利用蛋白质的二面角序列对蛋白质结构比对

蛋白质结构比对对理解蛋白质功能和进化关系非常重要。提出一种基于蛋白质残基的二面角的结构比对算法。通过动态时间规整算法比对二面角序列,来比较蛋白质的结构,拟合两蛋白结构距离的分布后,利用p-value来评价比对的好坏。主要结果有:利用动态时间规整算法计算得出的结构距离是一个很好的蛋白质结构相似性度量;结构距离服从参数为μ=94.7697,σ=41.5837,ξ=0.1925的广义的极值分布;和其他结构比对算法相比,该算法比CTSS的搜索结果要好。

利用Alignment空间理论分析蛋白质的结构

蛋白质的结构分析对研究蛋白质的功能以及进化关系十分重要,而Alignment空间理论作为数学中一个崭新的方向,可以在蛋白质结构分析中发挥显著的作用。简要介绍了Alignment空间理论,采用基于蛋白质主链的二面角序列代表蛋白质的结构,利用Alignment空间理论,通过相应的动态规划算法得到了一种可以度量蛋白质结构相似程度的指标ρ。最后经由蛋白质序列的实例计算证明该指标的有效性。