应用NGS确认STR检测中的OL峰案例研究

基于毛细管电泳平台的短串联重复序列(Short tandem repeats,STR)检测(Capillary electrophoresis-Polymerase chain reaction,CE-PCR)是现阶段法医DNA实验室的金标准,二代测序(Next-generation sequencing,NGS)在法医学上的应用已经初现端倪,通过NGS可以解决传统CE-STR对OL(Off-ladder)峰形成原因难以判定的问题.本文对在毛细管电泳(CE)平台的STR鉴定工作中发现的一种OL峰血样进行NGS研究,确定了此样品的OL峰为D18S51基因座稀有等位基因,该基因型因超出试剂盒Ladder范围而形成OL峰.研究结果表明,NGS对阐明OL峰形成原因具有独特的优势,相关技术将在今后法医物证鉴定中得到广泛推广和应用.

二代测序技术在复发性葡萄胎患者胚胎植入前遗传学检测应用的可行性探讨

目的探讨基于二代测序技术(NGS)的胚胎植入前遗传学检测方法在降低复发性葡萄胎(RHM)发生风险中的应用的可行性。方法收集2019—2021年在北京大学第三医院生殖中心治疗的2例RHM患者夫妇行辅助生殖技术支持过程中发育停滞至Day5/Day6的胚胎3枚,其中患者1(RHM1)有1个胚胎,患者2(RHM2)有2个胚胎,分离单细胞并进行单细胞DNA扩增,将扩增产物进行NGS,分析其杂合SNP数量和CNV,判断胚胎染色体的亲本来源和倍型,同时将扩增产物进行STR基因分型,验证胚胎染色体的亲本来源。结果患者1(RHM1)的胚胎F1在8号染色体为三体。在患者2(RHM2)中,胚胎F1中的2号、8号、18号、20号染色体为单体,而4号染色体则考虑为单亲来源二体,对杂合SNP数量和CNV进行分析的低深度二代测序可有效评估胚胎染色体的亲本来源和倍型,相关结果得到STR分型的验证。即低深度二代测序即可同时满足胚胎染色体的亲本来源和倍型分析,STR基因分型也进一步验证了NGS的可靠性。结论基于NGS对胚胎染色体杂合SNP数量和CNV的检测,胚胎植入前遗传学检测(PGT)可有效判断胚胎染色体亲本来源和倍型,可用于常见类型的葡萄胎(HM)防控。

纳武利尤单抗联合伊匹木单抗治疗MSI-H晚期结肠癌1例报道

本文报告1例晚期结肠癌患者,既往术后标本免疫组化结果提示错配修复完整(proficient mismatch repair, pMMR),予术后化疗等全身治疗后病情进展。随后行二代测序(next-generation sequencing, NGS)提示该患者微卫星高度不稳定(microsatellite instability-high, MSI-H)以及高水平的肿瘤突变负荷值(tumor mutation burden, TMB)。

呼吸道合胞病毒感染的实验诊断研究进展

呼吸道合胞病毒(RSV),一种高度传染性的病原体,主要危害婴幼儿、幼童及老年人的呼吸系统健康。在全球范围内,RSV感染是导致婴幼儿需住院治疗的重要因素之一[1],同时,在老年人群及免疫功能不全者中,此病毒亦频繁引起严重的呼吸道疾患[2]。RSV感染所致的临床症状涵盖从轻度的上呼吸道感染至重症的下呼吸道感染,如支气管炎和肺炎[3]。其病程及严重程度在不同年龄段及健康状况各异的人群中表现出显著的差异性[4]。

二代测序技术在法医学中的应用

随着二代测序技术的快速发展,其高通量和低成本在生命科学领域应用广泛,测序的通量更高,测序时间和成本不断下降,使得其被广泛应用于微生物研究、古DNA研究、临床诊断、法医学研究等。本文阐述了二代测序技术平台及其遗传标记在法医学中的应用,包括STR分型、SNP分型、HLA基因型预测以及在降解检材中的应用等。

基于NGS技术及PD-1/PD-L1检测对同时性多原发肺癌的诊断价值初探

目的基于二代基因测序(NGS)技术及程序性死亡受体-1/程序性死亡受体配体-1(PD-1/PD-L1)检测对同时性多原发肺癌(sMPLC)组织的基因分子特征进行分析及分子诊断进行探索。方法收集2018年7月至2019年11月于中山大学附属第一医院胸外科确诊为同时性多原发肺癌患者组织标本及临床资料,通过NGS及免疫组化Elivision法检测sMPLC中PD-1和PD-L1蛋白的表达,分析其基因突变情况及PD-1/PD-L1蛋白表达情况。结果PD-1在sMPLC组织中阳性表达率为92.9%(13/14),PD-L1在sMPLC组织中阳性表达率为85.7%(12/14)。同一患者不同病灶之间表达不一致率为71.5%。在sMPLC肿瘤细胞中PD-1蛋白表达量与在细胞间质中的淋巴细胞中PD-1蛋白表达量差异有统计学意义(P=0.01),突变频率最高的基因为表皮生长因子受体(EGFR)基因,频率83.3%(10/12)。以21外显子EGFR L858R频率最高(7/10),sMPLC驱动基因突变均合并有伴随突变,同一患者的不同病灶之间有存在相同的伴随突变均为单核苷酸位点突变(SNV),未发现拷贝数变异(CNA)和基因重排或基因融合的共同伴随突变。sMPLC病灶中肿瘤突变负荷(TMB)值差异有统计学意义(P=0.02),且PD-L1在sMPLC组织中的表达量与TMB值呈正相关(r=0.609,P=0.036)。结论基于大panel的NGS测序及PD-1和PD-L1的检测,对于同时性多原发肺癌的诊断及后续的靶向及免疫治疗的评估有着一定的临床参考意义。

成人胶质母细胞瘤TERT启动子和ATRX突变预后价值

目的探究成人胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)中端粒酶逆转录酶(telomerase reverse transcriptase,TERT)启动子,α-地中海贫血伴智力低下综合征基因(alpha-thalassemia/mental retardation syndrome X-linked,ATRX)突变对预后的影响。方法收集2020年至2022年在徐州医科大学附属医院神经外科行手术治疗的82例GBM患者病理及随访资料。TERT启动子区(C228T和C250T)及ATRX突变检测采用多重PCR扩增+二代测序(next generation sequencing,NGS)方法,根据患者HE染色切片的镜下结果将其分为低级别组织形态的GBM和高级别组织形态GBM两组,分析两组GBM患者TERT启动子和ATRX突变率的差异。GBM患者预后的影响因素采用多因素COX回归分析。结果两组GBM患者中TERT启动子突变率(25.0%vs.75.8%,χ^(2)=12.584,P<0.01)存在统计学差异。年龄≤60岁、术中肿瘤全切、术后放疗、化疗、TERT启动子非突变是影响GBM患者预后的独立保护性因素(P<0.05)。结论TERT启动子突变的GBM患者预后较差、临床中常规检测TERT启动子并结合其他分子标记物有助于正确评估GBM患者预后,有较高临床价值。

急性黄疸型肝炎并发疱疹病毒性脑膜炎致死1例

患者,男性,54岁,因“乏力、纳差、厌油、尿黄10余天”于2021年3月5日入院。否认外伤及手术史,否认高血压、糖尿病等慢性病史,否认肝炎病史,否认输血史及药物过敏史。无烟酒嗜好。

移植心脏病理学诊断标准及其进展

随着心脏移植外科技术的提高和强效免疫抑制剂的临床应用,心脏移植例数和移植心脏存活时间均显著提升。然而在心脏移植术后的不同阶段,仍然可出现移植心脏右心室衰竭、缺血-再灌注损伤、急性排斥反应、“Quilty病变”、感染和以移植心脏冠状动脉血管病(TCAD)为特征的慢性排斥反应等一系列并发症。心内膜心肌活组织检查(EMB)技术的应用使得包括排斥反应在内的移植心脏多种并发症的病理学特征得以观察和掌握,并成为移植心脏并发症最为准确的诊断手段。本文对移植心脏病理学研究的简史、心脏移植术后主要并发症及其诊断标准以及移植心脏排斥反应诊断研究的最新进展进行阐述,旨在使更多的心脏移植受者受益。

肾移植受者人类微小病毒B19感染临床诊疗技术规范(2022版)

肾移植受者长期使用免疫抑制剂,导致其免疫功能低下,容易伴发各种病原体感染。近年来随着人类微小病毒B19(HPV-B19)感染的检测技术发展和肾移植手术的增多,肾移植术后HPV-B19的感染率呈逐年上升的趋势,是导致术后纯红细胞再生障碍性贫血(PRCA)的重要原因之一,影响移植肾功能恢复,甚至导致移植肾损伤或预后不良。为了进一步规范肾移植受者HPV-B19感染的诊断和治疗,中华医学会器官移植学分会和国家肾脏移植质控中心组织专家,从HPV-B19病原学、流行病学特点、临床表现、诊断、预防、治疗、存在的问题及展望等方面,制订肾移植术后HPV-B19感染的临床诊疗规范,以期为我国肾移植术后HPV-B19感染的规范化防治提供指导。

女性生殖系统肿瘤患者的微生物群在肿瘤中的作用的研究进展

女性生殖系统肿瘤危害着女性患者的生命,检出患有妇科肿瘤的患者生殖道微生物群可更好地了解妇科肿瘤的诱因,与传统手段相比,二代测序技术(NGS)能更有效地检出患者微生物群。文章主要就女性生殖系统微生物群与女性生殖系统肿瘤(主要为宫颈癌和卵巢癌)及其危险因素(如宫颈癌危险病原体HPV)的关系研究进展进行综述。

鹦鹉热衣原体肺炎临床诊治进展

鹦鹉热衣原体肺炎在社区获得性肺炎中属于相对少见的肺炎类型。由于该病临床表现多样、缺乏特异性且不容易获得病原学诊断,部分感染者可进展成为重症肺炎、脓毒性休克甚至危及生命。因此临床医师应提高对此病的认识,尤其对那些病情危重且经过经验性抗感染治疗后病情仍在进展、恶化者,更要提高对鹦鹉热衣原体感染的警惕。近来随着分子诊断技术应用增多,相关的临床病例报道也日益增多。本文将对鹦鹉热衣原体肺炎流行病学、临床特征、实验室检查及影像学特征、诊断标准及治疗措施等进行阐述,提高临床医务工作者对鹦鹉热衣原体肺炎的认识水平,做到及时诊断且有针对性治疗,改善预后。

基因大数据下的非小细胞肺癌的治疗与监测

本文主科普临床的背景知识及癌症涉及到的临床问题,针对循环肿瘤DNA的情况进行讨论,内容包括癌症方面现存的问题与医学常规检查使用到的方法及其原理,NCCN指南的使用介绍,现有的临床问题和相应的医学检测原理,基因技术与大数据的结合,二代测序技术的发展,与基因大数据相结合,深度检测癌症患者的体内微小肿瘤DNA残留,将会指引精确医学和个性化医疗的发展。