴性13例 ,胸骨骨髓KT19阳性 3例 ,占 2 3.0 7%。总阳性率 33.33%。结论 :在术中游离皮瓣后于胸骨柄处进行骨穿获取骨髓 ,并转应用逆转录 -聚合酶链反应 (RT -PCR)检测细胞角蛋白 19(KT19)在胸骨骨髓中的表达 ,可以早期诊断乳腺癌的微转移。

逆转录-聚合酶链反应诊断IBDV的免疫后感染

用逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)对 5个养鸡场的 13份病死鸡腔上囊、腺胃标本进行了检测 ,诊断为免疫后感染传染性腔上囊病毒 (IBDV) 。

逆转录-多重巢式聚合酶链反应技术在骨髓增殖性疾病PDGFRB基因重排检测中的应用

本研究旨在探讨逆转录-多重巢式PCR技术在骨髓增殖性疾病(MPD)PDGFRB基因重排检测中的应用价值。利用逆转录-多重巢式PCR技术对146例MPD患者骨髓或外周血标本进行与PDGFRB基因重排相关的融合基因定性检测。结果显示,146例MPD患者骨髓或外周血标本中有8例出现PDGFRB基因重排,阳性率为5.5%。其中3例为TEL-PDGFRB融合基因,2例为HIP1-PDGFRB融合基因,1例为GIT2-PDGFRB融合基因,1例为TP53BP1-PDGFRB融合基因,1例为WDR48-PDGFRB融合基因。结论:运用逆转录-多重巢式PCR方法进行MPD患者PDGFRB基因重排检测,对于疾病诊断有一定指导意义,且可以为药物靶向治疗提供理论依据。

逆转录聚合酶链反应检测鼻息肉环氧合酶-2mRNA表达

目的检测研究环氧合酶-2(cyclooxygenase-,COX-2)mRNA在鼻息肉组织中的表达水平,深入认识鼻息肉炎性发病机制。方法利用逆转录-聚合链反应(RT-PCR反应)检测35例鼻息肉组织及23例下鼻甲标本的环氧合酶-2的表达。结果鼻息肉组织中COX-2mRNA表达明显高于下鼻甲正常黏膜。结论鼻息肉组织中COX-2表达明显增高,鼻息肉发病过程中有前列腺素参与。

竞争性逆转录-聚合酶链反应对哮喘患者诱导痰白细胞介素-10基因表达的定量分析

目的:建立竞争性逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)定量方法,监测哮喘患者白细胞介素-10(IL-10)基因的表达水平,探讨IL-10在哮喘气道炎症中的作用和临床意义。方法:用酶切法构建IL-10内标分子,用已知量的该内标分子,通过竞争性RT-PCR对哮喘组(30例)和对照组(29例)的诱导痰和外周血IL-10 mRNA进行定量分析。结果:哮喘发作期患者的诱导痰和外周血绝大多数未检测到IL-10 mRNA,部分缓解期患者有少量IL-10 mRNA表达。健康对照者外周血和诱导痰均有IL-10 mRNA表达。结论:哮喘患者的气道炎症过程与IL-10基因表达有关,且存在IL-10转录水平的合成障碍。

逆转录-聚合酶链反应-酶联夹心杂交法检测呼吸道合胞病毒及其亚型感染

目的:建立一种呼吸道合胞病毒(RSV)及其亚型核酸检测方法并初步应用于临床,检测浙南地区RSV及其亚型的流行情况。方法:根据RSVG蛋白基因核苷酸序列设计引物和探针,通过逆转录-聚合酶链反应-酶联夹心杂交法(RT-PCR-ELSH)随机检测了浙南地区连续两年冬春季期间202例急性下呼吸道感染的婴幼儿鼻咽部分泌物中RSV及其亚型的病毒核酸;与病毒分离培养、直接免疫荧光法(DFA)、OligoDetect试剂盒比较探讨其临床实用性。结果:202例标本中RSV阳性123例,阳性检出率为60.9%,2002～2003年和2003～2004年冬春季分别为68.2%和52.6%;两个冬春季都以RSVA亚型为主,占78.9%,2002～2003年冬春季A亚型占RSV阳性标本中的76.7%,2003～2004年A亚型占82.0%;RT-PCR-ELSH阳性检出率与其他三种方法的阳性检出率差异无显著性(P>0.05)。结论:RT-PCR-ELSH法用于检测RSV及其亚型,是一种灵敏度高、特异性强,方便、快速的方法,非常适用于临床标本的大批量检测和流行病学调查;RSV是引起浙南地区冬春季婴幼儿急性下呼吸道感染的最主要的病原体,并以A亚型为主。

石蜡包埋组织中目的基因原位逆转录-聚合酶链反应检测

目的探讨原位逆转录 -聚合酶链反应技术 (ISRT -PCR)在普通制作石蜡包埋组织中的应用及价值。方法应用直接法ISRT -PCR方法对普通制作、石蜡包埋淋巴瘤组织中的丙型肝炎病毒 (HCV)基因组序列进行检测。结果从存档多年的福尔马林固定、普通制作石蜡包埋淋巴瘤组织中检测到HCVRNA序列。结论ISRT -PCR可用于福尔马林固定。

逆转录-聚合酶链反应检测鼠肝炎病毒方法的建立

建立特异、灵敏的逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）技术，结合碱性磷酸酶标记的探针杂交检测鼠肝炎病毒（MHV），采用MHV－3，MHV－A59病毒株感染DBT细胞，37℃培养，待细胞出现病变时收集提取病毒RNA。依据MHV基因序列设计一对高度保守区特异性引物，进行RT－PCR扩增，结果可见147bp的鼠肝炎病毒产物特异扩增带。敏感性实验检测到10pg的鼠肝炎病毒RNA，同时用ELISA方法对照。结果提示应用RT—PCR技术结合探针杂交检测鼠肝炎病毒。具有简便、快速、灵敏等优势。本研究在国内尚未见报道。

逆转录—聚合酶链反应在HIV-1感染诊断中的应用

[目的 ]评价逆转录 -聚合酶链反应 (RT PCR)在HIV 1感染诊断中的应用。[方法 ]采用RNA一步法试剂盒提取RNA。用 3套分别来自于LTR gag、pol、env不同区域的序列引物进行嵌套式PCR扩增。[结果 ]对 2 4例血清标本进行检测 ,其中 15例为HIV感染者 ;1例为免疫印迹试验可疑待确定 ,但经过 1年的随访可排除 ;另外 8例为正常者。经过巢式扩增 ,15份阳性标本中有 14份扩增出两条或两条以上核酸片段 ,1份未扩增出任何一条片段 ,其敏感性达93 3 % ( 14 /15 )。其中 6份肝素抗凝标本env区域均未扩增出片段。阴性标本无片段 ,其特异性为 10 0 % ( 8/8)。[结论 ]RT PCR具有高敏感性和特异性 ,可用于窗口期HIV感染的诊断及HIV 1阳性母亲所生婴儿的HIV检测 ,可作为免疫印迹试验的补充和辅助诊断。

用逆转录-聚合酶链反应检测海南岛登革热流行区蝙蝠体内登革病毒基因RNA的研究

采用1-4型登革病毒通用引物，用逆转录一聚合酶链反应（RT-PCR）检测海南岛登革热流行区蝙蝠脑细胞登革病毒基因RNA。在35例中，20例阳性；检测18例蝙蝠血清，3例阳性；检测三组埃及伊蛟，1组阳性。用单克隆荧光抗体技术检测20例登革病毒基因RNA阳性的蝙蝠脑细胞压印片，16例阳性，与RT-PCR检测登革热流行区登革病毒基因RNA阳性蝙蝠脑细胞的阳性符合率为80.00%。用PT-PCR检测非流行区蝙蝠脑细胞登革病毒基因RNA，均为阴性。本研究首次证实蝙蝠是登革病毒的贮存宿主，为登革热流行的有效控制提供了一定的科学依据。

逆转录—聚合酶链反应—酶联夹心杂交法定量检测人IL-6mRNA

目的:建立一种高灵敏度、高特异性、精确、简便的逆转录—聚合酶链反应—微孔板酶联夹心杂交技术定量检测人IL-6mRNA的方法。方法:从人外周静脉血单个核细胞提取总RNA,进行RT-PCR扩增,PCR产物经热变性后与检测探针一起加入已包被捕获探针的微孔板内进行夹心杂交,用链亲和素—辣根过氧化物酶(SAV—HRP)及底物系统检测杂交信号。结果:该方法检测IL-6mRNA的灵敏度明显高于逆转录—聚合酶链反应—琼脂糖凝胶电泳;特异性高,RT-PCR和酶联夹心杂交均无非特异阳性信号出现;重复性良好。结论:本方法操作简单、灵敏度高、特异性强、结果数据化,适合于细胞因子mRNA的定量检测。

TaqMan实时荧光定量逆转录聚合酶链反应在强直性脊柱炎IL-2RαmRNA检测的应用价值

目的:利用TaqMan实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(FQ-RT-PCR)检测强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞白细胞介素-2受体α(IL-2Rα)mRNA的表达水平,并进行疾病的活动性相关分析。方法:用 Primer Express v2.0软件,根据GenBank提供的序列,在人IL-2Rα mRNA的第2和第3外显子之间设计一对引物和一条TaqMan探针。提取总RNA,加入已优化的一步法FQ-RT-PCR反应体系,扩增产物经凝胶电泳后切胶回收,并与pUCm-T载体连接。制备好的重组质粒转化感受态细胞进行克隆。经测序分析确定为特异性片段后,用T7RNA聚合酶转录为cRNA,作为FQ-RT-PCR系列浓度标准品。评价FQ-RT-PCR检测 IL-2Rα mRNA的特异性、线性、精密度和探针稳定性等。定量测定HLA-B27阳性活动组与阴性非活动组强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞IL-2Rα mRNA基因的表达水平,结合血浆可溶性白细胞介素-2受体 (sIL-2R)浓度,探讨与炎症活动的相互关系。结果:成功构建了cRNA标准品。该方法的线性范围为7～107 cells/ml,其批内CV8.4%,批间CV9.6%;扩增产物克隆的双向测序结果经BLAST比较、分析,证实为IL- 2Rα mRNA特异性片段。对各30例HLA-B27阳性与阴性的强直性脊柱炎的测定表明:与正常人对照组结果比较,HLA-B27阳性组与HLA-B27阴性组IL-2Rα mRNA和sIL-2R都有明显增加(P<0.01)。IL-2Rα mRNA对炎症活动评价的灵敏度为96.7%。结论:FQ-RT-PCR具有灵敏、特异、结果重复性好等优点;IL- 2Rα mRNA与sIL-2R比较更能反映强直性脊柱炎患者的免疫状态,可能为免疫药物的疗效评价和药物筛选提供基因表达水平上的信息。

逆转录-聚合酶链反应在乙型脑炎减毒活疫苗生物反应罐清洁验证中的应用

为了对乙型脑炎减毒活疫苗生物反应罐清洁后乙型脑炎病毒(JEV)检测方法进行探讨,从GenBank中收录的乙型脑炎病毒的E蛋白基因序列设计一对引物,以乙型脑炎减毒株SA14-14-2培养物提取RNA作为模板,进行逆转录和PCR扩增。结果表明乙型脑炎减毒株SA14-14-2扩增出预期的特异性条带,阴性对照没有扩增出任何条带。聚合酶链反应与血吸附试验比较,有灵敏、快速、稳定性的特点,可用于生物反应罐清洁后乙型脑炎残留病毒的检测。