目的 探讨基于二代测序的染色体拷贝数变异技术(CNV-seq)在流产物染色体异常检测中的应用效果和临床意义未明的CNVs变异在流产物病因中的作用。方法 选取2020年1月至2022年12月在沈阳市妇幼保健院因胚胎停育或自然流产,自愿行流产物分...目的 探讨基于二代测序的染色体拷贝数变异技术(CNV-seq)在流产物染色体异常检测中的应用效果和临床意义未明的CNVs变异在流产物病因中的作用。方法 选取2020年1月至2022年12月在沈阳市妇幼保健院因胚胎停育或自然流产,自愿行流产物分析的患者178例,对绒毛或皮肤组织进行DNA提取和CNV-seq检测。对临床意义未明的CNVs变异涉及的基因进行富集分析。结果 178例流产物样本中,致病性CNVs 93例(93/178,52.25%),其中染色体数目异常占46.63%,结构异常占5.62%。不同年龄段患者的致病性CNV与非致病性CNV差异有统计学意义(P=0.046)。染色体数目异常中45,X (16.87%)、69,XNN (12.05%)和47,XN,+16 (12.05%)的发病率位列前三位,双重三体7例,三重三体1例,结构异常中共检出综合征10例。KEGG显著富集的是Pantothenate and CoA biosynthesis (P=0.001),GO显著富集的是MHC class I protein binding I (GO:0042288,P=9.04E-05)。结论 半数以上流产是由染色体异常引起的,CNV-seq利于发现罕见的综合征。对临床意义未明的CNVs涉及的基因进行富集可为寻找流产物标记基因提供新的思路。展开更多
旨在检测永登七山羊群体基因组选择信号,挖掘永登七山羊有价值的种质特性基因。本研究以4个绵羊群体(永登七山羊、岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊)共40个个体为研究对象,利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequenc...旨在检测永登七山羊群体基因组选择信号,挖掘永登七山羊有价值的种质特性基因。本研究以4个绵羊群体(永登七山羊、岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊)共40个个体为研究对象,利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(SNPs)。基于SNPs数据集,通过elgensoft软件进行主成分分析;运用Treemix软件分析基因流事件;利用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)进行全基因组选择性清除分析,取top 5%Fst和πratio的交集以确定基因组受选择区域,并对候选基因进行GO和KEGG富集分析。结果共得到1658596个群体SNPs;主成分分析(PCA)发现永登七山羊能够独立分群,基因流表明永登七山羊和兰州大尾羊存在较弱的基因交流。以永登七山羊为试验群体,岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊为参考群体进行选择清除分析,3个比较组的受选择区域分别检测出424、294、301个候选基因;GO和KEGG分析结果表明,候选基因分别显著富集在65、79、41个GO条目及15、22、10条KEGG通路上(P<0.05)。此外,将岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊3个群体的数据合并为一个数据集与永登七山羊进行比较,共筛选到466个候选基因,显著富集到124个GO条目及7条KEGG通路(P<0.05)。从中筛选到永登七山羊重要经济性状相关的功能基因BMP2、GRM 1和ALDH 1A1。研究结果表明,在永登七山羊全基因组范围内进行选择信号检测,鉴定到与生长发育、脂尾进化相关的候选基因,为永登七山羊的分子遗传标记挖掘提供参考。展开更多
目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2...目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDR q val)<25%和/或名义P值(nom P val)<0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性。结果在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val<25%且nom P val<0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val<0.01)。结论多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性。展开更多
目的运用生物信息学方法研究锌指蛋白7(zinc finger protein 7,ZNF7)基因及其共表达基因在乳腺癌发生发展过程中的作用。方法通过GeneCards及PubMeb数据库分析ZNF7基因的已知功能;通过UALCAN网站分析ZNF7在乳腺癌患者中的表达情况,以及...目的运用生物信息学方法研究锌指蛋白7(zinc finger protein 7,ZNF7)基因及其共表达基因在乳腺癌发生发展过程中的作用。方法通过GeneCards及PubMeb数据库分析ZNF7基因的已知功能;通过UALCAN网站分析ZNF7在乳腺癌患者中的表达情况,以及年龄、性别等因素对其表达的影响;通过Kaplan Meier-Plotter工具绘制ZNF7的生存曲线;利用LinkedOmics网站研究ZNF7的共表达基因,并对它们进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;通过STRING数据库分析ZNF7的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络及其功能。结果ZNF7可能通过转录调控发挥炎症抑制和细胞保护活性,是特定肿瘤中强大的预后标志物,但其在乳腺癌中的角色尚不明确;ZNF7高表达患者生存率明显高于低表达患者,但其表达不受年龄、性别等因素的影响。GO富集结果显示,ZNF7正向共表达基因主要参与核糖核蛋白的生物合成、染色体分离、DNA复制等生物学过程,定位于细胞核,并与DNA及RNA的催化活性、解螺旋酶活性、单链DNA及mRNA结合等分子功能相关;KEGG通路富集表明,ZNF7主要涉及真核生物核糖体生物合成、剪接体、RNA转运、细胞周期、同源重组等通路。在PPI中,核因子κB激酶调节亚基γ抑制剂(inhibitor of nuclear factor kappa B kinase regulatory subunit gamma,IKBKG)和氧化应激诱导生长抑制剂家族成员2(oxidative stress induced growth inhibitor family member 2,OSGIN2)分别参与细胞凋亡和分裂;核糖体蛋白S7(ribosomal protein S7,RPS7)与核糖体蛋白L8(ribosomal protein L8,RPL8)参与核糖体生物合成;烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(nicotinamide adenine dinucleotide phosphate oxidase 4,NOX4)有助于超氧化物的产生。结论ZNF7可能通过参与乳腺癌患者体内多条信号通路的网络调控,从而影响乳腺癌的发生和发展。展开更多
目的探讨膜联蛋白A2(ANXA2)在胶质瘤中的表达和预后,并对相关基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,为探索胶质瘤的肿瘤标志物提供依据。方法通过UALCAN、GEPIA和ONCOMINE在线软件分析ANXA2在胶质瘤与癌旁组织的表达;使用UALCAN...目的探讨膜联蛋白A2(ANXA2)在胶质瘤中的表达和预后,并对相关基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,为探索胶质瘤的肿瘤标志物提供依据。方法通过UALCAN、GEPIA和ONCOMINE在线软件分析ANXA2在胶质瘤与癌旁组织的表达;使用UALCAN软件分析与ANXA2差异表达有相关性的基因;使用DAVID 6.8软件对ANXA2相关基因开展KEGG分析;使用Human protein atlas分析ANXA2相关基因的生存期;使用STRING软件进行ANXA2基因蛋白互作(PPI)分析。结果ANXA2在胶质瘤中表达上调。生存期分析结果显示,ANXA2在胶质瘤中高表达后生存期缩短。KEGG分析结合生存期分析结果显示,胶质瘤中高表达的15个基因的无病生存期缩短,12个基因的总生存期缩短。PPI结合这些基因的预后分析结果显示,TNFRSF1A、TGFB1、ITGB5是参与ANXA2调控表型的关键基因。结论ANXA2是胶质瘤中潜在的癌基因,并通过肿瘤相关信号通路调控TNFRSF1A、TGFB1、ITGB5参与胶质瘤的发生、发展及预后。展开更多
文摘目的 探讨基于二代测序的染色体拷贝数变异技术(CNV-seq)在流产物染色体异常检测中的应用效果和临床意义未明的CNVs变异在流产物病因中的作用。方法 选取2020年1月至2022年12月在沈阳市妇幼保健院因胚胎停育或自然流产,自愿行流产物分析的患者178例,对绒毛或皮肤组织进行DNA提取和CNV-seq检测。对临床意义未明的CNVs变异涉及的基因进行富集分析。结果 178例流产物样本中,致病性CNVs 93例(93/178,52.25%),其中染色体数目异常占46.63%,结构异常占5.62%。不同年龄段患者的致病性CNV与非致病性CNV差异有统计学意义(P=0.046)。染色体数目异常中45,X (16.87%)、69,XNN (12.05%)和47,XN,+16 (12.05%)的发病率位列前三位,双重三体7例,三重三体1例,结构异常中共检出综合征10例。KEGG显著富集的是Pantothenate and CoA biosynthesis (P=0.001),GO显著富集的是MHC class I protein binding I (GO:0042288,P=9.04E-05)。结论 半数以上流产是由染色体异常引起的,CNV-seq利于发现罕见的综合征。对临床意义未明的CNVs涉及的基因进行富集可为寻找流产物标记基因提供新的思路。
文摘目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDR q val)<25%和/或名义P值(nom P val)<0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性。结果在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val<25%且nom P val<0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val<0.01)。结论多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性。
文摘目的运用生物信息学方法研究锌指蛋白7(zinc finger protein 7,ZNF7)基因及其共表达基因在乳腺癌发生发展过程中的作用。方法通过GeneCards及PubMeb数据库分析ZNF7基因的已知功能;通过UALCAN网站分析ZNF7在乳腺癌患者中的表达情况,以及年龄、性别等因素对其表达的影响;通过Kaplan Meier-Plotter工具绘制ZNF7的生存曲线;利用LinkedOmics网站研究ZNF7的共表达基因,并对它们进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;通过STRING数据库分析ZNF7的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络及其功能。结果ZNF7可能通过转录调控发挥炎症抑制和细胞保护活性,是特定肿瘤中强大的预后标志物,但其在乳腺癌中的角色尚不明确;ZNF7高表达患者生存率明显高于低表达患者,但其表达不受年龄、性别等因素的影响。GO富集结果显示,ZNF7正向共表达基因主要参与核糖核蛋白的生物合成、染色体分离、DNA复制等生物学过程,定位于细胞核,并与DNA及RNA的催化活性、解螺旋酶活性、单链DNA及mRNA结合等分子功能相关;KEGG通路富集表明,ZNF7主要涉及真核生物核糖体生物合成、剪接体、RNA转运、细胞周期、同源重组等通路。在PPI中,核因子κB激酶调节亚基γ抑制剂(inhibitor of nuclear factor kappa B kinase regulatory subunit gamma,IKBKG)和氧化应激诱导生长抑制剂家族成员2(oxidative stress induced growth inhibitor family member 2,OSGIN2)分别参与细胞凋亡和分裂;核糖体蛋白S7(ribosomal protein S7,RPS7)与核糖体蛋白L8(ribosomal protein L8,RPL8)参与核糖体生物合成;烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(nicotinamide adenine dinucleotide phosphate oxidase 4,NOX4)有助于超氧化物的产生。结论ZNF7可能通过参与乳腺癌患者体内多条信号通路的网络调控,从而影响乳腺癌的发生和发展。
文摘目的探讨膜联蛋白A2(ANXA2)在胶质瘤中的表达和预后,并对相关基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,为探索胶质瘤的肿瘤标志物提供依据。方法通过UALCAN、GEPIA和ONCOMINE在线软件分析ANXA2在胶质瘤与癌旁组织的表达;使用UALCAN软件分析与ANXA2差异表达有相关性的基因;使用DAVID 6.8软件对ANXA2相关基因开展KEGG分析;使用Human protein atlas分析ANXA2相关基因的生存期;使用STRING软件进行ANXA2基因蛋白互作(PPI)分析。结果ANXA2在胶质瘤中表达上调。生存期分析结果显示,ANXA2在胶质瘤中高表达后生存期缩短。KEGG分析结合生存期分析结果显示,胶质瘤中高表达的15个基因的无病生存期缩短,12个基因的总生存期缩短。PPI结合这些基因的预后分析结果显示,TNFRSF1A、TGFB1、ITGB5是参与ANXA2调控表型的关键基因。结论ANXA2是胶质瘤中潜在的癌基因,并通过肿瘤相关信号通路调控TNFRSF1A、TGFB1、ITGB5参与胶质瘤的发生、发展及预后。
