甲状腺激素受体相互作用物11基因变异所致软骨生成不全IA型家系遗传学分析

软骨生成不全IA型是一种罕见的致死性疾病,以常染色体隐性方式遗传,该疾病的发生与人14号染色体上甲状腺激素受体相互作用物11(TRIP11)基因变异有关。本研究采集了1例超声检查疑似致命性骨骼发育不良胎儿的流产皮肤组织及其父母的静脉血,通过提取基因组DNA,应用全外显子组测序技术对胎儿组织及其父母进行平行测序,对疑似致病变异用Sanger测序进行验证;并对以往报道基因检测结果进行文献复习,结合文献复习探讨该病的临床特点。结果发现了胎儿TRIP11检测到复合杂合变异c.790C>T(p.R264*)/c.589-2A>G,两位点分别来自父亲和母亲,符合常染色体隐性遗传。本研究报道的TRIP11基因复合杂合变异尚未见报道,拓宽了软骨生成不全1A型的基因变异谱,为该家庭的遗传咨询及产前诊断提供了重要的分子基础。

硫氧还蛋白相互作用蛋白介导的炎症反应及细胞凋亡在心肌梗死中的作用

背景:近年来有研究发现,在心肌梗死小鼠的心肌组织中,硫氧还蛋白相互作用蛋白表达升高。硫氧还蛋白相互作用蛋白是核苷酸结合寡聚化域样受体蛋白3(nucleotide-binding oligomerization domain-like receptor family pyrin domain-like receptor containing pyrin domain 3,NLRP3)炎性小体的内源性激活物,那么,其是否通过激活炎症小体参与心肌梗死的病理过程目前尚不清楚。目的:探讨硫氧还蛋白相互作用蛋白对心肌梗死后心肌细胞凋亡和NLRP3炎症小体的影响,为临床心肌梗死的预防和治疗提供新思路。方法:选取8周龄雄性硫氧还蛋白相互作用蛋白基因敲除纯合子小鼠30只和同窝野生C57BL/6J小鼠30只,2种小鼠均随机分为心肌梗死组和伪手术组(n=15),建立心肌梗死模型。术后4 d取部分小鼠(n=10)麻醉处死,取心脏组织,TUNEL法(n=5)检测心肌细胞凋亡水平,Western blot(n=5)检测硫氧还蛋白相互作用蛋白、NLRP3、活化半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶1、凋亡相关斑点样蛋白、活化白细胞介素1β和活化半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶3蛋白的表达水平;其余小鼠(n=5)于术后1个月采用小动物超声仪检测心脏功能,随后麻醉处死留取心脏组织,用于其他指标检测。结果与结论:①与野生伪手术组相比,野生心梗组硫氧还蛋白相互作用蛋白的表达水平显著升高(P<0.05);②与各自伪手术组相比,野生心肌梗死小鼠和硫氧还蛋白相互作用蛋白基因敲除心肌梗死小鼠的心肌中NLRP3活化半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶1、凋亡相关斑点样蛋白、活化白细胞介素1β和活化半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶3等蛋白表达均明显上调(P<0.05);③与野生心肌梗死小鼠相比,硫氧还蛋白相互作用蛋白基因敲除心肌梗死小鼠的梗死心肌中上述5种蛋白表达均明显降低,心肌细胞凋亡减少,心功能明显改善(P<0.05);④证明硫氧还蛋白相互作用蛋白基因敲除可抑制心肌梗死后NLRP3、活化半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶1、凋亡相关斑点样蛋白、活化白细胞介素1β和活化半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶3的表达,减少心肌细胞凋亡,最终改善缺血心脏功能,有望为临床心肌梗死的治疗提供靶点。

小鼠激活素受体相互作用蛋白5的基因克隆

目的克隆新的小鼠激活素受体相互作用蛋白5(ActRIP5)基因。方法应用酵母双杂交技术,筛选出与激活素ⅡA型受体(ActRⅡA)相互作用蛋白的基因片段,再以此基因片段作为探针,从小鼠脑cDNA文库中钓取ActRIP5cDNA。采用哺乳动物细胞双杂交系统,进一步确定ActRIP5与ActRⅡA的相互作用。采用RT-PCR检测ActRIP5mRNA在组织中的转录。结果克隆的ActRIP5全编码基因长1839bp,编码145个氨基酸残基,与ActRⅡA具有特异结合作用。ActRIP5mR-NA在小鼠多种组织中均可检出。结论ActRIP5属于ActRIP家族新成员,可以与ActRⅡA相互作用。

应用酵母双杂交系统筛选与新基因nelin相互作用的蛋白质

目的 通过筛选能够与新基因nelin的心肌特异表达产物相互作用的蛋白质从而揭示nelin的生物功能。方法 构建表达nelin阅读框全长的诱饵质粒并利用酵母双杂交系统筛选人心脏cDNA文库, 以寻找与nelin蛋白发生相互作用的蛋白质。并利用生物信息学方法对筛选得到的蛋白质进行功能结构域分析。结果 筛选得到3 个蛋白质分别为肌联蛋白 (Titin ) N2B亚型, 细丝蛋白 (Filamin ) C亚型即γ Filamin和α胰蛋白酶抑制物重链前体 (inter alphatrypsin inhibitor heavy chain precursor, ITIH)。对这3种蛋白的C末端结构域进行分析发现Titin和Filamin均含有免疫球蛋白样结构域 (Ig- like domain)。结论 实验结果揭示了新基因nelin很可能表达一个细胞骨架相关蛋白, 它可通过其蛋白质的C末端同Titin和Filamin的免疫球蛋白样结构域发生相互作用而参与细胞骨架网络的形成。

线虫核糖核蛋白基因内含子与相应编码序列的相互作用

对线虫核糖核蛋白基因内含子序列与相应编码序列采用Smith-Waterman方法做局域比对分析,探讨两者之间的相互作用机制.发现内含子中部序列确实存在与相应编码序列的相互作用区域.第一内含子的最佳匹配分布在内含子15%～55%的区域内,第二内含子的最佳匹配分布在内含子30%～80%的区域内.对于长内含子,在与外显子序列比对时,最佳匹配分布在内含子5%～20%区域内,在与整个编码序列比对时,出现了两个峰区,一个位于内含子15%～30%区域内,另一个位于内含子54%～78%区域内.推测第一个峰区与外显子内部序列有关,第二个峰区与外显子-外显子结合区域的序列有关.还发现编码序列上存在多个与内含子序列的相互作用域和一些禁配区域分布.推测这些禁配区域与蛋白质结合区域有关.结论印证了内含子序列与相应编码序列协同进化的观点.

筛选hALR的相互作用蛋白基因(英)

为筛选与人肝再生增强因子(hALR)相互作用蛋白的基因,探讨肝再生增强因子在肝再生过程中的分子生物学机制,将人肝再生增强因子基因的开放读码框片断,重组入载体pGBKT7构建成“诱饵”质粒pGBKT7-hALR,然后用酵母双杂交系统从预转化酵母菌Y187的成人肝细胞cDNA文库中筛选与人肝再生增强因子相互作用蛋白的基因.筛出的阳性克隆基因序列被测出后,经GenBank查询,结果发现它们分别是血清白蛋白、金属硫蛋白、硒蛋白类似物、Na+/K+ ATPase和一个未知功能的蛋白的部分序列.这初步克隆了与hALR相互作用的蛋白基因,为进一步探讨ALR在肝再生过程中的作用机制奠定了基础.

芳羟基受体相互作用蛋白基因与家族性单纯性垂体腺瘤

家族性单纯性垂体腺瘤(FIPA)是一类常染色体显性疾病,其特点为低外显率、早期发病、多呈侵袭样生长及以生长激素腺瘤和泌乳素腺瘤为主。芳羟基受体相互作用蛋白基因(AIP)是抑癌基因,20%左右的FIPA家庭存在AIP杂合性突变,AIP突变导致肿瘤发生发展的分子机制目前尚不清楚。

癌基因TRE17与肌钙蛋白C2相互作用的鉴定

目的:寻找癌基因TRE17的结合蛋白。方法:分别构建了TRE17/PGBKT7和TRE17(447)／PGBKT7诱饵质粒,用酵母双杂交技术筛选了人骨骼肌CDNA表达文库,并用GST-PULLDOWN分析进一步观察了癌基因TRE17与其结合蛋白之间的作用。结果:酵母双杂交分析提示,癌基因TRE17可能结合6种靶蛋白,包括PUR ALPHA、肌球蛋白轻链2、乳酸脱氢酶A和肌钙蛋白C2等,其中,仅肌钙蛋白C2能够既结合全长的癌基因TRE17,又结合仅编码TRE17 氨基端447个氨基酸的TRE17(447)。GST-PULLDOWN分析表明FRE17(447)明显结合肌钙蛋白C2,而不是阴性对照 GST。结论:肌钙蛋白C2能特异性结合癌基因TRE17,为进一步研究TRE17的恶性转化机制提供了新的线索。

λ噬菌体调节蛋白与操纵基因相互作用的研究

根据 λ噬菌体调节蛋白和特异的 DNA部位的相互作用提出一种线性三位点的结合模型 ,从理论上解释了调节蛋白结合左右操纵基因的协同性 ,得出耦合自由能的分配 .

HPV基因蛋白的相互作用与宫颈病变的关系

宫颈癌是世界上女性高发的第三大恶性肿瘤[1],也是威胁我国妇女健康的主要恶性肿瘤,其发病年龄有年轻化趋势。人乳头瘤病毒（human papillomavirus,HPV）感染是宫颈病变的主要病因[2]。HPV是一种常见的小DNA双链病毒,

酵母蛋白质相互作用与基因表达谱和亚细胞定位的相关性

研究酵母(yeast)蛋白质相互作用与基因表达谱和蛋白质亚细胞定位的关系.首先,构建了蛋白质相互作用正样本集、负样本集、随机组对负样本集和混合样本集.然后,对于4个数据集中的所有蛋白质对,通过比较它们的基于距离的基因共表达的分布以及它们中具有已知亚细胞定位的蛋白质对的共定位出现率,实现了这些高通量数据的交叉量化分析.结果揭示,与非相互作用蛋白质对相比,相互作用蛋白质对的基因表达谱具有较高的相似性;相互作用蛋白质对更倾向于具有相同的亚细胞定位.结果还揭示出这些蛋白质特征相关的总体趋势.

蛋白质－DNA相互作用与辐射诱导的基因转录

综述了电离辐射诱导基因及其表达产物的研究现状，阐明了蛋白质－ＤＮＡ结合作用及转录水平调控的研究进展，讨论了辐射诱导基因转录的信息传递通路及其意义。

结合蛋白质相互作用数据进行基因表达数据聚类

提出了一种蛋白质相互作用的相似性度量,将其与基因表达数据的相似性度量相结合,定义了一种融合的距离度量,并且将这种融合的距离度量用于改进现有的K-means聚类方法。经过实际数据的检验,改进后的K-means方法比常用的其它几种聚类方法具有更好的效果,说明结合蛋白质相互作用数据可以使得基因表达聚类的结果更有生物意义。

利用蛋白质相互作用关系改善基因芯片缺失数据估计的精度

针对基因芯片数据缺失问题,利用蛋白质相互作用关系与基因表达的内在联系,提出了一种利用蛋白质相互作用信息提高基因芯片缺失数据估计精度的方法.将蛋白质间的相互作用关系与基因表达数据间的距离相结合来计算基因间的表达相似度,根据这个新的相似性度量标准为含有缺失数据的基因选择更为合适的用于估计缺失值的基因集合.将新的相似性度量标准与传统的KNNimpute、LLSimpute方法相结合,描述了对应的改进算法PPI-KNNimpute、PPI-LLSimpute.对真实的数据集测试表明,蛋白质相互作用信息能有效改善基因缺失数据估计的精度.

λ噬菌体阻遏蛋白与操纵基因相互作用的动力学研究

根据 λ噬菌体阻遏蛋白与操纵基因的相互作用特点 ,提出了他们相互作用的化学动力学模型 .用此模型计算各结合位点饱和分数与阻遏蛋白浓度的关系函数 ,并对λ噬菌体阻遏蛋白与操纵基因相互作用的本征自由能及各位点间的偶联自由能进行了估算 。

食管鳞癌中Twist、卵巢癌差异表达基因2相互作用蛋白的表达及与临床病理学特征、预后的关系

目的:探讨Twist、卵巢癌差异表达基因2相互作用蛋白(Differentially Expressed in Ovarian Cancer-2 Interaction Protein,DAB2IP)在食管鳞癌(Esophageal Squamous Cell Carcinoma,ESCC)中的角色及意义。方法:用免疫组化检测72例ESCC、20例癌旁正常食管组织中Twist、DAB2IP基因的表达情况,分析不同组织中的表达差异及与临床病理特征、预后之间的关系,并对两者之间相关性进行探讨。结果:Twist在ESCC组织和癌旁正常食管组织中的表达率比较,差异具有统计学意义(χ^(2)=10.602,P<0.05)。DAB2IP在ESCC组织和癌旁正常食管组织中的表达率比较,差异具有统计学意义(χ^(2)=21.316,P<0.05)。Twist、DAB2IP表达均与浸润深度、淋巴结转移、临床分期、分化程度密切相关。相关分析显示在ESCC组织中,Twist、DAB2IP的表达呈负相关(r=-0.332,P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析显示DAB2IP表达与ESCC患者的生存期显著相关。多因素生存分析结果表明淋巴结转移情况和DAB2IP蛋白的表达是影响ESCC患者生存的独立预后因素(P均<0.05)。结论:Twist、DAB2IP两者在ESCC中的异常表达可能作为判断肿瘤侵袭转移的潜在指标。

蛋白质－DNA相互作用与真核基因转录

结合最近几年对真核转录调节因子和ＤＮＡ的结构与机能研究，概述了蛋白质－蛋白质及蛋白质－ＤＮＡ相互作用方式以及介导相互作用的分子结构基础，论述了转录因于之间、转录因子与ＤＮＡ之间相互作用过程中的协同与拮抗作用、发生机制及其在真核基因转录调节中的普遍性和重要意义。

Hedgehog相互作用蛋白基因多态性与慢性阻塞性肺疾病的关联性研究及功能分析

目的:分析Hedgehog相互作用蛋白(HHIP)基因多态性与慢性阻塞性肺疾病(COPD)的关联性及功能。方法:2017年1月-2019年10月收治COPD患者188例作为观察组,另选取同期体检的健康人群287例作为对照组,提取DNA,检测HHIP基因rs1489758、rs1492820位点多态性,测定1秒用力呼气末容积/用力肺活量比值(FEV1/FVC)、FEV1占预计值百分比(FEV1%),Logistic回归分析影响COPD的相关因素。结果:两组患者rs1489758、rs1492820位点基因型及等位基因分布比较,差异有统计学意义(P<0.05);观察组HHIP基因rs1489758位点GG、GT型FEV1%水平明显高于TT型患者,差异有统计学意义(P<0.05);观察组HHIP基因rs1492820位点AG型FEV1%水平明显高于AA型,差异有统计学意义(P<0.05)。经Logistic回归分析结果显示,rs1489758位点GT型、等位基因T型、rs1492820位点GG型、等位基因G型均为影响COPD发生的相关因素。结论:HHIP基因rs1489758、rs1492820位点多态性可能与COPD的发生及患者肺功能相关。

NOD样受体家族含CARD结构域5在胃癌中的相互作用蛋白及其对胃癌的诊断价值

目的 探究NOD样受体家族含CARD结构域5(NLRC5)在胃癌中的相互作用蛋白,并明确其对胃癌的诊断价值。方法 采用癌症基因组图谱(TCGA)数据库探究NLRC5在胃癌组织和癌旁组织中的差异,结合STRING网站分析NLRC5的相互作用蛋白,通过基因表达综合(GEO)数据库验证TCGA数据库筛选出来的蛋白对胃癌的诊断价值。引用临床模型,验证筛选出来的蛋白在胃癌组织和癌旁组织中的表达情况,确定各蛋白间的相关性,通过受试者工作特征(ROC)曲线明确其对胃癌的诊断价值。结果 TCGA结果显示,胃癌组织中NLRC5表达水平明显高于癌旁组织(P﹤0.01)。蛋白-蛋白相互作用发现,核因子κB激酶复合物抑制剂组分(CHUK)、核因子κB激酶亚单位β的抑制剂(IKBKB)、三重基序蛋白25(TRIM25)与NLRC5均呈正相关。经过GEO数据库验证得到TRIM25、CHUK、IKBKB与NLRC5可以构建联合模型诊断胃癌。临床模型中NLRC5在胃癌组织中高表达,且与TRIM25、IKBKB、CHUK表达水平均呈正相关(P﹤0.01)。NLRC5联合TRIM25、IKBKB、CHUK对胃癌有较高的诊断价值。结论 TRIM25、IKBKB、CHUK参与NLRC5在胃癌发展中的相关调控机制,在胃癌诊断中具有较高的效能。

CCCTC-结合因子与核周蛋白α4存在分子间相互作用并调控其基因表达

目的:研究CCCTC-结合因子(CTCF)是否与核周蛋白α4(KPNA4)有蛋白间相互作用并调控其表达。方法:用GSTpull-down实验研究CTCF是否与KPNA4存在蛋白间相互作用;用逆转录半定量PCR和免疫印迹检测CTCF敲降对KPNA4基因表达的影响。结果:GSTpull-down实验表明CTCF与KPNA4之间存在相互作用;当CTCF敲降时,KPNA4基因的表达随之下降。结论:CTCF与KPNA4之间存在相互作用并调控其基因表达。