小反刍兽疫病毒及山羊痘病毒N-ITR基因二联实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为实现山羊2种疫病病原体——小反刍兽疫病毒(PPRV)和山羊痘病毒(GTPV)的同步快速检测,基于PPRV的N基因及GTPV的ITR基因,分别设计合成2套特异性引物及探针;探针分别用5′FAM-TAMRA3′及5′JOE-Eclipse3′标记物进行标记以实现同步检测。试验结果显示,所建立的N-ITR二联探针实时荧光定量RT-PCR方法可同步检测PPRV和GTPV,产生特异性荧光信号,而对禽痘病毒(FPV)、犬瘟热病毒(CDV)等相关病毒无荧光信号检出。以PPRV-N和GTPVITR的pMD18-T载体质粒为标准品,构建了二联标准曲线,N-ITR探针对PPRV和GTPV的检测敏感度可分别达102和103拷贝/μL。本研究初步建立了可同步快速特异性检测PPRV和GTPV的二联实时荧光定量RT-PCR方法。

沙门菌和志贺菌二联实时荧光定量PCR的临床检测应用研究

目的:进行沙门菌和志贺菌二联实时荧光PCR检测的研究,并探讨在CDC体检中临床检测的应用。方法:在沙门菌、志贺菌的fimY基因和ipaH基因保守区设计特异性引物和探针,对引物、探针、Mg2+浓度、Taq酶的用量、反应条件等进行优化,并与传统检测方法进行对比。结果:该方法从细菌核酸提取至完成检测仅需3 h左右,对两种菌的检测灵敏度均达到100 cfu/ml,检测自2007年11月以来CDC临床肛拭子样本5896份,实验结果与权威检验机构的结果符合率达100%。结论:二联实时荧光定量PCR可同时定量的检测出沙门菌和志贺菌,灵敏度高,特异性强,检测周期短。适用于CDC体检等同时对沙门菌和志贺菌的快速临床检测。

鉴别高、低致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒二重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

据GenBank登录的高、低致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(highly and lowly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus,HP/LP-PRRSV)的非结构蛋白2(Nsp2)基因序列设计特异性引物和TaqMan MGB荧光探针,经优化反应条件,建立鉴别HP/LP-PRRSV二重TaqMan MGB实时荧光定量RT-PCR(Real-time fluorescent quantitative RTPCR)检测方法;对该二重实时荧光定量RT-PCR方法进行了敏感性、特异性和重复性试验;对疑似PRRSV感染临床样品进行了应用检测,同时与建立的HP/LP-PRRSV二重RT-PCR方法进行了对比试验。结果显示,成功建立了鉴别HP/LPPRRSV的二重实时荧光定量RT-PCR检测方法,HP/LP-PRRSV标准曲线的循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,相关系数分别为0.998和0.997;该方法灵敏度可达101拷贝/μL;特异性高,对HP/LP-PRRSV阳性对照扩增呈阳性反应,而对5个对照病原均呈阴性反应;不同浓度的HP/LP-PRRSV重组质粒分别重复扩增3次,重复结果良好;对25份临床疑似PRRSV感染样品进行了应用检测,阳性检出率为92%,较普通二重RT-PCR方法阳性检出率高。

人冠状病毒HCoV-NL63和HCoV-HKU1常规RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用比较

分别设计HCoV-NL63和HCoV-HKU1特异的引物与荧光标记探针,并合成含靶基因的模板RNA,建立常规RT-PCR方法与实时荧光定量RT-PCR方法,对其灵敏性、特异性和可重复性以及用于临床样本的适用性等进行平行比较评价。结果表明:这两种方法皆可对HCoV-NL63或HCoV-HKU1进行特异性诊断,其中荧光定量RT-PCR方法检测灵敏度均可达10拷贝/25μL反应体积,不同批次重复检测结果间的变异系数均小于5%。上述方法应用于158份临床鼻咽拭子标本,其中荧光定量RT-PCR方法检出6份HCoV-NL63阳性标本,5份HCoV-HKU1阳性标本,而常规RT-PCR方法则分别检出HCoV-NL63阳性与HCoV-HKU1阳性各3份。对常规RT-PCR方法获得的阳性样品进行序列分析证实上述方法的可靠性。本实验成功建立了可用于临床标本检测的人冠状病毒HCoV-NL63和HCoV-HKU1常规RT-PCR方法与实时荧光定量RT-PCR检测方法,并初步证实荧光定量RT-PCR检测方法检出率明显高于常规RT-PCR方法,这为开展HCoV-NL63和HCoV-HKU1的流行监测及临床早期诊断提供了有效技术手段。

用实时荧光定量RT-PCR方法定量绵羊PrP基因的表达

为快速、准确定量绵羊PrP基因的mRNA,建立了绵羊PrP基因实时荧光定量聚合酶链反应检测方法。根据已报道的绵羊PrP基因序列,设计合成引物;采用RT-PCR方法扩增目的片段;构建标准重组质粒制备标准曲线,用于样品检测。结果发现,中枢神经系统组织PrP基因的表达量(copies/ng总RNA,39420)比外周组织(为7845)的高;在中枢神经系统中,脑干的PrP基因的表达量最高(为67020);外周器官中,淋巴结PrP基因的表达量最高(为29086),肾脏的表达量最低(为125)。建立绵羊PrP基因实时荧光定量PCR方法,对PCR扩增反应中每一个循环的产物进行定量分析,为进一步研究绵羊组织器官的PrP表达在传染性海绵状脑病发生中的作用提供基础数据。

猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株复合实时荧光定量RT-PCR鉴别方法的建立

根据GenBank中的猪瘟病毒强毒和弱毒株基因组序列设计了1对针对猪瘟病毒的通用引物和2条分别针对猪瘟病毒强毒和猪瘟兔化弱毒疫苗株的特异性TaqMan水解探针，建立了一种能区分猪瘟病毒强毒和兔化弱毒疫苗株的复合实时荧光定量RT—PCR检测方法。结果显示，该方法能将我国大陆流行的不同基因亚群的猪瘟病毒强毒株与猪瘟兔化弱毒疫苗株完全区分开来，而不与其他猪源病毒发生非特异反应，分别可检测到初始模板中41．8和81．5个拷贝的病毒RNA，与已建立的复合RT-套式PCR的敏感性相近，两种方法对152份样品检测的符合率达96．9％～100％。通过对8份猪瘟兔化细胞疫苗效价的检测，证实本方法与兔体反应热测定法有一定的相关性，可用于猪瘟病毒强毒株和兔化弱毒疫苗的定量和鉴别检测。

布氏杆菌和结核杆菌二重实时荧光定量PCR检测方法的建立与初步应用

本试验旨在利用二重实时荧光定量PCR技术建立鉴别诊断布氏杆菌和结核杆菌的方法。通过筛选布氏杆菌omp10、omp19、omp17、omp25、omp31和结核杆菌cfp10基因的最佳引物组合,建立二重实时定量PCR鉴别诊断方法,对该方法进行稳定性、特异性和敏感性试验,并对临床样品及模拟样品进行检测。经筛选布氏杆菌的omp25基因与结核杆菌cfp10基因引物组合最佳,该二重实时荧光定量PCR方法中布氏杆菌Tm值为88～89℃,结核杆菌Tm值为90～91℃,对其他供试的菌株则为阴性;该方法对布氏杆菌的DNA最低检出量为20拷贝.μL-1,结核杆菌为50拷贝.μL-1,两病原都存在时为100拷贝.μL-1,比常规PCR高100倍。利用所建立的二重荧光定量PCR方法及常规PCR,对24份结核痰样、11份布氏杆菌基因粗提物及30份模拟奶样进行检测,符合率为100%。本试验建立的方法可用于同时检测布氏杆菌和结核杆菌,并且具有良好的特异性、敏感性和稳定性。

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测禽呼肠孤病毒δC和δNS基因方法的建立

为建立一种定量检测禽呼肠孤病毒δC和δNS基因的SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR方法,针对δC、δNS基因分别设计了1对特异性引物,同时选择了1对内参基因β-actin引物,将常规PCR扩增的片段分别连接到pMD18-T载体上构建重组质粒,经筛选、鉴定纯化后,梯度倍比稀释作为标准品,用于构建SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR检测δC、δNS基因及内参基因β-actin的标准曲线。结果表明,建立的标准曲线具有良好的线性关系,R2均在0.99以上;最小检出量为10拷贝/μL的阳性标准品,且具有良好的重复性,能够校正抽提样品中细胞数量不均带来的差异。可见,SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR方法能满足检测微量样品中禽呼肠孤病毒δC和δNS基因表达的要求,具有快速、敏感性高、重复性好等特点。

实时荧光定量RT-PCR法检测手足口病患儿大便标本中肠道病毒71型

目的了解2008年手足口病流行期间住院手足口病患儿是否存在EV71病毒感染,并探讨实时荧光定量RT-PCR法对手足口病患儿大便标本中EV71病毒载量进行定量检测的可行性。方法采用RT-PCR荧光探针体外扩增法对47例住院的手足口病患儿大便标本中抽提的RNA进行抽样检测。结果22例(46.81%)手足口病患儿大便标本中EV71的病毒载量大于103copies/ml,最高者达1.03×107copies/ml。实时荧光定量RT-PCR法其标准曲线显示,Ct值与病毒拷贝数的对数(log10)之间的相关系数为1.000,相关性较好。结论2008年手足口病流行期间入住儿科医院的手足口病患儿近半数为EV71病毒感染。实时荧光定量RT-PCR法对大便标本中的EV71RNA定量检测较方便快捷,结果直观,为进一步研究病毒载量与临床表现之间的关系打下了基础。

西安市景观水体肠道病毒实时荧光定量RT-PCR检测与健康风险评价

根据肠道病毒基因非编码区保守序列的同源性设计肠道病毒通用引物,建立环境水体中肠道病毒的实时定量RT-PCR检测方法,对西安市的主要景观水体进行1 a的连续监测。通过统计分析数据,对肠道病毒感染的健康风险进行评价。结果表明,兴庆湖和北湖的肠道病毒检出浓度符合对数正态分布,浓度随季节变化波动明显,全年浓度几何平均值分别为16.05 copy/L和5.06 copy/L。肠道病毒与细菌总数、大肠菌群、粪大肠菌群等指标均无显著的相关性。根据景观用水的暴露评价和脊髓灰质炎病毒1型、柯萨奇病毒A21和B4型,埃可病毒12型的剂量-反应关系,计算得出兴庆湖和北湖中的各种肠道病毒感染的年风险分别为1.05×10^(-2),1.66×10^(-2),1.47×10^(-2);3.27×10^(-3),5.20×10^(-3),4.59×10^(-3)。结果表明这些景观水体已受到肠道病毒的污染,进一步加强城市景观水体肠道病毒的监测是十分必要的。

应用实时荧光定量RT-PCR法建立肝癌分子诊断指数

目的:筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中表达水平较正常肝细胞差异大、特异性好的基因,建立肝癌分子诊断指数,以期从分子病因学角度实现对肝癌的早期诊断.方法:随机选择38例手术切除组织标本,其中正常肝5例、肝炎4例、肝硬化(LC)12例、HCC和癌旁组织17例,实时荧光定量RT-PCR检测9个基因的表达,以管家基因G3PDH为对照,2-△△CT法计算目的基因相对表达量,依据表达异常的基因个数建立分子诊断指数.结果:GPC3等6个基因在正常肝、肝炎、LC与HCC组的两组或多组间存在差异(P<0.05);GPC3、E2F1从肝炎组到LC、HCC组呈递增趋势,HGF、CLDN10在LC组表达量升高,而在HCC组明显下降,PTEN、PRDM2、MGMT从肝炎组到LC、HCC组呈递减趋势;9个基因在LC组分子诊断指数平均值为1.58,在HCC组平均值为5.24,二者差异显著;GPC3、E2F1、MMP2从癌旁到癌呈递增趋势,CLDN10、HGF、PTEN、DLC1、PRDM2、MGMT从癌旁到癌呈递减趋势.结论:通过筛选更多基因的组合分析,分子诊断指数有望成为鉴别诊断早期肝癌的一种有效方法.

荧光实时定量RT-PCR检测DD3mRNA方法的建立

目的建立荧光实时定量RT—PCR（FQ—RT—PCR）检测前列腺癌（PCa）特异基因DD3mRNA的方法。方法在DD3基因的外显子1和3之间设计一对引物和一条TaqMan—MGB探针，优化反应体系，建立DD3mRNA的FQ—RT—PCR方法，并进行方法学评价。将PCR扩增产物经凝胶电泳纯化后与pBluescript Ⅱ SK载体连接，再将重组质粒转化感受态细胞进行克隆；提取重组质粒在紫外分光光度计上定量，作为定量检测的标准品。结果重组质粒经PCR扩增及序列测定，表明pBluescriptⅡSK—DD3cDNA克隆成功。PCR扩增产物经测序分析证实为DD3 mRNA特异性片段。本法灵敏度为6拷贝／反应，线性范围为6～6×10^8拷贝／反应，相关系数为0．9985，批内、批间变异系数分别为1.0％～2.0％和1、3％～6、6％。结论成功建立了FQ—RT—PCR检测DD3mRNA的方法。为DD3 mRNA作为前列腺癌的诊断指标提供了方法学依据，也为其他肿瘤基因的检测提供了方法学启示。

犬瘟热病毒、犬细小病毒二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立一种特异、高通量检测犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)和犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,本研究选取高度保守且具有型特异性的CDV H基因和CPVVP2基因序列,设计CDV和CPV特异性引物对及TaqMan MGB探针;经反应条件优化,建立了检测CDV和CPV的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,并进行了敏感性、特异性和重复性试验。结果显示,该方法检测CDV、CPV的标准曲线线性相关系数(R^2)分别为0.997和0.993,最低检出限均为10拷贝/μL,具有较高的灵敏性;对犬副流感病毒等4种病原对照和阴性对照均未出现扩增,特异性良好;CDV、CPV标准品批间试验结果显示,该方法具有很好的重复性;对48份临床疑似CDV或CPV感染样品检测结果显示,14份为CDV阳性,19份为CPV阳性,4份为CDV/CPV双阳性,与CDV H基因、CPVVP2基因测序结果符合率为100%。本研究建立的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法具有灵敏、特异、高通量和可准确定量等优点,可用于临床CDV/CPV病毒感染各个时期的快速鉴别检测。

儿童急性髓系白血病WT1基因的实时荧光定量RT-PCR检测及其临床意义

本研究建立实时荧光定量RT-PCR方法检测儿童急性髓系白血病WT1基因(AML)mRNA的表达并探讨其临床意义。采用SYBR G reen I实时荧光定量RT-PCR方法,检测30例初治AML患儿、12例缓解期患儿(30份)、18例复发患儿,30例细胞形态学正常人的骨髓标本中的WT1基因的表达水平,并动态检测20例初治患儿WT1基因的表达。以ABL为内参照,采用2-△△ct法计算其相对表达量。结果表明:①初治AML患儿WT1基因的表达高于正常对照组和缓解组(p<0.001);缓解AML患儿WT1基因的表达与正常对照组的差异无统计学意义(p>0.05);复发AML患儿WT1基因的表达与初治组的差异无统计学意义(p>0.05);②动态监测儿童AML20例显示,初治时W T1高表达,完全缓解后W T1表达水平下降,复发时W T1表达水平明显升高。20例中5例在临床复发前3-7个月表达水平开始上升。③动态检测的20例患儿初治时W T1阳性组和阴性组完全缓解率(CR)、3年总生存率(O S)无显著差异(p>0.05),治疗后第22-30天的W T1阳性组3年O S显著低于阴性组(p<0.05)。结论:SYBR G reen I实时荧光定量RT-PCR方法是一种快速有效,灵敏度高,特异性好的方法。WT1基因在儿童急性AML中表现为促癌基因的作用,WT1基因表达水平的变化有助于疗效评价,微小残留病的检测和预后判断。

实时荧光定量RT-PCR检测乳腺癌VEGF mRNA的表达

目的建立实时荧光定量逆转录-多聚酶链反应(real-timequantitative,RT-PCR)检测乳腺癌患者肿瘤组织VEGFmRNA表达的方法,并验证其与免疫组织化学LSAB方法检测VEGF蛋白表达的相关性。方法提取组织总RNA,逆转录成mRNA,采用实时荧光定量RT-PCR检测44例乳腺浸润性导管癌、25例癌旁正常小叶组织、13例乳腺良性疾病组织中VEGFmRNA表达;采用免疫组织化学LSAB法和彩色图像病理分析系统半定量检测其VEGF蛋白表达。结果乳腺癌组织中VEGFmRNA表达水平显著高于癌旁和良性病组织(P<0.001),而后两者之间无明显差异(P>0.05);VEGF蛋白表达在癌组织,癌旁和良性病组中的分布特点与VEGFmRNA完全一致。结论本研究所建立的用于检测人乳腺组织VEGFmRNA表达的实时荧光定量RT-PCR方法,是一种快速有效、灵敏度高、特异性好的定量检测方法,与免疫组化LSAB方法检测的VEGF蛋白表达具有良好相关性,在乳腺癌的早期诊断和良恶性鉴别诊断中具有重要的参考价值。

鸭IFN-γ mRNA实时荧光定量RT-PCR方法的建立

为建立检测鸭IFN-γ mRNA表达的实时荧光定量RT—PCR方法，根据GenBank中鸭IFN-γ基因序列，在保守区域设计并合成一对引物，采用SYBR Green Ⅰ染料，建立检测鸭IFN-γ mRNA的实时荧光定量RT-PCR方法（real-time RT-PCR）。试验以PCR产物为标准品，建立标准曲线，随后进行熔解曲线分析和稳定性研究。结果Ct值线性范围为12．0～33．0，相关系数为0．997；熔解曲线显示产物为单特异峰，Tm为82．5±0℃；组内变异系数（CV％）为4．26％；纽间试验无显著差异（P〉0．05）。建立的检测鸭IFN-γ mRNA的Real—time RT—PCR方法具有检测范围广、扩增效率高、特异性好、重复性和稳定性良好等特点。

运用实时荧光定量RT-PCR法检测乳腺癌组织中ERα、PR和Her2mR-NA表达

目的评价实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)在测定乳腺癌组织中雌激素受体α(ERα)、孕激素受体(PR)和人表皮生长因子受体2(Her2)基因表达的临床价值。方法选择2010年3月至10月在我院接受手术治疗的乳腺癌患者48例和乳腺良性病变患者28例,用免疫组化染色(IHC)法检测乳腺癌组织中ERα、PR、Her2蛋白的表达,用实时qRT-PCR法检测乳腺癌组织及良性乳腺肿瘤组织中ERα、PR、Her2mRNA的表达,并评价这两种检测方法在乳腺癌诊断中的价值。结果用实时qRT-PCR测得的ERα、Her2mRNA在乳腺癌组织中的表达均高于对照组织(P<0.05,P<0.01),而PRmRNA的表达在乳腺癌组织与对照组织之间差异无统计学意义。乳腺癌组织中ERα、PR、Her2的蛋白表达与临床TNM分期有关,ERα和PR的阳性表达率随临床TNM分期的升高而下降(P<0.05),Her2的阳性表达率随临床TNM分期的升高而升高(P<0.05)。乳腺癌淋巴结转移组乳腺组织中ERα、Her2mRNA表达均高于无淋巴结转移组(P<0.05),而PR mRNA表达与无淋巴结转移组比较差异无统计学意义。实时qRT-PCR检测ERα、PR、Her2mRNA在评价乳腺癌对内分泌治疗的敏感性、特异性以及病理学诊断的符合率均与IHC相符。结论 ERα、PR和Her2是预测乳腺癌内分泌治疗或靶向治疗的重要基因,本研究建立的实时qRT-PCR检测方法可用于ERα、PR和Her2mRNA表达的临床检测和研究。

应用SYBR荧光实时定量RT-PCR法检测TGF-β1诱导瘢痕疙瘩成纤维细胞中PAI-1mRNA表达

目的应用SYBR荧光实时定量RT—PCR法检测转化生长因子-β1（transforming growth factor betal，TGF-β1）诱导瘢痕疙瘩成纤维细胞（keloid fibroblasts，KFS）中纤溶酶原激活物抑制剂-1（plasminogen activator inhibitor1，PAI-1）mRNA的表达。方法体外分离培养KFs，应用不同浓度（1．25～20pmol·L-1）TGF-β1刺激KFs3h或TGF-β1（10pmol·L-1）刺激KFs不同时间（0．5～6h），采用SYBRGreenI荧光实时定量RT—PCR法检测，以B—actin基因作为内参，计算各组PAI-1mRNA的相对表达量。结果与空白对照组相比，TGF-β1能明显诱导KFs中PAI-1mRNA的表达，10、20pmol·L-1浓度组表达比值分别增至4．19及4．44倍（P〈0．01）；TGF-β1（10pmol·L。）的1、2h时问组表达比值分别增至2．29及2．41倍（P〈0．05），3、6h时间组分别增至4．19及5．83倍（P〈0．01）。提示，TGF-β1诱导KFs中PAI=1mRNA表达的最适浓度为10pmol·L-1、最适时间为3h。结论利用SYBR荧光实时定量RT—PCR法检测TGF-β1诱导KFs中PAI-1mRNA的表达，为进一步研究瘢痕疙瘩中TGF-β1信号通路的靶基因调控机制，以及开发治疗瘢痕疙瘩的新药提供了基础。

运用实时荧光定量RT-PCR和ELISA方法定量检测SHIV的对比分析

目的 建立一种实时、灵敏、特异的针对人／猴免疫缺陷病毒（SHIV）的RNA载量检测方法，通过与酶联免疫吸附试验（ELISA）进行比较，成为监测SHIV病毒体外复制过程的常用方法。方法 体外转录制备RNA标准品，利用TaqMan EZ逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）试剂盒的反应体系和针对SHIVgag保守区91个碱基的Taq—Man探针与引物，建立一步法实时荧光定量RT—PCR。三种SHIV感染性分子克隆体外转染293T细胞，在不同的时间点采样，通过实时荧光定量RT—PCR和ELISA两种方法监测SHIV病毒复制过程。结果两种方法监测的病毒复制过程基本一致，转染后2～48小时病毒复制出现明显的对数生长期，之后进入平台期，p24浓度大约100pg／ml，而RNA载量大约在100拷贝／ml。两者具有很好的相关性（r^2=0．834；P〈0．001）。实时荧光定量RT＋PCR灵敏度更高，检测范围更广，费用更低。结论 所建立的一步法检测SHIV病毒载量的实时荧光定量RT—PCR方法，可以作为监测SHIV体外扩增的常用方法。

TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测甲型肝炎减毒活疫苗病毒含量的研究

目的：建立一种快速定量检测甲型肝炎减毒活疫苗病毒含量的实时荧光定量RT-PCR方法。方法对Gen-Bank中登陆的甲型肝炎减毒活疫苗株（ L-A-1）和其他甲型肝炎病毒基因组全序列比较分析，根据其高度保守的5′端非编码区设计针对甲型肝炎减毒活疫苗株特异性引物与探针，对荧光定量RT-PCR反应条件进行优化，检测该方法的特异性和灵敏性，并对甲型肝炎减毒活疫苗病毒含量进行定量检测。结果该方法对甲型肝炎减毒活疫苗株高度特异，扩增片段为207 bp，不与其他肠道病毒发生非特异性反应。在104 CCID50/管～10-1 CCID50/管之间有良好的扩增曲线，检测的灵敏度可达0．1CCID50～0．01CCID50，比普通RT-PCR高100倍。结论该方法具有快速、灵敏、特异、重复性好等优点，可应用于甲型肝炎减毒活疫苗生产过程中病毒含量滴度测定及指导疫苗成品的配制。