小麦寡核苷酸探针套用于燕麦染色体鉴定

基于寡核苷酸探针套的荧光原位杂交(FISH)技术简单高效,通过FISH信号分析,可以对不同物种染色体组成进行分析。本研究利用AFA-3、AFA-4、pAs1-1、pAs1-3、pAs1-4、pAs1-6、pSc119.2-1和(GAA)10等8个探针组成的小麦寡核苷酸探针套,对不同倍性的燕麦品种进行荧光原位杂交。结果表明,小麦的寡核苷酸探针套在燕麦大部分染色体上可以产生清晰的杂交信号,能够区分燕麦大部分染色体,说明燕麦与小麦存在一定程度相似的重复序列,可为燕麦染色体的精准鉴定和分型提供了新的思路。

乙型脑炎病毒寡核苷酸探针的化学合成及初步检测

根据已发表的乙型脑炎病毒核苷酸序列，设计合成了１９寡核苷酸，作为检测该病毒的基因探针。以大肠杆菌ＤＮＡ聚合酶ＩＫｌｅｎｏｗ片段标记合成的寡核苷酸后，经过分子杂交证明该探针能检测出１ｐｇ靶ＤＮＡ或ＪＥＶ感染Ｃ６／３６细胞６小时后的病毒。

化学法合成生物素标记寡核苷酸探针

生物素可通过氨烷基磷酰胺基团连接到寡核苷酸5'末端,反应在水溶液中进行,核苷酸的侧链基团不用保护。我们以这种化学法合成了生物素标记的寡核苷酸探针,其显色灵敏度达50pg,杂交灵敏度达0.4fmol,并与酶标生物素寡核苷酸探针进行了比较,也对两种不同显色体系作了比较。

寡核苷酸芯片探针固定化和杂交条件的优化

目的 探讨寡核苷酸芯片探针固定化的方法 ,优化杂交条件。方法 设计spacer为poly(dT) 10～ 2 0 的长度为 15～ 30mer的探针 ,与 12 2～ 10 6 7bp的荧光标记靶序列杂交 ,杂交温度选择 4 2℃～ 6 5℃ ,杂交时间选择 1～ 3h。扫描分析杂交结果 ,通过Quantarray定量分析软件进行定量。结果 较短的如 10 0bp左右的靶序列 ,spacer为poly(dT) 10 、探针为 2 0mer左右即可获得非常理想的杂交结果。较长的如 75 0bp左右的靶序列 ,较短的spacer不能获得理想的杂交结果 ,可以选择poly(dT) 15或poly(dT) 2 0 ,探针应为 2 0mer以上 ,2 5mer和 30mer均能获得较好的杂交结果。 1k以上的靶序列与 15～ 30mer的探针杂交信号较弱。

寡核苷酸探针原位检测石蜡切片中PRRSV核酸

根据G enB ank收录的美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCC VR-2332株ORF 6和ORF 7基因序列,用O ligo软件设计并合成大小为37 bp的寡核苷酸探针,经生物素标记后,成功建立了原位检测石蜡组织切片中PRRSV核酸的方法。该探针能检测到56 pg PRRSV核酸的RT-PCR产物DNA,能特异检测出PRRSV核酸及其PCR产物,而对猪瘟病毒(HCV)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪乙脑病毒(JEV)的核酸呈阴性反应。应用该方法检测PRRSV SC-1株人工感染的28日龄仔猪,在感染后7 d即可在肺脏、肾脏、扁桃体、胸腺、肺门淋巴结、十二指肠和大脑检测到PRRSV核酸。该法可用于仔猪PRRSV感染的诊断和组织中核酸的定位及分布研究,也可用于甲醛固定组织的回顾性诊断。

用生物素标记寡核苷酸DNA探针快速检测鱼传染性胰脏坏死病病毒IPNV

研究了用生物素标记的寡核苷酸ＤＮＡ探针快速检测鱼传染性胰脏坏死病病毒ＩＰＮＶ，取得了较好的结果。对探针的灵敏度、特异性进行了测定，并与其它快速检测技术作了比较。

骨组织地高辛标记寡核苷酸探针原位杂交方法的建立

选用５只６周龄雄性ＳＤ大鼠双侧胫骨近端，用０．５ｍｏｌ／ＬＥＤＴＡ脱钙后，用非放射性同位素（地高辛）标记胰岛素样生长因子Ⅰ寡核苷酸探针，探讨骨组织石蜡切片原位杂交的方法。结果显示骨组织中各部位结构清晰，细胞内ｍＲＮＡ保存良好，所设对照实验证实了该方法具有较高的敏感性和特异性。表明本方法是进行骨组织的分子生物学研究一种有效。

rRNA-targeted寡核苷酸探针识别活性污泥微生物群落结构与功能研究进展

活性污泥中微生物群落内部关系非常复杂 ,及时对活性污泥中优势菌群和群落内部关系进行监测是污水处理中采取正确措施的关键。历史研究表明传统培养方法经常导致活性污泥优势菌群检测的失败 ,而r RNA- targeted寡核苷酸探针作为一种快速原位监测活性污泥微生物群落结构和功能的新工具被引入 ,使我们对参与污水净化的微生物群落结构和优势菌群能有较全面的了解。就该方法在识别除磷污泥、脱氮污泥、污泥泡沫和膨胀污泥中微生物群落结构和功能的典型应用进行综述 ,分析了该方法存在的优点和缺点 ,并对目前已建立且应用于活性污泥微生物检测的 r RNA-

可用于相关亚历山大藻(Alexandrium affine)检测的一个寡核苷酸探针

针对分离自南海的相关亚历山大藻,在进行核糖体大亚基DNA(LSU rDNA)全序列测序及比对的基础上,设计了针对其核糖体大亚基RNA(LSU rRNA)D10区的一个新的荧光素(FITC)标记寡核苷酸探针,并建立了相应的荧光原位杂交检测方法。在GenBank数据库中,BLAST检索的结果显示所设计的探针具有较高的特异性。杂交实验的结果也表明,这条探针对相关亚历山大藻的标记具有特异性,且标记效率可以达到100%,标记信号清晰明亮。本研究结果为相关亚历山大藻的监测及其种群动态研究提供了方法学依据,也为其它微藻特异性探针的设计提供了新的思路。

寡核苷酸SD_(92)探针用于蚊体内马来丝虫幼虫的检测

寡核苷酸ＳＤ９２探针用于蚊体内马来丝虫幼虫的检测山东省寄生虫病防治研究所＊（济宁２７２１３３）陈锡欣黄炳成刘克义杨宝金韩广东蚊媒体内丝虫幼虫的检测是丝虫病监测的重要内容。传统的蚊虫解剖查幼丝虫费时费力，不适应当前形势的需要。我们以合成寡核苷酸ＳＤ９２...

荧光标记寡核苷酸探针及其应用

寡核苷酸探针的标记非常重要。近年来 ,用荧光染料对探针进行非放射性标记受到很大重视 ,并取得了迅速发展 ,广泛应用于核酸序列测定、基因检测以及疾病诊断等。

采用量子点标记的寡核苷酸探针检测ApoEε4等位基因

目的探讨新型纳米荧光材料量子点标记的寡核苷酸探针在确定基因型中的应用价值。方法采用以CdSe为核心的量子点与ApoEε4基因的等位基因特异性寡核苷酸反应合成探针,对ApoEε4-PT7-PL质粒和正常人标本进行Southern blot检测,并与地高辛标记方法作相应比较。结果量子点与地高辛标记显影结果完全一致。结论量子点在Southern blot检测成像中表现出优良特性,可望替代传统标记物。

3种寡核苷酸探针对龈下菌斑中牙周致病菌的检测

目的 采用寡核苷酸探针研究龈下菌斑中 3种牙周致病菌的分布。方法 利用 3种寡核苷酸探针对6 0例慢性牙周炎患者 6 0个患病位点、10例健康人的 10个健康对照位点龈下菌斑中的牙龈卟啉单胞菌、福赛类杆菌、牙密螺旋体进行检测。结果 牙周炎位点龈下菌斑中的牙龈卟啉单胞菌、福赛类杆菌、牙密螺旋体的检出率分别为 91 6 7%,90 0 0 %和 95 6 7%,明显高于健康对照位点 ;有 83 33%的牙周炎位点同时检出 3种致病菌 ,3种细菌检出情况为两两正相关 (P <0 0 1)。结论 牙龈卟啉单胞菌、福赛类杆菌、牙密螺旋体在慢性牙周炎患者龈下菌斑中的检出率很高 ,它们间可能存在相互协同致病作用。

16S-23SrDNA间隔区序列寡核苷酸探针对龟分枝杆菌暴发感染的鉴定

目的 :该研究旨在采用分子生物学技术 ,从基因水平上对深圳市某医院及河北辛集地区发生术后及注射后龟分枝杆菌暴发感染的临床分离株进行鉴定 ,并建立一套快速的的鉴定龟分枝杆菌脓肿亚种的探针杂交方法。方法 :根据龟分枝杆菌脓肿亚种标准株 16S - 2 3SrDNA间隔区序列测序结果 ,设计一对寡核苷酸探针 ,对其敏感性、特异性及其对临床标本和临床分离株的检测进行了研究。结果 :探针检测PCR扩增产物敏感性为 1ng ,只与龟分枝杆菌脓肿亚种杂交 ,与 5 6株龟分枝杆菌脓肿亚种临床分离株全部杂交 ;检测 5 7株临床标本阳性率为 6 6 .6 %。结论 :探针检测从基因水平上再次确认引起这两次暴发感染的致病菌为龟分枝杆菌脓肿亚种 ,结果快速可靠。

特异性寡核苷酸探针反向杂交在mtDNA点突变检测中的应用研究

目的:建立一种快捷、有效的mtDNA点突变检测体系。方法:线粒体病患者15例,根据临床表现分为3组,线粒体脑肌病伴高乳酸血症、卒中样发作(MELAS)组7例,单纯型线粒体肌病组4例,慢性进行性眼外肌麻痹(CPEO)组4例。用苯酚/氯仿法提取外周全血DNA,采用PCR/ASO反向杂交技术,用PCR扩增mtDNA的突变“热区”—tRNALeu(UUR)基因,在下游引物的5'端标记上地高辛,与点在尼龙膜上的5对寡核苷酸(ASO)探针:A3243/A3243G(野生型/突变型)、T3271/T3271C、G3460/G3460A、T3291/T3291C、C3256/C3256T进行反向杂交,根据杂交显色信号,确定有无突变。同时利用PCR/RFLP方法加以验证。结果:MELAS组中有A3243G点突变3例,但没有其他4个位点的突变。单纯型线粒体肌病组和CPEO组均未发现以上5个位点的突变。PCR/ASO反向杂交法与PCR/RFLP法结果一致。结论:PCR/ASO反向杂交技术,适用于已知mtDNA点突变的检测,具有敏感、节时、节省费用的特点,尤其适用于大批量标本的筛选。

细菌种特异性的16SrDNA寡核苷酸探针数据库的初步构建

核酸二级数据库是生物信息学研究的重要领域 ,对生命科学的研究和发展起重要作用 .目前 ,国际核酸序列公共数据库中存在大量的细菌 16SrDNA序列 ,本文利用这些已知细菌的 16SrDNA序列 ,设计了细菌种特异性的寡核苷酸探针 ,将其结果存入二级数据库 ,以计算机网络为载体 ,开发了界面友好的通过WWW浏览器实现对数据库查询的系统 ,其查询结果形象直观 ,为设计细菌的种特异性寡核苷酸探针提供了参考和帮助 ,从而可加速对细菌分类及鉴定的进程 .

星状病毒70mer探针寡核苷酸芯片制备及杂交条件的优化

目的探讨有利于制备多种病毒长探针平行检测芯片的最佳制备及杂交条件。方法通过引物直接标记方法,对70mer探针寡核苷酸芯片的点样浓度、点样后固定方案、杂交温度、杂交时间进行优化。结果70mer寡核苷酸探针点样浓度在10μmol/L时就可获得较高的的荧光强度,探针点样干燥后在3600mJ条件下紫外交联固定效果最好,在65℃条件下杂交8h能获得最优杂交结果,所用杂交液是5×SSC(0.5%SDS、50%甲酰胺、1%鲑鱼精DNA)。结论本实验优化了70mer探针寡核苷酸芯片制备及杂交条件;此为进一步研制多种海洋环境人致病性病毒检测芯片奠定了基础。