目的 基于分泌卷曲相关蛋白2(secreted frizzled-related protein 2,SFRP2)基因,评价荧光定量法(Methy Light)、微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)、核酸质谱、靶向亚硫酸氢盐二代测序4种甲基化检测方法。方法 对4种甲基化检测方...目的 基于分泌卷曲相关蛋白2(secreted frizzled-related protein 2,SFRP2)基因,评价荧光定量法(Methy Light)、微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)、核酸质谱、靶向亚硫酸氢盐二代测序4种甲基化检测方法。方法 对4种甲基化检测方法的检测限(limit of detection, LOD)、定量限(limit of quantitation, LOQ)及稳定性方面进行比较,其中稳定性用变异系数(coefficient of variation,CV)来评估。结果 SFRP2基因在Methy Light、ddPCR、核酸质谱和靶向亚硫酸氢盐二代测序中的LOD分别为1.2500ng/孔、0.0625ng/孔、0.0625ng/孔、1.2500ng/孔,在LOD方面,ddPCR和核酸质谱的表现较好;SFRP2基因在MethyLight、ddPCR、核酸质谱和靶向亚硫酸氢盐二代测序中的LOQ分别为0.800%、0.032%、4.000%、0.032%,在LOQ方面,ddPCR和靶向亚硫酸氢盐二代测序的表现较好;SFRP2基因在MethyLight、ddPCR、核酸质谱和靶向亚硫酸氢盐二代测序中的变异系数分别为2.72%、0.68%、0.73%、0.15%,在稳定性方面,靶向亚硫酸氢盐二代测序的表现最好。结论 ddPCR的甲基化检测在检测限、定量限稳定性和经济性方面具有优越性,能够稳定地检测出肿瘤细胞的痕量游离DNA,在液态活检中具有广泛应用前景。展开更多
为探究本课题组获得的2头体细胞克隆猪隐睾症形成的可能原因,本研究利用相对荧光定量PCR技术检测了WT1和FGF9基因在睾丸组织中mRNA表达量变化,同时利用亚硫酸氢盐测序法分析了其启动子区CpG岛甲基化状态。结果表明:WT1和FGF9基因在2头...为探究本课题组获得的2头体细胞克隆猪隐睾症形成的可能原因,本研究利用相对荧光定量PCR技术检测了WT1和FGF9基因在睾丸组织中mRNA表达量变化,同时利用亚硫酸氢盐测序法分析了其启动子区CpG岛甲基化状态。结果表明:WT1和FGF9基因在2头克隆猪睾丸中表达量均高于对照组,其中克隆猪C1中2个基因的表达量与对照组相比差异明显(3.49、9.83 vs 1.00)。亚硫酸氢盐测序结果显示,WT1基因启动子区在克隆猪C1和C2中的甲基化程度没有明显变化,而FGF9基因启动子区2个CpG岛在克隆猪C1中甲基化程度高于对照猪N(94.54%vs 18.18%,71.11%vs 26.67%),而在克隆猪C2中不明显。综上表明:WT1基因的异常表达可能是引起克隆猪发生隐睾的原因之一,但其甲基化水平不是影响该基因异常表达的因素;克隆猪C1睾丸组织FGF9基因启动子区发生超甲基化,这可能导致其mRNA表达异常,从而成为诱导克隆猪隐睾发生的可能原因。展开更多
目的检测常规精液冷冻技术中冷冻保护剂、冷冻过程及冷冻时间长短对精子父源印记基因H19及母源印记基因MEST印记控制区域(imprinting control region,ICR)的DNA甲基化的影响程度。方法以10例符合精子库捐精条件的正式志愿者为研究对象,...目的检测常规精液冷冻技术中冷冻保护剂、冷冻过程及冷冻时间长短对精子父源印记基因H19及母源印记基因MEST印记控制区域(imprinting control region,ICR)的DNA甲基化的影响程度。方法以10例符合精子库捐精条件的正式志愿者为研究对象,将每份精液样品平均分为4组:A组为新鲜精液,作为对照;B组加入同体积冷冻保护剂,不冷冻;C组加同体积冷冻保护剂,冷冻2d;D组加同等体积冷冻保护剂,冷冻两个月。通过亚硫酸氢盐克隆测序法分析H19及MEST ICR的DNA甲基化状态。结果四组(A、B、C、D组)H19基因ICR区的DNA甲基化率以克隆数计算时分别为58.70%、53.85%、49.46%和45.74%,以CpG岛数计算时分别为97.57%、97.33%、97.13%和96.56%,两者都有降低趋势,但组间差异均无统计学意义(P>0.05);四组MEST基因ICR区甲基化率以克隆数计算时分别为41.10%、45.33%、47.30%和50.68%,以CpG岛数计算甲基化率时分别为1.77%、1.74%、2.00%和2.26%,有升高趋势,但差异亦无统计学意义(P>0.05)。结论常规精液冷冻复苏技术对精子父源印记基因H19及母源印记基因MEST的ICR区甲基化程度未见明显影响。展开更多
文摘目的 基于分泌卷曲相关蛋白2(secreted frizzled-related protein 2,SFRP2)基因,评价荧光定量法(Methy Light)、微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)、核酸质谱、靶向亚硫酸氢盐二代测序4种甲基化检测方法。方法 对4种甲基化检测方法的检测限(limit of detection, LOD)、定量限(limit of quantitation, LOQ)及稳定性方面进行比较,其中稳定性用变异系数(coefficient of variation,CV)来评估。结果 SFRP2基因在Methy Light、ddPCR、核酸质谱和靶向亚硫酸氢盐二代测序中的LOD分别为1.2500ng/孔、0.0625ng/孔、0.0625ng/孔、1.2500ng/孔,在LOD方面,ddPCR和核酸质谱的表现较好;SFRP2基因在MethyLight、ddPCR、核酸质谱和靶向亚硫酸氢盐二代测序中的LOQ分别为0.800%、0.032%、4.000%、0.032%,在LOQ方面,ddPCR和靶向亚硫酸氢盐二代测序的表现较好;SFRP2基因在MethyLight、ddPCR、核酸质谱和靶向亚硫酸氢盐二代测序中的变异系数分别为2.72%、0.68%、0.73%、0.15%,在稳定性方面,靶向亚硫酸氢盐二代测序的表现最好。结论 ddPCR的甲基化检测在检测限、定量限稳定性和经济性方面具有优越性,能够稳定地检测出肿瘤细胞的痕量游离DNA,在液态活检中具有广泛应用前景。
文摘为探究本课题组获得的2头体细胞克隆猪隐睾症形成的可能原因,本研究利用相对荧光定量PCR技术检测了WT1和FGF9基因在睾丸组织中mRNA表达量变化,同时利用亚硫酸氢盐测序法分析了其启动子区CpG岛甲基化状态。结果表明:WT1和FGF9基因在2头克隆猪睾丸中表达量均高于对照组,其中克隆猪C1中2个基因的表达量与对照组相比差异明显(3.49、9.83 vs 1.00)。亚硫酸氢盐测序结果显示,WT1基因启动子区在克隆猪C1和C2中的甲基化程度没有明显变化,而FGF9基因启动子区2个CpG岛在克隆猪C1中甲基化程度高于对照猪N(94.54%vs 18.18%,71.11%vs 26.67%),而在克隆猪C2中不明显。综上表明:WT1基因的异常表达可能是引起克隆猪发生隐睾的原因之一,但其甲基化水平不是影响该基因异常表达的因素;克隆猪C1睾丸组织FGF9基因启动子区发生超甲基化,这可能导致其mRNA表达异常,从而成为诱导克隆猪隐睾发生的可能原因。
文摘目的检测常规精液冷冻技术中冷冻保护剂、冷冻过程及冷冻时间长短对精子父源印记基因H19及母源印记基因MEST印记控制区域(imprinting control region,ICR)的DNA甲基化的影响程度。方法以10例符合精子库捐精条件的正式志愿者为研究对象,将每份精液样品平均分为4组:A组为新鲜精液,作为对照;B组加入同体积冷冻保护剂,不冷冻;C组加同体积冷冻保护剂,冷冻2d;D组加同等体积冷冻保护剂,冷冻两个月。通过亚硫酸氢盐克隆测序法分析H19及MEST ICR的DNA甲基化状态。结果四组(A、B、C、D组)H19基因ICR区的DNA甲基化率以克隆数计算时分别为58.70%、53.85%、49.46%和45.74%,以CpG岛数计算时分别为97.57%、97.33%、97.13%和96.56%,两者都有降低趋势,但组间差异均无统计学意义(P>0.05);四组MEST基因ICR区甲基化率以克隆数计算时分别为41.10%、45.33%、47.30%和50.68%,以CpG岛数计算甲基化率时分别为1.77%、1.74%、2.00%和2.26%,有升高趋势,但差异亦无统计学意义(P>0.05)。结论常规精液冷冻复苏技术对精子父源印记基因H19及母源印记基因MEST的ICR区甲基化程度未见明显影响。
