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基于全基因组SNP标记分析中国地方鸡品种的遗传多样性和种群结构 被引量:8
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作者 高超群 曹然然 +4 位作者 杜文苹 胡晓玉 雷艳茹 李文婷 康相涛 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期554-562,共9页
旨在对中国地方鸡品种的遗传多样性与种群结构进行分析。本研究使用Affymetrix Axiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自8个品种的157只地方鸡及233只商品鸡进行基因分型,以品种作为分组来计算各分组的观测杂合度、期望杂合度、次等位基... 旨在对中国地方鸡品种的遗传多样性与种群结构进行分析。本研究使用Affymetrix Axiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自8个品种的157只地方鸡及233只商品鸡进行基因分型,以品种作为分组来计算各分组的观测杂合度、期望杂合度、次等位基因频率、近交系数及核苷酸多样性分析地方鸡群体的遗传多样性,利用进化树、主成分分析、群体结构、MDS等方法分析鸡群体的群体结构,基于状态同源(IBS)和群体分化系数(Fst)分析种群内部与种群之间的亲缘关系,利用长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)估算得到基于ROH的近交系数。结果表明,各群体的观测杂合度均高于期望杂合度,次等位基因频率在0.175~0.236之间,近交系数在0.018~0.205之间,核苷酸多样性在0~6×10^(-4)之间,进化树与主成分分析表明品种间出现了明显的群体分化,地方鸡群体与商品鸡群的MDS分析发现我国地方鸡与商业肉鸡品种的遗传距离较近;IBS遗传距离在0.0929~0.3199之间;各品种成对Fst分析表明,群体间呈现中高分化程度(0.09~0.22);此次分析共得到了5242个ROH,长度分布在1~41.51 Mb之间,基于ROH的近交系数在0.010~0.150之间。以上结果表明,地方鸡遗传多样性整体较为丰富,其中狼山鸡与皖南三黄鸡的遗传多样性最高。斗鸡、固始鸡及茶花鸡近交程度较高,可能经历过近交事件。不同品种间出现了较高遗传分化,该研究结果将有助于设计和实施遗传资源保护策略,促进遗传资源在保护中利用、利用中保护。 展开更多
关键词 中国地方鸡 全基因组SNP标记 遗传多样性 群体结构 ROH分析
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中国地方鸡生态因子和经济性状的相关性分析 被引量:6
2
作者 石建州 王莫离 赵金兵 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第7期1834-1842,共9页
试验旨在研究中国地方鸡品种生长所在地的生态因子和鸡的经济性状(体尺性状和屠宰性状)的相关性,探讨生态因子、体尺性状和屠宰性状3组性状之间的相关关系,揭示其内在联系。对中国107个地方鸡品种生长所在地的6个生态因子及其8个体尺性... 试验旨在研究中国地方鸡品种生长所在地的生态因子和鸡的经济性状(体尺性状和屠宰性状)的相关性,探讨生态因子、体尺性状和屠宰性状3组性状之间的相关关系,揭示其内在联系。对中国107个地方鸡品种生长所在地的6个生态因子及其8个体尺性状、8个屠宰性状进行了简单相关分析和典型相关分析(CCA)。结果表明,生态因子和屠宰性状两组性状间的第1个典型相关系数为0.536(P<0.01),贡献率55.046%,说明这两组性状间的相关性主要是由年平均气温和屠体重之间密切相关引起的,年平均气温越低,鸡的屠体重越高。生态因子和体尺性状两组性状间的第1个典型相关系数为0.679(P<0.01),贡献率54.118%,纬度和胫围相关性最大,纬度越高,胫围越小;第2个典型相关系数为0.556(P<0.05),贡献率28.251%,无霜期和龙骨长相关性最大,无霜期越长,龙骨长越长。体尺性状和屠宰性状两组性状间的第1个典型相关系数为0.901(P<0.01),贡献率81.063%,说明这两组性状间的相关性主要是由龙骨长和屠体重之间密切相关引起的,龙骨长越长,鸡的屠体重越大。 展开更多
关键词 中国地方鸡 生态性状 经济性状 典型相关分析
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基于mtDNA中国地方鸡种系统发生数据库建立 被引量:2
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作者 白云峰 栾德琴 +1 位作者 包文斌 陈国宏 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第1期113-119,共7页
在.NET编程环境下,运用代理程序的方法从GenBank中获取中国地方鸡种数据,并将有关mtDNA的数据进行整理,引用Matlab生物信息学工具箱,以组件技术将其打包和发布,建成中国地方鸡种mtDNA数据库。实验人员可以应用系统发生分析组件、经过运... 在.NET编程环境下,运用代理程序的方法从GenBank中获取中国地方鸡种数据,并将有关mtDNA的数据进行整理,引用Matlab生物信息学工具箱,以组件技术将其打包和发布,建成中国地方鸡种mtDNA数据库。实验人员可以应用系统发生分析组件、经过运算得到中国地方鸡种进化树图结果。说明通过Matlab、SQL和.NET混合编程构建中国地方鸡种mtDNA数据库系统,实现了基于mtDNA的中国地方鸡种生物进化关系分析功能。 展开更多
关键词 中国地方鸡 数据库 系统发生分析
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基于MapXtreme的中国地方鸡种信息管理系统的设计与实现 被引量:1
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作者 涂远璐 白云峰 +2 位作者 白红武 胡肄农 刘建 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2011年第3期592-596,共5页
众多优良的地方鸡种是中国宝贵的遗传资源,必须建立品种资源数据库进行管理。考虑到鸡种资源具有显著的分散地域特征,针对目前鸡种信息管理系统缺乏GIS显示与分析功能的现状,以MapXtreme技术为支撑开发了中国地方鸡种信息管理系统。利... 众多优良的地方鸡种是中国宝贵的遗传资源,必须建立品种资源数据库进行管理。考虑到鸡种资源具有显著的分散地域特征,针对目前鸡种信息管理系统缺乏GIS显示与分析功能的现状,以MapXtreme技术为支撑开发了中国地方鸡种信息管理系统。利用地理信息技术实现鸡种资源的可视化管理,能够方便、快捷地存储、显示、查找和分析鸡种资源信息,更好地服务于中国地方鸡种保育工作。 展开更多
关键词 地理信息系统 MAPXTREME 中国地方鸡
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基于功能团主成分构建的中国地方鸡种综合评价研究 被引量:2
5
作者 吉俊玲 秦豪荣 《中国家禽》 北大核心 2012年第22期27-30,共4页
本文在主成分决策分析的基础上,建立了功能团主成分性状的数学模型。利用27个地方鸡种12个数量性状,构建出3个功能团主成分:体量主成分、繁殖主成分、屠宰主成分,进行聚类分析和综合评分,为中国地方鸡种分类和利用提供了新的方法。
关键词 中国地方鸡 主成分分析 功能团主成分 综合评价
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基于Web的中国地方鸡品种生物信息查询系统的设计与实现
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作者 栾德琴 陈国宏 +7 位作者 常国斌 周伟 马腾 戴爱琴 李芹 盛中伟 白云峰 包文斌 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期68-72,共5页
构建独立的中国地方鸡品种生物信息查询系统是解决海量地方鸡品种信息存储和快速搜索策略问题的基础。该系统结合鸡的遗传与育种实际,立足中国特色资源,采用ASP编程技术和Microsoft SQL Server 2005数据库技术,以Windows 2003 Server为... 构建独立的中国地方鸡品种生物信息查询系统是解决海量地方鸡品种信息存储和快速搜索策略问题的基础。该系统结合鸡的遗传与育种实际,立足中国特色资源,采用ASP编程技术和Microsoft SQL Server 2005数据库技术,以Windows 2003 Server为开发平台,将相关异质数据快速生成生物信息二次数据库,与Web系统链接,通过后台进行实时更新,并添加数据分析功能,初步实现系统的应用。详细介绍了中国地方鸡品种生物信息查询系统的设计、开发以及实现过程,为农业信息化奠定基础。 展开更多
关键词 中国地方鸡品种 生物信息 WEB系统 设计 实现
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中国11个地方鸡种中鱼腥味敏感基因FMO3基因型频率分布研究 被引量:16
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作者 王晓亮 徐桂云 +3 位作者 郑江霞 姚俊峰 曲鲁江 杨宁 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1497-1501,共5页
本试验旨在研究影响鸡蛋鱼腥味的FMO3基因T329S突变在11个中国地方鸡种中的分布。所选的11个地方鸡种包括:北京油鸡、河北柴鸡、固始鸡、溧阳鸡、如皋鸡、太湖鸡、淮南麻黄鸡、丝羽乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、文昌鸡、藏鸡,采用PRC-RFLP方法... 本试验旨在研究影响鸡蛋鱼腥味的FMO3基因T329S突变在11个中国地方鸡种中的分布。所选的11个地方鸡种包括:北京油鸡、河北柴鸡、固始鸡、溧阳鸡、如皋鸡、太湖鸡、淮南麻黄鸡、丝羽乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、文昌鸡、藏鸡,采用PRC-RFLP方法对FMO3基因及基因型频率进行检测。试验结果表明东乡绿壳蛋鸡全部表现为TT基因型,不表现鱼腥味综合症,具有较好的蛋品质;而其他10个地方鸡种中均有SS基因型的鱼腥味综合症易感个体,其中北京油鸡SS基因型频率最高,为8.8%,藏鸡的SS基因型频率最低,为0.7%。地方鸡种中鱼腥味综合症易感基因型频率都不高,可以通过PCR-RFLP的方法予以剔除。 展开更多
关键词 鱼腥味 中国地方鸡 FMO3 PCR-RFLP
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生态因子对中国地方鸡品种繁殖性状的影响 被引量:2
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作者 石建州 王莫离 赵金兵 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第4期100-102,共3页
为了探讨生态因子对中国地方鸡品种繁殖性状的影响,试验采用简单相关分析和典型相关分析(CCA)的方法,分析生态因子和繁殖性状间的相关关系,揭示我国107个地方鸡品种的5个繁殖性状和其产区的6个生态因子间的内在联系。结果表明:生态因子... 为了探讨生态因子对中国地方鸡品种繁殖性状的影响,试验采用简单相关分析和典型相关分析(CCA)的方法,分析生态因子和繁殖性状间的相关关系,揭示我国107个地方鸡品种的5个繁殖性状和其产区的6个生态因子间的内在联系。结果表明:生态因子与繁殖性状共产生29个极显著水平相关(P<0.01),7个显著水平相关(P<0.05),其中绝对值较大的系数有年平均气温与无霜期、年降水量与无霜期,其简单相关系数分别为0.846,0.698。生态因子和繁殖性状间的第1个典型相关系数为0.666(P<0.01),贡献率为60.991%;第2个典型相关系数为0.470(P<0.01),贡献率为21.691%;第3个典型相关系数为0.340(P<0.01),贡献率为10.042%。生态因子和繁殖性状间的相关性主要反映了由平均蛋重、受精率和无霜期,年产蛋数和平均气温之间密切相关引起的,即无霜期越长,平均蛋重和受精率越低;年产蛋数随平均气温的升高而增多。 展开更多
关键词 中国地方鸡 生态因子 繁殖性状 典型相关分析(CCA) 遗传资源
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中国部分地方鸡种B-LⅡβ(β_1外显子)基因分子遗传多态性研究 被引量:11
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作者 习欠云 李宁 +3 位作者 唐玉新 孟庆勇 袁立 吴常信 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第1期7-14,共8页
应用PCR-RFLPs方法对10个鸡种的B-LⅡβ(β1外显子)基因进行分子遗传多态性研 究,综合4种限制性内切酶的酶切情况,共检测到37种基因组合型,并且在个体间以及品种间 的基因型频率、基因组合型频率都存在较大的差... 应用PCR-RFLPs方法对10个鸡种的B-LⅡβ(β1外显子)基因进行分子遗传多态性研 究,综合4种限制性内切酶的酶切情况,共检测到37种基因组合型,并且在个体间以及品种间 的基因型频率、基因组合型频率都存在较大的差异。同时各酶切位点的Hardy-Weinberg平衡状态在品种上也表现不一致。克隆测序结果表明:β1外显子分子遗传多态性更多地体现在氨 基酸水平,作为抗原结合区,其丰富的多态性与抗原多样性相一致。 展开更多
关键词 中国部分地方 B-LⅡβ(β1外显子)基因 分子遗传多态性 PCR-RFLPS
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气候因子对中国地方品种鸡的繁殖性状的影响 被引量:10
10
作者 石建州 梁子安 +1 位作者 高宛莉 褚学英 《家畜生态学报》 北大核心 2013年第12期58-60,共3页
对中国107个地方品种鸡的4个繁殖性状和4个气候因子间的关系进行了典型相关分析,探讨气候因子对107个地方品种鸡的繁殖性状的影响。典型相关分析结果表明,两组性状间的第1个典型相关系数为0.56584(P<0.01),贡献率82.19%。研究结果为... 对中国107个地方品种鸡的4个繁殖性状和4个气候因子间的关系进行了典型相关分析,探讨气候因子对107个地方品种鸡的繁殖性状的影响。典型相关分析结果表明,两组性状间的第1个典型相关系数为0.56584(P<0.01),贡献率82.19%。研究结果为家禽遗传育种与繁殖提供科学参考。 展开更多
关键词 中国地方品种 气候因子 繁殖性状 典型相关分析
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中国地方品种鸡生态性状的典型相关分析 被引量:47
11
作者 裴鑫德 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 1996年第4期367-374,共8页
本文对中国地方品种鸡的生态性状包括体尺性状、产肉性状、产蛋性状及产地气候性状等4组性状间的关系进行了典型相关分析,4组性状共含有19个变量,研究结果对中国地方品种鸡的杂交优势利用和遗传育种有参考价值。
关键词 中国地方品种 生态性状 典型相关分析
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中国地方品种鸡的分类研究 被引量:8
12
作者 裴鑫德 《生物数学学报》 CSCD 北大核心 1994年第3期49-56,共8页
中国鸡种资源极为丰富,中国历史上形成的许多优良地方品种鸡,对中国养鸡事业发展和世界养鸡业都曾做出过重要贡献。为充分利用我国地方鸡种资源遗传潜力和杂种优势,本文利用图论主成分分类法与系统聚类法根据20项指标研究了中国30个... 中国鸡种资源极为丰富,中国历史上形成的许多优良地方品种鸡,对中国养鸡事业发展和世界养鸡业都曾做出过重要贡献。为充分利用我国地方鸡种资源遗传潜力和杂种优势,本文利用图论主成分分类法与系统聚类法根据20项指标研究了中国30个地方品种鸡的分类问题,分类结果比较符合实际,特别是图论主成分分类图直观清楚,生物学含意明确,对中国鸡种资源和基因库的利用有实际参考价值。 展开更多
关键词 中国地方品种 图论主成分分类 系统聚类
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生态因素对中国地方品种鸡生产性能的影响 被引量:2
13
作者 李杰 逯春香 李祥龙 《山东畜牧兽医》 2015年第1期5-7,共3页
采集了110个中国地方品种鸡所在地的生态因素(平均海拔高度、年均气温、年均降水量和年均日照时数)和生产性能指标,以研究其对中国地方品种鸡的生产性能的影响。结果表明:海拔高度显著影响公母鸡胫长、公鸡胫围和胸肌率、母鸡屠宰率、... 采集了110个中国地方品种鸡所在地的生态因素(平均海拔高度、年均气温、年均降水量和年均日照时数)和生产性能指标,以研究其对中国地方品种鸡的生产性能的影响。结果表明:海拔高度显著影响公母鸡胫长、公鸡胫围和胸肌率、母鸡屠宰率、半净膛率和蛋重(P<0.05);炎热条件下公母鸡胸宽、胫长和母鸡胫围生长较差,公母鸡屠宰率和公鸡半净膛率在暖条件下表现较好,蛋重在凉条件下较高;年均降水量对中国地方鸡品种公母鸡体斜长、胫长、骨盆宽及公鸡的腿肌率、胸肌率和母鸡体重、全净膛率、蛋重有显著(P<0.05)或极显著影响(P<0.01);年均日照时数对公母鸡体重、公鸡胸深和母鸡胫长、骨盆宽、屠宰率、腿肌率和蛋重有显著(P<0.05)或极显著的影响(P<0.01)。 展开更多
关键词 中国地方品种 生态因素 生产性能 影响
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鸡MHC B-LBⅡ新等位基因检测及多态性研究 被引量:8
14
作者 徐日福 李奎 +5 位作者 陈国宏 强巴央宗 莫德林 李长春 樊斌 刘榜 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第12期1247-1255,共9页
在鸡的基因组中扩增了MHC B-LBⅡ基因第2外显子长度为374bp的片段,通过克隆、测序,发现了20个B-LBⅡ新等位基因.对第2外显子6个限制性酶切位点(AluⅠ、CaiⅠ、CfrⅠ、Hinl Ⅰ、HinfⅠ和RsaⅠ)的PCR-RFLP多态性进行分析,并运用在这6个位... 在鸡的基因组中扩增了MHC B-LBⅡ基因第2外显子长度为374bp的片段,通过克隆、测序,发现了20个B-LBⅡ新等位基因.对第2外显子6个限制性酶切位点(AluⅠ、CaiⅠ、CfrⅠ、Hinl Ⅰ、HinfⅠ和RsaⅠ)的PCR-RFLP多态性进行分析,并运用在这6个位点所观测的纯合基因型组合对B-LBⅡ等位基因进行初步检测,结果显示,该方法的等位基因检出率可达65%,等位基因主型检出率为68.75%.对B-LBⅡ基因7个单倍型和20个等位基因第2外显子多态性分析表明,核苷酸的多态变异位点为63个,其中简约性信息位点48个,单变异位点15个;仅在中国地方鸡种所检测到的简约性信息位点13个,单变异位点11个.序列同源性达90.6%~99.5%;核苷酸异义替换率为14.64%±2.67%,高于同义替换率2.92%±0.94%.为鸡B-LBⅡ基因多态性进化机制研究提供了参考资料. 展开更多
关键词 等位基因 中国地方鸡种B-LBⅡ基因 多态性
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优质黄羽肉鸡的养殖
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作者 刘华贵 《科学种养》 2007年第10期20-22,共3页
优质黄羽肉鸡是相对于从国外引进的白羽快大型肉鸡而言的,通常指含有中国地方鸡种血缘、生长较慢、肉质优良。
关键词 黄羽肉 优质 生长速度 普通肉 中国地方鸡 地方品种 肉质 地方 养殖 消费需求
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分子标记在鸡生物多样性评估中的应用 被引量:3
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作者 J.Hillel Z.Granevitze +2 位作者 T.Twito 程金花 赵文明 《中国家禽》 北大核心 2007年第23期53-56,共4页
  品种、群体、家系和个体基因组的DNA变异代表了特定品种内的遗传多样性.对遗传多样性机制研究的深入有助于改变动物的驯化模式,有助于评估群体之间的遗传关系和群体内的遗传变异.另外,该工作也可以确定应用于育种的重要DNA序列.……
关键词 红色原 DNA 进化分析 遗传进化 进化树 商品 系统树 分子标记 基因组序列 SNPs 中国地方鸡 褐壳蛋 生物多样性
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Characterization of Genetic Polymorphism of Novel MHC B-LBⅡ Alleles in Chinese Indigenous Chickens 被引量:2
17
作者 徐日福 李奎 +4 位作者 陈国宏 徐慧 强巴央宗 李长春 刘榜 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第2期109-118,共10页
Genetic polymorphism of the major histocompatibility complex (MHC) B-LBⅡ gene was studied by amplification of exon 2 using PCR, followed by cloning and DNA sequencing in eight indigenous Chinese chicken populations... Genetic polymorphism of the major histocompatibility complex (MHC) B-LBⅡ gene was studied by amplification of exon 2 using PCR, followed by cloning and DNA sequencing in eight indigenous Chinese chicken populations. To reveal the genetic variation of the B-LB Ⅱ gene, 37 types of patterns detected by PCR-SSCP were investigated first, which would be used to screen novel B-LB Ⅱsequences within the breeds. The types of PCR-SSCP patterns and final sequencing allowed for the identification of 31 novel MHC B-LBⅡ alleles from 30 unrelated individuals of Chinese chickens that were sampled. These are the first designators for the alleles of chicken MHC B-LBⅡ gene based on the rule of assignment for novel mammalian alleles. Sequence alignment of the 31 B-LB Ⅱ alleles revealed a total of 68 variable sites in the fragment of exon 2, of which 51 parsimony informative and 17 singleton variable sites were observed. Among the polymorphic sites, the nucleotide substitutions in the first and second positions of the codons accounted for 36.76% and 35.29%, respectively. The sequence similarities between the alleles were estimated to be 90.6%-99.5%. The relative frequencies of synonymous and nonsynonymous nucleotide substitutions within the region were 2.92%±0.94% and 14.64%±2.67%, respectively. These results indicated that the genetic variation within exon 2 appeared to have largely arisen by gene recombination and balancing selection. Alignment of the deduced amino acid sequences of the β1 domain coded by exon 2 revealed 6 synonymous mutations and 27 nonsynonymous substitutions at the 33 disparate sites. In particular, the nonsynonymous substitutions at the putative peptide-binding sites are considered to be associated with immunological specificity of MHC B-LB Ⅱ molecule in Chinese native chickens. These results can provide a molecular biological basis for the study of disease resistance in chicken breeding. 展开更多
关键词 B-LB gene genetic polymorphism ALLELE PCR-SSCP assay indigenous Chinese chicken
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鸡体尺性状和屠宰性状对繁殖性状的影响 被引量:5
18
作者 张建丰 王小立 +3 位作者 孙妍妍 田燕 石建州 张璐 《黑龙江畜牧兽医(下半月)》 北大核心 2016年第9期72-74,共3页
为了研究中国地方鸡的体尺性状和屠宰性状对繁殖性状的影响,笔者对我国107个地方鸡品种的繁殖性状的5个变量,体尺性状的8个变量,屠宰性状的8个变量采用典型相关分析(CCA)的方法进行了分析。结果表明:繁殖性状与体尺性状间的第1个典型相... 为了研究中国地方鸡的体尺性状和屠宰性状对繁殖性状的影响,笔者对我国107个地方鸡品种的繁殖性状的5个变量,体尺性状的8个变量,屠宰性状的8个变量采用典型相关分析(CCA)的方法进行了分析。结果表明:繁殖性状与体尺性状间的第1个典型相关系数为0.740(P<0.01),贡献率为62.448%;第2个典型相关系数为0.516(P<0.01),贡献率为18.666%;第3个典型相关系数为0.434(P<0.05),贡献率为11.954%。说明这2组性状间的相关性主要反映了胫长越长平均蛋重越大,体斜长越长年产蛋数越多,龙骨长越长鸡的平均开产日龄越晚。繁殖性状和屠宰性状间的第1个典型相关系数为0.646(P<0.01),贡献率为69.758%;第2个典型相关系数为0.392(P<0.05),贡献率为17.662%。说明这2组性状间的相关性主要反映了平均蛋重随屠宰重的增加而增加,年产蛋数随宰前活重增大而增多。 展开更多
关键词 中国地方鸡 繁殖性状 屠宰性状 体尺性状 典型相关分析
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