载脂蛋白B基因四核苷酸串联重复序列(TTTA)n遗传多态性研究

采用聚合酶链反应—变性凝胶高压电泳结合银染技术及基因序列方法 ,确认载脂蛋白B基因四核苷酸串联重复 (TTTA)n基因型 ,研究中国汉族人载脂蛋白B基因四核苷酸串联重复序列 (TTTA)n遗传多态性特征。结果 :汉族人群中 ,共检出载脂蛋白B四核苷酸串联重复序列 (TTTA)n有 3种等位基因和 6种基因型。基因型为 12 8/12 8,12 8/13 8,12 8/14 8,13 8/13 8,13 8/14 8,14 8/14 8,其频率分别为 0 0 0 5 ,0 0 89,0 0 10 ,0 816 ,0 0 75 ,0 0 0 5 ;等位基因为 12 8,13 8和 14 8,其频率分别是 0 0 5 5 ,0 898和 0 0 47,与美国高加索人相应的频率比较 ,两者的差异具有显著性 (P <0 0 1) ;结果说明 :载脂蛋白B基因四核苷酸串联重复 (TTTA)

汉族人群载脂蛋白CII基因二核苷酸串联重复序列(TG)n(AG)m及(AG)m序列的遗传多态性(英文)

目的:研究汉族人群载脂蛋白CII基因二核苷酸串联重复序列(TG)n(AG)m及(AG)m序列多态性。方法:采用套式聚合酶链反应结合变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染技术,并构建了载脂蛋白CII(ApoCII)基因二核苷酸串联重复序列(TG)n(AG)m及(AG)m序列等位基因梯阶标准,检测了231例汉族人群健康体检者基因型和等位基因频率分布。同时测定了等位基因28的序列。结果:检出36种(TG)n(AG)m序列基因型、12种等位基因。等位基因为17,18,26-35,其频率分别为0.061,0.011,0.002,0.002,0.054,0.255,0.372,0.084,0.026,0.039,0.052,0.041。检出7种(AG)m序列基因型、4种等位基因。等位基因为6,7,8,9,其频率分别为0.002,0.152,0.812,0.034。与欧洲白种人比较,ApoCII基因二核苷酸串联重复序列(TG)n(AG)m及(AG)m序列等位基因频率分布均具有显著的差异性(χ2=341.47,P<0.01;χ2=56.05,P<0.01)。结论:载脂蛋白CII基因二核苷酸串联重复序列(TG)n(AG)m及(AG)m序列具有明显的种族差异性,了解汉族人群该序列的遗传特点,是研究其与疾病相关性的基础和前提。

基质金属蛋白酶-9基因二核苷酸重复序列多态标志ACn多态与2型糖尿病蛋白尿肾病相关

目的探讨基质金属蛋白酶-9(MMP-9)基因二核苷酸重复序列多态标志ACn与中国人2型糖尿病蛋白尿肾病的相关性。方法收集中国人2型糖尿病合并及非合并肾病患者245例,其中非肾病组(Non-DN) 78例,微量蛋白尿肾病组(DN-1)129例。显著蛋白尿肾病组(DN-2)38例；非糖尿病对照组83例。采用荧光染料FAM标记引物5′末端．将聚合酶链反应(PCR)产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,采用基因片段分析法检测个体MMP-9基因ACn的基因型,比较各组间基因型和等位基因频率。结果①共发现9种等位基因,ACn重复数目为16至24。其中以AC21等位基因最为常见,其他等位基因频率大小顺序依次为AC19＞AC20＞AC18。②DN-2组的AC18等位基因频率为11．8%,显著高于Non—DN组的3．8%(P=0．042,OR=3．7．95%CI 1．2～11．4)。③DN-1组的AC20等位基因频率为23．7%,显著低于Non—DN组的13．9%(P=0．016,OR=2．0,95%CI 1．1～3．6)。结论中国人MMP-9基因(AC)n重复数16至24,最常见等位基因为AC21。AC18等位基因可能是糖尿病发生显著蛋白尿肾病的风险因子．而AC20等位基因可能是防止糖尿病微量蛋白尿肾病发生的保护因子。因此,MMP-9基因微卫星多态可能是中国人2型糖尿病肾病的遗传标志。

汉族人群载脂蛋白CII基因二核苷酸串联重复序列(TG)n(AG)m及(AG)m多态性

采用套式聚合酶链反应结合变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染技术 ,并构建载脂蛋白CII (ApoCII)基因二核苷酸串联重复序列 (TG)n(AG)m及 (AG)m序列等位基因梯阶标准 ;检测正常汉族人群基因型和等位基因频率分布 ,检出 36种 (TG)n(AG)m序列基因型、12种等位基因。等位基因为 17、18、2 6～ 35 ,其频率分别为 0 0 6 1、0 0 11、0 0 0 2、0 0 0 2、0 0 5 4、0 2 5 5、0 372、0 0 84、0 0 2 6、0 0 39、0 0 5 2、0 0 4 1。检出 7种 (AG)m序列基因型、4种等位基因。等位基因为 6、7、8、9,其频率分别为 0 0 0 2、0 15 2、0 812、0 0 34。与欧洲白种人比较 ,ApoCII基因二核苷酸串联重复序列 (TG)n(AG)m及 (AG)m序列等位基因频率分布均具有明显的种族差异性 (P <0 0 1,P <0 0 1)。

中医药干预核苷酸结合结构域富含亮氨酸重复序列和含热蛋白结构域受体3(NLRP3)炎症小体防治类风湿性关节炎的研究进展

类风湿性关节炎(RA)是一种慢性、全身性自身免疫性疾病,以软骨损伤、滑膜炎症等为主要病理特征。核苷酸结合结构域富含亮氨酸重复序列和含热蛋白结构域受体3(NLRP3)炎症小体是一种细胞内感应蛋白复合物,可感知内源性危险信号并鉴别外来病原体,从而释放白细胞介素-1β、白细胞介素-18等促炎因子,介导细胞凋亡。研究表明,NLRP3炎症小体可以诱发炎症级联反应,加速软骨破坏,与RA密切相关。中医药在防治RA方面已取得一定成果。多项研究证实,中医药可靶向干预NLRP3炎症小体介导RA的病变过程,但尚未有系统性的相关论述。该文论述NLRP3炎症小体参与RA的机制,总结归纳近几年中医药干预NLRP3炎症小体防治RA的研究进展,以期为RA靶向药物的研发与应用提供一定借鉴。

三核苷酸重复序列失稳定机制:重复序列形成non-B二级结构的必要性和细胞反式作用因子的作用(英文)

与三核苷酸重复序列CAG·CTG、CGG·CCG和GAA·TTC扩增和缺失有关的分子机制尚不能得到清楚的阐释。体 外研究表明,上述疾病相关的重复序列可以在体外形成non-B二级结构,并介导重复序列扩增。然而,迄今为止,类似的 观察尚未在体内研究过程中得以实现。利用模型生物大肠杆菌和酵母等进行的有关研究并不能模拟三核苷酸重复序列的扩 增,这暗示三核苷酸重复序列的体内扩增可能与重复序列形成non-B二级结构关联性并不大。尽管理论上较长的三核苷 酸重复序列可以在复制和后复制过程中较易形成non-B DNA二级结构,但这样的二级结构倾向于导致重复序列出现“脆 性”,而不是扩增。事实上,患者所具有的三核苷酸重复序列扩增并非一定需要通过non-B二级结构的介导,这些重复序 列的扩增是可以通过一种RNA转录诱导的局部DNA重复序列的复制和其后的DNA重排得以发生。

二核苷酸重复多态性的非同位素检测及其在基因诊断中的应用

本文报道了一种检测二核苷酸重复多态性的简便的非同位素法，利用重复序列两侧的特异引物进行ＰＣＲ扩增，产生的等位片段在薄层变性聚丙烯酰胺凝胶电泳上分离，再用灵敏的银染法显色。该方法不需要标记ＰＣＲ产物，简便、快速，分辨率可达１ｂｐ，并可用多对引物同时进行多重ＰＣＲ分析。用此方法对ＤＭＤ家系成员ｄｙｓｔｒｏｐｈｉｎ基因的５＇－脑型外显子上游区和３＇－非翻译区的两个（ＣＡ）ｎ位点进行了扩增片段长度多态性分析，表明它是连锁分析和基因诊断的一种方便有效的新技术。

水稻中富含亮氨酸的重复序列和核苷酸结合位点(LRR-NBS)基因家族的生物信息学分析

采用HMM(HiddenMarkovModel) ,对源于日本晴的粳稻 (国际水稻测序计划 ,IRGSP)基因组和 9311的籼稻基因组 (北京华大 ,BGI)的蛋白质数据库进行了搜索 ,分别获得了 32 5和 344个富含亮氨酸的重复序列和核苷酸结合位点 (leucinerichrepeat-nucleotidebindingsite ,LRR -NBS)类的抗病基因的蛋白序列 ,并得到了与这些蛋白相应的cDNA序列。对粳稻蛋白功能结构域的分析表明 ,多个蛋白具有与植物防卫反应相关的结构域 ,还发现多个蛋白中存在着与转座 /反转座酶或蛋白所具有的结构域。对 2套数据同源性分析表明 ,粳稻中 4 8个基因在籼稻中可以确定存在orthologs基因 ,且几乎所有的粳稻基因在籼稻中都存在高度同源的对应基因。对这些蛋白的表达情况进行了EST库搜索 ,确定粳稻和籼稻中分别有 95和 79个蛋白表达。对粳稻和籼稻的所有LRR NBS类蛋白的NBS结构域氨基酸序列进行了多序列比对和系统进化分析 ,在粳稻中可以确定为 2 6 3个簇 ,这些簇大多只含 1个基因 ,是一个冗余度不高的基因家族。且除了个别族外 。

大豆二核苷酸SSR侧翼序列保守性分析

从NCBI下载了大豆的EST和GSS序列,以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料,统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成,对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索。结果表明:大豆SSR分布频率为1/6.67kb,侧翼序列GC含量为37.83%,二核苷重复是SSR的主要类型(65.7%),同一种重复基元的SSR存在多类型侧翼序列,同一类型的侧翼序列高度保守,不同类型的侧翼序列之间相似性较小,尤其是非SSR区域可以存在与SSR侧翼序列相同的序列。由上述结果推断SSR引物可能扩增出不含SSR的产物,易位可以产生形成新类型SSR。这一分析结果有助于提高SSR引物设计效率和进一步阐明SSR的形成机理。

汉族人群载脂蛋白(a)五核苷酸重复序列基因多态性对血脂水平的影响

目的 :了解健康湖北汉族人群载脂蛋白 (a)五核苷酸重复序列 (pentanucleotiderepeat,PNR)基因多态性并分析其对血清脂质的影响。方法 :随机选取 15 3例健康湖北汉族受试者 ,测定其血清胆固醇 (TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白胆固醇 (HDL -C)、低密度脂蛋白胆固醇 (LDL -C) ,载脂蛋白AI(apoAⅠ )、载脂蛋白B(apoB)及脂蛋白 (a) [Lp(a) ]的浓度 ,并采用PCR -SSCP的方法检测载脂蛋白 (a)PNR基因多态性 ,计算各等位基因的分布频率。结果 :我国汉族人群apo(a)PNR等位基因频率分布与欧美人群有显著性差异 ,apo(a)PNR(TTTTA) 5等位基因与高Lp(a)水平相关 ,apo(a)PNR等位基因变异对TC、TG、HDL -C、LDL -C、ApoAI和ApoB无明显影响。结论 :本研究获得了湖北健康汉族人群的血脂及apo(a)PNR等位基因分布的资料 ,apo(a)PNR(TTTTA) 5等位基因与汉族人群高Lp(a)

低密度脂蛋白受体相关蛋白四核苷酸重复序列基因型检测

为建立一种直接、准确的人低密度脂蛋白受体相关蛋白四核苷酸串联重复序列 (TTTC)n基因型检测方法 ,应用聚合酶链反应和 8%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测人低密度脂蛋白受体相关蛋白的基因型 ,同时用聚合酶链反应产物直接进行测序。应用该法检测人低密度脂蛋白受体相关蛋白四核苷酸串联重复序列 (TTTC)n基因型 ,共检出 5 / 6、6 / 6、5 / 5型三种基因型和 5、6两种等位基因 ,其判定结果与测序结果完全一致。该方法可直接、准确地确定低密度脂蛋白受体相关蛋白的基因型 ,是大规模人群调查和心脑血管性疾病研究的有力工具。

载脂蛋白(a)五核苷酸重复序列基因多态性与冠心病及血浆Lp(a)水平的关系

目的 :探讨载脂蛋白[apo(a)]五核苷酸重复序列基因多态性在冠心病患者中的分布状况及其与血浆Lp(a)水平的关系。方法 :对293例经冠脉造影确诊的冠心病患者及163例正常对照组进行apo(a)基因多态性频率分析及血浆Lp(a)水平的检测。PCR法扩增相应的apo(a)DNA片段 ,聚丙烯酰胺凝胶电泳分离扩增产物并确定其基因型。ELISA法测定血浆Lp(a)水平。结果 :共检出8种等位基因 ,19种基因型 ,常见的基因型为8/8、8/9、5/8、9/94种。2组中5/8基因型携带者的血浆Lp(a)水平均高于其他基因型携带者 (P<0.05) ;高Lp(a)组5/8基因型携带者多于低Lp(a)组 (P<0.05) ;且高Lp(a)组中冠心病患者所占比例明显高于低Lp(a)组(P<0.05)。结论 :5/8基因型携带者血浆Lp(a)水平升高 。

抗禾谷孢囊线虫基因中核苷酸结合位点区(NBS)-亮氨酸重复序列区(LRR)的克隆与序列分析

根据源于节节麦抗禾谷孢囊线虫基因Cre3及已经克隆的NBS-LRR类植物抗病基因的NBS与LRR区保守序列分别设计特异引物,从易变山羊草基因组中PCR扩增得到两个扩增条带,它们的大小分别约为530bp和1200bp.经克隆测序发现,这两个序列分别长为532bp和1175bp,且是连续的.它们有32bp的共同序列,总长为1675bp,包含了一个NBS-LRR区和一个不完整的开放阅读框,没有起始密码子、终止密码子和内含子结构.它编码一个557个氨基酸的蛋白质,分子量(Mr)为63.537×103,含有NBS区保守模体ILDD,ESKILVTTRSK,KGSPLAARTVGG,RRC-FAYCS,EGF,以及LRR区的保守模体aXXLXXLXXL.它与Cre3的核苷酸和氨基酸同源性分别为87.8%和77%,可能是一个抗禾谷孢囊线虫基因.

153例内蒙古汉族人群载脂蛋白(a)五核苷酸重复序列基因多态性与乳腺癌的关系

目的研究载脂蛋白(a)[apo(a)]5′调控区五核苷酸(TTTTA)n重复序列(PNR)基因多态性在内蒙古地区汉族健康人群及乳腺癌患者中的分布特点,进一步探讨其与血脂水平的关系。方法采用PCR-聚丙烯酰胺凝胶电泳方法检测143例健康人群及153例乳腺癌患者apo(a)的PNR基因多态性。结果乳腺癌患者血浆Lp(a)、HDL-C及TG水平显著性高于健康对照组;乳腺癌患者组检测出(TTTTA)序列重复次数为5、8、9共3种等位基因,频率分别为0.029 4、0.767 9、0.202 6,并检测出5/8、5/9、5/5、8/8、8/9、9/9共6种基因型,频率分别为0.026 1、0.019 6、0.006 5、0.627 5、0.255 0、0.065 4;健康对照组检测出(TTTTA)序列重复次数为5、7、8、9共4种等位基因,频率分别为0.090 9、0.007 0、0.720 3、0.181 8,并检测出5/8、5/9、5/5、7/9、8/8、8/9、9/9共7种基因型,频率分别为0.076 9、0.035 0、0.035 0、0.014 0、0.559 4、0.244 8、0.035 0;乳腺癌患者apo(a)的(TTTTA)5等位基因频率显著低于健康对照组(P<0.05),且与乳腺癌的发生呈负相关性;乳腺癌患者基因型8/8与8/9间的血浆脂蛋白(a)水平比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论内蒙古地区携带apo(a)PNR(TTTTA)5等位基因的汉族人群发生乳腺癌的风险率可能相对较小。

蒙古族人群载脂蛋白(a)五核苷酸重复序列基因多态性与冠心病发生的相关性研究

目的:研究载脂蛋白(a)5'调控区(TTTTA)n五核苷酸重复序列(PNR)基因多态性在内蒙古地区蒙古族健康人群及冠心病(CHD)病人中的分布特点。方法:采用PCR-聚丙烯酰胺凝胶电泳方法检测66例蒙古族健康人群及71例蒙古族冠心病病人的apo(a)的PNR基因多态性。结果:冠心病病人血浆Lp(a)、TG水平高于正常对照组,而HDL-C水平则低于正常对照组;冠心病病人组检测出(TTTTA)序列重复次数为5、8、9共3种等位基因,并检测出5/8、5/9、8/8、8/9、9/9共5种基因型。正常对照组检测出(TTTTA)序列重复次数为5、7、8、9共4种等位基因,检测出5/8、5/5、7/9、8/8、8/9、9/9共6种基因型。两组人群均以重复次数为8和基因型8/8分布频率最高;冠心病病人与正常对照apo(a)PNR比较发现各等位基因及基因型频率间均无显著性差异;冠心病病人基因型8/8与8/9间的血浆脂蛋白(a)水平比较无显著性差异。结论:蒙古族人群apo(a)PNR基因多态性可能与冠心病发生的不存在直接的相关性。

MEF2A第11号外显子CAG三联核苷酸重复序列的改变与其转录激活活性的相关性

目的探讨MEF2A第11号外显子CAG三联核苷酸重复序列的改变与其转录激活活性的相关性。方法PCR法扩增富含组氨酸钙结合蛋白（histidine—rich calcium—binding protein，HRC）基因启动子／增强子序列，插入报告载体pGL3-Basic中，生成pGL3-HRC enhancer质粒，该质粒与全长野生型MEF2A cDNA表达质粒pCDNA—MEFcDNA，或含4～15个CAG的变异型MEF2AcDNA表达质粒pCDNA—MEFcDNA—CAGr，以及内参质粒pRL—TK，用脂质体转染法共转染于293T细胞，Western blot检测MEF2A蛋白的表达，双荧光素酶检测系统测定报告分子的表达。结果成功构建了MEF2A蛋白体外转录激活活性检测系统；所构建的含4～15个CAG序列的MEF2A变异蛋白，与含11个CAG序列的野生型MEF2A蛋白之间其转录激活活性没有显著性差异。结论目前已发现的MEF2A第11号外显子CAG重复数目的改变不会影响MEF2A蛋白的转录激活活性。

随机扰动下DNA三核苷酸重复序列的弯曲和柔性

利用统计力学模型讨论了与人类遗传病有关的 DNA三核苷酸重复序列的弯曲和柔性 .提出随机扰动模型来近似表示 DNA序列和蛋白质的相互作用 .发现弯曲很小的三核苷重复序列在有随机扰动的情况下 ,可以出现大角度的弯曲 ,且随扰动强度的加大出现大角度弯曲的概率增加 .求出了十二种三核苷重复序列的柔性及其长度依赖 ,发现当序列长度大于 1 50 bp时 ,柔性的变化开始显著 ,CTG和 CGG具有最大的柔性 .研究了柔性在有随机扰动时下的变化 ,发现在序列上不同位置施加扰动 ,柔性的变化程度不同 ,对于 60 0 bp长的序列 ,在 390

成人多囊肾PCR─核苷酸重复序列的多态分析

成人多囊肾ＰＣＲ─核苷酸重复序列的多态分析温州医学院附属一院潘景业，徐玉兰，俞康，吴建波，沈志坚，胡晓霞成人型多囊肾病（Ａｄｕｌｔｐｏｌｙｃｙｓｔｉｃｋｉｄｎｅｙｄｉｓｅａｓｅ，ＡＰＫＤ）是一种常染色体显性遗传病。发病率高达１／１０００［１］。主要特...

内源性逆转录病毒长末端重复序列在嗜酸性粒细胞增多症的基因表达及核苷酸序列分析

探索人内源性逆转录病毒长末端重复序列(LTR)基因及表达与嗜酸性粒细胞增多症发生的关系。PCR法检测嗜酸性粒细胞增多症患者外周血中内源性逆转录病毒长末端重复序列基因,RT-PCR法检测内源性逆转录病毒基因表达。变性高效液相分析和序列测定LTR片段核苷酸序列,对不同株基因序列作同源性的比较分析。PCR结果显示:20例嗜酸性粒细胞增多症患者细胞中均获得内源性逆转录病毒长末端重复序列扩增产物,嗜酸性粒细胞增多症组中长末端重复序列基因有高的表达,而正常人表达为阴性。与HERV-K家族LTR基因相应区域核苷酸序列比较;嗜酸性粒细胞增多组长末端重复序列U3、R、U5区同源性分析有核苷酸的改变,与淋巴瘤对照比较没有大片段的缺失。人类基因组中普遍存在逆转录病毒长末端重复序列。正常人和嗜酸性粒细胞增多症患者中长末端重复序列有不同程度核苷酸碱基的变异,但是,二者比较,这种改变与嗜酸性粒细胞的增多没有明显的相关性。在嗜酸性粒细胞增多症患者中有高的基因表达而正常人中没有可检出的病毒基因的表达,嗜酸粒细胞的增多可能与逆转录病毒基因表达水平有关,其诱导嗜酸粒细胞增多的机制需进一步的研究。

血浆脂蛋白(a)水平及apo(a)五核苷酸重复序列基因多态性相关性研究

lp(a)是动脉粥样硬化发生发展的独立危险因子.血浆lp(a)水平及apo(a)基因五核苷酸重复序列(TTTTA)(pen-tanucleotide repeat,PNR)的多态性与冠心病、心肌梗死、脑卒中及肿瘤的发生发展均具有相关性.