大白猪产仔数性状全基因组关联分析

在猪业生产中,产仔数高低是评价母猪繁殖性能的重要指标。本研究以738头大白猪群体为研究对象,收集繁殖记录,并计算1~4胎次总的产仔数(Total Number Born,TNB)、总的产活仔数(Number Born Alive,NBA)性状。利用猪80K芯片对个体进行基因分型,采用GCTA软件对TNB、NBA性状进行全基因组关联分析。结果显示,在15号染色体上,共鉴定到7个与NBA性状显著关联的SNP位点,构成1个327 kb的单倍型块。与猪QTL数据库比对,这些显著关联的SNP位于3个与繁殖性状相关的QTL区域内,与黄体数、乳头数等性状相关。在显著SNP位点上、下游500 kb区域内共包含7个基因,其中,IRS1、RHBDD1为产仔数性状相关基因。本研究为进一步鉴定猪繁殖性状关键基因提供理论依据。

猪雌激素受体基因PvuII多态性与产仔数性状的关系

雌激素受体 (estrogenreceptor ,ESR)能调控雌激素的合成 ,影响繁殖功能。将ESR基因作为控制猪产仔数的候选基因 ,分析其PvuII多态性与高产猪种莱芜猪和国外引进猪种长白猪产仔数的关系。序列分析发现 ,PCR扩增区 5 6bp的PvuII酶切片段位于RFLP分析获得的 3 7kb正向序列的起始部分。因ESR基因在高产仔数的莱芜猪中的PvuII多态性分布不能证实B基因为优势基因 ,故推测 3 7kb条带对该猪种产仔数可能不起决定作用。

猪产仔数性状侯选基因的研究进展

综述了猪产仔数性状候选基因或数量性状位点 (QTL)的研究进展。结果表明视黄酸受体γ基因、视黄醇结合蛋白 4基因、osteopontin基因和催乳素受体基因对猪窝产仔数有显著影响。猪产仔数性状的QTL位于 4号、 6号、 8号、1 5号染色体上。

影响猪产仔数性状候选基因的研究进展

在猪高繁殖力研究中，产仔数一直是研究的热点之一。猪产仔性状除受微效多基因的控制外，还受QTL中主效基因及其他候选基因的影响。

猪产仔数性状主效基因及其候选基因的研究进展

产仔数性状属于低遗传力数量性状,通过常规选育所获得的进展甚微,许多学者在寻找控制该性状的基因和遗传标记方面做了大量研究,并取得了显著成效。本文综述了猪产仔性状主效基因和候选基因的研究情况及其展望。

基于机器学习方法预测母猪产仔数性状

为指导养猪生产者更好地预测母猪的产仔数性状,尽早淘汰繁殖力较差的母猪,提升母猪群体的繁殖潜力,对记录了母猪总产仔数、产活仔数、健仔数、5日龄仔猪数和1 kg以上仔猪数的生产数据进行处理和描述统计,使用R软件中的Boruta包筛选出影响母猪产仔数性状的重要特征如品种、胎次、配种季节等,利用传统回归分析方法(LR)和不同机器学习方法—决策树(decision tree,DT)、K近邻(K-nearest neighbor,KNN)、支持向量机(support vector machine,SVM)对产仔数性状进行回归分析,最后比较机器学习方法与传统回归方法建模的优劣。结果显示,母猪总产仔数、产活仔数、健仔数、5日龄仔猪数和1 kg以上仔猪数不同回归分析方法的R^2均达到0.71以上(0.71~0.88),体现了特征选择的正确性;在预测母猪总产仔数、产活仔数、健仔数、5日龄仔猪数和1 kg以上仔猪数中SVM模型均显著优于其他机器学习模型(P<0.05)并且要优于传统回归方法,而且在以上模型中预测1 kg以上仔猪数的SVM模型最优。因此,在今后的养猪生产中机器学习方法可能会成为养猪生产者早期选育高繁殖力母猪的一种新途径。

中国主要地方品种猪的产仔数性状相关基因多态性的研究进展

本文选取产仔数性状基因作为研究对象,展示其在中国地方品种猪的分子育种现状,分析分子育种运用于临床实践的可能性和意义,为地方品种猪的保种、育种实践奠定基础。猪产仔数性状受多基因调控,遗传力偏低,分子育种手段可能加快该性状的育种进程。本文综述了与产仔数性状相关主效基因(雌激素受体、促卵泡素β、催乳素受体、视黄醇结合蛋白4、骨桥蛋白)的多态性及其与产仔数性状关联程度,分析其在中国主要地方品种猪中育种实践的进展情况,并对分子标记辅助育种技术的实践提出了建议。

miR-23a/27a/24基因簇g.65307469G>A突变对大白猪产仔数和启动子活性的影响

[目的]本文旨在研究大白猪miR-23a/27a/24基因簇启动子突变位点多态性与产仔数性状的关系及潜在机制,为母猪繁殖性状的分子育种提供新的潜在遗传标记。[方法]利用混池测序技术筛选猪miR-23a/27a/24基因簇启动子突变位点,直接测序法对大白猪群体(n=345)miR-23a/27a/24基因簇突变位点进行基因分型,计算遗传多样性;用线性模型对突变位点多态性与产仔数性状进行关联性分析;构建不同等位基因类型启动子载体,转染猪卵巢颗粒细胞,通过检测荧光素酶活性分析突变对启动子活性的影响;用生物信息学方法预测不同等位基因类型启动子潜在结合的差异转录因子,用荧光素酶活性分析差异转录因子对不同等位基因类型启动子活性的影响。[结果]在猪miR-23a/27a/24基因簇启动子-648 nt(Chr.2,65307469 nt)处发现1个新的G/A突变,命名为g.65307469G>A。在大白猪群体中发现3种基因型(GG、GA和AA),其中GG为优势基因型(89.57%),G等位基因为优势等位基因(94.64%)。关联性分析发现,GA基因型母猪的总产仔数(TNB)比GG基因型母猪每胎高0.56头(P<0.05)。荧光素酶活性分析结果显示G等位基因类型启动子活性显著高于A等位基因类型(P<0.05)。在不同等位基因类型启动子间发现1个潜在结合的差异转录因子死亡相关蛋白1(THAP1),成功构建猪THAP1基因过表达载体,共转试验结果显示转录因子THAP1对不同等位基因类型启动子活性均无显著影响(P>0.05)。[结论]miR-23a、miR-27a和miR-24是大白猪产仔数性状的候选基因,g.65307469G>A突变抑制miR-23a/27a/24基因簇的启动子活性,但与转录因子THAP1无关。

应用灰色关联度法对肉兔产仔数与相关性状关联度的探讨

本文结合肉兔产业基地生产,获取了肉兔开产1～3胎的平均产仔数与相关性状,通过灰色关联度分析,初步看出与产仔数关联度高的性状依次是体长>体重>耳长>耳宽,说明在开产早期选择体长、发育好的母兔个体对提高产仔数有实际意义。

淮猪新品系FSHβ亚基基因多态性及其与产仔数的相关性研究

在212头淮猪新品系母猪群中进行FSHβ亚基基因多态性及其与头胎产仔数性状的相关性分析,结果表明,在淮猪新品系母猪群中,FSHβ亚基基因的A等位基因为优势等位基因,其基因频率为0.6085。在淮猪新品系母猪头胎产仔数性状上,FSHβ亚基基因的AA基因型为有利基因型,AA型的头胎总产仔数比BB型高1.47头(P<0.01),AA型的头胎产活仔数比BB型高1.15头(P<0.05)。

太湖猪多产仔性状的主基因数目研究

本文用数量遗传学方法，以大白猪和太湖猪为亲本，以其杂交后代Ｆ１、Ｆ２的产仔数资料及回文世代产仔数资料进行太湖猪影响产仔数性状的基因数目研究。结果表明，影响太湖猪多产仔数性状的主基因数目为１～２对，且呈显性遗传方式。

猪产仔性状的QTL定位研究进展

母猪的产仔数是一个非常重要的经济性状指标,产仔数的提高将给养猪业带来巨大的经济效益。然而在过去的半个多世纪里,通过常规的育种技术,猪的许多重要经济性状都在遗传上得到了很好的改良(如瘦肉率、背膘厚等)。

猪雌激素受体基因(ESR)一个新多态位点的发现

ESR基因是影响猪产仔数的主效基因,而且与猪的生长发育性状及胴体性状之间不存在负的基因多效性影响。目前对它的研究大都局限于Rothsch ild等人发现的PvuⅡ酶切位点。本实验采用PCR-SSCP方法,对ESR基因的外显子7进行检测,发现了一个新多态性位点,得到3种基因型,可以作为一个新的标记位点进一步研究。