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人类群体遗传结构的协方差阵主成分分析方法
被引量:
3
1
作者
薛付忠
王洁贞
+1 位作者
郭亦寿
胡平
《人类学学报》
CSCD
北大核心
2005年第3期221-231,共11页
目的:探讨基因频率矩阵的中心化(或均值化)协方差阵主成分分析方法在人类群体遗传结构研究中的适用性和合理性。方法:从基因频率矩阵的结构特征入手,分析中心化、均值化协方差阵主成分分析与标准化相关阵主成分分析在特征根、特征向量...
目的:探讨基因频率矩阵的中心化(或均值化)协方差阵主成分分析方法在人类群体遗传结构研究中的适用性和合理性。方法:从基因频率矩阵的结构特征入手,分析中心化、均值化协方差阵主成分分析与标准化相关阵主成分分析在特征根、特征向量以及降维效果等方面的差异,并通过实例比较不同方法在解释群体遗传结构特征上合理性。结果:中心化(或均值化)协方差阵的主成分不仅反映了基因变异程度的“方差信息量权”,而且反映了基因间相互影响程度的“相关信息量权”;标准化相关阵的主成分反映的仅是“相关信息量权”,不包括“方差信息量权”。通过比较中国26个汉族人群HLA-A基因座中心化协方差阵和标准化相关阵2种主成分分析结果,证实中心化协方差阵主成分分析方法在特征根与特征向量、保留主成分的个数和对主成分的群体遗传学解释的合理性等方面均优于标准化相关阵主成分分析方法。结论:在对群体遗传结构进行主成分分析时,应使用中心化(或均值化)变换消除基因频率矩阵中量级的影响,然后在用其协方差阵提取主成分。
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关键词
人类群体遗传结构
主成分分析
中心化
(
或均值
化
)
协方差
阵
HLA-A
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职称材料
题名
人类群体遗传结构的协方差阵主成分分析方法
被引量:
3
1
作者
薛付忠
王洁贞
郭亦寿
胡平
机构
山东大学公共卫生学院流行病学与医学统计学研究所
山东大学医学院医学遗传学研究所
出处
《人类学学报》
CSCD
北大核心
2005年第3期221-231,共11页
基金
国家自然科学基金资助项目(30170527)
文摘
目的:探讨基因频率矩阵的中心化(或均值化)协方差阵主成分分析方法在人类群体遗传结构研究中的适用性和合理性。方法:从基因频率矩阵的结构特征入手,分析中心化、均值化协方差阵主成分分析与标准化相关阵主成分分析在特征根、特征向量以及降维效果等方面的差异,并通过实例比较不同方法在解释群体遗传结构特征上合理性。结果:中心化(或均值化)协方差阵的主成分不仅反映了基因变异程度的“方差信息量权”,而且反映了基因间相互影响程度的“相关信息量权”;标准化相关阵的主成分反映的仅是“相关信息量权”,不包括“方差信息量权”。通过比较中国26个汉族人群HLA-A基因座中心化协方差阵和标准化相关阵2种主成分分析结果,证实中心化协方差阵主成分分析方法在特征根与特征向量、保留主成分的个数和对主成分的群体遗传学解释的合理性等方面均优于标准化相关阵主成分分析方法。结论:在对群体遗传结构进行主成分分析时,应使用中心化(或均值化)变换消除基因频率矩阵中量级的影响,然后在用其协方差阵提取主成分。
关键词
人类群体遗传结构
主成分分析
中心化
(
或均值
化
)
协方差
阵
HLA-A
Keywords
Human population
Genetic structure
Principle component analysis
Averaged covariance matrix
HLA-A
分类号
Q987 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
人类群体遗传结构的协方差阵主成分分析方法
薛付忠
王洁贞
郭亦寿
胡平
《人类学学报》
CSCD
北大核心
2005
3
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