严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白的B细胞及T细胞抗原表位的生物信息学分析

目的使用生物信息学方法预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白(S蛋白)的结构特点,并预测可能的B细胞和T细胞表位。方法从NCBI数据库中获取SARS-CoV-2的S蛋白氨基酸序列,通过蛋白质基本性质分析工具ProtParam分析S蛋白的理化性质;利用综合性序列工具软件Lasergene和蛋白质二级结构分析软件SOMPA分析S蛋白二级结构;蛋白质同源物/类似物Y识别引擎Phyre2和分子图像观察软件Rasmol构建并分析S蛋白三级结构;B细胞表位预测工具ABCpred、BepiPred和BcePred预测S蛋白的B细胞抗原表位;利用免疫表位数据库IEDB预测S蛋白的T细胞抗原表位。结果S蛋白由1273个氨基酸组成,理论等电点为6.24,原子组成为C_(6336)H_(9770)N_(1656)O_(1894)S_(54),属于稳定亲水性蛋白。Lasergene软件的Gramier-Robson方法预测显示:α螺旋占23.5%、β折叠占53.7%、转角区域占14.9%、无规则卷曲占8.33%;Lasergene软件的Chou-Fasman方法预测显示:α螺旋占20.9%,β折叠占35.5%,β转角占35.2%。同时,使用SOPMA在线服务工具分析S蛋白二级结构,其中α螺旋占28.59%,延长链占23.25%,β转角占3.38%,无规则卷曲占44.78%。ABCpred、BepiPred和BcePred分别预测S蛋白的潜在B细胞抗原表位数量为5个、11个、6个。IEDB预测的CD8^(+)T细胞表位和CD4^(+)T细胞表位结果中分别选择各人类白细胞抗原(HLA)基因型亲和力最好的5个表位。结论采用生物信息学方法预测SARS-CoV-2的S蛋白具有多个B细胞及T细胞抗原表位。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型及其相关眼病的研究进展

2019年12月以来,严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-Co V-2)引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在全球范围内流行,已导致数千万人感染。SARS-Co V-2为β属人冠状病毒,除可感染口腔、鼻、呼吸道、胃肠道等产生相应临床症状外,还可并发眼部疾病。本文就SARS-Co V-2的概况、SARS-COV-2感染后的眼部相关情况、SARS-COV-2感染眼病的可能机制与传播途径、SARSCOV-2所致眼病的治疗等进行总结和分析,以供眼科医师临床诊疗工作参考。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)眼表感染研究进展

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2,又称COVID-19)经眼表传播远较经口鼻传播困难,然而现有证据认为眼表传播仍是一条可能的途径,尤其对于医护人员。本文描述了SARS-CoV-2相关的眼表症状,阐释了眼表SARS-CoV-2入胞的可能机制和与眼表相关的SARS-CoV-2传播机制,并对现有的和未来可能的研究方向进行了剖析,为从眼表考虑临床治疗SARS-CoV-2提供新的思路与方法,帮助人们研发出更多的治疗策略。

基于暴露分析与关键控制点方法对医院开展严重急性呼吸综合征冠状病毒2型检测的可行性研究

评估2019新型冠状病毒病暴发期间在医院开展严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)核酸检测的可行性,为最终在医院开展核酸检测提供参考。熟悉暴露分析和关键点控制(exposure analysis and critical control points,EACCP)工作框架的专业人员在基于医院现实条件下,对SARS-CoV-2检测过程中可能的感染暴露风险和途径进行梳理,建立整个检测流程,验证在配备有发热门诊的医院开展的可行性,并明确降低暴露风险的关键控制点。高风险是在发热门诊标本的采集和灭活处理,中风险是未灭活标本的储运,低风险是灭活标本的储运和检测。优化检验流程能降低检测过程中感染暴露风险,对于高风险的操作,可在生物安全二级实验室(发热门诊或移动采集点等)和相应的安全防护等级下进行操作;EACCP分析方法可用于新发感染性疾病暴发期间的管理。

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)与严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)研究对比

2019年末我国武汉爆发了自2003年的SARS-CoV和2012年的中东呼吸综合症(MERS)以来又一次冠状病毒大规模爆发流行。截至2020年10月09日20时,世界卫生组织(World Health Organization, WHO)数据显示海外累计确诊病例36,725,069例,死亡病例1,062,153例,中国确诊人数达到了91,264例。此次疫情的严重性自然引起国人联想到2003年爆发的SARS病毒。且最新研究认为SARS-CoV-2是SARS-CoV的姊妹病毒,具有高度的同源性。因此我们将围绕SARS-CoV-2和SARS-CoV之间的联系以及SARS-CoV-2的最新诊疗方案进行简要综述。

应用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的抗原表位

目的运用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的B细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T(Th)细胞的抗原表位.方法从NCBI数据库检索SARS-CoV-2蛋白序列,根据抗原性≥0.5和氨基酸数≥100进行筛选,最终的蛋白序列用于后续的抗原肽的预测.用蛋白质结构预测软件Phyre2进行三维结构的预测、蛋白质模型结构的细化软件GalaxyRefine优化蛋白的三维结构,最后用蛋白质结构同源建模SWISS-MODEL系统对优化后的结构进行准确性评估.蛋白序列用于CTL、Th细胞和线性B细胞抗原肽预测,三维结构用于结构性B细胞抗原预测.免疫表位数据库和分析资源(IEDB)预测SARS-CoV-2的CTL和Th细胞抗原表位,B细胞线性抗原肽预测软件Bepipred Linear Epitope Prediction 2.0和B细胞结构抗原肽预测软件ElliPro-Epitope prediction based upon structural protrusion分别预测B细胞线性和结构抗原肽.结果从NCBI数据库获得了27个SARS-CoV-2的蛋白序列,去掉抗原性<0.5和氨基酸数<100的蛋白质后,最终选定9个蛋白进行后续抗原肽预测.最终获得了24个CTL、20个Th细胞、12个B细胞线性表位和16个B细胞结构表位.结论获得的抗原表位可用于后续多表位疫苗的设计,相较于只针对单种蛋白靶点的抗原表位而言,多靶点抗原表位具有更强的免疫原性,这些抗原表位对SARS-CoV-2疫苗而言,具有一定的参考价值.

儿童严重急性呼吸综合征冠状病毒2型感染药物治疗快速循证评价

目的:采用循证评价和文献综述的方法,总结和分析目前已发表的儿童严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)感染病例、临床实践指南或专家共识以及儿童严重急性呼吸综合征(SARS)/中东呼吸综合征(MERS)感染药物治疗经验,以期为儿童SARS-CoV-2感染药物治疗方案的制定提供循证依据。方法:系统检索PubMed、EMBase、the Cochrane Library、CNKI(含新型冠状病毒肺炎专题知识库)、WanFang Data、SinoMed和中华医学会杂志社(新型冠状病毒防控和诊治专栏)等数据库,根据文献研究特点和需要,设置快速检索策略和时限,对符合纳入标准研究中的药物治疗部分进行总结和描述性分析。结果:最终纳入11篇报告儿童病例的研究或综述(共196例患儿)和8篇指南,对儿童SARS/MERS感染的药物治疗经验进行综述。截至目前,已报道儿童感染病例的药物治疗方案基本依从儿童SARS-CoV-2感染指南推荐,且与既往发表的儿童SARS/MERS的药物治疗经验基本一致。α-干扰素为最常应用和最多推荐的抗病毒药物,其他抗病毒药物的应用多参考成人用法,有效性和安全性需要临床研究进一步予以证实;糖皮质激素和人免疫球蛋白在重症患儿中的应用尚存在争议,需权衡利弊谨慎使用;抗菌药物治疗需严格把握用药指征;其他治疗(如中医药)同样需要更多数据予以支持。结论:目前对于儿童SARS-CoV-2感染,尚无确证有效的药物治疗方案,这与儿童SARS/MERS的药物治疗经验基本一致,药物治疗方案的制定仍需进一步临床试验证据和用药经验总结的支持。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型4种结构蛋白特性分析

为深入了解严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)S、M、E、N蛋白的分子生物学特征和基本结构特征,选取S、M、E、N蛋白序列进行生物信息学分析和预测,使用DNAstar、SignalP、TMHHM、PSORT Prediction、BUSCA和ABCpred软件,分析并相互验证4种蛋白的结构域特征和S蛋白的潜在B细胞抗原表位,结果预测出了4种结构蛋白的功能结构域,并分析预测出S蛋白潜在的B细胞抗原表位为25~29、75~81、112~116、148~152、773~779 aa。研究结果可为SARS-CoV-2相关的分子生物学和结构生物学研究提供参考,并为疫苗开发等提供理论依据。

免疫系统:严重急性呼吸综合征冠状病毒2型感染后的一把双刃剑

免疫系统是人体内的一把双刃剑,它一方面能清除侵染的各类病原体,但另一方面其异常调控又能在人体中引发各类免疫性疾病,甚至导致死亡。本文将简要讨论人体免疫系统与新的冠状病毒﹝即严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)〕感染的相互关系。一方面免疫系统能全方位地预防病毒感染,进化出一整套从分子到细胞、从短期到长期的病毒清除机制;另一方面,免疫系统又可能引发“细胞因子风暴”,给SARS-CoV-2的感染患者带来负面作用。本文还将讨论受到广泛关注的免疫相关的治疗策略,着重探讨抗体依赖的增强效应(antibody-dependent enhancement,ADE)可能给疫苗研发带来的困难与挑战。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型IgM/IgG、病毒核酸和白细胞介素6的联合检测在2019冠状病毒病诊断和治疗中的价值

探讨严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARSCoV-2)免疫球蛋白M(Immunoglobulin M,IgM)/免疫球蛋白G(Immunoglobulin G,IgG)、病毒核酸和白细胞介素6(interleukin 6,IL-6)的联合检测在2019冠状病毒病(coronavirus disease 2019,COVID-19)诊断和治疗中的临床价值。本研究按照《新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第七版)》的标准收集了93例确诊病例(51例危重型、18例重型,15例轻型和9例普通型)和20例疑似病例(核酸检测阴性但临床症状和CT检测结果均符合标准)。选取110例儿科、妇科、肿瘤、血液和消化等疾病患者并排除COVID-19作为对照组。采用全自动化学发光免疫分析技术和电化学发光技术检测所有研究对象血清中SARS-CoV-2IgM/IgG和IL-6。用实时荧光定量反转录聚合酶链反应对病例组和对照组的咽拭子进行SARS-CoV-2核酸检测。结果发现,血清IgM、IgG和IL-6在疑似病例中的阳性率分别为85%、75%和0%,在确诊病例中的阳性率分别为98.9%、95.7%和75.2%(其中危重型分别为100%、100%和100%,重型分别为94.4%、100%和97.9%,轻型分别为100%、93.3%和5%、普通型分别为100%、66.7%和0%)。IL-6和SARS-CoV-2IgM/IgG表达水平的改变与患者疾病的严重程度存在一定的关联性,差异有统计学意义(χ^2=273.51,χ^2=149.37;P<0.05)。血清IL-6和SARS-CoV-2IgM/IgG的联合检测可作为诊断和治疗COVID-19的监测指标,也可作为SARS-CoV-2核酸检测假阴性的有效互补。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型类似RNA病毒抑制剂的儿童用药研究进展

在阻断传播途径的前提下,快速识别预防和治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的有效药物是当前的主要挑战。目前,在COVID-19的治疗中,抗病毒药的应用主要依据以往对抗类似抗病毒药的临床治疗证据以及最近陆续发表的临床研究结果。核苷类似物法匹拉韦、利巴韦林分别在埃博拉病毒和丙型肝炎病毒感染的儿童群体中有相关的应用经验;蛋白酶抑制剂洛匹那韦和利托那韦是人类免疫缺陷病毒感染患儿的一线治疗药物;干扰素已有在COVID-19患儿中用法、用量的推荐;氯喹和羟氯喹具有抗病毒活性和免疫调节作用,可用于治疗儿童疟疾、肠外阿米巴病、肝脓肿、系统性红斑狼疮和幼年型类风湿关节炎;阿比多尔和奥司他韦可用于儿童流行性感冒的预防和治疗。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)入胞机制及基于刺突蛋白的疫苗研制策略

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)利用其刺突(S)吸附与穿入细胞,冠状病毒S蛋白为同源三聚体,每一条肽链分为S1和S2两个区,S1通过其受体结合域(RBD)与细胞膜上的受体结合,S2介导病毒包膜与细胞膜或内体膜融合使病毒核衣壳进入细胞质。冠状病毒疫苗设计的主要出发点是诱导机体产生针对S蛋白的中和抗体,从而阻止病毒对细胞的吸附与穿入。动物实验和临床试验都已证实,冠状病毒S蛋白能刺激机体产生中和抗体,后者对机体具有保护作用。基于S蛋白的新冠病毒疫苗可以是病毒载体疫苗、重组蛋白疫苗、DNA疫苗、mRNA疫苗或病毒样颗粒疫苗,可以针对S蛋白的全长设计或针对RBD或S蛋白的其他区域设计。

值得关切的严重急性呼吸综合征冠状病毒2型变异株

自2019年12月2019冠状病毒病暴发流行以来,严重急性呼吸综合征冠状病毒2型已经产生了1万个以上的变异株。其中有些可能获得更强的传染性,有的致病性得以提高,有的或许不能被现有的检测试剂检测出来,还有的也许能够逃逸疫苗的免疫保护作用。世界卫生组织于2021年5月31日发布了针对这些变异株的新的命名系统。本文对当前世界上流行较广的4个变异株进行综述,包括最近在广州市引起小暴发的δ变异株。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2 Omicron变异株研究进展

世界卫生组织(World Health Organization,WHO)于2021年11月26日将首次在南非报告的新型冠状病毒B.1.1.529变异株列为受关注变种(variant of concern,VOC),并将其命名为奥密克戎(Omicron)。该变异株存在约50个突变,仅在刺突蛋白区域就有至少30个突变,远远超过其他流行株的突变位点数量。根据对突变位点的分析以及初步实验证实,该毒株可能具有极强的传染性以及免疫逃逸能力。Omicron变异株会怎样影响新冠疫情的走向引起了各国的广泛关注,本文将从Omicron变异株的基本特征、检测、致病性、传染性、免疫逃逸等方面进行综述。

基于成簇的规则间隔短回文重复序列的严重急性呼吸综合征冠状病毒2检测的最新进展

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)导致的新冠肺炎(COVID-19)迅速蔓延全球,给全球公共卫生系统带来了挑战。由于逆转录-定量聚合酶链反应(RT-qPCR)和抗原测试的普遍适用性和灵敏度较差,并且具有不同突变的SARS-CoV-2变体持续的出现,给疫情防控带来了更大的挑战,因此,高灵敏度、无需设备并且能够区分SARS-CoV-2变体的诊断方法亟须发展。基于成簇的规则间隔短回文重复序列(CRISPR)的诊断对设备要求低,具有可编程性、灵敏性和易用性,已经发展出多种核酸检测工具用于传染病的诊断,其在临床上具有巨大的应用潜力。文章聚焦于近期发表的基于CRISPR实现SARS-CoV-2检测和变体区分的最新技术,总结其特点并对其发展进行了展望。

基于处方挖掘与分子动力学模拟筛选严重急性呼吸综合征冠状病毒2潜在抑制剂分子的研究

目的从中药筛选具有潜在抑制严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)活性的成分,进一步从原子水平揭示其抑制SARS-CoV-2表面刺突蛋白(S蛋白)受体结合域(RBD)与血管紧张素转化酶2(ACE2)结合的内在机制。方法检索新型冠状病毒(简称“新冠肺炎”)治疗中药处方,构建“新冠肺炎中药候选活性成分数据库”。用具有ACE2抑制活性的小分子化合物构建HipHop药效团模型,并对“新冠肺炎中药候选活性成分数据库”中活性成分筛选。采用分子对接和分子动力学模拟方法研究候选活性成分与ACE2的结合方式及其对SARS-CoV-2 S蛋白与ACE2识别的影响。结果本文通过中药处方挖掘和分子动力学模拟,从143个新冠肺炎治疗中药处方中筛选出10种可与SARS-CoV-2 S蛋白/人源ACE2识别位点结合的中药成分。其中,枇杷叶主要活性成分23-trans-p-coumaryhormentic acid与ACE2具有最高的亲和力,且23-trans-p-coumaryhormentic acid的结合可有效阻断SARS-CoV-2 S蛋白与宿主细胞ACE2的结合。结论本文通过虚拟筛选发现了SARS-CoV-2潜在抑制剂分子23-trans-p-coumaryhormentic acid,同时从原子水平预测了其抑制SARS-CoV-2 S蛋白与ACE2结合的内在机制,这将为SARS-CoV-2特异性抗病毒药物的研发提供理论依据。

SARS-CoV-2重组痘苗病毒疫苗rVTT△TK-RBD的构建、筛选及免疫原性研究

目的 构建重组痘苗病毒载体疫苗rVTT△TK-RBD,并评价其安全性和免疫原性。方法 参考严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)基因序列合成受体结合域(RBD)基因,并将其插入自主构建的重组质粒pSTKE的多克隆位点上,构建重组痘苗病毒穿梭载体pSTKE-RBD,并转染到预先感染天坛株痘苗病毒(VTT)的BHK-21细胞内,经多轮的荧光噬斑筛选成功获得重组痘苗病毒rVTT△TK-RBD;通过滴鼻方式免疫小鼠后,检测rVTT△TK-RBD对BALB/c小鼠体质量的影响;通过肌肉免疫小鼠后,分析rVTT△TK-RBD对BALB/c小鼠产生的特异性抗体和中和抗体的水平;通过流式细胞术检测rVTT△TK-RBD对BALB/c小鼠T细胞亚群的影响。结果 利用同源重组、增强型绿色荧光蛋白(EGFP)筛选标记和多次荧光噬斑筛选,成功筛选获得了表达RBD的胸腺激酶(TK)基因缺失型重组痘苗病毒rVTT△TK-RBD,且PCR验证成功。BALB/c小鼠体内实验表明rVTT△TK-RBD具有较好的抗SARS-CoV-2的免疫原性且相比于亲本株VTT明显降低了对机体的毒性作用。结论 成功构建并获得SARS-CoV-2重组痘苗病毒疫苗rVTT△TK-RBD并通过各项试验证明其安全性和免疫原性。

严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2感染/疫苗接种引起的免疫印记

先前发生的病毒感染或疫苗接种引起的免疫应答,强烈影响机体对该病毒后续暴露的免疫应答,这种现象被称为免疫印记。免疫印记也可出现在感染严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome corona-virus 2,SARS-CoV-2)或接种SARS-CoV-2疫苗的个体。发生了免疫印记的个体对再次遇到的完全相同的SARS-CoV-2毒株发动更强的免疫反应,而对新暴露的SARS-CoV-2变异株仅能发动微弱的免疫反应。免疫印记是SARS-CoV-2变异株在以前感染SARS-CoV-2或接种SARS-CoV-2疫苗的人群形成突破感染的一个不可忽略的原因。克服免疫印记是研制能预防未来SARS-CoV-2突变株感染的SARS-CoV-2疫苗的迫切任务。

新型冠状病毒肺炎患者多类型样本SARS-CoV-2核酸检测在临床诊疗中的意义

目的探讨不同类型样本新冠核酸检测结果在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)临床诊治和疫情防控中的意义。方法选取2020年1月23日~2月22日延安大学附属医院确诊的5例COVID-19患者,采集不同部位标本进行核酸检测,并进行统计学分析。结果采集的123例标本严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)核酸检测结果表明,咽拭子25例,阳性率44.0%(11/25);鼻拭子40例,阳性率25.0%(10/40);肛拭子40例,阳性率70.0%(28/40);18例血标本核酸检测均阴性,5例患者符合出院标准时粪便核酸检测均阳性。截止3月5日对5例患者出院后追踪发现,出院2周或更长时间粪便SARS-CoV-2核酸仍阳性。结论多样本新冠核酸检测对于新冠感染患者的确诊有重要价值;患者治愈出院后应加强随访、教育和复查,做好排泄物的管理,有利于巩固疫情防控效果,减少接触感染的发生。

SARS-COV-2 M^(pro)抑制剂2-(2-氯苯基)-7-(异喹啉-4-基)-5,7-二氮杂螺[3.4]辛-6,8-二酮的合成

目的研究SARS-COV-2 M^(pro)抑制剂2-(2-氯苯基)-7-(异喹啉-4-基)-5,7-二氮杂螺[3.4]辛-6,8-二酮(1)的合成方法,为其深入研究和其衍生物的合成提供借鉴方法。方法以(2-氯苯基)乙酸甲酯为起始原料,经亲电取代、还原、磺酰化、环化、选择性水解得到3-(2-氯苯基)-1-乙氧羰基环丁烷-1-甲酸(6),在三乙胺存在下,化合物6与叠氮磷酸二苯酯反应,生成的酰基叠氮化合物经Curtius重排生成相应的异氰酸酯;再与4-氨基异喹啉反应,并在碳酸钠的作用下进一步环合生成目标化合物。结果中间体及目标化合物的化学结构经^(1)H-NMR、^(13)C-NMR、ESI-MS确证。结论对化合物6的合成路线进行了优化;通过化合物6获得了一条更精简的化合物1的合成路线,该路线既避免了有毒的三光气的使用,也避免了副反应的发生;通过制备型HPLC得到化合物1的两个顺反异构体,并使用NOESY确定了化合物的构型。