严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白的B细胞及T细胞抗原表位的生物信息学分析

目的使用生物信息学方法预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白(S蛋白)的结构特点,并预测可能的B细胞和T细胞表位。方法从NCBI数据库中获取SARS-CoV-2的S蛋白氨基酸序列,通过蛋白质基本性质分析工具ProtParam分析S蛋白的理化性质;利用综合性序列工具软件Lasergene和蛋白质二级结构分析软件SOMPA分析S蛋白二级结构;蛋白质同源物/类似物Y识别引擎Phyre2和分子图像观察软件Rasmol构建并分析S蛋白三级结构;B细胞表位预测工具ABCpred、BepiPred和BcePred预测S蛋白的B细胞抗原表位;利用免疫表位数据库IEDB预测S蛋白的T细胞抗原表位。结果S蛋白由1273个氨基酸组成,理论等电点为6.24,原子组成为C_(6336)H_(9770)N_(1656)O_(1894)S_(54),属于稳定亲水性蛋白。Lasergene软件的Gramier-Robson方法预测显示:α螺旋占23.5%、β折叠占53.7%、转角区域占14.9%、无规则卷曲占8.33%;Lasergene软件的Chou-Fasman方法预测显示:α螺旋占20.9%,β折叠占35.5%,β转角占35.2%。同时,使用SOPMA在线服务工具分析S蛋白二级结构,其中α螺旋占28.59%,延长链占23.25%,β转角占3.38%,无规则卷曲占44.78%。ABCpred、BepiPred和BcePred分别预测S蛋白的潜在B细胞抗原表位数量为5个、11个、6个。IEDB预测的CD8^(+)T细胞表位和CD4^(+)T细胞表位结果中分别选择各人类白细胞抗原(HLA)基因型亲和力最好的5个表位。结论采用生物信息学方法预测SARS-CoV-2的S蛋白具有多个B细胞及T细胞抗原表位。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2感染后突发性耳聋发生机制研究进展

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)引起的新型冠状病毒感染(COVID-19)传播迅速,影响范围广,除了肺部并发症外还包括突发性耳聋。然而,其病理机制尚不清楚。可能的机制包括:病毒直接侵入并损伤耳蜗神经或耳蜗组织;耳蜗微血管血栓形成并导致耳蜗血管阻塞;病毒引起细胞因子风暴,导致耳蜗炎症。研究SARS-CoV-2作为突发性感音神经性听力损失病因的作用,可能为疾病的早期诊断、制定治疗策略以最大限度地提高临床恢复和避免不良反应提供机会。

应用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的抗原表位

目的运用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的B细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T(Th)细胞的抗原表位.方法从NCBI数据库检索SARS-CoV-2蛋白序列,根据抗原性≥0.5和氨基酸数≥100进行筛选,最终的蛋白序列用于后续的抗原肽的预测.用蛋白质结构预测软件Phyre2进行三维结构的预测、蛋白质模型结构的细化软件GalaxyRefine优化蛋白的三维结构,最后用蛋白质结构同源建模SWISS-MODEL系统对优化后的结构进行准确性评估.蛋白序列用于CTL、Th细胞和线性B细胞抗原肽预测,三维结构用于结构性B细胞抗原预测.免疫表位数据库和分析资源(IEDB)预测SARS-CoV-2的CTL和Th细胞抗原表位,B细胞线性抗原肽预测软件Bepipred Linear Epitope Prediction 2.0和B细胞结构抗原肽预测软件ElliPro-Epitope prediction based upon structural protrusion分别预测B细胞线性和结构抗原肽.结果从NCBI数据库获得了27个SARS-CoV-2的蛋白序列,去掉抗原性<0.5和氨基酸数<100的蛋白质后,最终选定9个蛋白进行后续抗原肽预测.最终获得了24个CTL、20个Th细胞、12个B细胞线性表位和16个B细胞结构表位.结论获得的抗原表位可用于后续多表位疫苗的设计,相较于只针对单种蛋白靶点的抗原表位而言,多靶点抗原表位具有更强的免疫原性,这些抗原表位对SARS-CoV-2疫苗而言,具有一定的参考价值.

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)与严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)研究对比

2019年末我国武汉爆发了自2003年的SARS-CoV和2012年的中东呼吸综合症(MERS)以来又一次冠状病毒大规模爆发流行。截至2020年10月09日20时,世界卫生组织(World Health Organization, WHO)数据显示海外累计确诊病例36,725,069例,死亡病例1,062,153例,中国确诊人数达到了91,264例。此次疫情的严重性自然引起国人联想到2003年爆发的SARS病毒。且最新研究认为SARS-CoV-2是SARS-CoV的姊妹病毒,具有高度的同源性。因此我们将围绕SARS-CoV-2和SARS-CoV之间的联系以及SARS-CoV-2的最新诊疗方案进行简要综述。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)核酸检测试剂盒临床诊断效能评估

目的:了解三种严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)核酸检测试剂盒的检测效果及临床诊断效能。方法:采集40例临床诊断为2019冠状病毒病(COVID-19)和16例非COVID-19住院患者的咽拭子样本。采用湖南圣湘生物科技有限公司(以下简称“圣湘公司”)、硕世生物科技股份有限公司(以下简称“硕世公司”)、深圳华大基因股份有限公司(以下简称“华大基因”)SARS-CoV-2核酸RT-PCR检测试剂盒检测上述样本并分析其敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和Kappa值。比较一步裂解法和磁珠法、两种不同核酸提取仪(圣湘公司Natch CS S12C全自动核酸提取系统和西安天隆科技有限公司NP968-C核酸提取仪)磁珠法提取咽拭子样本中病毒核酸的效果及其RT-PCR检测结果的阳性符合率、阴性符合率、总符合率及Kappa值。结果:圣湘公司试剂盒检测SARS-CoV-2核酸的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和Kappa值分别为95.00%、87.50%、95.00%、87.50%和0.825,硕世公司试剂盒分别为90.00%、87.50%、94.74%、77.78%和0.747,华大基因试剂盒分别为82.50%、81.25%、91.67%、65.00%和0.593。一步裂解法和磁珠法提取的病毒核酸检测结果阳性符合率、阴性符合率、总符合率和Kappa值分别为95.24%、100.00%、96.43%、0.909,但一步裂解法仅耗时25 min,而磁珠法需180 min。两种不同核酸提取仪磁珠法提取的RNA检测结果阳性符合率、阴性符合率、总符合率和Kappa值分别为85.00%、100.00%、89.29%和0.764。结论:圣湘公司试剂盒检测SARS-CoV-2核酸效果略优于其他两家公司试剂盒。一步裂解法提取咽拭子样本中总RNA具有操作简单、省时和检测结果符合率较高的优点。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)眼表感染研究进展

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2,又称COVID-19)经眼表传播远较经口鼻传播困难,然而现有证据认为眼表传播仍是一条可能的途径,尤其对于医护人员。本文描述了SARS-CoV-2相关的眼表症状,阐释了眼表SARS-CoV-2入胞的可能机制和与眼表相关的SARS-CoV-2传播机制,并对现有的和未来可能的研究方向进行了剖析,为从眼表考虑临床治疗SARS-CoV-2提供新的思路与方法,帮助人们研发出更多的治疗策略。

新生儿重型严重急性呼吸综合征冠状病毒2感染的临床诊疗分析

目的探讨新生儿重型严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染的临床特征及诊断治疗经验,提高对新生儿重型SARS-CoV-2感染的认识。方法选取2022年12月至2023年1月北京清华长庚医院重型SARS-CoV-2感染患儿3例,同时以“新生儿”“新型冠状病毒感染”“新冠肺炎”“newborn”“neonate”“SARS-CoV-2”“COVID-19”为主题词,在中国期刊全文数据库、维普数据库、万方数据库、PubMed、Web of Science进行文献检索,共检索文献20篇,共有以呼吸系统受累为主的重型SARS-CoV-2感染新生儿20例。分析23例患儿的临床表现、实验室检查、诊断及治疗情况。结果23例患儿中男14例,女9例;早产儿7例,足月儿16例;顺产分娩14例,剖宫产分娩8例,未记录分娩方式1例;早期新生儿13例,晚期新生儿10例;几乎所有患儿均有SARSCoV-2接触史,大部分为母亲,其中4例为重型病例。所有患儿SARS-CoV-2核酸均提示阳性,持续时间最短为4 d,最长为32 d仍未转阴。起病症状以呼吸困难、呼吸急促等呼吸道表现为主,其次为发热和喂养困难。所有患儿需呼吸支持,其中13例需有创机械通气(有创通气最长时间26 d),其余10例需程度不等的无创呼吸支持。13例使用糖皮质激素以地塞米松为主。其中2例并发败血症,4例并发气胸,4例并发肺动脉高压,3例并发颅内出血及脑水肿、脑积水等改变,2例并发脑病,1例并发脑静脉血栓。22例患儿好转,1例继发肺出血死亡。结论新生儿重型SARS-CoV-2感染较少见,患儿临床表现多样,需注意早期识别。目前尚未有统一的治疗方案,以多模式治疗为主,注意监测其他系统并发症。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)入胞机制及基于刺突蛋白的疫苗研制策略

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)利用其刺突(S)吸附与穿入细胞,冠状病毒S蛋白为同源三聚体,每一条肽链分为S1和S2两个区,S1通过其受体结合域(RBD)与细胞膜上的受体结合,S2介导病毒包膜与细胞膜或内体膜融合使病毒核衣壳进入细胞质。冠状病毒疫苗设计的主要出发点是诱导机体产生针对S蛋白的中和抗体,从而阻止病毒对细胞的吸附与穿入。动物实验和临床试验都已证实,冠状病毒S蛋白能刺激机体产生中和抗体,后者对机体具有保护作用。基于S蛋白的新冠病毒疫苗可以是病毒载体疫苗、重组蛋白疫苗、DNA疫苗、mRNA疫苗或病毒样颗粒疫苗,可以针对S蛋白的全长设计或针对RBD或S蛋白的其他区域设计。

SARS-CoV-2重组痘苗病毒疫苗rVTT△TK-RBD的构建、筛选及免疫原性研究

目的 构建重组痘苗病毒载体疫苗rVTT△TK-RBD,并评价其安全性和免疫原性。方法 参考严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)基因序列合成受体结合域(RBD)基因,并将其插入自主构建的重组质粒pSTKE的多克隆位点上,构建重组痘苗病毒穿梭载体pSTKE-RBD,并转染到预先感染天坛株痘苗病毒(VTT)的BHK-21细胞内,经多轮的荧光噬斑筛选成功获得重组痘苗病毒rVTT△TK-RBD;通过滴鼻方式免疫小鼠后,检测rVTT△TK-RBD对BALB/c小鼠体质量的影响;通过肌肉免疫小鼠后,分析rVTT△TK-RBD对BALB/c小鼠产生的特异性抗体和中和抗体的水平;通过流式细胞术检测rVTT△TK-RBD对BALB/c小鼠T细胞亚群的影响。结果 利用同源重组、增强型绿色荧光蛋白(EGFP)筛选标记和多次荧光噬斑筛选,成功筛选获得了表达RBD的胸腺激酶(TK)基因缺失型重组痘苗病毒rVTT△TK-RBD,且PCR验证成功。BALB/c小鼠体内实验表明rVTT△TK-RBD具有较好的抗SARS-CoV-2的免疫原性且相比于亲本株VTT明显降低了对机体的毒性作用。结论 成功构建并获得SARS-CoV-2重组痘苗病毒疫苗rVTT△TK-RBD并通过各项试验证明其安全性和免疫原性。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型及其相关眼病的研究进展

2019年12月以来,严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-Co V-2)引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在全球范围内流行,已导致数千万人感染。SARS-Co V-2为β属人冠状病毒,除可感染口腔、鼻、呼吸道、胃肠道等产生相应临床症状外,还可并发眼部疾病。本文就SARS-Co V-2的概况、SARS-COV-2感染后的眼部相关情况、SARS-COV-2感染眼病的可能机制与传播途径、SARSCOV-2所致眼病的治疗等进行总结和分析,以供眼科医师临床诊疗工作参考。

VV-ECMO成功治疗老年重症SARS-CoV-2肺炎一例并文献复习

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)导致2019年全球冠状病毒疾病-2019(coronavirus disease2019,COVID-19)大流行,并可引起急性呼吸衰竭而使患者入住重症监护病房(intensive care unit,ICU)和辅助性通气治疗[1]。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2疫情期间儿童肾脏病房感染防控思维导图

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染的疫情已经持续了近2个月,现处于疫情胶着的状态。因儿童SARSCoV-2感染症状不典型,慢性肾脏疾病(CKD)患儿是高危感染人群,儿童肾脏专科病房的管理在复工、返校压力下,面临疫情防控的新挑战,国家临床研究中心肾脏病房、重庆市医学会儿科专委会肾脏学组,为进一步做好肾脏专科病房的疫情防控工作,结合目前疫情和相关防控建议,推荐SARS-CoV-2疫情期间儿童肾脏病房感染防控思维导图,以供儿童肾脏专科病房参考。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2流行期间儿童实体肿瘤诊治中的防控策略

自2019年12月湖北出现新型冠状病毒感染(corona virus disease 2019,COVID-19)患者以来,该病毒现已逐步扩散至全国各地及境外多个国家。国际病毒分类委员会将致病病毒命名为严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2),人群普遍易感,包括儿童和孕产妇。恶性实体肿瘤患儿因肿瘤本身及化疗、放疗、免疫治疗等综合治疗手段的影响,免疫力较正常儿童低,可能更容易发生感染并进展为重症病例,而保障恶性实体肿瘤综合治疗计划实施的延续性和规范性是提高疗效、获得良好预后的关键之一。疫情期间,如何在做好疫情防控工作的同时保障肿瘤诊疗工作有序进行,是摆在每一个病患和医务人员面前的难题。本文结合COVID-19的传播特点以及有关部门防控COVID-19的要求,针对儿童实体肿瘤诊疗工作中的主要环节,提出疫情期间应考虑实施的措施和策略,建议制定科学的实体肿瘤门诊和病房管理制度,保障急诊手术,合理安排限期手术,适当延期择期手术,保障化疗规律进行,在保护患儿免受SARS-CoV-2感染的同时,确保儿童实体肿瘤综合诊疗工作的连续性。

基于暴露分析与关键控制点方法对医院开展严重急性呼吸综合征冠状病毒2型检测的可行性研究

评估2019新型冠状病毒病暴发期间在医院开展严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)核酸检测的可行性,为最终在医院开展核酸检测提供参考。熟悉暴露分析和关键点控制(exposure analysis and critical control points,EACCP)工作框架的专业人员在基于医院现实条件下,对SARS-CoV-2检测过程中可能的感染暴露风险和途径进行梳理,建立整个检测流程,验证在配备有发热门诊的医院开展的可行性,并明确降低暴露风险的关键控制点。高风险是在发热门诊标本的采集和灭活处理,中风险是未灭活标本的储运,低风险是灭活标本的储运和检测。优化检验流程能降低检测过程中感染暴露风险,对于高风险的操作,可在生物安全二级实验室(发热门诊或移动采集点等)和相应的安全防护等级下进行操作;EACCP分析方法可用于新发感染性疾病暴发期间的管理。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2流行期间小儿骨科门急诊及住院手术感染防控建议

2019年12月以来,严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染导致的肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)开始肆虐武汉,并且波及全国。我院作为上海市儿童SARS-CoV-2感染唯一定点接收治疗单位,要求各科室、各部门科学防治,精准施策,全面做好抗疫防疫工作。我们查阅国家公布的有关条例和最新研究,根据SARS-CoV-2理化性质和传染特点,遵从国家、医院制定的防控方案,结合小儿骨科临床实际,制定出适合小儿骨科临床实践的SARS-CoV-2感染防控措施,从小儿骨科门诊、急诊、住院和手术等各环节防控SARS-CoV-2感染,也希望能够为其他小儿外科亚专业及其他医院防控SARS-CoV-2感染提供参考。

儿童严重急性呼吸综合征冠状病毒2型感染药物治疗快速循证评价

目的:采用循证评价和文献综述的方法,总结和分析目前已发表的儿童严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)感染病例、临床实践指南或专家共识以及儿童严重急性呼吸综合征(SARS)/中东呼吸综合征(MERS)感染药物治疗经验,以期为儿童SARS-CoV-2感染药物治疗方案的制定提供循证依据。方法:系统检索PubMed、EMBase、the Cochrane Library、CNKI(含新型冠状病毒肺炎专题知识库)、WanFang Data、SinoMed和中华医学会杂志社(新型冠状病毒防控和诊治专栏)等数据库,根据文献研究特点和需要,设置快速检索策略和时限,对符合纳入标准研究中的药物治疗部分进行总结和描述性分析。结果:最终纳入11篇报告儿童病例的研究或综述(共196例患儿)和8篇指南,对儿童SARS/MERS感染的药物治疗经验进行综述。截至目前,已报道儿童感染病例的药物治疗方案基本依从儿童SARS-CoV-2感染指南推荐,且与既往发表的儿童SARS/MERS的药物治疗经验基本一致。α-干扰素为最常应用和最多推荐的抗病毒药物,其他抗病毒药物的应用多参考成人用法,有效性和安全性需要临床研究进一步予以证实;糖皮质激素和人免疫球蛋白在重症患儿中的应用尚存在争议,需权衡利弊谨慎使用;抗菌药物治疗需严格把握用药指征;其他治疗(如中医药)同样需要更多数据予以支持。结论:目前对于儿童SARS-CoV-2感染,尚无确证有效的药物治疗方案,这与儿童SARS/MERS的药物治疗经验基本一致,药物治疗方案的制定仍需进一步临床试验证据和用药经验总结的支持。

自然杀伤(NK)细胞与2019冠状病毒病(COVID-19)发生发展的研究进展

自然杀伤(NK)细胞在清除病毒,执行免疫调节方面发挥着重要的作用,它通过分泌趋化因子以及与其他天然免疫细胞协同作用,被赋予天然免疫调节功能和获得性免疫反应。随着对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染的2019冠状病毒病(COVID-19)的研究深入,发现NK细胞在其中发挥着重要作用。SARS-CoV-2感染会影响NK细胞的分布和效应功能,NK细胞的免疫应答或可影响新冠肺炎患者的预后。本文总结了近年来NK细胞在COVID-19感染中作用的研究现状,并且讨论了以NK细胞作为治疗剂的可能性,以期为防治SARS-CoV-2的免疫损害提供潜在思路。

SARS-COV-2 M^(pro)抑制剂2-(2-氯苯基)-7-(异喹啉-4-基)-5,7-二氮杂螺[3.4]辛-6,8-二酮的合成

目的研究SARS-COV-2 M^(pro)抑制剂2-(2-氯苯基)-7-(异喹啉-4-基)-5,7-二氮杂螺[3.4]辛-6,8-二酮(1)的合成方法,为其深入研究和其衍生物的合成提供借鉴方法。方法以(2-氯苯基)乙酸甲酯为起始原料,经亲电取代、还原、磺酰化、环化、选择性水解得到3-(2-氯苯基)-1-乙氧羰基环丁烷-1-甲酸(6),在三乙胺存在下,化合物6与叠氮磷酸二苯酯反应,生成的酰基叠氮化合物经Curtius重排生成相应的异氰酸酯;再与4-氨基异喹啉反应,并在碳酸钠的作用下进一步环合生成目标化合物。结果中间体及目标化合物的化学结构经^(1)H-NMR、^(13)C-NMR、ESI-MS确证。结论对化合物6的合成路线进行了优化;通过化合物6获得了一条更精简的化合物1的合成路线,该路线既避免了有毒的三光气的使用,也避免了副反应的发生;通过制备型HPLC得到化合物1的两个顺反异构体,并使用NOESY确定了化合物的构型。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2环境稳定性的研究进展

2019冠状病毒病疫情席卷全球,其病原体严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)主要通过呼吸道飞沫以及密切接触(直接或间接接触)传播。接触病毒污染物体导致感染的风险也受到了广泛关注。本文对SARS-CoV-2在环境中稳定性的相关研究进行了综述。对SARS-CoV-2不同变异毒株的环境稳定性研究发现,在室温和常规湿度条件下,不同毒株在环境中的存活时间均与病毒滴度有关,低滴度(<104.0TCID50)病毒可在不同材料表面存活1~3 d,高滴度(>105.0TCID50)病毒可存活3~7 d。各种毒株在低温条件下均更加稳定。此外,研究未发现不同毒株对消毒剂的敏感性存在差异,醇基消毒剂、含氯消毒剂、表面活性剂等均能有效灭活SARS-CoV-2的不同变异株。当面临可能被病毒污染的环境时,应注意做好个人防护和手卫生,及时对环境表面进行消毒灭菌,以降低感染的风险。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型4种结构蛋白特性分析

为深入了解严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)S、M、E、N蛋白的分子生物学特征和基本结构特征,选取S、M、E、N蛋白序列进行生物信息学分析和预测,使用DNAstar、SignalP、TMHHM、PSORT Prediction、BUSCA和ABCpred软件,分析并相互验证4种蛋白的结构域特征和S蛋白的潜在B细胞抗原表位,结果预测出了4种结构蛋白的功能结构域,并分析预测出S蛋白潜在的B细胞抗原表位为25~29、75~81、112~116、148~152、773~779 aa。研究结果可为SARS-CoV-2相关的分子生物学和结构生物学研究提供参考,并为疫苗开发等提供理论依据。