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蛋白质的进化与结构信息对亚叶绿体蛋白定位的预测 被引量:1
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作者 项新媛 李前忠 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期589-596,共8页
亚叶绿体定位是蛋白质亚细胞定位更深层次的问题,对研究叶绿体蛋白质的功能及其与其他大分子的相互作用具有重要的意义.本文计算了亚叶绿体蛋白质的化学位移关联信息和蛋白质保守位点的进化信息,通过分析和讨论这些特征信息,并结合基于... 亚叶绿体定位是蛋白质亚细胞定位更深层次的问题,对研究叶绿体蛋白质的功能及其与其他大分子的相互作用具有重要的意义.本文计算了亚叶绿体蛋白质的化学位移关联信息和蛋白质保守位点的进化信息,通过分析和讨论这些特征信息,并结合基于生物过程和分子功能的GO注释,提出了最佳组合参数,利用支持向量机算法对蛋白质亚叶绿体定位进行了预测,Jackknife检验的预测成功率达到了87.0%.同时在交叉检验和独立测试下都得到了较好的预测效果.利用本文提出的最佳组合参数有助于对未知蛋白质序列的检验,特别是对类囊体蛋白具有一定的影响. 展开更多
关键词 亚叶绿体定位 化学位移 Gene ONTOLOGY PSSM 支持向量机
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基于多信息融合的亚叶绿体定位预测研究 被引量:1
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作者 王瑞雪 李前忠 +1 位作者 闫振河 薛济先 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2017年第1期80-90,共11页
叶绿体是植物进行光合作用的主要场所,预测亚叶绿体定位对于研究其功能以及与其他大分子相互作用有重要的意义,因此更准确地预测蛋白质亚叶绿体定位成为一项必要的工作.文章建立了新的蛋白质亚叶绿体数据集,计算了氨基酸单肽分段组分信... 叶绿体是植物进行光合作用的主要场所,预测亚叶绿体定位对于研究其功能以及与其他大分子相互作用有重要的意义,因此更准确地预测蛋白质亚叶绿体定位成为一项必要的工作.文章建立了新的蛋白质亚叶绿体数据集,计算了氨基酸单肽分段组分信息,氨基酸二肽组分信息,预测的蛋白质二级结构信息,氨基酸指数信息,基于生物过程和分子功能的GO注释信息,以及基于PSSM矩阵的进化信息和保守信息,结合支持向量机算法(SVM)预测了亚叶绿体蛋白质定位.Jackknife检验的总体预测成功率为93.16%,同时交叉验证和独立测试也获得了较好的结果,分别为93.72%和90.65%. 展开更多
关键词 亚叶绿体定位 GENE ONTOLOGY 二级结构 氨基酸指数 SVM独立检验
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蛋白质亚叶绿体和亚线粒体定位预测研究进展
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作者 王星支 李凤敏 王晓茜 《生物信息学》 2014年第4期276-280,共5页
蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,有效地发挥功能,因此蛋白质的功能与其亚细胞定位有着密切的联系,通过确定蛋白质在细胞中的位置可以获取蛋白质功能和结构的信息。在近二十年中,... 蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,有效地发挥功能,因此蛋白质的功能与其亚细胞定位有着密切的联系,通过确定蛋白质在细胞中的位置可以获取蛋白质功能和结构的信息。在近二十年中,蛋白质亚细胞定位预测算法研究已经取得很大的成绩,在此基础上,蛋白质在细胞器内亚结构的定位预测研究,如对蛋白质亚线粒体和亚叶绿体定位的研究成为更深层次的问题,本文简要介绍国内外在蛋白质亚叶绿体和亚线粒体定位预测方面的研究进展。 展开更多
关键词 线粒体 亚叶绿体 定位 预测 进展
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盐胁迫对杜鹃生理生化与叶绿体亚显微结构的影响 被引量:23
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作者 吴月燕 李波 +1 位作者 张燕忠 崔鹏 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期642-648,共7页
以皋月杜鹃(Rhododendron indicum)为材料,采用盆栽试验研究不同浓度盐胁迫对杜鹃花生理生化特征和叶绿体亚显微结构的影响.结果表明:在低盐胁迫下,植株生长健壮,可溶性蛋白质含量、过氧化氢酶(CAT)、过氧化物酶(POD)和超氧化物歧化酶(S... 以皋月杜鹃(Rhododendron indicum)为材料,采用盆栽试验研究不同浓度盐胁迫对杜鹃花生理生化特征和叶绿体亚显微结构的影响.结果表明:在低盐胁迫下,植株生长健壮,可溶性蛋白质含量、过氧化氢酶(CAT)、过氧化物酶(POD)和超氧化物歧化酶(SOD)活性均显著高于对照,叶绿素和丙二醛(MDA)含量增加不显著,叶绿体亚显微结构完好,基粒片层排列整齐,与对照无差异,表明杜鹃可在低NaCl含量的土壤中正常生长;在120 mmol·L-1NaCl溶液处理下,植株叶片开始出现较轻的受害症状,随着盐浓度升高,植株受害症状加重,可溶性蛋白质和叶绿素含量显著下降,而MDA含量显著上升,POD、CAT和SOD活性先升后降,叶绿体结构逐渐膨胀成圆形,空洞化程度渐渐变大,膜慢慢解体,表明杜鹃在一定程度上具有抗盐胁迫的能力;在高盐胁迫下,叶绿体结构和功能被破坏,叶片黄化衰老. 展开更多
关键词 盐胁迫 杜鹃花 生理生化特征 叶绿体显微结构
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钾素水平对网纹甜瓜叶片光合特性及叶绿体亚显微结构的影响 被引量:10
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作者 林多 黄丹枫 +1 位作者 杨延杰 陈宁 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期1066-1070,共5页
在设施基质栽培条件下,研究了营养液中120、240及360 mg.L-13个钾素水平对网纹甜瓜‘甜甜1号’叶片光合特性及叶绿体亚显微结构的影响.结果表明,营养液中钾素水平过低(120 mg.L-1)或过高(360 mg.L-1)均导致网纹甜瓜叶片净光合速率下降,... 在设施基质栽培条件下,研究了营养液中120、240及360 mg.L-13个钾素水平对网纹甜瓜‘甜甜1号’叶片光合特性及叶绿体亚显微结构的影响.结果表明,营养液中钾素水平过低(120 mg.L-1)或过高(360 mg.L-1)均导致网纹甜瓜叶片净光合速率下降,使叶绿体片层结构混乱、变形和片层数减少,但对CO2补偿点(70μl.L-1)、饱和CO2(600μl.L-1)、光补偿点(50μmol.m-2.s-1)无显著影响.适宜的钾素水平能显著提高叶片的饱和光强、羧化效率和表观量子效率,3个指标分别为1 200μmol.m-2.s-1、0.1364和0.0237.在试验条件下,提高温室内基质栽培网纹甜瓜叶片光合效率的最适钾素水平为240 mg.L-1. 展开更多
关键词 网纹甜瓜 钾素水平 光合特性 叶绿体显微结构 基质栽培
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利用酵母双杂交技术筛选与AtbZIP1相互作用的蛋白质 被引量:1
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作者 孙晓丽 段小红 +5 位作者 才华 李勇 柏锡 纪巍 季佐军 朱延明 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1050-1058,共9页
碱性亮氨酸拉链bZIP类转录因子在植物的生长发育、光形态建成、光信号传导及非生物胁迫反应中发挥重要的作用.为研究AtbZIP1基因的作用机理,本研究首先验证了该基因的自激活转录活性,通过缺失突变确定了该转录因子的转录激活结构域;以At... 碱性亮氨酸拉链bZIP类转录因子在植物的生长发育、光形态建成、光信号传导及非生物胁迫反应中发挥重要的作用.为研究AtbZIP1基因的作用机理,本研究首先验证了该基因的自激活转录活性,通过缺失突变确定了该转录因子的转录激活结构域;以AtbZIP1缺失突变体AtbZ3为诱饵蛋白,采用Matchmaker Gold Yeast Two-Hybrid System(Clonetch),共筛选获得5个与诱饵蛋白相互作用的蛋白质;并通过AbA(Aureobasidin A)抗生素标记基因,His营养缺陷和LacZ蓝白斑检测验证了阳性克隆.亚细胞定位分析发现,AtbZIP1蛋白除了定位于细胞核外,还定位于叶绿体细胞.通过分析这些靶蛋白的已知功能,为研究AtbZIP1蛋白的未知生物学功能提供重要信息. 展开更多
关键词 碱性亮氨酸拉链 酵母双杂交系统 相互作用蛋白 叶绿体细胞定位
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Structure and Function of ε-Subunit of ATP Synthase in Higher Plant Chloroplast
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作者 倪张林 石晓冰 +1 位作者 沈允钢 魏家绵 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2003年第8期896-900,共5页
The ε-subunit is the smallest subunit of chloroplast ATP synthase, and is known to inhibit ATPase activity in isolated CF1-ATPase. As a result ε is sometimes called an inhibitory subunit. In addition, and perhaps mo... The ε-subunit is the smallest subunit of chloroplast ATP synthase, and is known to inhibit ATPase activity in isolated CF1-ATPase. As a result ε is sometimes called an inhibitory subunit. In addition, and perhaps more importantly, the ε -subunit is essential for the coupling of proton translocation to ATP synthesis (as proton gate). The relation between the structure and function of ε -subunit of ATP synthase in higher plant chloroplast has been studied by molecular biological methods such as site-directed mu-tagenesis and truncations for C- or N-terminus of ε -subunit. The results showed that: (1) Thr42 of ε-subunit is important for its structure and function; (2) compared with the ε-subunit in E.coli, the ε-subunit of chloroplast ATP synthase is more sensitive to C- or N-terminus truncations. 展开更多
关键词 CHLOROPLAST ATP synthase ε-subunit PHOTOPHOSPHORYLATION site-directed mutagenesis yeast two-hybrid system
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