临床蛋白质组学——蛋白质组学在临床研究中的应用

临床蛋白质组学是将蛋白质组学技术应用于临床医学研究,它主要围绕疾病的预防、早期诊断和治疗等方面开展研究,其中,恶性肿瘤是临床蛋白质组学研究的一个重点研究对象.由于肿瘤生物标志物对早期诊断具有重要价值,所以临床蛋白质组学的主要目标之一是寻找合适的肿瘤生物标志物,多分子生物标志物已成为寻找肿瘤生物标志物的一个研究趋势.简要介绍了临床蛋白质组学的基本概念,实验设计,临床样本收集与预处理以及蛋白质组学技术在临床研究中的应用与进展.

肝内转移与多中心发生多结节肝癌的比较蛋白质组学分析

背景与目的:多结节肝癌的起源既有单一原发肿瘤的肝内转移,又有各个结节单独存在的多中心性发生。我们对肝内转移组和多中心发生组多结节肝癌组织的全蛋白质表达谱进行比较分析,希望筛选出在多结节肝癌细胞克隆起源过程中发挥重要作用的差异蛋白分子。方法:应用双向凝胶电泳分离肝内转移组及多中心发生组多结节肝癌组织总蛋白,对两组间蛋白差异点应用质谱进行分析及数据库搜索、鉴定。结果:肝内转移组平均检测到(1025±52)个蛋白点(n=3),多中心发生组平均检测到(900±98)个蛋白点(n=3)。筛选出差异蛋白点25个,应用质谱鉴定出其中核纤层蛋白A/C异构体2等20种差异蛋白质。结论:多中心发生组与肝内转移组多结节肝癌的蛋白表达谱存在差异。鉴定出的20个差异表达蛋白可能参与肝癌的发生、发展、侵袭、转移,有可能成为潜在的、有应用价值的多结节肝癌细胞克隆起源鉴别分子标志。

胃癌和慢性胃炎患者幽门螺杆菌蛋白质组学分析

背景:胃癌的发生是一个多因素多步骤的过程,幽门螺杆菌(H.pylori)感染在此过程中发挥重要作用。目的:建立胃癌和慢性胃炎H.pylori的双向凝胶电泳(2-DE)图谱,识别鉴定差异表达的蛋白质,探讨细菌本身因素在胃癌发病过程中的作用。方法:取H.pylori阳性的胃癌和慢性胃炎患者胃黏膜组织后分离培养H.pylori,收集菌体并采用BCA法行蛋白定量,以2-DE分离H.pylori蛋白,采用PDOuest软件分析差异表达的蛋白质点,应用电喷雾四极杆飞行时间串联质谱(O-TOF)进行鉴定,并在Mascot数据库中进行检索。结果:胃癌和慢性胃炎H.pylori总蛋白均获得分辨率高、重复性好的2-DE图谱。共6个蛋白质点在胃癌和慢性胃炎中存在表达差异,其中超氧化物歧化酶、尿素酶α亚单位、分子伴侣60 kDa在胃癌H.pylori菌株中高表达,而巯基过氧化物酶、二磷酸核苷激酶、S-核糖基同型半胱氨酸裂解酶在慢性胃炎H.pylori菌株中高表达。结论:成功建立了分辨率高且重复性好的胃癌和慢性胃炎H.pylori蛋白的2-DE图谱,并鉴定出两种疾病相关菌株中差异表达的蛋白质点,这些蛋白质点可能在胃癌的发生中起重要作用。

蛋白质组学及其在肿瘤标记物筛选鉴定中的应用

蛋白质组学是针对蛋白质组研究的一门新兴学科,包括结构蛋白质组学和功能蛋白质组学,主要是在整体水平上研究细胞内蛋白质的组成及其活动规律。近年来多种新技术的应用极大地推动了蛋白质组学的发展,同时也成功地应用于肺癌、乳腺癌、结肠癌、膀眈癌、前列腺癌和肾癌等常见肿瘤标记物的筛选鉴定。蛋白质组学研究的迅速发展在生命科学领域已取得了许多成果,显示出强大的应用前景,对肿瘤的诊断、治疗、监控及肿瘤相关机制的探讨具有重要意义。

大肠癌临床分期相关蛋白的蛋白质组学研究

目的筛选与大肠癌临床分期相关的蛋白,为大肠癌分子分期和预后预测提供依据。方法将不同临床分期大肠癌组织蛋白进行二维凝胶电泳,选择部分差异表达蛋白进行MALDI-TOF质谱分析和生物信息学分析以鉴定差异表达蛋白;免疫组织化学方法验证筛选结果。结果建立了不同临床分期大肠癌组织的二维凝胶电泳图谱,其中Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ大肠癌组织平均蛋白质点数分别为970±41,980±32,1010±43,1240±34;以Ⅰ期大肠癌为参照,Ⅱ期大肠癌差异表达蛋白有52.00±12,Ⅲ期大肠癌差异表达蛋白42.00±11,Ⅳ期大肠癌差异表达蛋白72.00±15,通过进行质谱分析和生物信息学查询,鉴定30个显著差异表达的蛋白点,其中Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ均上调的有3种蛋白:AnnexinⅡ,AnnexinⅣ,热休克蛋白27(HSP27)。而仅在Ⅳ期中上调蛋白有1种蛋白,即肝脂肪酸结合蛋白(LFABP)。AnnexinⅡ和肝型脂肪酸结合蛋白表达的免疫组化检测结果与蛋白质筛选结果基本一致。结论不同临床分期的大肠癌中存在着差异表达蛋白,这些蛋白可能作为大肠癌分子分期和预后的标志物。

肿瘤坏死因子诱导B16细胞凋亡的核蛋白质组分析(英文)

为深入了解细胞凋亡的机制,研究了细胞凋亡过程中细胞核蛋白的变化.通过分离肿瘤坏死因子TNFα诱导的小鼠黑色素瘤B16细胞的细胞核并进行二维电泳分析,获得了分辨率和重复性较好的双向电泳图谱.图像分析比较对照细胞和凋亡细胞的核蛋白发现,在凋亡细胞中有11个蛋白发生了明显的变化,6个蛋白下调,5个蛋白上调,对这11个差异蛋白质点分别进行肽质指纹分析.经数据库查询,初步鉴定出这些蛋白.其中4个含量增加的蛋白(HSP84,calreticulin,vimentin,GAPDH)均直接或间接地参与诱导细胞凋亡,另外1个含量增加的蛋白(plasminogen)尚未见其与细胞凋亡有关的报道.而6个含量降低的蛋白分别属于信号转导相关蛋白(guaninenucleotidebindingprotein,lamininreceptor1)、转录调控蛋白、mRNA转运蛋白(heterochromatinprotein1alpha,heterogeneousnuclearribonucleoproteinA3,heterogeneousnuclearribonucleoproteinA2B1)和未知功能蛋白(nucleolarproteinNO38).细胞凋亡过程中这些变化的核蛋白质的发现将有助于深入认识细胞凋亡的分子机制.

比较蛋白质组学在肿瘤生物标记物研究中的应用策略

肿瘤是由多重因素引起的复杂疾病,受多种基因的调控。基因的表达方式错综复杂,从mRNA表达水平并不能准确预测蛋白质的表达水平,蛋白质的动态修饰和加工并非必须受基因序列的调控。而且蛋白质是细胞功能的真正执行者,可以动态反映生物系统,肿瘤细胞的形成必然涉及蛋白质组的变化。因此,利用蛋白质组学技术研究具有临床应用价值的肿瘤生物标记物具有重要的意义。其核心研究思路是通过分析肿瘤细胞/组织等样品中的蛋白质组,寻找肿瘤患者与正常人的蛋白质组的异同。

子宫颈癌的临床蛋白质组学研究

子宫颈癌是女性第二大常见的恶性肿瘤,2002年,全球有49.3万新发病例和27.4万死亡病例,其中83%以上的新发病例来自发展中国家[1]。随着筛查技术和早期治疗技术的增多与改进,尤其是子宫颈涂片细胞学检查联合人乳头瘤病毒（humanpapillomavirus，HPV）检测，子宫颈癌已取得了非常好的防治效果，但尚缺乏高敏感性、高特异性的早期诊断技术。找到新标志物用于子宫颈癌的早期诊断和判断疗效是改善子宫颈癌预后的关键。

血清蛋白质组学技术在肿瘤血清标志物筛选中的应用

至今为止，癌症作为病死率最高的疾病正严重威胁着人类健康，早期发现、早期诊断、早期治疗是降低癌症病死率的有效手段。但是目前为止还没有发现特异性和敏感度均能达到100％的血清肿瘤标志物（tumormarker，TM）^[1]。因此，寻找敏感度和特异性都理想的TM具有很高的临床应用价值。

蛋白质组学在寻找肿瘤生物标记物中的技术与应用

蛋白质组学(proteomics)的主要任务是识别,鉴定细胞、组织或机体的全部蛋白质,并分析蛋白质的功能和结构。它集中体现了当代基因组学、计算机学、分析仪器学和生化等学科的最新发展水平。蛋白质组学摒弃了传统上以小项目形式分割地研究蛋白质的弊端,采用立体的、全面的和快速的分析方法,以透视全体基因在特定细胞或组织的表达为基本目标。它的产生无论从研究策略上还是其负载的技术,对肿瘤的研究都是一场革命。

2007临床蛋白质组学高峰论坛会议纪要

2007临床蛋白质组学高峰论坛于4月14日在北京会议中心举行。本次论坛由中国生物化学与分子生物学会临床应用生物化学与分子生物学分会、军事医学科学院生物医学分析中心、北京国家生物医学分析中心和北京协和医院主办，博扬通（北京）科技有限公司和美国布鲁克·道尔顿公司承办。来自中国协和医科大学、首都医科大学、北京大学、台湾长庚大学、军事医学科学院生物医学分析中心、中国科学院基因组信息学中心暨北京华大基因研究中心等多所国内著名院校和研究机构的专家在会上作了精彩的专题报告。

甲状腺乳头状癌与转移淋巴结组织蛋白质组学差异表达分析

目的比较甲状腺乳头状癌(papillary thyroid cancer,PTC)与转移淋巴结(lymph node,LN)组织差异表达的蛋白质,筛选与PTC淋巴结转移的相关蛋白并初步探讨其转移机制。方法利用固相PH梯度双相凝胶电泳技术,分离PTC以及LN组织的总蛋白,建立PTC与LN组织的蛋白表达谱。用Image Master 2D Elite5.0图像分析软件,比较两种组织间蛋白表达差异,用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱,对差异蛋白进行鉴定。结果通过图像分析发现32个差异蛋白点,经质谱鉴定出膜突蛋白、锰-超氧化物岐化酶、半乳凝素-3等7种蛋白在LN中过表达。结论 PTC与LN组织间存在差异表达蛋白,这些蛋白可能通过影响肿瘤细胞的结构与代谢以及肿瘤细胞的侵袭、转移等不同的途径参与了PTC淋巴结转移的发生与发展。

喉癌蛋白质组学的研究分析

目的分离并鉴定喉癌患者癌组织和癌旁组织的差异表达蛋白质,探讨喉癌发生、发展的分子机制。方法收集喉癌患者癌组织和癌旁组织标本各10例,二维电泳分离总蛋白质,鉴定有明显表达差异的蛋白质点,并对其进行质谱分析。结果获得了分辨率和重复性均良好的凝胶蛋白质图谱,筛选出46个有明显表达差异的蛋白质点,共有17个蛋白质点被成功鉴定,其中在喉癌组织中低表达的有5个,高表达的有12个。结论喉癌患者癌组织蛋白质的表达相对于癌旁组织存在明显差异,差异蛋白质的鉴定有望成为筛选喉癌特异性肿瘤标志物及药物治疗靶点的依据。

蛋白质组学在肿瘤研究中的应用

肿瘤是机体正常细胞在多因素、多基因作用下,经过多个步骤发生转化,失去原有的生长分化调节而异常增生的结果。因此,肿瘤细胞与其起源的正常细胞相比,蛋白质既有相同也有不同点。应用蛋白质组学研究技术可以比较患有同一肿瘤的不同个体的肿瘤组织(或细胞)之间,或者同一个体肿瘤细胞与正常起源细胞之间蛋白质在表达数量、表达位置和修饰状态上的差异,可以发现肿瘤发生过程中蛋白质变化的规律,筛选和确定肿瘤特异性标记物,对肿瘤发病机制的探讨以及在其诊断和有效治疗均具有重要的意义。

临床蛋白质组学-反映患者的病理类型和治疗受益情况

1文献类型 诊断 2证据水平 2b；影响因子：21．7。 3文献来源 Yanagisawa K, Shyr Y, Xu B J, et al. Proteomic patterns of tumour subsets in non-small-cell lung cancer [J]. Lancet, 2003, 362（9382） ：433-439.

颅内肿瘤的蛋白质组学研究进展

蛋白质组学是后基因组时代的一门重要学科,它包括双向凝胶电泳技术、激光捕获微切割技术、质谱鉴定技术、蛋白质芯片技术、生物信息学等。蛋白质组学从整体水平对蛋白质进行综合分析,目前已广泛应用于临床和生物医学各个领域,但到目前为止,只有少数报道从血清、脑脊液、肿瘤组织等方面研究了蛋白质组学在颅内肿瘤的诊断价值。本文就蛋白质组学技术的发展情况及其在颅内肿瘤研究中的最新应用进展进行综述。

蛋白质组学技术及其在鼻咽癌临床分型研究中的应用

蛋白质组学技术的应用日益广泛，并在向临床实际应用发展，包括临床标本的检测性研究及相关疾病的诊断与分型等。本文对于蛋白质组学技术及其在鼻咽癌临床分型研究中的应用情况进行综述，以介绍并推进该类技术在肿瘤临床上的应用。

肿瘤蛋白质组学研究的技术与策略

随着蛋白质组学相关技术的迅速发展 ,蛋白质组学成为当今生物领域中极其活跃的学科 ,为肿瘤研究提供了崭新的思路和技术。蛋白质组学从新的角度研究肿瘤 ,寻找肿瘤标志蛋白 ,进而阐明其表达水平的变化与肿瘤发生发展不同阶段的相互关系及其规律 ,成为目前解决肿瘤早期诊断难题的最有利的途径。现综述肿瘤研究中的蛋白质组学技术和策略。