毛叶悬钩子和云南悬钩子叶绿体基因组比较分析

毛叶悬钩子(Rubus poliophyllus)和云南悬钩子(Rubus yunanicus)隶属于蔷薇科(Rosaceae)悬钩子属(Rubus)的尖叶亚组(Subsect.Acuminati),二者的形态特征和地理分布较为相似,因此难以分辨。通过Illumina高通量测序技术得到了二者的叶绿体基因组序列,并对序列进行过滤、组装、注释和分析,构建了基于叶绿体基因组序列的系统发育树。结果表明,毛叶悬钩子和云南悬钩子的基因组全长分别为156298 bp和156299 bp,基因组序列总GC含量均为37.2%。均检测到159个叶绿体基因,其中蛋白质编码基因104个,tRNA基因45个,rRNA基因10个。毛叶悬钩子和云南悬钩子均含有17个回文重复序列,正向重复序列个数分别为19、17,反向重复序列分别为4、3。二者的同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)>1.00的密码子均有32个,密码子偏好以A/U结尾,有效密码子数均大于45。根据叶绿体全基因组及筛选到的rpoC1-rpoB基因序列所构建的系统发育树显示,毛叶悬钩子和云南悬钩子均聚为同一个分支,表明二者具有较近的亲缘关系。研究结果可为毛叶悬钩子和云南悬钩子的物种分子鉴定、遗传多样性研究及其系统发育关系提供理论依据。