外周血宏基因组二代测序技术对恶性血液病合并发热患者的诊断价值

目的探讨外周血宏基因组二代测序(mNGS)技术对恶性血液病合并发热患者的诊断价值.方法回顾性分析2021年6月至2023年6月在我院住院治疗的恶性血液病合并发热的患者23份外周血mNGS结果,与传统血培养检测结果进行比较,分析其病原谱特征及抗感染的疗效.结果23例患者中,通过外周血mNGS技术检出9例病毒感染、4例细菌感染、2例真菌感染、3例病毒和细菌混合型感染、1例病毒和真菌混合型感染.传统外周血培养仅检出3例细菌感染,主要为肺炎克雷伯菌及鲍曼不动杆菌,未检出真菌及病毒.外周血mNGS阳性检出率明显高于传统血培养(82.6%vs.13.0%,P<0.05).根据外周血mNGS检测结果进行针对性抗感染治疗,有效率明显优于传统经验性抗感染治疗(73.6%vs.25.0%,P<0.05).结论外周血mNGS技术在恶性血液病合并发热患者的病原学诊断上较传统血培养具有更高的价值,有助于提高临床抗感染的疗效.

宏基因组二代测序技术在布鲁菌脊柱炎诊治中的应用价值

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在布鲁菌脊柱炎诊治中的价值。方法手术治疗36例布鲁菌性脊柱炎患者,收集术前血液标本和术中病灶区组织标本(髓核、软骨终板、黄韧带、纤维环),采用Giemsa染色、试管凝集试验(SAT)、血培养、多重聚合酶链式反应技术(PCR)检测和mNGS评估不同组织样本。另选取30例椎间盘突出患者作为阴性对照组。结果静脉血的mNGS、SAT、多重PCR检测阳性率比较差异均无统计学意义(P>0.05)。髓核的mNGS与多重PCR检测阳性率比较差异无统计学意义(P>0.05)。软骨终板、黄韧带和纤维环的mNGS检测阳性率均大于多重PCR检测阳性率(P<0.05)。髓核中多重PCR和mNGS检测阳性率均高于静脉血、软骨终板、黄韧带和纤维环(P<0.05)。敏感性、阴性预测值:mNGS均高于Giemsa染色、血培养和SAT(P<0.05);mNGS与多重PCR检测比较差异均无统计学意义(P>0.05)。临床诊断一致性mNGS最好,多重PCR和SAT较好,Giemsa染色一般,血培养较差。结论mNGS可以作为布鲁菌脊柱炎的有效检测手段,其敏感性和准确率高,尤其适用于术前无法明确诊断且术后病理结果为阴性但需确诊的患者,可为布鲁菌脊柱炎的精准治疗提供重要的病原学依据。

二代测序技术诊断鹦鹉热衣原体肺炎8例

目的探索鹦鹉热衣原体肺炎的临床表现、实验室检查、影像学表现、治疗及随访情况。方法回顾性分析2021年1月至2022年8月经mNGS确诊为鹦鹉热衣原体肺炎的8例患者的临床资料。结果8例患者中男1例,女7例,年龄为33~81岁。4例有鸟类/家禽的接触史。临床表现主要为高热(8/8)、咳嗽(8/8)、咳痰(4/8)、神经系统症状(3/8)。实验室检查提示白细胞升高(4/8)、中性粒细胞比例均升高(8/8)、淋巴细胞比例均降低(8/8);所有患者的C反应蛋白、降钙素原明显升高伴有低蛋白血症(8/8);谷丙转氨酶(8/8)、谷草转氨酶(8/8)、肌酸激酶(4/8)、乳酸脱氢酶(6/8)升高;胸部影像学多表现为斑片状渗出实变(7/8)、团块状实变(1/8),累及单侧居多(7/8)。所有患者均由肺泡灌洗液mNGS确诊,确诊后调整为多西环素(4/8)或奥玛环素(2/8)或莫西沙星(2/8),所有患者均治愈出院。结论鹦鹉热衣原体肺炎有一定的特征性,但临床诊断仍然困难。mNGS检测快、准确性高,有助于早期明确诊断、尽早选用敏感抗菌药物、改善预后。

宏基因组二代测序技术在重症肺炎诊断中的应用效果

目的探讨在重症肺炎诊断中应用宏基因组二代测序技术(mNGS)的诊断价值。方法选取83例自2022年10月至2023年9月接受治疗的重症肺炎患者,收集支气管肺泡灌洗液(BALF)及血标本并实施mNGS与常规检测,对比和分析mNGS与常规检测方法在BALF及血标本中的检测结果及检测结果的一致性,比较BALF中mNGS及常规检测方法的病原体检出情况。结果一致性检测结果表明BALF mNGS检测结果及常规检测结果一致性较低(Kappa=0.271)。一致性检测结果表明血标本mNGS检测结果与常规检测结果一致性一般(Kappa=0.477)。BALF中mNGS细菌、病毒以及真菌阳性检出率均高于常规检测(P<0.05)。结论mNGS技术可提高重症肺炎患者病原体检出率,有助于提高重症肺炎病原学诊断灵敏度,可作为微生物检测手段的补充方法。

宏基因组二代测序技术对革兰阳性球菌重症肺炎中的诊疗价值

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在革兰阳性球菌重症肺炎中的诊疗价值。方法选取2021年5月至2023年5月于厦门大学附属第一医院重症医学科诊疗的262例重症肺炎患者为研究对象,根据支气管肺泡灌洗液(BALF)mNGS检测微生物结果,与传统病原学检测结果相对比,比较二者在革兰阳性球菌方面的检出率,以及根据检测结果调整抗感染方案后临床治疗效果。结果mNGS对重症肺炎中革兰阳性球菌的检出率高于院内培养的方法,差异有统计学意义(P<0.05);根据mNGS检测结果将经验性抗感染治疗调整为目标性抗感染治疗。结果显示,患者生命体征好转,心率(HR)由(116.1±14.5)次/min降至(84.9±14.8)次/min、呼吸频率(RR)由(27.6±4.0)次/min降至(19.2±2.7)次/min;炎症指标下降明显,C反应蛋白(CRP)由88.0 mg/L降至36.0 mg/L,降钙素原(PCT)由13.4 ng/ml降至3.6 ng/ml,白细胞介素-6(IL-6)由83.5 pg/ml降至32.0 pg/ml;呼吸系统指标改善,动脉血氧分压(PaO_(2))由(59.2±7.0)mmHg升至(88.2±7.6)mmHg,动脉血二氧化碳分压(PaCO_(2))由44.0 mmHg降至28.0 mmHg,氧合指数PaO_(2)/FiO_(2)由154.0升至284.5;均具有统计学意义(P<0.05)。结论宏基因组二代测序技术可以提高支气管肺泡灌洗液中革兰阳性球菌的检出率,有助于提高重症肺炎的诊疗效果。

宏基因组二代测序技术辅助诊断Q热1例

Q热是贝纳柯克斯体感染所致的人畜共患疾病,主要临床表现为高热、头痛、肌肉酸痛等,其临床症状缺乏特异性,传统病原学检测方法难以诊断,β-内酰胺类抗生素治疗无效,临床上容易误诊误治[1]。本文报道1例Q热患者,该患者因发热待诊入院。

宏基因组二代测序技术联合X-pert在肺结核中的诊断价值分析

目的探讨宏基因组二代测序技术(mNGS)联合X-pert在肺结核中的诊断价值。方法选取2022年2月至2023年12月抚州市第一人民医院收治的98例疑似肺结核患者作为研究对象,均行mNGS、X-pert检查,以临床诊断结果为准,分析X-pert、mNGS单独与联合诊断肺结核的价值。结果98例疑似患者经临床确诊为肺结核50例(51.02%),非肺结核48例(48.98%);mNGS联合X-pert诊断肺结核的特异度、阳性预测值与mNGS相同,均为100.00%;mNGS联合X-pert诊断准确度为87.76%,敏感度为76.00%,高于X-pert的72.45%、52.00%和mNGS的79.59%、60.00%,差异有统计学意义(P<0.017);X-pert、mNGS联合诊断肺结核与临床诊断存在良好的一致性(Kappa=0.756,P<0.05),而单一检测结果与临床诊断的一致性不佳(Kappa=0.454、0.595,P<0.05)。结论mNGS联合X-pert诊断可提高肺结核检出率,值得临床推广。

宏基因二代测序技术在社区获得性肺炎病原体检测中的应用进展

社区获得性肺炎(CAP)是常见的感染性疾病之一。其流行病学特征因宿主和免疫状况而异,病原谱也随着时间和空间分布而迁移。准确及快速识别病原体,开展精准治疗,是提高该病治愈率的关键。常规检测方法包括培养法、抗体及抗原检测、聚合酶链反应(PCR)等,但均具有识别缓慢、检出率低等缺陷,从而延误临床治疗时机。宏基因二代测序技术(mNGS)主要通过核酸提取、PCR扩增、文库构建等步骤对标本中所有微生物进行测序,同时利用大量的生物分析鉴定出病原体。与常规检测方法不同,mNGS具有迅速识别、全方位覆盖、灵敏度高等优点,在临床诊断中逐渐被选用。如今,mNGS已在CAP的诊疗中占据着越来越重要的地位,特别是在一些少见及新型病原微生物的检测上,并对特殊人群的病原体检出也具有一定的优势。然而,mNGS作为一种新型检测手段仍存在一些不足之处,例如,检测结果判读无统一的标准、结果受患者遗传物质影响较大、检测成本高等。将来可通过改进检测前标本的预处理、降低检测成本、简化检测后的结果判读对该技术进行优化,以便全面推广mNGS在临床中应用。

快速现场评价技术指导宏基因组二代测序技术在肺部疑诊结节病中应用研究

目的探讨快速现场评价(ROSE)技术指导宏基因组二代测序技术(mNGS)在肺部疑诊结节病中的应用价值。方法选取自2022年1月至12月经胸部计算机断层扫描发现存在肺门和(或)纵隔淋巴结肿大且临床疑诊结节病而行支气管内超声引导下经支气管针吸活检(EBUS-TBNA)的96例患者为研究对象。根据是否行ROSE技术将患者分为ROSE组(n=42),非ROSE组患者(n=54),分析两组患者的穿刺针数、mNGS送检率、mNGS阳性率、非合格标本占比、诊断率等。结果ROSE组穿刺次数为(2.73±1.15)次,略高于非ROSE组的(2.44±1.06)次,但两组间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。ROSE组mNGS送检率为83.3%(35/42),明显低于非ROSE组的98.1%(53/54),差异有统计学意义(P<0.05)。ROSE组非合格标本占比为11.9%(5/42),明显低于非ROSE组的31.5%(17/54),差异有统计学意义(P<0.05)。ROSE组的诊断率为81.0%(34/42),明显高于非ROSE组的59.3%(32/54),差异有统计学意义(P<0.05)。ROSE组mNGS阳性率为34.0%(12/35),高于非ROSE组的26.0%(14/53),但两组间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论在肺部疑诊结节病需行EBUS-TBNA患者中,通过ROSE技术指导是否送检mNGS,可以降低mNGS送检率,降低非合格标本占比,提高诊断率。

二代测序技术在肺腺癌相关基因突变状态检测中的应用效果

分析二代测序技术在肺腺癌相关基因突变状态检测中的应用效果。方法 选取2022年3月-2024年3月我院40例肺腺癌患者的临床资料进行回顾性分析,所有患者均通过二代测序技术检测肺腺癌相关的9种驱动基因,就检测结果进行分析。结果 40例患者中,检出32例患者存在相关基因突变,占比80.00%;组织基因突变检出率87.50%(28/32);经外周血基因突变检出率60.00%(6/10);胸水中基因突变检出率40.00%(2/5);40例患者共发现49个突变基因,均值约1.2个;其中EGFR基因突变阳性检出率最高,占比34.69%;RET、PIK3CA的检出率最低,均为2.04%;9例患者治疗后,检出突变基因14个,均值约1.6个。结论 对于肺腺癌患者来说,接受二代测序技术可有效明确基因突变情况,其中EGFR变异率最高,为临床疾病的治疗提供了一些可靠的参考。

二代测序技术在水稻基因组学和转录组学研究中的应用

二代测序技术是测序技术的一次革命性突破,它具有高通量、高精度、低成本的优势,为水稻基因组学研究提供了新的研究方法和解决方案。概述了以使用合成法测序和连接法测序为原理的二代测序技术的特点和发展,并总结了其在水稻基因组学,包括结构基因组学和功能基因组学以及转录组学研究中的应用,并就当前测序技术的发展趋势作了展望。

宏基因二代测序技术对脊柱感染的诊断效率及预后的影响

目的:脊柱感染是一种比较少见且治疗棘手的感染性疾病。由于经验性使用抗生素使多重耐药菌感染发生率增加,同时检测技术进步导致检出率增加,因此脊柱感染的发病率呈上升趋势。传统检测方法诊断脊柱感染存在敏感性低和耗时长等局限性。在脊柱感染的临床诊疗中,判断病原体的类型从而有针对性地使用抗生素一直是重点和难点。许多患者在脊柱感染早期因传统检测方法的局限性不能得到快速精准的诊断,造成诊断延迟,错过最佳治疗时间,给患者带来灾难性后果。临床上急需一种高特异度、高灵敏度、耗时少的检测脊柱感染病原体的技术。宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)是近几年新兴的前沿技术,其可以检测样本中已知的所有病原体,已应用于诊断临床上非典型的、罕见的感染性疾病。本研究旨在分析mNGS技术在脊柱感染术后诊断病原体中的敏感度,以及其对预后的影响。方法:回顾性分析2019年1月至2021年12月中南大学湘雅医院收治的82例脊柱感染患者的临床资料,术前检测其外周血C反应蛋白(C-reactive protein,CRP)、红细胞沉降率(erythrocyte sedimentation rate,ESR)、降钙素原(procalcitonin,PCT),在术中取得患者病灶组织标本,并进行微生物培养、组织病理学检查和mNGS检测。根据mNGS检测结果,将82例患者分为针对用药组(n=71)和经验用药组(n=11)。术后定期随访,根据病理学及病原学检查结果,评价m NGS检测脊柱感染病原体的敏感度及其对预后的影响。结果:mNGS检测脊柱感染病原体的阳性率(86.59%,71/82)显著高于微生物培养(18.99%,15/79)和PCT检测(30.23%,13/43)。针对用药组与经验用药组的术前体温、白细胞计数、中性粒细胞比值和入院视觉模拟评分差异均无统计学意义(均P>0.05);术前是否使用抗生素对mNGS检测结果和微生物培养结果阳性率无明显影响(P=0.681)。针对用药组患者的术后CRP、ESR呈下降趋势;术后30 d,针对用药组的ESR较经验用药组明显下降(P=0.044)。结论:相比于微生物培养和PCT检测,mNGS检测脊柱感染病原体的敏感度更高;与经验用药相比,根据mNGS检测结果针对性使用抗生素的患者预后更好。

二代测序技术检测早期自然流产胚胎染色体异常

目的探讨二代测序(NGS)技术检测早期自然流产(SA)绒毛组织染色体异常的价值。方法选择自然流产患者87例,其中复发性流产32例,偶发性流产55例。年龄≥35岁组35例,<35岁组52例。取其流产绒毛组织,行NGS全基因组测序及G显带染色体核型分析,比较2种方法的检测成功率和异常检出率,比较不同流产类型及不同年龄患者的流产组织染色体异常率。结果 NGS技术检测流产绒毛组织的成功率(100.00%)高于G显带核型(74.71%),异常检出率(58.62%)也高于G显带核型(50.77%)。NGS检测的51例异常中染色体结构异常3例(5.88%),染色体数目异常48例(94.12%),其中三体39例,双重三体2例,三重三体1例,单体6例。G显带核型分析检出的33例异常中染色体数目异常32例,其中三体24例,双重三体2例,三重三体1例,单体5例;染色体结构异常1例。NGS与G显带核型分析测序结果相符64例,不符1例。NGS技术检测偶发性流产与复发性流产组织染色体异常率分别是60.00%和56.25%,差异无统计学意义。≥35岁组的染色体异常率(71.43%)高于<35岁组(50.00%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论 NGS技术检测染色体异常的分辨率好,准确度高,有助于明确SA的病因,指导患者再次妊娠及优生优育。

二代测序技术在杜氏肌营养不良症家系中的分子诊断应用

对22例临床拟诊断为杜氏肌营养不良症(DMD)患儿的家系临床资料进行分析,探讨二代测序(NGS)技术在DMD患者分子诊断中的临床应用价值。先证者同时送检遗传性神经肌肉病相关panel行NGS检测和Dystrophin基因多重连接探针扩增术(MLPA)检测,分析两种方法检出的Dystrophin基因外显子缺失/重复突变结果,Dystrophin基因点突变经Sanger测序验证。通过NGS测序,22例先证者均检出Dystrophin基因突变,其中外显子缺失/重复型突变14例,点突变及微小变异8例。MLPA检测结果与NGS检测结果一致。Sanger测序结果显示NGS检测出的点突变及微小变异是正确的。1例错义突变c.6290G>T,1例无义突变c.3487C>T,4例微小缺失导致的移码突变c.1208delG、c.7497_7506delGGTGGGTGAC、c.9421_9422delAA、c.8910_8913delTCTC在人类基因突变数据库中均未见报道,为Dystrophin基因新突变。该研究结果显示NGS技术可全面检测Dystrophin基因外显子缺失/重复、点突变、微小缺失和内含子突变等变异,在DMD患者分子诊断中的临床应用有一定价值,值得推广。

二代测序技术在临床医学上的相关应用

近年来,二代测序技术不断蓬勃发展,以其速度快、准确率高、成本低等优点逐步替代了第一代测序技术.其测序技术原理的不断创新和工程材料应用不断突破使得高通量的基因序列读取趋于个体化需求的应用.目前比较成熟的二代测序技术以454测序技术、Solexa测序技术以及SOLID测序技术为代表,应用二代测序技术的基本原理和性能特点,阐述其在临床医学上的相关应用.

二代测序技术在感染性疾病诊断中的应用进展

目前全球感染性疾病现状严峻,但感染病原体大多仍不明确,病原体的快速测定对临床医师指导临床用药非常重要。然而,目前的诊断方法在许多方面都是有限的,如检测范围、耗时、特异性和灵敏度。传统病原检测方法包括微生物培养、镜检、抗原/抗体的免疫学方法、鉴定、药敏在感染控制中发挥着重要作用。检测病原体特异核酸序列的 PCR方法和基因分型方法等,已经无法满足对病原谱全面检测的需要。

基于宏基因组的二代测序技术在重症肺炎患者病原体快速检测中的应用价值探讨

目的探讨基于宏基因组的二代测序技术(mNGS)在重症肺炎患者病原学检测中的应用价值。方法纳入2018-07~2019-05收治的重症肺炎患者26例,比较mNGS与传统检测方法对病原菌的诊断效能,同时评价抗生素暴露对检出率的影响。结果mNGS检出病原菌的阳性率为92.3%,高于传统培养方法的42.3%,差异有统计学意义(P<0.05)。在使用抗生素的前提下,mNGS的阳性率(91.3%)显著高于传统方法(43.5%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论mNGS对病原菌鉴定具有较高的灵敏度,而且使用抗生素对mNGS检测结果影响小,对感染患者的诊治及疗效有着重要的临床应用价值。

宏基因二代测序技术指导下的皮肤炭疽院内感染防控1例报告

炭疽是一种由炭疽芽孢杆菌引起的人兽共患病,主要以皮肤炭疽为主,属于我国法定乙类传染病。本研究报告1例33岁男性病例,自述虫咬伤后出现右前臂皮疹,自行挑破后出现发红、水泡伴少量脓液,常规微生物培养结果为阴性,血宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)结果示炭疽芽孢杆菌。本研究从早期诊断和指导院内感染防控角度,探讨mNGS的临床应用价值。

利用目标基因捕获结合二代测序技术发现左心室心肌致密化不全MYBPC3基因错义突变

目的:建立目标基因捕获结合第二代测序技术,对孤立性左心室心肌致密化不全(IVNC)患者的已知致病基因MYBPC3进行突变筛查。方法:收集5例IVNC患者及一级亲属的超声影像学资料,并提取外周血全基因组DNA,设计MYBPC3外显子区域特异性捕获探针,与基因组DNA文库进行杂交,富集目标基因组区域DNA片段,利用二代测序技术,确定突变位点,并使用Sanger测序法在其一代亲属中验证。结果:目标基因特异性捕获探针可有效地捕捉并富集基因组DNA目标靶片段。在5例IVNC患者中,发现1例MYBPC3基因杂合非同义突变c.G1000A(p.E334K),该突变位于MYBPC3基因第13外显子中,测序深度249.65。经过数据分析与Sanger测序验证后,父亲发现此突变位点,母亲未发现提示突变的父亲的遗传。结论:本研究所建立的Gen Cap目标基因捕获测序技术结合二代测序技术成功发现了MYBPC3基因突变。

二代杂交捕获技术联合液基细胞学检测在宫颈高级别上皮内瘤变患者冷刀锥型切除术后随访中的应用价值

目的探讨二代杂交捕获技术(HCⅡ)联合液基细胞学检测(TCT)在宫颈高级别上皮内瘤变(CINⅡ~Ⅲ)患者冷刀锥型切除(CKC)术后随访中的临床应用价值。方法选取228例CKC后病理确诊为CINⅡ~Ⅲ的患者,于CKC术后3个月、6个月、9个月、12个月和18个月随访时行HCⅡ和TCT检测,并对检测结果阳性患者进行宫颈组织病理学检查。以病理结果为金标准,分析HCⅡ、TCT单独及联合检测诊断病灶复发的效能。结果 228例患者中,有27例在宫颈锥切术后出现复发。HCⅡ、TCT及两种方法联合诊断CINⅡ~Ⅲ期患者CIN术后病灶复发的敏感性分别为92.6%、70.4%、100.0%,特异性为97.5%、96.5%、96.5%,阳性预测值分别为83.3%、73.1%、79.4%,阴性预测值分别为99.0%、96.0%、100.0%,受试者工作特征曲线下面积分别为0.951、0.853、0.983。联合检测的敏感性、阴性预测值、曲线下面积均高于或大于TCT(均P<0.05),而联合检测与HCⅡ、HCⅡ与TCT之间比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。结论 HCⅡ与TCT联合检测可以提高诊断病灶复发的敏感性和阴性预测值,用于CINⅡ~ⅢCKC术后患者的随访具有更高的诊断效能。