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基于二代测序的HLA-Ⅱ类等位基因多态性研究及等位基因丢失防范策略
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作者 高素青 全湛柔 +4 位作者 钟艳平 陈浩 何柳媚 邹红岩 邓志辉 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期603-609,共7页
目的:研究二代测序技术(NGS)检测深圳地区随机健康无关汉族人群HLA-DRB1、DQB1、DQA1、DRB3、DRB4、DRB5、DPA1、DPB1等位基因多态性的精确性,探讨HLA-DRB1等位基因丢失的原因及室内关键质控体系建立策略。方法:采用Mi Seq DxTM NGS平台... 目的:研究二代测序技术(NGS)检测深圳地区随机健康无关汉族人群HLA-DRB1、DQB1、DQA1、DRB3、DRB4、DRB5、DPA1、DPB1等位基因多态性的精确性,探讨HLA-DRB1等位基因丢失的原因及室内关键质控体系建立策略。方法:采用Mi Seq DxTM NGS平台对1012例样本完成HLA-II类等位基因分型。对质控体系软件提示的疑难样本和HLA-DRB1纯合子样本采用PCR-SSOP法或PCR-SBT法进行确认。结果:检出HLA-DRB1、DRB3、DRB4、DRB5、DQA1、DQB1、DPA1、DPB1等位基因分别有45、7、5、7、17、21、10、27种。常见等位基因(频率>10%)有HLA-DRB1*09:01(17.09%)、15:01(10.72%);DRB3*02:02(25.99%)、03:01(10.18%);DRB4*01:03(36.46%);DRB5*01:01(15.42%);DQA1*01:02(20.01%)、03:02(17.19%);DQB1*03:01(19.47%)、03:03(17.98%)、05:02(11.66%)、06:01(10.67%);DPA1*02:02(54.45%)、01:03(31.18%);DPB1*05:01(39.13%)、02:01(16.90%)。HLA-DRB1和DQB1位点基因频率与中国常见及确认的HLA等位基因表(CWD2.4)进行统计学比较,差异无统计学意义(χ^(2)=12.68,P>0.05)。对NGS检出的94例HLA-DRB1纯合子样本采用PCR-SSOP法进行复检,检出HLA-DRB1位点漏检等位基因1例,通过SBT法确认为漏检DRB1*04:03等位基因,为此建立了本实验室室内质控体系。检出新等位基因2例,获WHO HLA系统因素命名委员会命名。结论:基于NGS-HLA分型方案的HLA分型结果,模棱两可结果比率更低。HLA-II类等位基因在深圳地区无关健康供者汉族人群中存在遗传多态性。在临床组织相容性试验中独立使用NGS方法存在局限性,需要内部质量控制策略来防范偶发的等位基因丢失事件。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 基因频率 二代测序 等位基因丢失
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脑脊液宏基因组二代测序在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用
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作者 谢岷 司道林 +2 位作者 何剑 邓小鹿 王霞 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期475-481,共7页
目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用。方法分析2020年1月1日—2023年8月31日在中南大学某医院儿童重症监护病房住院的神经外科手术后符合颅内细菌感染诊断标准(包括临床诊断及确诊)... 目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用。方法分析2020年1月1日—2023年8月31日在中南大学某医院儿童重症监护病房住院的神经外科手术后符合颅内细菌感染诊断标准(包括临床诊断及确诊)病例的临床资料,2021年10月起,在经验性使用抗颅内感染药物前送检脑脊液培养和mNGS检测。对脑脊液mNGS结果阴性病例,结合脑脊液培养结果及临床资料,不进行或尽早停用经验性抗颅内感染治疗并追踪随访。结果共纳入43例病例,其中临床诊断组38例,病原学诊断组5例。脑脊液常规及生化指标两组间比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。临床诊断组38例病例中,2020年1月—2021年9月10例临床诊断病例(对照组),临床诊断颅内感染后接受经验性抗菌药物治疗;2021年10月—2023年8月28例临床诊断颅内感染病例(干预组)mNGS病原学和脑脊液培养均阴性,16例病例未进行经验性抗颅内感染治疗,另12例在mNGS回报阴性后结合临床资料及时停止经验性抗颅内感染治疗,追踪随访28例病例均无细菌性脑膜炎发生,入颅抗菌药物平均使用时间[0(0,4)d]低于对照组10例临床诊断病例抗菌药物平均使用时间[8(7,11)d,P<0.05]。结论脑脊液mNGS可以提高神经外科术后颅内细菌感染病例病原学检出率,mNGS检测结果有助于指导神经外科术后颅内细菌感染临床诊断病例抗菌药物的合理使用。 展开更多
关键词 宏基因组二代测序 中枢神经系统感染 神经外科 儿童
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宏基因二代测序技术对胸内淋巴结结核的诊断价值
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作者 齐齐 蔡青山 +2 位作者 陈园园 周丽红 周建英 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期4-8,共5页
目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核... 目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核患者临床资料,所有患者均行支气管内超声引导下经支气管针吸活检术(endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration,EBUS-TBNA)。穿刺标本同时进行mNGS、Gene Xpert MTB/RIF(简称“Xpert”)、PCR-荧光探针法(简称“RT-PCR”)、RNA恒温扩增荧光实时检测技术(简称“TB-SAT”)、BACTEC MGIT 960分枝杆菌全自动快速液体培养(简称“MGIT 960”)和涂片抗酸染色(简称“涂片”),比较6种方法对胸内淋巴结结核的诊断效能。结果:根据诊断标准,122例疑似患者中,最终89例诊断为胸内淋巴结结核,33例为非胸内淋巴结结核患者。以综合诊断结果为参照标准,m NGS对胸内淋巴结结核诊断的敏感度为89.9%(95%CI:81.7%~95.3%)、特异度为87.9%(95%CI:71.8%~96.6%)、准确率为89.3%(95%CI:82.5%~94.2%),AUC值为0.889(95%CI:0.819~0.939),明显高于Xpert、RT-PCR、TB-SAT、MGIT 960和涂片对胸内淋巴结结核检测的敏感度(68.5%、61.8%、33.7%、49.4%和11.2%)、特异度(93.9%、97.0%、97.0%、100.0%和100.0%)、准确率(75.4%、71.3%、50.8%、63.1%和35.2%)和AUC(0.812、0.794、0.747、0.653和0.556)。结论:m NGS检测对胸内淋巴结结核具有较高的临床诊断价值,尤其在其他结核病相关检测均阴性时,该技术可给临床诊断提供重要参考,但与传统的病原学检测手段相比较,特异度仍偏低,尤其在鉴别疾病良恶性时,需结合病理结果进行综合分析。 展开更多
关键词 宏基因组二代测序 结核 胸内淋巴结 诊断技术和方法 对比研究
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靶向二代测序技术在骨关节布氏菌病临床诊断中的应用价值研究
4
作者 姚晓伟 赵桂松 +3 位作者 李卓 董昭良 刘树仁 贾晨光 《河北医科大学学报》 CAS 2024年第10期1206-1211,共6页
目的评价靶向二代测序(targeted next generation sequencing,tNGS)技术在骨关节布氏菌病病原学诊断中的应用价值。方法收集河北省胸科医院收治的108例疑似骨关节布氏菌病患者的病例资料进行研究,主要根据流行病史、临床表现、影像学表... 目的评价靶向二代测序(targeted next generation sequencing,tNGS)技术在骨关节布氏菌病病原学诊断中的应用价值。方法收集河北省胸科医院收治的108例疑似骨关节布氏菌病患者的病例资料进行研究,主要根据流行病史、临床表现、影像学表现、实验室和病原学检查结果及抗布氏杆菌治疗效果进行临床综合诊断。根据最终临床诊断将患者分为骨关节布氏菌病组78例和非布氏菌病组30例。所有患者入院后均进行血清试管凝集试验(serum agglutination test,SAT)检测、采用CT导航穿刺或者手术取病灶组织样本进行细菌学培养(培养法)和tNGS检测。以最终临床诊断为参照标准,比较以上3种检测方法对骨关节布氏菌病的诊断效能。结果108例疑似骨关节布氏菌病患者中,tNGS检测骨关节布氏菌病的阳性率(60/108,55.56%)明显高于SAT检测(57/108,52.78%)和培养法(25/108,23.15%),差异有统计学意义(χ^(2)=24.982、37.934,P<0.001)。以最终临床诊断为标准,tNGS检测、SAT检测和培养法检测骨关节布氏菌病的敏感度分别为76.92%、64.10%和32.05%,特异度分别为100.00%、76.67%和100.00%,诊断符合率分别为83.35%、67.59%和50.92%,Kappa值分别为0.799、0.590和0.504。结论tNGS在骨关节布氏菌病患者的病原学诊断中具有较高的病原体检出率和敏感度,为骨关节布氏菌病患者的精准诊治提供重要参考。 展开更多
关键词 布鲁杆菌病 骨关节炎 二代测序 诊断
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经宏基因组二代测序确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染2例报告并文献复习
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作者 李娟 王倩 +1 位作者 黄国虹 宋雅君 《广西医学》 CAS 2024年第8期1278-1281,共4页
目的总结经宏基因组二代测序(mNGS)确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染的病原学特点、临床特征和治疗要点。方法回顾性分析2例经mNGS确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染患者的临床资料,并结合文献总结该病的病原学特点、临床特征和治... 目的总结经宏基因组二代测序(mNGS)确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染的病原学特点、临床特征和治疗要点。方法回顾性分析2例经mNGS确诊的支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染患者的临床资料,并结合文献总结该病的病原学特点、临床特征和治疗要点。结果2例支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染患者均存在咳嗽咳痰、可伴咯血的症状,查体可闻及肺部音,胸部CT提示肺部斑片影、胸膜增厚、支气管扩张,其中1例合并2型糖尿病、高血压,1例合并冠心病,且2例均合并甲状腺功能减退。2例患者初始经验性抗感染药物为头孢曲松钠,采用气管抽吸物mNGS确诊其菌株分型为脓肿诺卡菌后改用甲氧苄啶-磺胺甲恶唑(复方磺胺甲恶唑片)治疗,均好转出院。结论支气管扩张合并脓肿诺卡菌感染缺乏临床特异性,且病原菌培养周期长,容易造成漏诊而延误诊治。mNGS可帮助临床医师快速明确脓肿诺卡菌诊断,磺胺类药物为首选治疗药物,该类患者预后相对较好。 展开更多
关键词 诺卡菌 肺部感染 支气管扩张 宏基因组二代测序 病例报告
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宏基因组二代测序技术辅助诊断中枢神经系统贝氏柯克斯体感染性血管炎1例
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作者 蔡衍珊 刘子凡 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期628-630,共3页
Q热是由贝氏柯克斯体感染引起的人畜共患病,临床表现多样且无特异性,贝氏柯克斯体颅内感染罕见,经常被误诊和漏诊,导致部分患者预后不佳。此文报告1例宏基因组二代测序(mNGS)技术辅助诊断的中枢神经系统贝氏柯克斯体颅内感染性血管炎病... Q热是由贝氏柯克斯体感染引起的人畜共患病,临床表现多样且无特异性,贝氏柯克斯体颅内感染罕见,经常被误诊和漏诊,导致部分患者预后不佳。此文报告1例宏基因组二代测序(mNGS)技术辅助诊断的中枢神经系统贝氏柯克斯体颅内感染性血管炎病例,提示mNGS技术在Q热快速诊断中起到重要作用,通过早期诊断,精准治疗,明显改善患者预后。在此基础上回顾国内外相关文献,总结贝氏柯克斯体颅内感染的临床表现和诊治经验,供国内外同行参考。 展开更多
关键词 Q热 贝氏柯克斯体 感染性血管炎 宏基因组二代测序 mNGS
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宏基因组二代测序技术在血液病患者合并感染诊疗中的应用
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作者 封韬 付堃 +2 位作者 张智慧 芦小单 高鹏 《长春师范大学学报》 2024年第4期87-91,共5页
探讨宏基因组二代测序(mNGS)在血液病合并感染诊疗中的临床应用价值。对比分析2021年8月至2022年12月吉林省人民医院血液科血液病合并感染患者的传统病原体检测结果与mNGS检测结果,探讨mNGS在血液病合并感染时诊疗的优势及临床应用价值... 探讨宏基因组二代测序(mNGS)在血液病合并感染诊疗中的临床应用价值。对比分析2021年8月至2022年12月吉林省人民医院血液科血液病合并感染患者的传统病原体检测结果与mNGS检测结果,探讨mNGS在血液病合并感染时诊疗的优势及临床应用价值。共纳入患者20例,经mNGS检测,16例呈阳性,包括细菌感染3例、真菌感染1例、病毒感染4例,两种以上感染8例;4例呈阴性。mNGS病原体检出率和检出种类显著高于传统检测方法。根据mNGS检测结果调整临床用药后,治疗效果良好。与传统病原体检测方法相比,mNGS对血液病合并感染具有较高的检出率,检出更全面,显著提高了患者的生存率及生活质量,对于临床用药具有指导意义。研究结果表明病原宏基因组二代测序可为该类感染提供病原学证据以辅助血液病合并感染的治疗。 展开更多
关键词 宏基因组二代测序 血液病 感染 传统检方法
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宏基因组二代测序诊断高毒力肺炎克雷伯杆菌所致肝脓肿并发眼内炎1例
8
作者 王立峰 蒋贵宇 +1 位作者 李青松 李永宁 《中国急救复苏与灾害医学杂志》 2024年第8期1113-1116,共4页
高毒力肺炎克雷伯杆菌(hvKp)是肺炎克雷伯杆菌的一个变种,与传统的肺炎克雷伯杆菌相比,它具有更高的侵袭性和毒性。hvKp能够导致多种严重的感染,如肝脓肿,并可能通过血流播散到身体其他部位,如眼内,导致眼内炎。hvKp在亚洲常见,尤其是... 高毒力肺炎克雷伯杆菌(hvKp)是肺炎克雷伯杆菌的一个变种,与传统的肺炎克雷伯杆菌相比,它具有更高的侵袭性和毒性。hvKp能够导致多种严重的感染,如肝脓肿,并可能通过血流播散到身体其他部位,如眼内,导致眼内炎。hvKp在亚洲常见,尤其是与糖尿病患者的感染有关。hvKp毒性与其特定的基因型和毒力因子有关,这使得其感染难以治疗,需要及时的医疗干预。本文通过宏基因组二代测序(mNGS)确诊hvKp所致肝脓病肿并发眼内炎1例,与传统病原学诊断相比,mNGS可有效降低治疗时间及费用。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯杆菌 肝脓肿 内源性眼内炎 宏基因组二代测序
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二代测序技术在骨关节结核临床诊断中的应用价值
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作者 姚晓伟 刘树仁 +1 位作者 景艳色 贾晨光 《结核与肺部疾病杂志》 2024年第1期37-43,共7页
目的:评估二代测序技术(next generation sequencing,NGS)在骨关节结核诊断中的应用价值。方法:采用回顾性研究方法,参照入组标准收集2019年12月至2022年12月河北省胸科医院骨科收治的185例疑似骨关节结核患者临床资料,根据最终临床诊... 目的:评估二代测序技术(next generation sequencing,NGS)在骨关节结核诊断中的应用价值。方法:采用回顾性研究方法,参照入组标准收集2019年12月至2022年12月河北省胸科医院骨科收治的185例疑似骨关节结核患者临床资料,根据最终临床诊断将患者分为结核组(骨关节结核155例)和非结核组(非骨关节结核30例)。所有患者病灶标本均经手术或穿刺途径获取(包括51份脓液、89份肉芽组织和45份骨组织标本),且均同时送检NGS、BACTEC MGIT 960分枝杆菌液体培养(简称“培养”)及利福平耐药实时荧光定量核酸扩增(GeneXpert MTB/R1F,简称“Xpert”)检测。以最终临床诊断为参照标准,比较3种检测方法诊断骨关节结核的检测效能,并分析3种方法检测脓液、肉芽组织和骨组织标本的阳性检出情况。结果:185例疑似骨关节结核患者中,NGS检测骨关节结核的阳性率[63.24%(117/185)]明显高于Xpert[54.05%(100/185)]和分枝杆菌培养[35.68%(66/185)],差异均有统计学意义(χ^(2)=24.982,P<0.001;χ^(2)=37.934,P<0.001)。以最终临床诊断为参照标准,NGS、Xpert和培养法诊断骨关节结核的敏感度分别为74.84%(116/155)、64.52%(100/155)和42.58%(66/155),特异度分别为96.67%(29/30)、100.00%(30/30)和100.00%(30/30),诊断符合率分别为78.38%(145/185)、70.27%(130/185)和51.89%(96/185),Kappa值分别为0.799、0.590和0.504,AUC(95%CI)值分别为0.867(0.693~0.941)、0.703(0.612~0.784)和0.623(0.529~0.717)。NGS检测脓液的阳性率[80.39%(41/51)]明显高于检测肉芽组织[62.92%(56/89)]和骨组织[44.44%(20/45)],差异均有统计学意义(χ^(2)=4.560,P=0.031;χ^(2)=13.335,P<0.001)。结论:NGS技术可明显提高骨关节结核患者病原学阳性检出率,具有较高的检测效能,并以脓液标本的检测诊断价值最高。 展开更多
关键词 结核 骨关节 宏基因组二代测序 诊断技术和方法 对比研究
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宏基因二代测序对颅内动脉瘤患者术后颅内感染病原微生物的诊断价值及相关因素分析 被引量:1
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作者 李辉 李万群 +2 位作者 张璐 王欣丽 韩敬哲 《中国实用神经疾病杂志》 2024年第1期70-74,共5页
目的分析宏基因二代测序(mNGS)对颅内动脉瘤患者术后颅内感染病原微生物的诊断价值及影响因素。方法选取2021-01—2022-12哈励逊国际和平医院收治的60例颅内动脉瘤术后颅内感染患者为感染组,进行m NGS检测及细菌培养,比较两者对术后颅... 目的分析宏基因二代测序(mNGS)对颅内动脉瘤患者术后颅内感染病原微生物的诊断价值及影响因素。方法选取2021-01—2022-12哈励逊国际和平医院收治的60例颅内动脉瘤术后颅内感染患者为感染组,进行m NGS检测及细菌培养,比较两者对术后颅内感染病原微生物的检出率。纳入同期颅内动脉瘤术后未发生颅内感染患者63例为非感染组,收集一般资料,采用Logistic回归分析影响颅内动脉瘤患者术后颅内感染的因素,建立预测模型,绘制ROC曲线评估模型的预测效果。结果60例颅内动脉瘤术后颅内感染患者中mNGS检出病原微生物患者50例,检出率83.00%;细菌培养检出病原微生物患者36例,检出率60.00%,mNGS对病原微生物患者的检出率高于细菌培养(P<0.05)。Logistic多因素回归分析显示,糖尿病、手术时间≥4 h、术中出血量≥100 mL、动脉瘤破裂、脑脊液漏、置管时间≥7 d及术后未使用抗菌药物是颅内动脉瘤术后颅内感染的影响因素(P<0.05)。ROC曲线指标Prob的灵敏度84.00%,特异度67.00%,曲线下面积(AUC)为0.820。结论mNGS对颅内动脉瘤患者术后颅内感染病原微生物的诊断价值较高,糖尿病、手术时间、术中出血量、动脉瘤破裂、脑脊液漏、置管时间及术后使用抗菌药物与颅内动脉瘤术后颅内感染有关,以上述因素构建的预测模型对颅内感染的预测有指导作用。 展开更多
关键词 颅内动脉瘤 颅内感染 宏基因二代测序 诊断价值 危险因素
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应用宏基因组二代测序诊断异基因造血干细胞移植后早期侵袭性真菌病患者的临床分析
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作者 姬玉涵 潘明月 +6 位作者 来晓瑜 刘丽珍 施继敏 赵妍敏 余建 杨露欣 罗依 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期311-318,共8页
目的 分析异基因造血干细胞移植(allogeneic hematopoietic stem cell transplantation, allo-HSCT)后早期应用宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)诊断侵袭性真菌病(invasive fungal disease, IFD)患者的... 目的 分析异基因造血干细胞移植(allogeneic hematopoietic stem cell transplantation, allo-HSCT)后早期应用宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)诊断侵袭性真菌病(invasive fungal disease, IFD)患者的临床转归。方法 回顾性分析2021年7月至2022年10月在浙江大学医学院附属第一医院接受allo-HSCT患者,移植后早期(100 d内)出现以下情况之一:(1)经验性抗细菌治疗72 h及以上持续发热,且血培养阴性患者;(2)既往抗感染有效后再次出现不明原因高热;(3)下呼吸道症状合并肺部CT病灶,经验性抗感染治疗无效。送检移植后外周血或支气管镜肺泡灌洗液行mNGS检测,并分析患者的总体生存率(overall survival, OS)和非复发死亡率(non-relapse mortality, NRM)。结果 纳入60例患者,送检外周血标本47例,肺泡灌洗液标本13例。mNGS检测病原学阴性组19例,非真菌阳性组30例,真菌阳性组11例;真菌阳性组中曲霉菌3例、毛霉菌5例、热带念珠菌2例、阿萨丝孢酵母菌1例。11例真菌阳性患者经调整抗真菌治疗8例获完全缓解。60例患者1年OS和1年NRM分别为70.0%(95%CI:64.1%~75.9%)和20.0%(95%CI:11.9%~32.5%)。真菌阳性组1年OS为54.5%(95%CI:49.5%~69.5%),1年NRM为36.4%(95%CI:15.5%~70.3%);阴性组、真菌阳性组和非真菌阳性组1年OS (P=0.487)和1年NRM (P=0.358)差异无统计学意义。真菌阳性组与非真菌阳性组OS(P=0.238)和NRM (P=0.154)上的差异亦无统计学意义。结论 mNGS可快速诊断allo-HSCT后早期IFD,有利于及时有效治疗,改善患者的预后。 展开更多
关键词 宏基因组二代测序 异基因造血干细胞移植 侵袭性真菌病
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宏基因二代测序在脊柱感染性疾病诊断中的应用效果
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作者 颜金祥 刘家明 +7 位作者 熊绪 刘子豪 陈江伟 周荣平 陈宣银 黄胜 黄山虎 刘志礼 《南昌大学学报(医学版)》 2024年第3期89-93,共5页
目的 探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在脊柱感染性疾病诊断中的应用效果,并分析抗生素对mNGS检测结果的影响。方法 选择2020年12月至2023年3月南昌大学第一附属医院疑似脊柱感染并接受手术治疗的69... 目的 探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在脊柱感染性疾病诊断中的应用效果,并分析抗生素对mNGS检测结果的影响。方法 选择2020年12月至2023年3月南昌大学第一附属医院疑似脊柱感染并接受手术治疗的69例患者,收集患者的一般资料、mNGS检测结果、组织病理学结果、术前使用抗生素的种类、细菌培养结果、检出细菌种类等资料,分析mNGS对脊柱感染的检测效率及抗生素对mNGS检测结果的影响。结果 69例患者中mNGS检测阳性45例,阳性率为65.2%;细菌培养检出1例,阳性率为4.35%;组织病理检出56例,阳性率为81.1%。mNGS阳性率低于组织病理学阳性率(P=0.035)。mNGS检测出最多的致病细菌以金黄色葡萄球菌(17.7%)和结核分枝杆菌(17.7%)为主。术前使用抗生素的患者,mNGS总体阳性率为67.3%,与术前未使用抗生素患者的mNGS阳性率(65.0%)比较差异无统计学意义(P=0.851)。结论mNGS技术对早期诊断脊柱感染可提供重要的依据,并可明确致病菌,但阳性率低于组织病理学,术前使用抗生素对其mNGS检测结果干扰较小。 展开更多
关键词 宏基因二代测序 脊柱感染性疾病 诊断 致病菌
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宏基因二代测序在脊柱感染诊治中的应用进展
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作者 龙思萍 刘志礼 +1 位作者 黄山虎 刘家明 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2024年第1期119-122,128,共5页
脊柱感染(spinal infection,SI)是一种比较少见的感染性疾病,由于经验性使用抗生素使耐药菌感染的几率增加,同时检测技术的进步导致检出率增加,其发病率呈上升趋势。判断病原体的类型从而针对性地使用抗生素是治疗的关键,然而传统检测... 脊柱感染(spinal infection,SI)是一种比较少见的感染性疾病,由于经验性使用抗生素使耐药菌感染的几率增加,同时检测技术的进步导致检出率增加,其发病率呈上升趋势。判断病原体的类型从而针对性地使用抗生素是治疗的关键,然而传统检测方法检出率低且耗时长,不利于脊柱感染的快速精确诊断。宏基因二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)是一种可对样本中所有核酸片段进行测序的检测技术,其出现颠覆了传统检测方法,在脊柱感染的诊断与治疗中发挥重要作用。本文就mNGS在脊柱感染诊治中的应用进展进行综述。 展开更多
关键词 宏基因二代测序 脊柱感染 病原体 临床用药
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宏基因组二代测序技术对结核性与非结核性脊柱感染疾病的诊断价值研究
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作者 郭路明 于龙 +7 位作者 李力韬 吴云峰 李大伟 鲍达 罗展鹏 刘宁 杨尚杰 崔旭 《解放军医学院学报》 CAS 2024年第5期457-462,480,共7页
背景结核性脊柱感染是脊柱外科比较棘手的疾病之一,其早期临床症状大多不典型,实验室检查、影像检查及组织病理学检查的特异性不高。病原学诊断是结核性脊柱感染诊断的“金标准”,但病原微生物培养存在周期长、阳性率低的缺点。宏基因... 背景结核性脊柱感染是脊柱外科比较棘手的疾病之一,其早期临床症状大多不典型,实验室检查、影像检查及组织病理学检查的特异性不高。病原学诊断是结核性脊柱感染诊断的“金标准”,但病原微生物培养存在周期长、阳性率低的缺点。宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)目前已应用到临床的诊断中,但关于mNGS与其他常见临床检测方法之间比较的研究较少。目的探讨mNGS对结核性脊柱感染疾病的诊断价值。方法收集2021年2月—2023年9月收入解放军总医院第八医学中心脊柱外科的脊柱感染患者的病历信息,提取采集血液、脓液及病灶组织标本进行血清学检测、细菌培养、结核菌培养、病理学检查、X-pert和mNGS检测的结果,以临床诊断(病理学结果)为“金标准”,比较不同检测方式的诊断价值。结果共收集112例脊柱感染患者,男性68例,女性44例,年龄14~87(58.98±13.70)岁。临床诊断结果为非结核性脊柱感染63例,脊柱结核感染49例。mNGS法检出脊柱感染阳性90例(80.4%),微生物培养法检出阳性51例(45.5%)。判断脊柱感染中的结核性感染方面,mNGS阳性检出34例(69.39%);微生物培养阳性检出仅17例(34.69%)。mNGS法检出病原微生物102例,其中细菌70例。在mNGS、微生物培养、T-spot、X-pert对脊柱结核的临床诊断效能分析结果中,mNGS效能最高(AUC=0.839),其诊断的准确度最高,甚至高于目前临床常用的方法。mNGS以及4种方法联合的诊断效能最高,ROC-AUC(95%CI)分别为0.846(0.701~0.971)和0.876(0.773~0.962),显著高于其他3种单独方法,Delong检验P<0.05。结论宏基因二代测序技术能够快速、高效地对脊柱感染性疾病的病原微生物进行检测,并且对于结核性脊柱感染疾病有着较高的检出率、敏感度和特异度。该技术是诊断与鉴别脊柱感染性疾病较好、较快的方法,可为结核性脊柱感染性疾病的诊断提供指导。 展开更多
关键词 脊柱感染 脊柱结核 宏基因二代测序 病原微生物 诊断
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脑脊液宏基因组二代测序在急诊疑似中枢神经系统感染中的应用
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作者 吕俊华 孙宝妮 +3 位作者 白郑海 王晓博 裴红红 潘龙飞 《中国急救医学》 CAS CSCD 2024年第4期356-360,共5页
目的评估宏基因组二代测序(mNGS)在急诊疑似中枢神经系统感染中的应用价值。方法对2019年9月至2023年12月西安交通大学第二附属医院急诊科收治的确诊或疑似中枢神经系统(CNS)感染,且行脑脊液样本常规检测及mNGS检测的109例患者进行回顾... 目的评估宏基因组二代测序(mNGS)在急诊疑似中枢神经系统感染中的应用价值。方法对2019年9月至2023年12月西安交通大学第二附属医院急诊科收治的确诊或疑似中枢神经系统(CNS)感染,且行脑脊液样本常规检测及mNGS检测的109例患者进行回顾性研究分析,根据最终诊断分为颅内感染组(n=59)和非颅内感染组(n=50)。比较两组患者基本资料和临床检查结果,将有意义的指标纳入回归分析,建立预测模型,对预测模型进行检验,绘制受试者工作特征(ROC)曲线,计算曲线下面积(AUC)。结果mNGS阳性(95%CI 5.247~64.230)、头痛(95%CI 1.471~14.990)、脑脊液白细胞计数>16(95%CI 1.211~11.962)×10^(6)/L及颅内压>170(95%CI 1.034~9.801)cmH_(2)O是急诊中枢神经系统感染的独立预测因素,预测模型得到的AUC为0.911,大于mNGS和传统检验的0.801和0.832。结论脑脊液mNGS可有效识别引起中枢神经系统感染性疾病的病原体。mNGS与临床症状及常规微生物检测结合,可在明确病原体的同时,大大提高诊断效能。 展开更多
关键词 中枢神经系统(CNS) 感染 疑似 宏基因组二代测序(mNGS)
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基于二代测序技术的胰腺癌胚系变异携带情况及临床因素相关性分析
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作者 姜惠琴 张丽 +6 位作者 黄斐 陈馨宁 郁俐 沈敏娜 王蓓丽 潘柏申 郭玮 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期19-24,共6页
目的探讨胚系变异在胰腺癌患者中的携带率及其相关的临床因素。方法纳入271例胰腺癌患者,通过二代测序检测21个肿瘤易感基因的胚系变异,并分析胚系变异与发病年龄、家族史及个人史等临床因素的关系。结果在未经筛选的胰腺癌患者中P/LP... 目的探讨胚系变异在胰腺癌患者中的携带率及其相关的临床因素。方法纳入271例胰腺癌患者,通过二代测序检测21个肿瘤易感基因的胚系变异,并分析胚系变异与发病年龄、家族史及个人史等临床因素的关系。结果在未经筛选的胰腺癌患者中P/LP胚系变异的携带率为6.3%,遗传高危组(具备肿瘤家族史或个人史或早发性)胰腺癌患者中的携带率高达17.1%。胰腺癌患者中胚系变异频率较高的基因为PALB2、BRCA2和ATM。结论胰腺癌患者中整体胚系变异的携带率不高,但在遗传高危组中显著升高,证明了临床因素在遗传性胰腺癌筛选中的重要性。 展开更多
关键词 胰腺癌 胚系变异 二代测序 临床因素
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肺泡灌洗液宏基因组二代测序对老年人肺曲霉菌病的诊断价值研究
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作者 李蕤 苗桂玲 +2 位作者 李珊珊 任丽君 田亚琼 《实用老年医学》 CAS 2024年第9期916-919,共4页
目的 研究肺泡灌洗液(bronchial alveolar lavage fluid, BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在老年肺曲霉菌病中的诊断价值。方法 纳入190例符合肺曲霉菌病诊断的病人,按照年龄≥60岁分为老年组和... 目的 研究肺泡灌洗液(bronchial alveolar lavage fluid, BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在老年肺曲霉菌病中的诊断价值。方法 纳入190例符合肺曲霉菌病诊断的病人,按照年龄≥60岁分为老年组和非老年组,分析传统微生物培养、血清曲霉半乳甘露聚糖抗原检测(GM试验)、BALF GM试验及BALF mNGS在2组病人中的阳性率。结果 老年组和非老年组中BALF mNGS阳性率最高,其次为BALF GM试验。2组BALF GM试验阳性率差异有统计学意义。ROC曲线得出老年组和非老年组BALF GM试验的诊断效能均优于血清GM试验,且老年组BALF GM试验的敏感度和特异度高于非老年组。在血清GM试验<0.5的99例老年病人中,61例行BALF mNGS,49例(80.3%)阳性;BALF GM试验<0.8的28例老年病人中,26例行BALF mNGS,全部阳性。结论 老年人和非老年人肺曲霉菌病诊断中,BALF mNGS阳性率最高,其次为BALF GM试验。对于GM试验阴性仍高度怀疑肺曲霉菌感染的病人行BALF mNGS将大大提高检出率,BALF GM试验结合BALF mNGS检测将使肺曲霉菌病的诊断准确率显著提高。 展开更多
关键词 肺曲霉菌病 曲霉菌半乳甘聚糖抗原检试验 肺泡灌洗液 宏基因组二代测序
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宏基因组二代测序在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌医院感染暴发中的应用
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作者 范鹏超 刘贺 +1 位作者 巴婧翀 刘文芝 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期182-188,共7页
目的 探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)医院感染暴发事件调查中的应用。方法 应用mNGS及传统病原学培养方法对某院重症监护病房(ICU)2023年6月8—22日5例检出CRAB患者进行病原学检测,对可能污染的环境... 目的 探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)医院感染暴发事件调查中的应用。方法 应用mNGS及传统病原学培养方法对某院重症监护病房(ICU)2023年6月8—22日5例检出CRAB患者进行病原学检测,对可能污染的环境进行微生物采样及细菌培养、鉴定和药物敏感试验,同时采取综合控制措施并评价其效果。结果 mNGS结果回报所需时间短于培养所需时间[(3.92±1.05)d VS (6.24±0.25)d,P<0.001]。5例患者的标本培养分离出CRAB,mNGS检测结果显示均检出OXA-23耐药基因,经专家综合判断4例患者为医院感染,1例患者为标本污染。依据《医院感染暴发控制指南》中的医院感染暴发定义,此事件考虑为医院感染暴发。环境卫生学监测结果显示,暴发时环境中CRAB检出率为51.30%(59/115),主要集中在医务人员手与呼吸机表面,实施多学科联合感染控制措施后,医生手卫生依从率及呼吸机消毒落实率分别由40.83%(49/120)、33.33%(16/48)提高至82.61%(95/115)、83.33%(30/36)。患者预后良好,后续监测未发现新病例,此医院感染暴发事件得到有效控制。结论 mNGS具有精准度高、耗时短、准确率高的特点,可以应用于医院感染暴发防控及耐药基因组研究,对多重耐药菌感染患者的抗感染治疗及医院感染防控措施的制定具有重要意义。持续提高消毒效果及手卫生依从率是防控CRAB感染的重要手段。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌 宏基因组二代测序 医院感染防控 耐药基因
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二代测序技术检测442例甲状腺乳头状癌基因突变及其临床病理学特征
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作者 施栋梁 姚梅宏 +4 位作者 吴丹 黄达妮 陈醉 郑宇辉 杨映红 《诊断病理学杂志》 2024年第2期135-139,共5页
目的探讨甲状腺乳头状癌(PTC)基因改变及其与临床病理学特征的关系。方法通过二代测序技术对442例PTC患者进行基因检测,同时收集患者的临床病理学资料。结果(1)442例PTC患者中,423例患者检出基因突变,其中BRAF(385例)、RET(24例)、KRAS(... 目的探讨甲状腺乳头状癌(PTC)基因改变及其与临床病理学特征的关系。方法通过二代测序技术对442例PTC患者进行基因检测,同时收集患者的临床病理学资料。结果(1)442例PTC患者中,423例患者检出基因突变,其中BRAF(385例)、RET(24例)、KRAS(5例)、NTRK3(3例)、NTRK1(3例);(2)BRAF基因突变仅与肿瘤最大径相关(P=0.006);(3)V600E突变丰度与性别、肿瘤最大径、肿瘤单/双侧、腺外侵犯、淋巴结转移、组织学亚型(P均<0.05)相关;(4)V600E不同突变丰度与肿瘤最大径、癌灶分布、腺外侵犯、淋巴结转移、组织学亚型(P均<0.05)相关。结论应用NGS技术可以明确PTC各驱动基因变异的独特特征,此外BRAF基因V600E突变与多项高危的临床病理学特征相关。 展开更多
关键词 甲状腺乳头状癌 二代测序 基因突变 BRAF
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宏基因组二代测序和细胞因子在PD相关腹膜炎早期诊断中的应用
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作者 何萌萌 符姣 +3 位作者 姚玲 邵小淇 李楠 张培 《中国血液净化》 CSCD 2024年第5期351-355,共5页
目的探究宏基因组二代测序(metagenomic second-generation sequencing,mNGS)技术在早期检测腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis-associated peritonitis,PDAP)患者细菌感染的病原学价值,了解不同细菌感染类型中细胞因子分布差异,... 目的探究宏基因组二代测序(metagenomic second-generation sequencing,mNGS)技术在早期检测腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis-associated peritonitis,PDAP)患者细菌感染的病原学价值,了解不同细菌感染类型中细胞因子分布差异,构建相关风险预测模型。方法收集2020年4月─2023年4月就诊于安徽医科大学第一附属医院,符合国际腹膜透透协会(international society for peritoneal dialysis,ISPD)诊断标准的腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者的临床资料,同时将其入院4小时内PD流出液送检mNGS检查及普通培养,并测定上清液中细胞因子水平,比较mNGS检测与实验室微生物培养病原学诊断结果,综合临床意义分为革兰氏阳性菌(G+菌)组、革兰氏阴性菌(G-菌)组和培养阴性(G0)组,比较2组细胞因子水平差异,确认危险因素并构建风险预测模型,同时进行效能检测。结果共50例PD相关腹膜炎患者纳入本研究,mNGS检测中41例患者检出病原体,检测阳性率高于微生物培养(χ^(2)=0.059,P=0.440),mNGS检测时间低于微生物培养(t=5.180,P<0.001)。多因素Logistics回归分析提示PD液中高白细胞介素(IL)10(OR=1.010,95%CI:1.000~1.020,P=0.024)、低IL-6(OR=0.620,95%CI:0.360~0.890,P=0.038)及高血清降钙素原(OR=1.200,95%CI:1.050~1.530,P=0.016)、低C反应蛋白水平(OR=1.014,95%CI:1.010~1.050,P=0.035)为PDAP预测G-菌感染的独立危险因素。ROC曲线及列线图结果显示上述炎症因子联合较单一因子对预测G-菌感染价值更大。结论mNGS在早期快速检测PDAP病原体方面显示了极大的诊断潜力,PD流出液中细胞因子IL-6、IL-10及血清降钙素原、C反应蛋白水平的整合提高了mNGS结果解释的精确度,依据细胞因子构建的风险预测模型可以较好区分不同种类细菌相关PDAP腹膜炎的患者。 展开更多
关键词 腹膜透析 腹膜炎 宏基因组二代测序 分子诊断标志物
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