乳腺浸润性导管癌潜在核心基因的生物信息学分析

目的从分子层面分析乳腺浸润性导管癌(IDC)的差异表达基因(DEGs),识别潜在致病基因和分子机制。方法分析来自美国国立生物技术信息中心(NCBI)的公共基因芯片数据库(GEO)的微阵列数据集(GSE29044)。GEO2R工具筛选出IDC与正常乳腺组织间DEGs。利用DAVID在线数据库对DEGs进行相关基因功能富集分析,同时通过STRING在线数据库构建蛋白质-蛋白质互作网络(PPI),并通过Cytoscape软件进行可视化,使用Kaplan-Meier在线绘图仪生存分析工具来评估枢纽基因的预后价值。结果筛选出398个DEGs,其中有110个上调差异基因和288个下调差异基因,从PPI网络中鉴别出HMMR、CDK1、PBK、CCNB2、TPX2、AURKA、DLGAP5、NUSAP1、TOP2A和CEP55等10个枢纽基因。枢纽基因在IDC中均高表达,且与乳腺癌总体存活不利相关。结论利用生物信息学方法筛选IDC的DEGs和信号通路可以帮助识别IDC潜在致病机制,同正常乳腺组织比较,HMMR、CDK1、PBK、CCNB2、TPX2、AURKA、DLGAP5、NUSAP1、TOP2A和CEP55均在IDC中高表达,且与乳腺癌总体存活不利相关。此外,它还可作为乳腺癌不良预后的生物标志物和药物合成的靶点。