人乳头瘤病毒6型(Human papillomavirus type 6,HPV6)是引起生殖器疣与复发性喉乳头瘤的主要病原体之一。为明确2019年济南市1例尖锐湿疣患者的病毒基因组序列特征,本研究提取其尖锐湿疣组织标本总DNA,分两段进行HPV6全基因组PCR扩增和...人乳头瘤病毒6型(Human papillomavirus type 6,HPV6)是引起生殖器疣与复发性喉乳头瘤的主要病原体之一。为明确2019年济南市1例尖锐湿疣患者的病毒基因组序列特征,本研究提取其尖锐湿疣组织标本总DNA,分两段进行HPV6全基因组PCR扩增和步移法Sanger测序,将拼接后的序列与全球36条不同来源的HPV6全基因组序列进行对比分析。结果显示,1013/19/JN/CHN/HPV6株(以下简称1013/HPV6)基因组全长8031bp,属于变异谱系B1,与全球不同地区HPV6分离株序列的同源性为98.4%~99.9%。1013/HPV6株与B1亚谱系参考株AF092932全基因组序列相比具有19个核苷酸变异位点,分布在7个开放阅读框架(Open Reading Frames,ORFs)和非编码区内。本研究首次分析了分离自中国大陆的HPV6全基因序列特征,研究结果为HPV分子进化的进一步研究和分型诊断试剂的优化提供了数据。展开更多
目的分析山东省人乳头瘤病毒6型(Human papillomavirus type 6,HPV6)全基因组序列谱系和变异。方法于2019年在山东省3家哨点医院采集尖锐湿疣患者肛门拭子,提取HPV6 DNA进行PCR扩增和测序,对获得的HPV6全基因组序列进行同源性、系统进...目的分析山东省人乳头瘤病毒6型(Human papillomavirus type 6,HPV6)全基因组序列谱系和变异。方法于2019年在山东省3家哨点医院采集尖锐湿疣患者肛门拭子,提取HPV6 DNA进行PCR扩增和测序,对获得的HPV6全基因组序列进行同源性、系统进化和变异分析。结果本研究获得8条HPV6全基因组序列,其中5条属于A谱系,3条属于B1谱系;8条HPV6序列共发生165个核苷酸变异,错义突变率为22.4%(37/165);8条序列的核苷酸同源性为98.48%-99.99%;A谱系和B1谱系的核苷酸变异数分别为109个、56个,错义突变率分别为14.7%(16/109)、37.5%(21/56);两个谱系中E6、E7和E4编码区未发生或极少发生突变。结论山东省尖锐湿疣患者HPV6流行株为A谱系和B1谱系,与全球HPV6流行谱系分布一致;A谱系比B1谱系更保守。展开更多
文摘目的分析山东省人乳头瘤病毒6型(Human papillomavirus type 6,HPV6)全基因组序列谱系和变异。方法于2019年在山东省3家哨点医院采集尖锐湿疣患者肛门拭子,提取HPV6 DNA进行PCR扩增和测序,对获得的HPV6全基因组序列进行同源性、系统进化和变异分析。结果本研究获得8条HPV6全基因组序列,其中5条属于A谱系,3条属于B1谱系;8条HPV6序列共发生165个核苷酸变异,错义突变率为22.4%(37/165);8条序列的核苷酸同源性为98.48%-99.99%;A谱系和B1谱系的核苷酸变异数分别为109个、56个,错义突变率分别为14.7%(16/109)、37.5%(21/56);两个谱系中E6、E7和E4编码区未发生或极少发生突变。结论山东省尖锐湿疣患者HPV6流行株为A谱系和B1谱系,与全球HPV6流行谱系分布一致;A谱系比B1谱系更保守。