沐川乌骨黑鸡LIPE基因第1外显子多态性及其与体重、肌内脂肪含量的关联分析

【目的】探究沐川乌骨黑鸡激素敏感脂酶(hormone-sensitive lipase,LIPE)基因第1外显子单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的遗传变异,并分析其与体重、肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量的相关性。【方法】采集106只沐川乌骨黑鸡血液,利用PCR扩增和直接测序技术检测LIPE基因第1外显子SNP位点,采用SPSS 21.0软件分析LIPE基因第1外显子SNP位点多态性及其与沐川乌骨黑鸡体重、胸肌IMF含量的相关性;通过生物信息学在线工具分析LIPE基因第1外显子SNP位点对其编码氨基酸的影响;利用实时荧光定量PCR检测LIPE基因在沐川乌骨黑鸡不同组织和不同基因型个体胸肌中的相对表达量。【结果】沐川乌骨黑鸡LIPE基因第1外显子共检测到3个SNP位点,66 bp处SNP位点(SNP1:c.66 A>C)上发现AA、AC和CC 3种基因型;440 bp处SNP位点(SNP2:c.440 A>G)上发现AA和AG 2种基因型;462 bp处SNP位点(SNP3:c.462 G>A)上发现GG和GA 2种基因型。卡方适合性检验表明,沐川乌骨黑鸡LIPE基因第1外显子的SNP2、SNP3位点符号哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05),SNP1位点偏离哈迪-温伯格平衡状态(P<0.05)。关联分析表明,SNP2位点的AG基因型个体胸肌IMF含量显著高于AA基因型(P<0.05),各位点不同基因型个体体重均无显著差异(P>0.05)。氨基酸序列比对分析显示,SNP2为非同义突变,其导致赖氨酸变为精氨酸。实时荧光定量PCR结果显示,LIPE基因在脂肪组织中表达量较高,SNP2位点AA基因型个体胸肌中LIPE基因mRNA表达水平极显著高于AG基因型(P<0.01)。【结论】沐川乌骨黑鸡LIPE基因第1外显子存在3个SNP位点,其中SNP2位点对沐川乌骨鸡IMF含量具有显著影响,该位点可作为沐川乌骨黑鸡IMF含量选育的候选分子遗传标记。

沐川乌骨黑鸡生长曲线拟合与分析

为研究沐川乌骨黑鸡的生长发育规律,试验采用Logistic、Bertalanffy和Gompertz模型分别对沐川乌骨黑鸡0~20周龄体重数据进行生长曲线拟合与分析。结果表明：三种数学模型均能很好地拟合沐川乌骨黑鸡的生长曲线,拟合度均在0.988以上,其中Gompertz模型对母鸡生长曲线拟合度最高,达0.999;Bertalanffy模型对公鸡生长曲线拟合度最高,达0.995。根据拟合度高的Gompertz模型对母鸡体重、Bertalanffy模型对公鸡体重的拟合分析,沐川乌骨黑鸡拐点周龄为6.8-6.9周,母鸡拐点体重为692.98 g,公鸡拐点体重为805.57 g。表明运用三种模型对沐川乌骨黑鸡生长曲线进行拟合是可行的。

黑羽和白羽沐川乌骨黑鸡肤色性状及屠宰性能对比分析

本实验旨在分析黑羽和白羽沐川乌骨黑鸡肤色性状及屠宰性能差异。选用100只黑羽和30只白羽沐川乌骨黑鸡成年母鸡,运用比色仪对比分析了不同羽色对沐川乌骨黑鸡背部肤色、翅下肤色、鸡冠色、胫色的影响,选取白羽和黑羽各10只鸡测定并分析屠宰性能和黑色素(皮肤和胸肌)沉积能力的差异。结果表明:黑羽鸡背部肤色和翅下肤色的L值均极显著低于白羽鸡(P<0.01);黑羽鸡胫色的L值、a值和b值与白羽鸡无显著差异(P>0.05);黑羽和白羽乌骨鸡的活体重和屠宰性能(全净膛率、胸肌率、腿肌率和腹脂率)无显著差异(P>0.05);黑羽鸡皮肤和胸肌中黑色素沉积量显著高于白羽鸡(P<0.05)。以上结果表明,黑羽沐川乌骨鸡肤色显著较白羽鸡"乌",黑羽乌骨鸡机体黑色素沉积能力较白羽鸡强。

羽速基因对沐川乌骨黑鸡肤色性状和体重的影响

为了研究羽速基因对沐川乌骨黑鸡肤色性状和体重的影响,试验对430只沐川乌骨黑鸡成年母鸡进行了快慢羽基因型分型检测,对比分析了快羽和慢羽型鸡体重和肤色性状（背部肤色、翅下肤色、冠色和胫色）的差异。结果表明：快羽和慢羽型鸡在体重和各肤色指标上无显著差异（P〉0.05）。说明在沐川乌骨黑鸡快慢羽品系选育过程中,无需考虑羽速基因对其体重和肤色性状的影响。

利用Illumina MiSeq测序平台分析沐川乌骨黑鸡空肠微生物多样性

为探索沐川乌骨鸡肠道微生物多样性,采用Illumina MiSeq测序平台对10羽沐川乌骨鸡的空肠内容物样本中微生物的16S rDNA-V4变异区进行测序,利用UPARSE等软件分析和统计样品中的操作分类单元(OTUs)数量,并进行物种注释及丰度分析,揭示样品的物种构成。结果表明,共获得667466条tags,在97%相似水平上进行OTU分类,被归类于3154个OTUs,且由稀释曲线可知此次测序结果较全面地覆盖了沐川乌骨黑鸡空肠微生物群落。门水平上,占优势的门主要有厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria),但这3种优势菌门在不同样品中所占比例均有所差异。在属水平上,在10个样品中所占比例均大于1%的菌属有乳杆菌属(Lactobacillus)和Romboutsia菌属。

CHRDL1基因启动子区变异与沐川乌骨黑鸡肤色的相关性研究

文章探讨了CHRDL1基因启动子区多态性与沐川乌骨黑鸡肤色性状(背部肤色、翅下肤色、冠色和胫色)的相关性。在CHRDL1基因启动子区ATG上游949 bp处发现一个SNP位点(c.-949T>C),CC基因型频率最高(0.368),TT基因型最低(0.304)。相关性分析表明,CT基因型个体背部和翅下皮肤肤色L值显著高于CC和TT基因型(P<0.05),CT基因型个体鸡冠皮肤肤色L和a值极显著高于CC和TT基因型(P<0.01),CC和CT基因型个体胫色a值显著低于TT基因型(P<0.05)。上述结果表明,SNP c.-949T>C与沐川乌骨黑鸡肤色性状具有显著相关性,该SNP位点可作为沐川乌骨黑鸡选育的分子遗传标记之一。

沐川乌骨黑鸡体重与肤色性状的相关性分析

为了研究沐川乌骨黑鸡体重与肤色性状的相关性,试验选用125只成年沐川乌骨黑鸡母鸡,运用比色仪测定了背部肤色、翅下肤色、鸡冠色、胫色,并测定个体体重。结果表明：乌骨鸡背部肤色b＊值与体重相关性显著（P〈0.05）,相关系数0.198;背部肤色、翅下肤色、鸡冠色、胫色的亮度系数L＊值与体重相关性均不显著（P〉0.05）;鸡冠色的L＊值与a＊、b＊值相关性极显著（P〈0.01）,相关系数分别为0.619,0.468;鸡胫色L＊值与b＊值相关性显著（P〈0.05）,相关系数为0.281。可见在沐川乌骨黑鸡选育过程中可以将背部肤色b＊值作为一项选育指标,增加选育效果。

沐川乌骨黑鸡不同部位肤色性状的相关性分析

本研究运用比色仪测定了125只成年健康沐川乌骨黑鸡不同部位的肤色性状,并分析了不同部位肤色性状间的相关性。结果显示:鸡冠亮度系数L值最小(42.99),相对其他身体部位鸡冠颜色最黑;背部肤色亮度系数L值与翅下肤色L值、鸡冠色L值、胫色L值呈极显著相关(P<0.01),背部肤色a值与翅下肤色L值、鸡冠色L值均具有显著相关性(P<0.05),鸡冠色a值与胫色L值显著相关(P<0.05);背部肤色b值、翅下肤色b值与鸡冠色L值呈极显著负相关(P<0.01)。以上结果表明在沐川乌骨黑鸡选种过程中,鸡冠色和胫色同样是肤色性状选育的重要指标,其中背部肤色b值和翅下肤色b值越小越好。

纤维黑色素基因座(FM)突变在沐川乌骨黑鸡中的验证

乌骨鸡黑色素过度沉积与纤维黑色素基因座(FM)中的反向重复序列突变密切相关。笔者在沐川乌骨黑鸡对该突变进行了验证,同时分析了FM基因座EDN3基因中SNP位点(rs16172768768)的基因型。结果表明,沐川乌骨黑鸡中FM基因座同样存在反向重复序列突变,SNP位点(rs16172768768)为GT基因型,但沐川乌骨黑鸡黑色和白色皮肤的变异与FM基因座*N/*N型和SNP位点突变不相关。

沐川乌骨黑鸡体重体尺指标与其产蛋性能的相关性分析

为了研究沐川乌骨黑鸡体重、体尺与产蛋性能的相关性,笔者分别测定了42只240日龄健康母鸡体重、8项体尺指标(体斜长、胸深、胸围、胸宽、龙骨长、背宽、胫围、胫长)和160日龄~240日龄产蛋量,并进行相关性分析。结果表明,体重与各体尺指标呈显著正相关关系(P<0.01或P<0.05),其中体斜长、胸围、胸深与体重具有强相关性,相关系数(R)分别为0.703、0.818和0.669。体重、各体尺指标与产蛋量无显著相关性(P>0.05)。沐川乌骨黑鸡体尺指标测定对于该品种个体体重选育具有一定参考作用。

沐川乌骨黑鸡肤色测定以及皮肤和肌肉中黑色素的提取

沐川乌骨黑鸡是四川省优良地方品种资源,是集药用、滋补及食用价值为一体的特种家禽。近年来,随着沐川乌骨黑鸡消费市场的不断扩大,消费者对乌骨鸡的品质要求越来越高,这给乌骨鸡的品种选育提出了更高的要求。笔者采用比色仪测定了鸡不同部位的肤色值,并分析皮肤和肌肉中黑色素含量的差异,以期为沐川乌骨黑鸡的选育提供数据参考。

沐川乌骨黑鸡体重体尺指标产蛋性能与内脏指标的相关性分析

笔者对40只240日龄健康沐川乌骨黑鸡母鸡的体重、8项体尺指标、产蛋性能、肝脏和心脏质量及其指数进行统计及相关性分析,旨在探究沐川乌骨黑鸡体重、体尺指标、产蛋性能与内脏指标的相关性,为该品种的选育工作提供参考。结果表明,沐川乌骨黑鸡成年母鸡平均肝脏和心脏质量分别为29.90 g和9.03 g,脏器指数分别为1.68%和0.51%。体斜长、胸深、胸围、龙骨长、背宽与肝脏质量具有显著相关性(P<0.05)。体斜长、胸深、胸围、胫长、胫围与心脏质量具有显著相关性(P<0.05)。体重与肝脏重、心脏重具有极显著相关性(P<0.01)。产蛋性能与肝脏、心脏质量及其指数无显著相关性(P>0.05)。笔者根据获得的数据分别建立了胸围、胫围估测肝脏质量和心脏质量的回归模型,并构建肝脏和心脏质量与体重的回归模型。

鸡源欧文氏菌的分离鉴定及耐药基因检测

为了鉴定从沐川乌骨黑鸡肠道内容物中分离出的1株细菌的种类以及检测其耐药基因携带情况,笔者采用革兰氏染色镜检、生化鉴定、16S rDNA基因序列分析以及抗生素耐药性和耐药基因检测。结果表明,该分离株为欧文氏菌,并将其命名为S21。药敏试验结果表明,环丙沙星、氧氟沙星、头孢氨苄表现为敏感;四环素表现为中介;其余抗生素为耐药,且只检出耐药基因rmtA、tetE、pgi,其余所试耐药基因未检出,说明了该养殖场鸡源欧文氏菌的耐药情况较严重。