C型乙型肝炎病毒的全基因组序列分析

目的 探索乙型肝炎病毒 (HBV)全基因组的结构特点。方法 应用直接PCR基因分型法确定HBV基因型 ,然后随机选择 1例单纯HBVC基因型感染的患者血清 ,分 3个相互重叠片段扩增HBV基因并分别克隆测序。利用VectorNTISuite 7 0软件包、GeneDoc 2 6和TreeView 1 5,将该 3个基因片段拼接为全基因组序列 ,命名为BD HB1,并进行基因进化树分析和同源性比较。结果 HBVC基因型序列全长为 3 2 15bp ,其中A占 2 2 2 % ,G占2 2 4% ,C占 2 6 8% ,T占 2 8 6% ;有S、C、P和X区 4个开放读码框架 (ORFs) ;HBsAg亚型为adr ;HBVRT区 549～552aa为YMDD ,未发生变异 ;未发现前C区nt1896G变异 :BCP区nt1762、1764发生双突变。对HBV分段序列及全基因组序列进行基因进化树分析显示 ,BDHB1与HBVVC基因型的同源性最高。结论 BDHB1基因组符合HBVC基因型结构特点 ,在BCP区存在双突变。

1.2倍基因组长度C基因型乙型肝炎病毒重组体构建及其在HepG2细胞中表达和复制

目的构建基于pBlueBac4．5质粒的1．2倍基因组长度C基因型乙型肝炎病毒（HBV）重组体，并研究其在HepG2细胞中的表达和复制。方法以重组质粒pWT上的1．2倍基因组长度C基因型HBVDNA序列和pBB4．5HBV1．3（D基因型）上的pBlueBac4．5载体序列为模板，构建重组质粒pBB4．5HBV1．2（C基因型）。用FuGENEHD瞬时转染法，将pBB4．5HBV1．2导人HepG2细胞。用化学发光免疫分析法、Southern印迹杂交法、荧光定量PCR法，分别检测转染后不同时间点HBsAg和HBeAg、HBV复制中间体及HBVDNA水平。此外，对转染时重组质粒用量进行优化。结果酶切和序列分析证实，pBB4．5HBV1．2重组质粒构建成功。初步转染实验证实，在转染细胞培养上清中可检测到HBsAg和HBeAg。优化后转染条件为：使用60mm细胞培养皿，8～11tLgpBB4．5HBV1．2，质粒与转染试剂5：9（μg：μl）。在此条件下，5d实验周期内可检测到HBsAg和HBeAg持续表达（峰值一般出现在转染后第3天）、HBVDNA持续复制（10^6～10^8拷贝／ml）及HBVDNA复制中间体形成。结论在HepG2细胞中，建立了以杆状病毒转移载体pBlueBac4．5为基础的1．2倍基因组长度C基因型HBV体外培养体系，有望为研究HBV耐药、筛选新抗病毒药物等提供新技术平台。

乙型肝炎病毒adr型全基因组C区突变株的构建及其生物学活性检测

目的构建乙型肝炎病毒(HBV)全基因组C区L97和V60突变质粒,并检测其生物学活性。方法采用定点突变技术将HBVadr1.2拷贝基因组质粒p3.8Ⅱ进行C区点突变,构建L97和V60两个突变株。质粒经脂质体介导转染HepG2细胞,Southern杂交分析细胞内HBVDNA复制,ELISA检测培养上清中HBsAg和HBeAg。结果测序结果表明所构建的突变质粒p3.8L97和p3.8V60分别为nt2189A→C和nt2086C→G,突变质粒均可在宿主细胞内复制和表达。结论所构建HBV(adr型)全基因组C区L97和V60突变质粒具有生物活性。

乙型肝炎病毒前基因组RNA评估恩替卡韦治疗乙型肝炎E抗原阳性慢性乙型肝炎疗效的价值

目的探讨恩替卡韦(ETV)对乙型肝炎E抗原(HBeAg)阳性慢性乙型肝炎(CHB)患者疗效,并观察血清乙型肝炎病毒(HBV)前基因组RNA(pgRNA)水平、评估其疗效价值。方法选取2019年1月至2021年6月东莞广济医院收治的确诊为HBeAg阳性的78例CHB患者为研究对象进行回顾性分析。根据患者ETV治疗12个月后HBeAg是否获得完全应答分为获得组(35例)和未获得组(43例)。两组患者均采用ETV治疗12个月,观察患者治疗过程中血清HBV pgRNA水平及谷丙转氨酶(ALT)各时间点动态变化,并探讨ETV治疗后患者获得应答情况与HBV pgRNA水平及ALT水平的相关性。结果两组患者治疗3、6、12个月的血清HBV pgRNA水平显著低于入组时,且获得组低于未获得组(P<0.05);血清HBV pgRNA水平与获得完全应答呈负相关(P<0.05)。两组患者治疗3、6、12个月的ALT水平显著低于入组时,且获得组低于未获得组(P<0.05);ALT水平与获得完全应答呈负相关(P<0.05)。结论血清HBV pgRNA、ALT水平与HBeAg阳性CHB患者ETV的疗效具有相关性,可用于评估疗效。

乙型肝炎病毒B、C基因型全基因组序列的克隆

目的构建乙型肝炎病毒(HBV)B、C基因型全基因组序列克隆。方法从HBV无症状慢性携带者中筛选B、C基因型,提取病毒核酸,设计引物,应用高保真酶对3 200bp的HBV DNA进行全序列扩增,通过克隆技术构建pGEM-HBV重组质粒,测序后进行序列分析。结果获得HBV B基因型和HBV C基因型重组质粒各1株。结论成功构建HBV B基因型和HBV C基因型的全基因组序列克隆,可为进一步研究HBV分子流行病学和基础研究提供工具。

HBV pgRNA联合cccDNA对慢性乙型肝炎患者抗病毒疗效的预测价值

目的探究乙型肝炎(HBV)前基因组RNA(pgRNA)联合共价闭合环状DNA(cccDNA)对慢性乙型肝炎(CHB)患者抗病毒疗效的预测价值。方法收集2019年8月至2022年8月期间于本院进行抗病毒治疗的96例CHB患者的临床资料,根据患者治疗48周后是否获得完全应答分为完全应答组(78例)及非完全应答组(15例)。检测患者不同时间HBV cccDNA和HBV pgRNA水平,Logistic回归分析影响CHB患者获得完全应答的因素,并应用受试者工作特征(ROC)曲线分析pgRNA与cccDNA联合检测在抗病毒疗效的预测价值。结果96例患者中78例抗病毒治疗后获得非完全应答;完全应答组治疗24、48周HBV pgRNA、HBV cccDNA水平均低于非完全应答组(P<0.05);Logistic回归分析显示,治疗24周HBV pgRNA、HBV cccDNA高水平及治疗前ALT低水平是影响CHB患者抗病毒治疗无效的独立危险因素(P<0.05);经ROC分析显示,HBV pgRNA预测CHB患者抗病毒疗效的AUC值为0.618,95%CI为0.513~0.716,HBV cccDNA预测的AUC值为0.667,95%CI为0.561~0.760,二者联合预测的AUC值为0.881,95%CI为0.799~0.938。结论HBV pgRNA与cccDNA在CHB患者抗病毒治疗中下调,且治疗24周HBV pgRNA联合cccDNA检测对CHB抗病毒疗效具有更高的预测价值。

乙型肝炎病毒基因组准种与变异特点的研究

探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组异质性及其生物学意义。以已知HBV基因序列为依据 ,设计特异性多聚酶链反应 (PCR)引物 ,自 2例慢性HBV感染患者外周血血清中扩增HBV基因组序列 ,克隆入pGEMTeasy质粒 ,随机挑选克隆进行DNA测序并加以比较。测序结果发现 ,来源不同的 5株HBV全基因组核苷酸序列的一致率为 93 6 % ,不同克隆的 4个开放读码框架长度有明显区别 ,氨基酸序列中存有移框、缺失、替换等多种变异类型。说明来源于同一患者的HBV基因组序列之间存在有较明显的变异现象 ,在患者体内构成了准种群。

乙型肝炎病毒C基因启动子和前C基因变异与HBeAg含量和肝炎病情的临床研究

研究乙型肝炎病毒(HBV)C基因启动子(CP)和前C基因变异对HBeAg表达和病情的影响。通过DNA扩增、基因序列分析检测48例慢性乙肝和12例慢性重型乙肝患者血清的HBV CP和前C基因序列,及通过微粒子发光法定量检测血清中HBeAg的含量。(1)前C终止变异(nt1896G→A)在重型乙型肝炎病例中的发生率显著升高(66.7％);CP双变异(nt1762A→T和1764G→A)则在慢性乙型肝炎中度和重度的病例中的发生率显著升高(分别为52.6％和54.5％)。(2)双变异组和终止变异组的HBeAg含量均显著下降,P<0.01。但终止变异组HBeAg含量的下降较双变异组更为明显,P<0.05,且eAb阳性率也显著升高,P<O.05。终止变异联合双变异组的HBeAg含量及eAb阳性率同终止变异组相近。前C终止变异对HBeAg表达的影响较CP双变异更大,对肝炎病情的影响也更明显。

乙型肝炎病毒前C/C基因准种与变异特点的研究

以乙型肝炎病毒 (HBV)前C/C基因异质性来探讨在慢性感染者体内是否存在HBV准种。以中国株HBV基因序列为依据 ,设计特异性多聚酶链反应 (PCR)引物 ,自 4例慢性HBV感染患者血清中扩增HBV前C/C基因序列 ,克隆入pGEMTeasy载体 ,每例患者挑选 5个克隆测序以比较病毒的变异程度。测序结果发现同一患者前C/C基因碱基序列之间的同源性大于 98% ,但存有G83→A替换、C抗原内部缺失、移框突变等多种变异类型。结果提示 ,HBV长期携带者体内有HBV准种共存 ,推测前C/C区的多种变异可能与感染慢性化有关。

乙型肝炎病毒C基因启动子区异质性检测初步研究

目的 以乙型肝炎病毒 (HBV)C基因启动子 (CP)变异来探讨HBV准种的存在意义。方法 设计特异性多聚酶链反应 (PCR)引物 ,自 9例慢性HBV感染患者外周血血清中扩增HBVCP序列 ,克隆入pGEMTeasy质粒 ,随机挑选 37个克隆进行DNA测序以确定病毒的变异程度。结果 测序发现HBVCP序列是变异的高发区 ,在直接重复序列 (DR)I上游存有一缺失突变高发 (48 7% ,18/37)区 ,缺失突变与替换突变在TATA样盒TA2、TA3区发生率较高 ,而TA4极为保守。结论 CP区内有一缺失高变区 ,TA2、TA3的变异影响前C蛋白的表达 ,但该区的变异不影响前基因组RNA的转录。结果提示 。

中国乙型肝炎病毒B基因型、C基因型与干扰素疗效的关系

探讨中国乙型肝炎病毒基因型与干扰素α疗效的关系。用PCR -限制性酶切片段长度多态性方法分析乙型肝炎病毒基因型 ,并研究 1998 1～ 2 0 0 2 4南方医院门诊和住院慢性乙型肝炎患者的一般人口学、ALT、HBVDNA、肝脏活检组织病理以及干扰素治疗效果。B基因型 70例 ,C基因型 6 0例 ,两基因型间一般人口学、ALT、HBVDNA、肝脏活检组织病理无统计学差异 ,干扰素治疗效果同样没有显著性差异。HBVB、C基因型感染的慢性乙型肝炎患者临床无统计学差异 。

慢性重型乙型肝炎患者的乙型肝炎病毒C基因启动子和前C基因变异及与e抗原系统的关系

目的 研究慢性重型乙型肝炎患者血清的HBVC基因启动子 (CP)和前C基因变异情况。方法 通过DNA扩增、基因序列分析检测 75例慢性乙型肝炎 (CHB)和 14例慢性重型乙肝 (CSH)患者血清的HBVCP和前C基因序列 ,通过微粒子发光法定量检测血清中HBeAg的含量及通过荧光定量PCR技术定量检测血清中的HBVDNA。结果 (1)前C终止变异 (nt1896G→A)在CSH组中的发生率显著高于CHB组 (71 4 %和 2 6 7% ) ;CP双变异 (nt 176 2A→T和 176 4G→A)则在CSH组和CHB组的发生率无显著差异 (4 2 9%和 4 8 0 % )。 (2 )CSH组的HBeAg含量显著低于CHB组 ;CSH组的HBeAb阳性率则显著高于CHB组 (71 4 %和 32 0 % )。 (3)CSH组和CHB组的HBVDNA定量则无明显差异。结论 前C终止变异 ,对e系统有明显影响 ,与CSH的发病有关。

乙型肝炎病毒c基因启动子变异与血清HBeAg及HBV DNA的关系

目的 :研究乙型肝炎病毒 (HBV ) c基因启动子 (BCP)变异与 e抗原及 HBV DNA含量的关系。方法 :采用错配引物聚合酶链反应 (PCR) -限制性片段长度多态性 (RFL P)分析及荧光定量 PCR(FQ- PCR)对 10 5例血清 HBV DNA阳性 HBV感染者进行 HBV BCP基因变异及 HBV DNA定量测定。结果 :BCP变异组 HBe Ag阴性率为 84 .4 % (5 4 / 6 4 ) ,非 BCP变异组为2 6 .8% (11/ 4 1)。 BCP变异组 HBV DNA含量在 HBe Ag+ 病例 (10 8.79± 0 .85vs 10 7.4 8± 0 .39copy/ ml,P <0 .0 1)及 HBe Ag- 病例(10 8.0 5± 1 .1 6 vs10 6 .55± 0 .91 copy/ ml,P<0 .0 1)中均较非 BCP变异组高。结论 :HBV BCP变异在下调前 c/ c基因表达的同时可能促进 HBV复制 ,对 HBs Ag+ / HBe Ag- 患者需要进一步检测 HBV DNA,以免由于基因变异导致将 HBe

乙型肝炎病毒C基因启动子和前C基因变异对HBeAg表达及病情的影响

目的研究乙型肝炎病毒 (HBV)C基因启动子 (CP)和前C基因变异对HBeAg表达和病情的影响。方法通过DNA扩增、测序检测乙型肝炎患者的HBVCP和前C基因序列 ,通过微粒子发光法和荧光定量PCR技术定量检测血清中的HBeAg和HBVDNA。结果 (1 )前C终止变异在重型乙型肝炎病例中的发生率显著升高 ;CP双变异在慢性乙型肝炎中度和重度病例中的发生率显著升高。 (2 )双变异组和终止变异组的HBeAg含量均显著下降 ,而后者下降更明显 ,且e抗体阳性率显著升高 ;而终止变异联合双变异组的HBeAg含量及e抗体阳性率与终止变异组相似。(3)双变异组、终止变异组和对照组之间的HBVDNA定量无明显差异。结论前C终止变异对HBeAg表达的影响较CP双变异更大 。

抗-HBe阳性乙型肝炎病毒C基因启动子和前C基因变异

研究抗 -HBe阳性乙型肝炎病毒C基因启动子 (CP)和前C基因变异。用基因序列分析检测基因变异。(1)抗 -HBe阳性患者的前C终止变异 (nt1896G→A)的发生率显著高于抗 -HBe阴性组 (P <0 0 0 1) ;而CP双变异(nt176 2A→T和 176 4G→A)则在两组中无明显差异。 (2 )同抗 -HBe阳性慢性乙肝组比较 ,抗 -HBe阳性重型乙肝患者的前C终止变异和CP双变异发生率无明显差异 ,而CPnt175 2A→G变异发生率则显著增高 (P <0 0 5 )。前C终止变异与抗 -HBe阳性乙型肝炎密切相关 ;而CPnt175 2变异则可能与抗

两株乙型肝炎病毒基因组结构分析及其复制和抗原表达特性的比较

为从全基因组水平研究乙型肝炎病毒 (HBV)的核苷酸结构及复制和抗原表达特性 ,分别从 2例HBsAg和HBeAg阳性、HBVDNA滴度为 10 14 和 10 13 拷贝 /ml的慢性乙型肝炎患者 (编号为 5 6和 2 18)血清中扩增、克隆了HBV全基因组 ,并测定了核苷酸序列。两株病毒基因组转染HepG2细胞的培养上清中HBsAg表达水平基本相同 ,但 # 5 6毒株表达的HBeAg约为 # 2 18株的 3倍 ,Southern印迹及核酸杂交显示 ,# 5 6HBV株复制效率显著高于 # 2 18株 ,两株HBVDNA全长均为 32 15个核苷酸 ,同源性为 98 7% ,均为B基因型 (adw亚型 )。两者相差的42个核苷酸分布在C、Pre S1、Pre S2、P及X基因编码区 ,其中有位于SPⅠ、SPⅡ、Xp和ENHⅠ基因调控序列区中。 # 5 6患者感染的毒株基因组中Pre S2起始密码ATG变异为GTG ,但由Pre S1起始翻译形成的大蛋白中包括Pre S2的部分氨基酸 ,故 # 5 6血清和 # 5 6株转染细胞的培养上清仍可与Pre S2抗体出现阳性反应。

乙型肝炎病毒中国流行株B、C、D/C及A基因型的全基因克隆与序列分析

目的:扩增克隆乙型肝炎病毒(HBV)B,C,D/C及A基因型的全基因组,构建不同基因型的全基因序列克隆.方法:从中国慢性乙型肝炎患者血清提取DNA以L-PCR技术对3.2kb的HBVDNA进行扩增,纯化后克隆到TA载体.对于HBV不同基因型的全基因序列利用Simplot、DNAStar(ClustalW方法的MegAlign和Phylogenetictree)等生物软件进行分析.结果:克隆出我国主要存在的几种HBVDNA全基因序列:B、C、D/C和A基因型,包括:adr、adw、ayw血清型.B基因型(adw血清型)全基因序列长度为3215bp,C基因型(adrq+血清型)为3215bp,D/C基因型(ayw2血清型)为3215bp,A基因型(adw血清型)为3182bp,均递交GenBank.在H3样品中的4个全基因克隆中存在一个同时含有2853-2885nt缺失突变和核心区的1762A-T、1764G-A双位点突变的变异株,表明同一个体中同时存在突变株和野生株,可能是耐抗病毒药物的分子基础.结论:本研究克隆了我国有报道存在的主要基因型、血清型的HBV全基因序列,为全面了解我国HBV基因型和血清型提供了序列资料.

血清乙型肝炎病毒DNA水平对HBV全基因组克隆效率的影响

目的:通过比较血清HBV DNA水平对一片段PCR法和两片段PCR法这两种不同方法的HBV全基因组克隆效率的影响,选择出合适的HBV全基因组克隆技术,供后续的HBV的基础和临床研究。方法:采集了慢性乙型肝炎(CHB)患者85份血清,分别用本研究建立的一片段PCR法及两片段PCR法扩增HBV全基因组,经双酶切鉴定后将PCR产物克隆入载体,进行HBV全基因组序列测定。同时用实时荧光定量PCR法检测上述85份血清的HBV DNA滴度。结果:本研究建立的一片段PCR法扩增成功需要的血清HBV DNA浓度高于两片段PCR法,两种方法扩增的效率比较为:一片段PCR法扩增的阳性率低于两片段PCR法(P<0.01)。一片段PCR法的保真性和灵敏度分析发现:保真性:核苷酸的人为突变率为1.13bp/kb;灵敏度:为102个初始模板。浓度大于103的重组质粒DNA80%可以成功扩增,浓度低于该值的扩增效率比较低。结论:血清HBV DNA水平对两种扩增方法的阳性率有一定影响,滴度高低是选择合适PCR扩增方法的依据。HBV DNA滴度大于106copies/L的样本,可选用一片段PCR法的全基因组扩增、克隆技术,而对HBV DNA滴度小于106copies/L样本,则可选用两片段PCR法的全基因组扩增、克隆技术。本研究建立的一片段PCR法扩增HBV全基因组克隆的技术是一种值得推荐的好方法,但还需进一步优化。

乙型肝炎病毒基因组高变区界定的初步研究

目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组是否存在高保守区或高变区,并探讨前-前-S基因和前-X基因的存在方式. 方法:自GenBank中按血清型搜索符合要求的HBV全基因组序列,并应用Vector 6.0版软件进行核苷酸序列同源性的分析和比较. 结果:GenBank中搜索出28个adr血清型和22个adw血清型HBV病毒株全基因组,比较后发现2种血清型的核苷酸序列总一致率分别为76.6%和73.9%;adr血清型病毒株存有高度变异区和高度变异区,一致率分别为54.5%和92.1%;adw血清型基因组内部含有高度保守区,一致率为85.0%,不含有高度变异区.前-前-S区的存在是较为普遍的现象,而前-X区的编码具有adr血清型特异性特点,在某些病毒基因组中,因为存在A2608→C/T、和C/A2733→T替换突变,导致其前-X基因编码区起始密码子突变,因此部分HBV基因组无前-X基因结构区. 结论:HBV基因组内部可能存在高度保守区,前-前-S区的存在是一个重要的现象,而前-X编码区具有adr血清型特异性的特点.

乙型肝炎病毒基因组中前-前-S区编码基因的界定

目的:乙型肝炎病毒(HBV)基因组内部结构基因与编码基因之间相互重叠,是基因组序列高度集中利用的一个典型。早期研究中确定了编码病毒蛋白的4个开放读码框架(ORF),本研究通过对于中国HBV感染者的流行病毒株的基因序列进行分析比较,阐明基因组结构的特点,并探索是否存在新型ORF的可能性。方法:考虑到HBV基因组序列的准种特点以及多聚酶链反应(PCR)技术的精确度,我们采用的技术是长距离且精确PCR(LA-PCR)技术,根据中国HBV患者的病毒基因序列设计PCR扩增用引物,自慢性HBV感染患者外周血血清中扩增HBV基因组序列,克隆入pGEM Teasy质粒,挑选克隆进行全基因组DNA测序,与其他HBV基因组序列进行比较。结果:测序结果5株HBV全基因组核苷酸序列存在一新的ORF,定义为前-前-S区,并发现该区之前存在一TA富集区,提示存在新型启动子的可能性。新界定的前-前-S区ORF编码氨基酸序列为MQLIITSKLGIIYILCGRLVFYIREKLHAVPHFVGHHILGNKSYS,与前-S1、前-S2和表面抗原主蛋白编码基因框架一致表达。结论:在HBV基因组中存在有一新的ORF,命名为前-前-S区。