含串联多拷贝DNA序列的质粒载体的构建

目的探索简便快速的构建含有串联多拷贝DNA序列的质粒载体的方法。方法通过PCR的方法获得不同拷贝数的DNA序列的片段,以与载体同源重组的方式将PCR片段与载体重组,得到重组质粒。最后经BamHⅠ和NotⅠ双酶切鉴定来确定所构建质粒中插入重复DNA序列的拷贝数。结果经酶切鉴定分析,所得质粒分别可以切出不同大小的片段,而且片段大小与所插入的重复DNA序列拷贝数是相对应的。结论成功构建了含有串联多拷贝DNA序列的质粒载体,为向质粒载体中插入多拷贝DNA序列提供了简便实用的新方法。

基于16S rRNA和gyrB基因串联DNA特征序列的气单胞菌鉴定方法

【目的】建立基于16S rRNA序列和gyrB基因串联DNA特征序列的属内菌种鉴定方法,为气单胞菌的种间区分提供技术支持。【方法】以2020—2021年在我国福建、江苏等地分离获得的水产源气单胞菌和NCBI已公布且完成全基因组测序的10种气单胞菌为研究对象,分别以16S rRNA序列、gyrB基因及2个基因序列串联后得到的新DNA特征序列作为构建系统发育进化树的依据,比较不同系统发育进化树的鉴定结果,并以运动性试验、溶血性试验、糖发酵试验进行辅助鉴定。【结果】在基于16S rRNA序列构建的系统发育进化树中,中间气单胞菌、嗜水气单胞菌、达卡气单胞菌、肠源气单胞菌等聚类在不同分支上,未能形成独立的种属进化分支;在基于gyrB基因构建的系统发育进化树中,达卡气单胞菌、豚鼠气单胞菌和嗜水气单胞菌聚类在同一分支上,而异嗜糖气单胞菌和维氏气单胞菌聚类在另一分支上。将16S rRNA序列和gyrB基因串联组成新DNA特征序列再构建系统发育进化树建树,能完全有效分离气单胞菌属的不同菌株,将不同种的气单胞菌独立聚为一支,较好地实现种间区分。【结论】将16S rRNA序列和gyrB基因串联组成新DNA特征序列再构建系统发育进化树,较基于16S rRNA序列或gyrB基因单独构建系统发育进化树具有更高的分辨力,是一种理想的保守序列相似性高的属内菌种鉴定方法。因此,在16S rRNA测序鉴定为气单胞菌的情况下可再次以gyrB基因为测序对象,获得序列信息后与16S rRNA序列串联构建系统发育进化树,能更加精确地将气单胞菌鉴定到种水平。

绵羊线粒体DNA D-loop区串联重复序列变异研究(英文)

对来自69个我国地方绵羊品种和8个国外引入品种共计77个个体线粒体DNA控制区长度为75bp的串联重复序列进行了测序分析。在309个重复序列中检测到28个变异位点,其中7个为具有2个变异体的单现突变,1个为具有3个变异体的单现突变,20个为具有2个变异体的简约位点。由28个变异位点中归纳出63个单倍型,其中单倍型Ⅰ和单倍型Ⅲ具有较高的比例,分别为12.94%和30.42%。研究结果揭示我国地方绵羊可能起源于两个母系祖先。哈萨克羊和阿勒泰羊间以及蒙古羊和乌珠穆沁羊间分别具有较近的亲缘关系且没有明显的遗传分化。藏绵羊、蒙古羊和乌珠穆沁羊相对哈萨克羊和阿勒泰羊而言具有较低的遗传多样性。

孕妇血浆中游离胎儿DNA短串联重复序列检测

目的:建立一种简便、不依赖于胎儿性别和父本DNA的无创性产前诊断方法。方法:应用降落PCR和二次PCR扩增技术,结合母源DNA对照,以34例孕妇外周静脉血血浆作为标本,口腔上皮细胞拭子作为母源对照,孕妇配偶外周血DNA作为父源对照,检测正常孕妇血浆中游离胎儿DNAD17S1293、D21S11及DXS8377等基因位点。结果:34例孕妇血浆DNA中均检出非母源性等位基因条带,其中17例经父源DNA验证。结论:采用降落PCR和二次PCR扩增技术,可以提高孕早期微量游离胎儿DNA的扩增效率,准确、快捷地获得不依赖于父本DNA的胎儿遗传信息。

基因组拷贝数变异测序联合短串联重复序列分型在孕早期自然流产病因分析中的应用

目的:探讨基因组拷贝数变异测序(CNV-Seq)技术联合短串联重复序列(STR)分型对早期自然流产查因的可行性和应用价值,为早期自然流产发生后的再次妊娠提供遗传学的风险评估。方法:选取河南省人民医院医学遗传研究所收集到的545例早期自然流产组织,使用基于高通量测序技术的CNV-Seq平台和基于荧光标记复合扩增的STR分型技术对染色体异常进行联合分析,并使用单核苷酸多态性芯片(SNP-array)对部分特殊异常结果进行验证。结果:CNV-Seq技术联合STR分型成功检测了545例样本,总阳性检出率为55.1%,包括染色体数目异常271例,结构异常23例,单亲二倍体6例。其中联合STR分型额外检出三倍体、单亲二倍体样本及其他染色体数目异常39例。SNP-array平台对6例单亲二倍体样本的验证结果与STR分型检出结果一致。结论:CNV-Seq技术联合STR分型检测可提高染色体异常的阳性检出率,为更准确分析早期自然流产的原因提供依据。

微量DNA的短串联重复序列分型可行性

目的了解微量DNA分型的法医学应用的可行性。方法一系列浓度的DNA模板用PowerPlexTM16System试剂盒扩增,并用ABI377DNA测序仪进行短串联重复序列(STR)的分型。结果当模板量小于250pg时,部分位点发生了等位基因漏扩,并出现非特异带、杂合子扩增不平衡等干扰分型的杂峰。结论上述这些不正常的现象可能会导致分型错误。在对微量检材的DNA检验结果进行判型时一定要小心谨慎,全面考虑。

人单拷贝及重复DNA序列的原位PCR

在培养的人小肠癌转移腹水细胞系细胞中进行了Y染色体特异的重复序列及单拷贝序列的原位扩增与检测 .结果显示原位PCR法的灵敏度比直接的原位杂交法明显提高 .

太原地区短串联重复序列vWF的多态性DNA片段及其临床应用

采用多相缓冲系统，在成层胶T=5％，C=2．6％，分离胶T=8％，C=5％的条件下用聚丙烯酰胺凝胶电泳对人类短串联重复序列(STR)。DNA片段进行分离。其中，成层胶内主要缓冲成分为2—二羟乙基亚胺—三羟甲基甲烷(Bistris)、H2SO4及N、N—2(羟乙基)甘氨酸(Bicine)；而分离胶以Tris、H2SO4及2—二羟乙基亚胺—三羟甲基甲烷(Bistris)为主，构成多相缓冲系统。DNA片段在成层胶中被有效地压缩，在分离胶内又可完全解压缩，使其按片段大小分离；从而达到提高分辨率的目的。

DNA序列拷贝数变化决定黄瓜性别

中国农业科学院蔬菜花卉研究所蔬菜功能基因组学创新团队,与国内外同行合作发现了一个大片段DNA序列拷贝数变化可以决定黄瓜的性别,并揭示了该序列结构变异产生的主要机制。研究成果对于进一步揭示黄瓜性别决定机理具有重要的指导意义,并对培育高产黄瓜品种具有潜在的重要应用价值。

中科院蔬菜花卉所发现DNA序列拷贝数变化决定黄瓜的性别

据2015年5月29El（gt技日报》报道，该院蔬菜花卉研究所蔬菜功能基因组学研究团队与国内外同行合作发现，一个大片段DNA序列拷贝数变化可以决定黄瓜的性别。相关成果发表于《植物细胞》杂志。

DNATyper mtDNA-SNP60^(TM)试剂盒在案件中的应用研究

本文探讨DNATyper mtDNA-SNP60^(TM)试剂盒在案件中应用的可行性。应用DNATyper mtDNASNP60^(TM)试剂盒对100个汉族无关个体和20组全同胞进行mtDNA SNP检验;取25 pg/μL马、牛、羊、猪、鸡、鸭、猫、狗、兔、鼠和大肠杆菌的DNA样品进行种属特异性测试;取5、10、20、40μmol/L血红素进行抗抑制性测试;取两个批次的DNATyper mtDNA-SNP60^(TM)试剂盒经反复冻融10次后进行稳定性测试;分别应用VeriFiler^(TM)Plus PCR扩增试剂盒和DNATyper mtDNA-SNP60^(TM)试剂盒对100份陈旧、腐败、降解检材进行检验。结果表明,100个汉族无关个体均获得清晰的mtDNA SNP分型结果,其检验结果与通过mtDNA测序获得的结果完全一致;100个汉族无关个体含有100种不同的单倍型;20组全同胞中每组个体之间mtDNA SNP分型结果相同;DNATyper mtDNA-SNP60^(TM)试剂盒对马、牛、羊、猪、鸡、鸭、猫、狗、兔、鼠和大肠杆菌的DNA样品进行检测,均未出现特异性分型;当血红素浓度≤40μmol/L时,所有mtDNA SNP位点均获得正确分型;两个批次的DNATyper mtDNA-SNP60^(TM)试剂盒经反复冻融10次后,所有mtDNA SNP位点均可正确分型;对于100份陈旧、腐败、降解检材,STR检出率为55%,mtDNA SNP的检出率为86%,mtDNA SNP的检出率显著高于STR。当模板DNA浓度大于5 pg/μL时,DNATyper mtDNA-SNP60^(TM)试剂盒能得到完整的分型谱图。综上,DNATyper mtDNA-SNP60^(TM)试剂盒可应用于陈旧、腐败、降解检材的检验,具有很好的实战应用价值。

3DNA序列拷贝数变化决定黄瓜性别

科技日报讯据中国农科院最新消息,该院蔬菜花卉研究所蔬菜功能基因组学创新团队与国内外同行合作,发现了一个大片段DNA序列拷贝数变化可以决定黄瓜的性别。相关成果发表于最新一期国际著名学术期刊《植物细胞》。

DNA序列在悬钩子属植物分子系统学研究中的应用进展

悬钩子属植物种类繁多,类群复杂,而且多为多倍体和杂种。该文就近年来国内外有关DNA序列在悬钩子属植物分子系统学研究中的应用现状和进展进行了综述,并对中国悬钩子属植物系统发育研究进行了展望。研究认为:叶绿体DNA序列多应用非编码区,且多与ITS序列联合分析;核基因组中ITS序列应用最为广泛,主要用于研究悬钩子属空心莓组与木莓组的进化关系、栽培品种间亲缘关系及部分杂种和多倍体的起源等;在该属植物中发现了ITS个体内多态性,但未进行ITS假基因检测,其系统学应用价值需重新评价;低拷贝核基因只有GBSSI和LEAFY有相关应用。同时认为,悬钩子属植物系统学研究中应用的DNA序列及研究类群均较少,缺乏对整个悬钩子属全面而系统的研究。指出应进一步选择具有代表性的样本、筛选合适的DNA片段,并结合形态学、孢粉学和细胞学等手段对中国悬钩子属植物系统关系进行深入研究。

低拷贝DNA模板检验方法探讨

目的探讨扩增及检测方法对低拷贝DNA模板分型检测灵敏度的影响。方法Control DNA 9947A按比例稀释,采用IdentifilerTM和DNATyper15TM试剂扩增,循环参数设置为28和28+6个循环,平行扩增3次,分别单独检测及3次合并检测,使用310及3130分析仪检测。结果28+6个循环的基因座检出率高于28个循环;等位基因不平衡及丢失与基因座没有特异性的关联,随着DNA模板量的减少,等位基因不平衡及丢失增多;将3次扩增产物混合后检测,等位基因不平衡及丢失情况减少,分型正确率增高。结论模板DNA分3次扩增后混合检测、循环数为28+6,可提高低拷贝模板基因座的检出率。

辽宁满族15个短串联重复序列基因座遗传多态性

随着人类基因组研究的深入，人类已发现许多短串联重复序列（short tandem repeats，STR）属于微卫星DNA序列，STR基因座因其在人类基因组中分布广泛、片段小、易扩增、所需检材微量及其高度杂合性、高度多态性而广泛应用于构建人类遗传连锁图谱、基因定位、遗传病连锁分析、

人类串联重复着丝粒DNA研究进展

着丝粒结构及功能有着复杂的分子基础，在人类已经发现串联重复的着丝粒DNA，对着丝粒区染色质的空间折叠、动粒板层结构的形成、以及着丝粒活性等都能产生直接的影响。本文将概述近几年有关这些DNA序列组成、功能研究的进展，同时，针对研究现状．对今后的工作进行了讨论。

IDentifier DNA分型盒(炎黄34)的法医学验证及应用评估

目的 测试IDentifier DNA分型盒(炎黄34)的技术性能指标,评估其法医学应用价值。方法 根据《法庭科学人类荧光标记STR复合扩增检测试剂质量基本要求》(GB/T 37226—2018),从种属特异性、分型准确性、灵敏度、适应性、耐受性、一致性、均衡性、反应条件验证、混合样本、稳定性、批间差11个方面对IDentifier DNA分型盒(炎黄34)进行测试。比较IDentifier DNA分型盒(炎黄34)与Power Plex~?Fusion 6C系统、Versa Plex~?27PY系统、Veri Filer~(TM) Plus PCR扩增试剂盒的系统效能。使用IDentifier DNA分型盒(炎黄34)检测日常案件中的拭子类生物检材,观察其STR检验结果 。结果 IDentifier DNA分型盒(炎黄34)具有良好的种属特异性、分型准确性、适应性、耐受性和均衡性,灵敏度可达0.062 5 ng,能检测案件中不同类型的检材、降解检材及混有抑制剂的检材,对混合比例为4∶1以内的样本均能获得完整分型。该试剂盒的系统效能非常高,TDP可达1-1.08×10~(-37),CPE_(trio)和CPE_(duo)分别可达1-5.47×10~(-14)和1-6.43×10~(-9)。针对案件中的接触类生物检材,其有效检出率可达21.05%。针对亲缘关系鉴定,单亲鉴定和全同胞鉴定的系统效能均得到了有效提高。结论 IDentifier DNA分型盒(炎黄34)的上述性能指标符合要求,可用于个体识别及亲权鉴定,适合在法庭科学领域应用。