基于高通量测序的SNP计算无创产前亲子鉴定的方法

目的推导产前亲子鉴定(NIPPT)的亲权指数(PI)和排除概率(PE)公式,并对PE公式进行实验验证,以及对PI公式进行统计分析。方法首先,将NIPPT分为产前亲母疑父鉴定(PAF)、产前低度亲母疑父鉴定(PLAF)、产前父子鉴定(PFC)、产前母子鉴定(PMC)、产前双亲皆疑鉴定(PAP)和产前亲父疑母鉴定(PAM)共6类;其次,分别推导符合遗传规律情形和突变情形下的6类鉴定的PI公式,以及对应的PE公式,并依据10个SNP的数据计算PE的公式值,设计模拟实验在同样的SNP上计算出PE的模拟值,将模拟值对比公式值,对所推导公式进行实验验证;最后,在100个SNP系统上,分别建立模拟亲缘组和无关个体组模型,统计累积亲权指数(CPI)的几何平均数(Π)、95%置信区间(CI)、亲缘组中CPI>10~4的百分比和无关个体组中CPI<10-4的百分比。结果本文推导的PE公式经实验验证与之符合。本文推导的所有情形下的PI公式,任意分型组合均可计算对应的PI。在100个SNP系统上,所有鉴定的亲缘组和无关个体组均可获得明确结论;PLAF在50个SNP系统上,75.90%的亲缘组和100%的无关个体组可获得明确结论。结论本文公式可应用于NIPPT的PI和PE计算,具有法医学应用价值。

母血浆中胎儿游离核酸与无创性产前亲子鉴定

近年来,涉及胎儿亲权鉴定的案例逐渐增多。传统胎儿产前亲权鉴定常需有创性取样,故存在一定的风险。母血浆中胎儿游离核酸的发现,给无创性产前亲权鉴定带来了新的契机。本文主要就母血浆中胎儿游离核酸及其在无创性产前亲权鉴定中的应用价值和前景进行简要介绍。

基于高通量测序进行无创产前亲子鉴定的可行性

目的初步探讨基于高通量测序进行STR分型的技术方法应用于无创产前亲子鉴定的可行性。方法选择13个STR基因座(6个常染色体STR基因座,6个Y染色体STR基因座,1个性别判定基因座),进行复合PCR扩增和高通量测序文库构建后,采用Ion PGM400高通量测序平台进行测序,并采用自主研发软件NGS-STR genotyper(perl脚本)进行STR分型,本文简称上述过程为NGS-STR分型。对13个母子配对混合样本(母亲:儿子=2%~50%)、1组家系样本进行了上述NGS-STR分型,旨在(1)了解其在混合样本中的灵敏度及分型情况;(2)了解其在无创产前亲子鉴定中的应用可能性。结果 (1)当混合样本中低组分(儿子)的比例超过8%,所有基因座均可检出低组分的STR信息;(2)对1例血浆样本进行NGS-STR分型,共计69.2%的基因座可检出胎儿的STR基因型信息,且所有检出基因座均符合孟德尔遗传规律。结论初步证明了NGS-STR分型技术具有进行无创产前亲子鉴定的可行性。

MiniFiler及Yfiler试剂盒无创产前亲子鉴定的可能性探究

目的采用Mini Filer^(TM)及YFiler^(TM)试剂盒对孕妇血浆进行STR分型,评估上述试剂盒进行无创产前亲子鉴定的可行性。方法采用Mini Filer^(TM)及YFiler^(TM)试剂盒,对2例成人男性的全血及血浆进行STR分型,评估血浆检材的分型准确率及适用性;对8组已知亲子关系的孕妇家系(4组非父,4组亲父,均为男胎样本)采用Mini Filer^(TM)及YFiler^(TM)试剂盒进行STR分型,对STR分型图谱直接观察,总结归纳孕妇血浆STR图谱的特征,探讨进行无创产前亲子鉴定的可行性。结果血浆检材的STR分型结果与全血STR分型结果 100%一致,且等位基因峰高接近,表明血浆是一类可以进行STR分型的检材;观察8组孕妇血浆检材的STR分型图谱,可获得2~5个可用(含胎儿STR信息)Mini-STR位点,1~8个可用Y-STR位点,且在位点充足的情况下(>6个),肯定父权家系可计算累计父权指数达192 653,否定父权家系中有3~7个位点支持否定父权。结论采用Mini Filer^(TM)及Yfiler^(TM)试剂盒对孕妇血浆进行STR分型,存在进行无创产前亲子鉴定的可能性。

高通量测序SNP分型技术在无创性产前亲子鉴定中的应用

目的探索高通量测序SNP分型技术在无创性产前亲子鉴定中的应用条件。方法采集187组家系孕妇外周血(孕7~28周)和假定父亲外周血应用高通量测序SNP分型技术,探索其在无创亲子鉴定中的应用条件。结果孕周7~8周共65组家系,其中8组胎儿DNA浓度<2%,孕周9周以上胎儿DNA浓度均>2%。8组胎儿DNA浓度<2%未得到明确结论,未检出率为4.278%;胎儿DNA浓度>2%检出率为95.722%,血浆的平均测序深度达到300 X以上时,均能得到明确结论(支持/排除)。结论高通量测序SNP分型技术在无创产前亲子鉴定应用条件建议:孕9周以上,保证周胎儿DNA浓度大于2%,测序深度大于300 X的条件下进行。

游离DNA最新研究进展及法医学应用展望

近年来,随着DNA提取和检测技术的不断进步,游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)已经在生命科学领域得到了广泛应用,在法医学鉴定领域中的潜在应用价值也越来越明显。本文回顾了cfDNA概念、形成机制与分类等,并阐述了cfDNA在法医学现场接触检材的个体识别和无创产前亲缘关系鉴定应用中的最新研究进展,同时总结了cfDNA在损伤推断中的应用潜力,并探讨了常用cfDNA分析方法和技术的优缺点及应用展望,为cfDNA在法医学领域的广泛应用提供新思路。

孕妇血浆中胎儿游离核酸Y染色体STR复合扩增的应用

目的:探讨利用孕妇血浆中游离胎儿DNA通过复合扩增Y染色体上的STR进行胎儿性别鉴定及其应用在产前无创性亲子鉴定中的可能性。方法:收集23例12-28孕周的孕妇外周血以及血浆,同时收集胎儿羊水标本以及可疑父亲的外周血标本,提取DNA,利用ABI Identifiler以及ABI Yfiler扩增系统复合扩增常染色体以及Y染色体上的STR位点,扩增产物经ABI 3130基因测序仪分析,用GeneMapper ID 3.2软件分析。结果:23例孕妇中,有16例孕妇经羊水Identifiler系统验证为男性胎儿,该16例孕男胎的孕妇血浆DNA的Y染色体STR位点扩增成功率100%,扩增出位点数目5-12个不等;并将其分型结果与羊水标本相比较,结果均一致;同时将其与可疑父亲的Y染色体STR位点分型结果相比较,在9例经ABI identifiler验证为非父子关系的案例中有8例可以成功排除其父子关系。结论:利用位于Y染色体上的STR位点进行多位点复合扩增可以明显提高胎儿性别鉴定的准确率,同时将其应用于产前无创性亲子鉴定中,可用于亲缘关系的初步排除。