基于SNP芯片的丫杈猪保种群体遗传结构研究

旨在研究丫杈猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究采用“中芯一号”芯片检测了166头丫杈种猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP);利用Plink软件计算观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、最小等位基因频率,分析丫杈猪群体的遗传多样性;采用Plink软件构建状态同源(identity by state,IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),采用GCTA软件构建G矩阵,分析丫杈猪群体的亲缘关系;采用Mega X软件构建群体进化树,分析丫杈猪群体的家系结构。结果显示,166头丫杈猪共检测到45211个SNPs位点,通过质量控制的SNP位点有36243个;有效等位基因数为1.529,多态性信息含量为0.254,多态性标记比例为0.875,最小等位基因频率为0.233;期望杂合度为0.329,观察杂合度为0.344;状态同源平均遗传距离为0.2595,状态同源距离矩阵和G矩阵结果均表明大部分丫杈猪呈中等程度的亲缘关系;ROH片段共有3226个,其中40.96%的长度在0~100 Mb之间,基于ROH的平均近交系数为0.069;群体进化树结果表明,丫杈猪公猪被分为8个血缘,数量与传统系谱记录的相同,但血缘间有个体差异。综上所述,丫杈猪保种群的有效群体含量偏低,遗传多样性中等偏低,近交程度不严重,可引入或创建新血缘,扩大有效群体含量,提高群体遗传多样性。

丫杈猪种质特性研究

为了探明丫杈猪的种质特性,对四川省地方优良品种盆周山地猪—丫杈猪进行了种质性能测定,包括繁殖性能、生长发育性能、肥育性能和杂交肥育性能。结果表明,丫杈猪瘦肉率高,达43.22%;料重比低,后备猪为3.22,肥育猪为3.49;生长速度快,肥育猪的日增重为499.60g;四肢结实粗壮,性成熟早,6月龄即可配种利用;母性好,产仔数为10.13头,属中等繁殖力。与大白猪、杜洛克杂交后,日增重显著增加,分别为579.37g、597.27g;瘦肉率显著提高,分别为52.63%、53.48%。

利用16S rDNA扩增子测序技术分析不同品种猪盲肠微生物菌落多样性

为了研究中国特有地方猪种丫杈猪、青裕猪和乌金猪盲肠微生物菌落的组成,揭示地方猪种耐粗饲特性的机理,本试验采用16SrDNA扩增子测序技术比较分析了体重90kg左右的丫杈猪、青裕猪和乌金猪盲肠微生物菌群的多样性。结果显示,在门水平上3个品种猪的核心菌群均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),在属的水平上均为普雷沃菌属(Prevotella)和拟杆菌属(Bacteroides);在3个猪种的盲肠中均发现了与降解纤维素相关的细菌,其中纤维杆菌属(Fibrobacter)和梭菌属(Clostridium)在丫杈猪盲肠中的数量显著高于青裕猪和乌金猪(P<0.05),普雷沃氏菌属(Prevotella)在丫杈猪盲肠内的数量显著高于乌金猪(P<0.05),拟杆菌属(Bacteroides)在青裕猪盲肠内的数量显著高于丫杈猪(P<0.05),螺旋体门(Spirochaetes)在青裕猪盲肠内的数量显著高于乌金猪(P<0.05)。结果表明,3个品种猪盲肠内微生物菌群分布的种类相似度高,但分布规律和数量存在显著差异;对与纤维素消化相关菌群的分析表明,丫杈猪对纤维消化的能力是3个品种中最强的,其次是青裕猪,乌金猪最弱。