基于并行的同源RNA序列快速搜索算法

cmsearch程序是目前最流行的同源RNA搜索工具之一,其最大的缺陷在于搜索速度过慢,严重影响了其应用范围。文章基于序列划分策略采用两级工作池方式实现同源RNA的并行搜索,并对其中所涉及的通信和负载平衡问题进行了优化。测试结果表明,此文方法具有良好的可扩展性,在120个处理器时,并行效率可达86.3%,能够用于全基因组范围内的大规模同源RNA序列搜索。