中国常见肿瘤的全基因组关联研究进展

肿瘤的遗传学病因复杂,全面系统地了解遗传变异在肿瘤发生中的作用是一项艰巨任务。全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)在全基因组水平探讨常见单核苷酸多态性与疾病或其他表型的关联,为了解复杂性疾病的发病机制提供新策略。针对不同肿瘤的GWAS,验证了一些基于候选策略所发现的肿瘤相关变异,发现了一系列新的肿瘤易感基因或染色体区域。主要介绍在中国人群中开展的肿瘤GWAS所取得的一些成果,并在此基础上阐述GWAS为中国常见恶性肿瘤遗传病因学研究带来的机遇与挑战。

《中国肿瘤临床》文章推荐:胃神经内分泌癌的研究进展

胃神经内分泌癌(G-NEC)发病率极低,患者确诊时多数已处于晚期,且通常比胃腺癌更具侵袭性,更易发生脉管癌栓、神经侵犯及术后肝转移。目前治疗方法有限且尚未形成统一的规范化方案,导致患者预后较差。随着人类G-NEC的基因组图谱的构建,识别出MYC作为疾病的关键驱动因子,开发小鼠模型来研究其分子和细胞特征,通过大规模的遗传和药理筛选,为理解G-NEC的生物学特性及治疗提供了新的思路。

中国儿童肿瘤(白血病)临床多中心研究协作组成立

2014年10月,由上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心卫生部儿童血液肿瘤重点实验室与中国抗癌协会儿童白血病专业委员会联合发起和组织的中国儿童肿瘤（白血病）临床多中心研究协作组宣告成立。

“千人基因组计划”测序人群包括丹佛的中国人

1月22日21时，南中国、英国和美国科学家组成的“国际协作组”在深圳、伦敦和华盛顿，同时宣布正式启动一个庞大的国际“千人基因组计划”。

泌尿生殖系统肿瘤基因组计划在深圳启动

2009年11月15日，中国科学家在深圳宣布“泌尿生殖系统肿瘤基因组计划”正式启动。此项计划由北京大学深圳医院和深圳华大基因研究院发起，中南大学附属湘雅第二医院、中山大学附属肿瘤医院、中山大学附属第三医院、深圳市人民医院、深圳市第二人民医院、深圳中山泌尿外科医院、深圳市儿童医院、南方医科大学附属珠江医院、安徽医科大学附属第一医院等单位共同参与。

中国汉族人群吸烟行为相关基因及其与肺癌相关研究进展

全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)设计基于较大病例对照研究样本量,并要求后期以多个独立研究验证和筛选前期结果。吸烟行为相关GWAS已在多个种族人群中进行,但以欧美人群居多,鉴于不同种族人群间存在遗传易感性差异,本文就近年在中国汉族人群中进行的吸烟行为相关基因GWAS或在该人群进行既往位点验证和筛选的研究及其与肺癌的相关研究进展作一综述。

基于TCGA和ICGC构建和验证肝细胞癌肿瘤微环境相关基因的预后风险模型

目目的探讨肿瘤微环境(TME)相关基因与肝细胞癌(HCC)预后的相关性,构建和验证HCC患者预后风险评估模型,寻找HCC预后相关的潜在生物标志物。方法收集来自癌症基因图谱(TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(ICGC,LIRI-JP)中HCC患者的转录组表达矩阵。对4,061个TME相关基因行Cox回归、Lasso回归等筛选TME相关关键基因并构建风险预测模型(TMEScore),在多个数据集中检验其预测性能。结果非负矩阵分解结果揭示HCC可以分成两个分子亚群。通过Lasso回归,两个关键的TME预后基因(CDCA8和CBX2)被过滤和筛选。基于这两个基因构建的风险模型能良好区分训练集、测试集、整个TCGA集和ICGC数据集中的患者预后。该TMEScore在亚组分析中也展现较好的预后价值。整合临床参数和TMEScore的列线图对预测患者的预后展现出良好的拟合性。TMEScore与免疫检查点、DNA复制、错配修复和上皮-间质转化相关基因呈正相关,且TMEScore与免疫细胞水平也明显相关。结论基于CDCA8和CBX2建立的TMEScore可以作为HCC的独立预后指标,且这两个基因可能是HCC治疗的潜在靶点。

《中国肿瘤临床》2016年第14期“淋巴瘤专栏”

近几年，分子诊断技术的进步使恶性淋巴瘤的分类、分型不断更新，淋巴瘤的治疗也日趋规范合理，近期疗效和远期生存均有了相当大的改善。另外，随着肿瘤基因组学研究的不断深入和精准医学的飞速发展，

《中国肿瘤临床》栏目介绍

基础研究：肿瘤学基础研究最新成果,涉及肿瘤病因学、流行病学、分子遗传学、肿瘤基因组学、肿瘤蛋白组学、分子免疫学、肿瘤微环境、肿瘤干细胞、肿瘤侵袭与转移机制、肿瘤耐药机制研究等。临床研究与应用：转化医学研究：肿瘤病理学、肿瘤标志物、肿瘤分子靶向药物研发、分子或细胞水平研究,着眼于应用先进基础研究手段解决临床实际问题,推动个体化治疗的研究等。临床诊治：肿瘤临床诊治经验总结与分析、肿瘤诊断与治疗新技术、对现有诊疗手段的改进与创新、

《中国肿瘤临床》2016年第14期“中青年淋巴瘤论坛”

近几年，分子诊断技术的进步使恶性淋巴瘤的分类、分型不断更新，淋巴瘤的治疗也日趋规范合理，近期疗效和远期生存均有了相当大的改善。另外，随着肿瘤基因组学研究的不断深入和精准医学的飞速发展，淋巴瘤的诊断和治疗也开启了个体化诊疗的新篇章。为促进国内各地区淋巴瘤诊治经验交流，展示恶性淋巴瘤临床及基础研究动态，推广规范化的诊疗模式，促进个体化精准医疗的发展，《中国肿瘤临床》2016年第14期针对目前国内淋巴瘤诊治现状，由中国抗癌协会淋巴瘤专业委员会常委、天津医科大学肿瘤医院淋巴瘤科主任张会来教授牵头，邀约活跃在我国恶性淋巴瘤临床研究领域的杰出中青年专家，围绕目前恶性淋巴瘤研究领域的热点和难点话题，特制作了“中青年淋巴瘤论坛”专辑。相信本期专栏的推出，可以为广大学者开拓恶性淋巴瘤诊疗的新思路和新视野，从而为复发难治的恶性淋巴瘤患者带来新的曙光。

《中国肿瘤临床》文章荐读:2016年第14期“中青年淋巴瘤论坛”

近几年,分子诊断技术的进步使恶性淋巴瘤的分类、分型不断更新,淋巴瘤的治疗也日趋规范合理,近期疗效和远期生存均有了明显改善。另外,随着肿瘤基因组学研究的不断深入和精准医学的飞速发展,淋巴瘤的诊断和治疗也开启了个体化诊疗的新篇章。

中国泌尿系肿瘤领域首个“973项目”落户第二军医大学长海医院

国家“973计划”立项以来泌尿系肿瘤领域首个项目“前列腺癌的分子机制与干预”课题研究启动仪式近日隆重举行。该项目由第二军医大学长海医院作为牵头单位，联合包括复旦大学、中国科学院北京基因组研究所、中国科学院大连化学物理研究所、天津医科大学、西安交通大学、北京大学等10多家单位，涵盖全部6个教育部泌尿外科国家重点学科单位的“973项目”，充分发挥多中心优势，通过大样本研究，建立中国人前列腺癌分子分型，揭示雄激素受体的作用，发现具有转化潜能的诊断和干预新靶点。

CCCG-ALL-2015方案治疗儿童急性淋巴细胞白血病复发的危险因素分析

目的分析儿童急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)经中国儿童肿瘤协作组急性淋巴细胞白血病2015方案(Chinese Children's Cancer Group ALL-2015 protocol,CCCG-ALL-2015)治疗后的累积复发率(cumulative incidence of relapse,CIR),并探讨影响复发的危险因素。方法回顾性分析2015年1月—2019年12月接受CCCG-ALL-2015方案治疗的852例患儿的临床资料,计算CIR并分析影响儿童急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)复发的危险因素。结果852例ALL患儿中,146例(17.1%)发生复发,8年CIR为(19.8±1.6)%。B-ALL与急性T淋巴细胞白血病患儿的8年CIR比较差异无统计学意义(P>0.05)。146例复发患儿中,复发时间主要集中于极早期(62例,42.5%)和早期(46例,31.5%),极早期单纯骨髓复发42例(28.8%),早期单纯骨髓复发27例(18.5%)。Cox比例风险回归模型分析显示,融合基因MLLr阳性(HR=4.177,95%CI:2.086~8.364,P<0.001)和第46天微小残留病≥0.01%(HR=2.013,95%CI:1.163~3.483,P=0.012)是B-ALL患儿经CCCG-ALL-2015方案治疗后复发的危险因素。结论儿童ALL经CCCG-ALL-2015方案治疗后仍有较高的复发率,以极早期和早期单纯骨髓复发常见;第46天微小残留病≥0.01%、融合基因MLLr阳性与B-ALL复发密切相关。

中国肺癌临床研究的过去、现在和未来

临床试验是指导临床实践的重要依据。自2004年开始,中国肺癌研究者从参加国际多中心临床试验到主导国际多中心临床试验,并建立首个国内多中心临床试验协作组织,推动了新药的发展、新治疗模式的建立以及创新临床试验设计。文中以表皮生长因子受体酪氨酸酶抑制剂为例,主要评述了中国肺癌研究者所参与或主导的改变中国乃至世界范围肺癌诊疗实践的临床研究,肺癌临床研究目前面临的挑战以及对未来的展望。

中国胸腺肿瘤协作组与中国胸腺外科的发展

胸腺肿瘤相比胸部其他实体肿瘤相对罕见,相关前瞻性随机对照临床试验很难开展。中国胸腺肿瘤协作组(ChART)针对这一情况建立了基于国人的胸腺瘤回顾性及前瞻性数据库。协作组成员依据该数据库做了大量研究工作并得出了专家共识。该文介绍了ChART针对此数据库近期开展的回顾性临床研究工作。

肿瘤基因组学与全球肿瘤基因组计划

DNA序列的变异是所有肿瘤细胞发生的重要的分子层面的原因,当前学界已经有能力对一定规模的癌症队列样本开展全基因组变异图谱的分析.国际肿瘤基因组协作联盟(ICGC)于2007年成立并启动了全球范围的肿瘤基因组研究工作.ICGC提出对50种癌症、总计25000例患者样本绘制体细胞基因突变谱.多个国家的参与课题组已经阶段性地总结了特定癌症的数据并报道了研究成果,当前跨癌种的泛癌症基因组研究已经成为ICGC的工作重点.我国以中国肿瘤基因组协作组(CCGC)的形式参与了ICGC的合作研究,选择包括食管癌、胃癌、肝癌、大肠癌、鼻咽癌等13种癌症并取得相关进展.CCGC和ICGC研究工作将积极推动癌症基因组学向肿瘤生物学的转化研究,为肿瘤的个体化精准诊疗提供理论和技术支撑.

我国科学家主导完成土豆基因“蓝图”

由于中方科学家另辟蹊径解决了研究瓶颈，近日，由14国科学家组成的“国际马铃薯基因组测序协作组”在北京、阿姆斯特丹和纽约等地同时宣布了马铃薯基因组序列框架图的完成。该项目由荷兰瓦赫宁根大学发起，2006年正式启动。中国农科院副院长屈冬玉博士作为项目发起人之一，组建了由农科院蔬菜花卉所和深圳华大基因研究院的专家组成的中方团队。

我国发现8个与食管鳞癌相关的基因突变

据2014年3月17日《光明日报》援引报道，中国医学科学院肿瘤医院分子肿瘤学国家重点实验室与华大基因、汕头大学医学院等单位合作，通过高通量测序、比较基因组杂交芯片分析、生物学功能和临床验证研究，全面系统揭示了食管鳞癌的遗传突变背景，

中国西部胃癌协作组工作经验

中国西部胃癌协作组自2011年于重庆成立以来，成员单位已由初期的20余家单位发展为至今的36家协作组成员单位，协作组覆盖中国西部各个省、自治区及直辖市。在协作组成员单位成立至今的6年时间里，除定期召开协作组年会，还定期开展胃癌规范化治疗巡讲、胃癌微创外科治疗及外科临床研究方法学等培训班，并邀请国内外知名学者参与交流。协作组自2011年即建立中国西部胃癌协作组多中心胃癌数据库。在数据库建立时，借鉴了四川大学华西医院和第三军医大学西南医院两家单位数据库建设的经验，同时数据库的设计、录入及管理工作也参考了日本胃癌协会日本全国胃癌登记录入系统。在数据录入收集过程中，190项数据类目均有统一的定义及录入标准，定义标准主要参照日本胃癌指南。目前该数据库已登记11 872例胃癌病例数据，拟于近期对数据库2011—2015年内收集的胃癌临床病例资料进行回顾性研究。此外，西部胃癌协作组也同时开展前瞻性多中心临床研究，协作组首个多中心前瞻性随机对照研究（WCGCC-1202）已于2015年初开始入组，目前研究进展顺利。在下一阶段的工作中，协作组将进一步完善目前已经建立的数据库，优化数据库管理流程，开展更多的临床研究。同时加强与中国循证中心等临床研究方法学团队的合作与交流，扎实临床研究方法学根基，从根本上保证研究的质量。在胃癌规范化治疗方面，进一步加强与其他国际胃癌中心的交流，并加强与胃癌多学科治疗团队的合作，期待能够从整体上提高我国西部胃癌综合治疗水平及临床研究水平。

中国人群肺癌全基因组的关联研究

肺癌是人类最常见的恶性肿瘤之一，在工业化国家和我国许多城市已位居全部恶性肿瘤死因的首位。流行病学研究表明，80％以上的肺癌可以归咎为烟草暴露，但仅有不到20％的吸烟者发生肺癌，说明在同等环境暴露下，具有不同遗传背景的个体对肺癌的易感性不同。因此，筛选具有遗传易感性的高危个体，从而采取针对性的预防措施，是有效预防肺癌高发的策略之一。