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新型冠状病毒3CL水解酶的结构特征及其抗原表位分析 被引量:3
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作者 王道 彭亮 《生命科学研究》 CAS CSCD 2020年第5期345-353,366,共10页
新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)含有的3CLpro(3C-like protease)是由306个氨基酸构成的亲水性蛋白酶。3CLpro序列在冠状病毒中高度保守,对SARS-CoV-2的正常功能至关重要。为了深入了解3CL... 新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)含有的3CLpro(3C-like protease)是由306个氨基酸构成的亲水性蛋白酶。3CLpro序列在冠状病毒中高度保守,对SARS-CoV-2的正常功能至关重要。为了深入了解3CL水解酶的结构特征及其抗原表位,本研究利用多种生物信息学软件分析了该酶的理化性质、亲/疏水性、跨膜区、糖基化位点、磷酸化位点、SUMO化位点、二级结构和结构域、配体结合位点及B/T细胞的优势抗原表位,结果发现3CLpro不存在跨膜区,并推测含有糖基化位点2个、磷酸化位点27个、SUMO化位点3个;3CLpro的二级结构以α-螺旋和β-折叠为主,结构域包含一个endopeptidase/C30保守序列;3CLpro存在5个可能的配体结合位点和多个潜在的B/T细胞表位。此外,DrugBank数据库还预测到8个潜在的小分子药物。综上所述,本研究为新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)的药物和疫苗研制提供了理论基础。 展开更多
关键词 新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 3cl水解酶 抗原表位 生物信息学
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以3CL水解酶为靶点的抗新型冠状病毒潜在药物虚拟筛选
2
作者 朱琳 廖磊 +5 位作者 陈瑶 袁梦 李正夫 高珣 吉敬 李姣姣 《江苏海洋大学学报(自然科学版)》 CAS 2020年第3期48-53,共6页
目前,新型冠状病毒肺炎(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的治疗仍然缺乏临床特效药物。运用计算机辅助药物设计的分子对接,从已有的化合物数据库中虚拟筛选出针对新型冠状病毒的3-胰凝乳样蛋白酶(SARS-CoV... 目前,新型冠状病毒肺炎(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的治疗仍然缺乏临床特效药物。运用计算机辅助药物设计的分子对接,从已有的化合物数据库中虚拟筛选出针对新型冠状病毒的3-胰凝乳样蛋白酶(SARS-CoV-23-chymotrypsin-like protease,SARS-CoV-23CLpro)靶点的高打分化合物3207个,其中9个化合物的打分优于SARS-CoV-23CLpro晶体结构(6LU7)的原配体分子。经过受体—配体相互作用分析,候选化合物与靶点蛋白的氨基酸残基Cys145,Glu166,Thr26和Gly143等有相互作用,且产生氢键。推测这几个结合位点有较好的亲和力。另外,结合口袋具有一定开放性,可以容纳分子质量较大的小分子化合物,且偏好氢键给体受体以及芳香性官能团。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 3cl水解酶 虚拟筛选 分子对接
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小儿双金清热口服液对新型冠状病毒不同靶点的抑制作用
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作者 侯荟颖 陈兆宇 +3 位作者 陈子诺 朱慕蓉 崔清华 杜瑞坤 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1716-1719,共4页
目的探究小儿双金清热口服液及组方中的16种单味药对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)入侵及复制靶点的抑制活性。方法利用SARS-CoV-2 S蛋白、PL蛋白酶、3CL蛋白酶体外筛选模型对小儿双金清热口服液及组方中的16种单味药进行抗新冠病毒活性探究... 目的探究小儿双金清热口服液及组方中的16种单味药对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)入侵及复制靶点的抑制活性。方法利用SARS-CoV-2 S蛋白、PL蛋白酶、3CL蛋白酶体外筛选模型对小儿双金清热口服液及组方中的16种单味药进行抗新冠病毒活性探究,并分析活性组分的量效关系。结果小儿双金清热口服液对3CL蛋白酶、PL蛋白酶具有较好的抑制活性,IC_(50)值分别为8.42、27.97 mg/mL,但对S靶点无抑制活性。组方中板蓝根、桔梗表现出较好的S靶点抑制效果,SI分别为11.25、18.97;另有部分单味药对3CL蛋白酶和PL蛋白酶具有一定的抑制活性。结论小儿双金清热口服液及组方中的多种单味药对SARS-CoV-2的多个靶点具有不同程度的抑制活性。 展开更多
关键词 小儿双金清热口服液 新型冠状病毒(SARS-CoV-2) S蛋白 3cl蛋白酶 PL蛋白酶
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基于网络药理学和分子对接法探讨不换金正气散治疗新型冠状病毒感染的活性成分
4
作者 林远茂 陈梓焜 +1 位作者 曾建荣 吴凌华 《中国处方药》 2024年第5期1-4,共4页
目的基于网络药理学和分子对接法探讨不换金正气散治疗新型冠状病毒(2019-nCoV)感染的活性成分。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得不换金正气散中药物相关的成分和作用靶点,通过UniProt数据库查询靶点对应的基因;运用Cytoscap... 目的基于网络药理学和分子对接法探讨不换金正气散治疗新型冠状病毒(2019-nCoV)感染的活性成分。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得不换金正气散中药物相关的成分和作用靶点,通过UniProt数据库查询靶点对应的基因;运用Cytoscape(3.6.0)构建“药物-化学成分-靶点”网络;DAVID进行基因本体论功能富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书富集分析(KEGG)。使用Autodock Vina(1.1.2)软件对不换金正气散核心化学成分与2019-nCoV 3CL水解酶进行分子对接验证。结果共获得有116个活性化学成分,对应150个靶点,主要涉及槲皮素、山奈酚、葛花苷元等化学成分。DAVID分析主要涉及多个生物学过程,KEGG通路涉及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、甲型流感、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山奈酚、葛花苷元等主要化合物与2019-nCoV 3CL水解酶的结合能均与参照药物相近。结论初步预测了不换金正气散干预新型冠状病毒感染(COVID-19)的化学成分可与2019-nCoV 3CL水解酶结合,作用雌激素受体1(ESR1)、过氧化物酶体增殖物激活的受体γ(PPARG)、前列腺素G/H合酶1(PTGS1)等靶点,多通路协同干预,对COVID-19具有潜在治疗作用。 展开更多
关键词 不换金正气散 网络药理学 新型冠状病毒感染 分子对接 2019-nCoV 3cl水解酶
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基于TCMSP数据库中药成分的新型冠状病毒3CL水解酶抑制剂虚拟筛选 被引量:12
5
作者 刘妍如 唐志书 +7 位作者 王梅 段金廒 宋忠兴 周瑞 王征 李宏 李晓红 江大海 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1694-1703,共10页
目的运用分子对接技术模拟预测TCMSP数据库中药成分对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶的作用。方法基于SARS-CoV-23CL水解酶的PDB晶型结构(6LU7),构建虚拟靶标模型,以TCMSP数据库中的13143个化合物为配体筛选对象,以6LU7原配体分子... 目的运用分子对接技术模拟预测TCMSP数据库中药成分对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶的作用。方法基于SARS-CoV-23CL水解酶的PDB晶型结构(6LU7),构建虚拟靶标模型,以TCMSP数据库中的13143个化合物为配体筛选对象,以6LU7原配体分子为对照,采用薛定谔2018软件,以Glide程序建立6LU7分子对接体系。然后以原配体分子的对接打分结果为阈值,口服生物利用度(OB)≥30%或类药性(DL)≥0.18为标准筛选候选化合物。最后建立“成分-药材-归经-功效”网络,对候选成分的主要药材归属和作用功效进行总结。结果按照对接打分、OB、DL筛选标准,共筛选得到60个化合物。受体-配体相互作用结果显示,候选化合物主要与靶点蛋白的GLU166、GLY143、ASP187、CYS145、GLN189和LEU141等发生氢键作用。网络预测结果显示,所筛选化合物主要归属药材为甘草、桑白皮、满山红、虎杖和车前草等,肺脏是作用的关键靶器官,其作用功效以清热解毒、止咳祛痰、泻肺平喘等为主。结论对TCMSP数据库化合物进行虚拟分子对接得到的结果为SARS-CoV-23CL水解酶抑制剂筛选提供了相关数据。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎 3cl水解酶 TCMSP数据库 分子对接
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基于分子对接技术探讨金莲花汤抗新型冠状病毒(2019-nCoV)的潜力 被引量:11
6
作者 赓迪 庞月笙 +3 位作者 陶志 王莎 刘晓璇 王如峰 《中国现代中药》 CAS 2020年第4期522-532,共11页
目的:对金莲花汤主要成分的抗新型冠状病毒(2019-nCoV或SARS-CoV-2)活性进行虚拟筛选,评价金莲花汤抗2019-nCoV的潜力。方法:采用Autodock软件将金莲花汤中的27种主要成分与2019-nCoV 3CL水解酶(Mpro)进行分子对接。结果:26种化合物可与... 目的:对金莲花汤主要成分的抗新型冠状病毒(2019-nCoV或SARS-CoV-2)活性进行虚拟筛选,评价金莲花汤抗2019-nCoV的潜力。方法:采用Autodock软件将金莲花汤中的27种主要成分与2019-nCoV 3CL水解酶(Mpro)进行分子对接。结果:26种化合物可与Mpro蛋白活性中心结合,主要结合成分为黄酮类;主要结合方式为与Mpro蛋白的活性区域形成氢键。结论:金莲花汤表现出Mpro蛋白结合活性,具有抗2019-nCoV的潜力。 展开更多
关键词 金莲花汤 新型冠状病毒 3cl水解酶 分子对接
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基于网络药理学和分子对接技术芩苏胶囊干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质预测分析 被引量:4
7
作者 黄广伟 陈风晨 +2 位作者 刘渝 杨素德 孙仁弟 《上海中医药杂志》 2020年第10期1-11,共11页
目的运用网络药理学和分子对接技术探究芩苏胶囊防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索出芩苏胶囊中4味药材(黄芩、紫苏子、苦参和丹参)所含有效成分与作用靶点;通过UniProt、GeneC... 目的运用网络药理学和分子对接技术探究芩苏胶囊防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索出芩苏胶囊中4味药材(黄芩、紫苏子、苦参和丹参)所含有效成分与作用靶点;通过UniProt、GeneCards和OMIM数据库,筛选出COVID-19相关靶点,得到与芩苏胶囊有效成分作用的共同靶点,采用String数据库构建PPI网络;借助Cytoscape3.7.2构建"中药-化合物-靶点"网络;运用DAVID数据库对相关靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析;通过分子对接技术评价"中药-成分-靶点"网络中核心成分与COVID-19的3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果芩苏胶囊"中药-成分-靶点"网络121个化合物和274个相关靶点,包含14个核心化合物和33个核心靶点。GO功能富集分析得到527个条目,主要涉及药物应答、炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等。KEGG路富集共得到111条信号通路,筛选得到20条信号通路,涉及乙型肝炎、甲型流感、肺结核等与病毒感染相关的通路。分子对接表明,芩苏胶囊中14个核心成分与COVID-19的3CL水解酶和ACE2的亲和作用较好。质谱指认出芩苏胶囊中5个成分可能是防治COVID-19的核心成分。黄芩素、汉黄芩素、隐丹参酮、丹参酮ⅡA和木犀草素是芩苏胶囊治疗COVID-19的核心药效物质。结论芩苏胶囊可能通过多成分结合SARS-CoV-23CL水解酶及ACE2作用于IL-6、TNF和TP53等关键靶点调节多条信号通路,从而对COVID-19起到治疗作用。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 芩苏胶囊 网络药理学 分子对接技术 SARS-CoV-23cl水解酶 血管紧张素转换酶Ⅱ
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傣药方在治疗新型冠状病毒肺炎中作用的网络药理学和分子对接分析 被引量:1
8
作者 王晨钰 韩涵 +2 位作者 郭磊 刘同祥 唐丽 《中国测试》 CAS 北大核心 2021年第9期70-81,共12页
采用网络药理学和分子对接技术分析源自“瘴疠之区”丰富认识的傣医药在治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中所发挥的作用。基于文献调研,确定傣医药对COVID-19治疗方案中三种傣药方的化学成分;采用中药系统药理分析平台、中药化学成分数... 采用网络药理学和分子对接技术分析源自“瘴疠之区”丰富认识的傣医药在治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中所发挥的作用。基于文献调研,确定傣医药对COVID-19治疗方案中三种傣药方的化学成分;采用中药系统药理分析平台、中药化学成分数据库和Swiss target prediction数据库对每个药方中主要化学成分的潜在靶点进行整理;在基因挖掘软件(GenCLiP3)和GeneCard数据库搜索COVID-19相关靶点,绘制中药调控网络图;使用STRING数据库构建靶点蛋白质蛋白质相互作用(PPI)网络;同时进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并对关键化学成分与靶蛋白严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶和血管紧张素转化酶2(ACE2)进行分子对接。研究结果表明,傣药方所含化合物以黄酮类、萜类等为主,主要活性成分β-谷甾醇、槲皮素、儿茶素等可作用于周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等多个靶点,调节MAPK信号通路、白介素-17(IL-17)信号通路、酪氨酸激酶-转录因子(JAK-STAT)信号通路、核转录因子(NF)-κB信号通路、花生四烯酸代谢通路等多条通路。药方1核心靶点包括MAPK1、JAK1等,以抗炎、病毒感染细胞的通路为主,以提高机体免疫能力;药方2核心靶点则包括环加氧酶1(PTGS1)、一氧化氮合酶2(NOS2)等,集中于病原菌、病毒感染通路、抗炎信号通路等,对临床上所出现的发热不退等症状可协同调控;药方3核心靶点包括磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、IL-6等,以炎症信号通路、细胞的增殖凋亡通路为主,对抗更为严重的临床症状。靶点、通路的差异可作为这三种药方对COVID-19分别对症下药的初步理论依据。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 傣药 新型冠状病毒肺炎(COVID-19) SARS-CoV-23cl水解酶 ACE2
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TCR CDR3组库及HLA等位基因与新型冠状病毒肺炎关系的研究概况和进展
9
作者 周得维 李俊 +1 位作者 李洋洋 姚新生 《现代免疫学》 CAS 2024年第2期152-157,169,共7页
新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)是由严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染所致。机体抗病毒的适应性免疫应答主要依赖T细胞选择性地清除病毒感... 新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)是由严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染所致。机体抗病毒的适应性免疫应答主要依赖T细胞选择性地清除病毒感染宿主细胞,而T细胞受体(T cell receptor,TCR)的结构决定其对病毒抗原决定簇的特异性识别,感染者TCR互补决定区3(complementarity determining region 3,CDR3)组库的特征在COVID-19的发生与发展中有重要的提示意义。此外,人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)是不同个体对抗原引起免疫应答差异的主要原因,在人体的免疫应答中发挥着重要作用。文章重点概述TCR CDR3组库的特征和HLA等位基因的组成与COVID-19之间关系的研究概况和进展。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 T细胞受体互补决定区3组库 严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型 人类白细胞抗原
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基于高通量分子对接虚拟筛选SARS-CoV-23CL水解酶中药小分子抑制剂及抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的中药及其复方预测 被引量:34
10
作者 马青云 刘辰 +7 位作者 杜海涛 张贵晟 闫滨 孙启慧 刘孝云 齐冬梅 杨勇 容蓉 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1397-1405,共9页
目的基于中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP,运用计算机虚拟筛选技术寻找新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶的中药小分子抑制剂,推测潜在抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中药及中药复方。方法以SARS-CoV-23CL水解酶蛋白为靶点,利用Aut... 目的基于中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP,运用计算机虚拟筛选技术寻找新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶的中药小分子抑制剂,推测潜在抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中药及中药复方。方法以SARS-CoV-23CL水解酶蛋白为靶点,利用Autodock Vina软件和Python脚本实现高通量分子对接,结合"ADME-Lipinski"规则进行再次筛选,以优选活性成分,推测关键中药及复方。基于网络药理学角度,构建成分-靶点-通路网络,推测核心药对的作用机制。结果以SARS-Co V-2原配体为阳性对照,筛选出66个药动学性质良好的天然小分子抑制剂,优选出12味中药单味药,2个中药药对甘草-桑白皮和金银花-连翘,以及桑菊饮、桑菊饮合银翘散加减等12个中药处方作为抗SARS-CoV-2的候选方案。结论基于高通量分子对接技术虚拟筛选SARS-CoV-23CL水解酶的中药小分子抑制剂及中药,结合网络药理学分析潜在分子机制,为中药抗击SARS-Co V-2提供了科学指导与理论依据。 展开更多
关键词 分子对接 新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎 3cl水解酶 中药小分子抑制剂 网络药理学 甘草-桑白皮
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祖卡木颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在物质基础研究
11
作者 范晨阳 马璇 +2 位作者 季志红 李柯翱 李治建 《中国医药导报》 CAS 2021年第3期9-16,F0003,共9页
目的通过网络药理学和分子对接技术探究祖卡木颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法在中国知网和中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库检索祖卡木颗粒中十味药材的化学成分与作用靶点,使用GeneCards及NCBI... 目的通过网络药理学和分子对接技术探究祖卡木颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法在中国知网和中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库检索祖卡木颗粒中十味药材的化学成分与作用靶点,使用GeneCards及NCBI数据库获取COVID-19靶点,UniProt数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape3.7.2构建药材-成分-靶点-疾病网络,借助Bioconductor生物信息软件包对靶点进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。将预测的核心成分分别与新型冠状病毒3CL水解酶(SARS-CoV-23CL水解酶)和血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果药材-成分-靶点-疾病网络包含114个成分,靶点50个。GO富集分析得到1876项(P≤0.05),其中生物过程1754项,细胞组成33项,分子功能89项。KEGG通路富集分析得到155条信号通路(P≤0.05);祖卡木颗粒中槲皮素、山柰酚、木犀草素等成分与SARS-CoV-23CL水解酶和ACE2酶的结合能均小于-5.0 kJ/mol。结论祖卡木颗粒中槲皮素、山柰酚、木犀草素等成分能通过与SARS-CoV-23CL水解酶和ACE2酶结合作用于多条信号通路,从而发挥对COVID-19的治疗作用。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 祖卡木颗粒 新型冠状病毒肺炎 血管紧张素转化酶Ⅱ SARS-CoV-23cl水解酶
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3CL蛋白酶抑制剂在抗新型冠状病毒领域的专利申请状况分析 被引量:1
12
作者 薛姣 曹倩 《中国新药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期761-767,共7页
3CL蛋白酶是抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)药物研发的理想靶点,本文对3CL蛋白酶抑制剂在抗SARS-CoV-2领域的专利申请状况进行分析,重点分析了涉及SARS-CoV-23CL蛋白酶抑制剂的专利申请时间分布、重点申请人情况以及重点产品专利申请情况等... 3CL蛋白酶是抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)药物研发的理想靶点,本文对3CL蛋白酶抑制剂在抗SARS-CoV-2领域的专利申请状况进行分析,重点分析了涉及SARS-CoV-23CL蛋白酶抑制剂的专利申请时间分布、重点申请人情况以及重点产品专利申请情况等,反映该类药物全球专利布局格局,揭示我国在该类药物研发上的特点和壁垒,为我国药物研发攻关以及宏观决策提供支撑。结合专利分析结果建议我国申请人基于中医药资源拓展研发思路,同时注重海外专利布局,加快产学研深度融合。 展开更多
关键词 3cl蛋白酶抑制剂 新型冠状病毒 帕克洛维 专利分析
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临床阶段及已批准上市新型冠状病毒3CL蛋白酶抑制剂的研究进展 被引量:1
13
作者 尹德航 黄婧彤 +4 位作者 李佳乐 冯思越 彭静怡 赵成 高文超 《中国药物化学杂志》 CAS 2023年第7期540-550,共11页
2019年出现的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)导致了一场席卷全球的大流行疾病,截止2022年底,全球新冠感染病例超过6.7亿,死亡病例已经超过700万,对社会和经济造成了巨大损失。尽管在前期的临床研发过程中,疫苗技术率先用于临床并实现全球范... 2019年出现的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)导致了一场席卷全球的大流行疾病,截止2022年底,全球新冠感染病例超过6.7亿,死亡病例已经超过700万,对社会和经济造成了巨大损失。尽管在前期的临床研发过程中,疫苗技术率先用于临床并实现全球范围内的接种,为预防病毒提供了免疫屏障;但新型冠状病毒变异能力强,亟需针对潜在的病毒变异开发更加有效的治疗药物。SARS-CoV-2的3CL蛋白酶(3CLpro),因其在病毒生命周期中的重要性及其在不同冠状病毒中的高度保守性,已成为临床药物开发极具吸引力的靶点。截止2023年初,以3CLpro为靶点的抑制剂已有多个进入临床阶段或已批准上市。本文主要针对已经进入临床阶段和已经上市的新型冠状病毒3CLpro抑制剂进行分类总结,为未来针对冠状病毒抑制剂的研发和降低疫情风险提供一定的理论借鉴。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 3cl蛋白酶 抑制剂 构效关系 拟肽
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中医药来源2019新型冠状病毒3CL蛋白酶抑制剂的筛选 被引量:1
14
作者 李萍 陈子诺 +1 位作者 崔清华 杜瑞坤 《中华中医药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期6154-6157,共4页
目的:构建2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL蛋白酶的高通量筛选体系,并利用该体系对180种中药提取物进行筛选。方法:针对SARS-CoV-23CL蛋白酶进行原核表达和纯化,进而建立基于荧光能量共振转移技术的SARS-CoV-23CL抑制剂高通量筛选体系... 目的:构建2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL蛋白酶的高通量筛选体系,并利用该体系对180种中药提取物进行筛选。方法:针对SARS-CoV-23CL蛋白酶进行原核表达和纯化,进而建立基于荧光能量共振转移技术的SARS-CoV-23CL抑制剂高通量筛选体系。利用该体系对180种中药提取物进行筛选,并验证活性组分的量效关系。结果:本研究成功构建了SARS-CoV-23CL蛋白酶的高通量筛选体系,并筛选得到5种中药提取物(半枝莲乙酸乙酯部位、防风石油醚部位、紫苏叶环己烷部位、紫苏梗环己烷部位以及紫苏梗乙酸乙酯部位)具有3CL蛋白酶的抑制活性,其半数抑制浓度分别为30.03、20.00、18.34、25.04、18.48μg/mL。结论:该体系可以应用于3CL蛋白酶抑制剂的筛选,为新药研发提供了有力的工具。同时,5种活性提取物为筛选抗SARS-CoV-2活性成分提供了依据。 展开更多
关键词 2019新型冠状病毒 3cl蛋白酶 高通量筛选体系 中药提取物
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狼毒化学成分基于Mpro靶点的虚拟筛选及抗SARS-CoV-2活性分析
15
作者 肖斌 张梅芳 +6 位作者 罗昆 张维库 韩亚如 吴思 韩晓燕 杜冠华 折占飞 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2024年第6期14-19,I0004,共7页
目的 对瑞香狼毒和狼毒大戟中的化学成分进行基于新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome-coronavirus-2,SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)的抑制剂虚拟筛选以及体外活性验证以为发现抗新型冠状病毒疾病(Corona Virus Disease 2019,... 目的 对瑞香狼毒和狼毒大戟中的化学成分进行基于新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome-coronavirus-2,SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)的抑制剂虚拟筛选以及体外活性验证以为发现抗新型冠状病毒疾病(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)治疗药物提供参考。方法 以瑞香狼毒和狼毒大戟中的天然产物为研究对象,以Mpro为靶点,以Mpro晶体结构(PDB ID:6LU7)中的配体小分子N3为阳性对照,采用AutoDock Vina进行分子对接,对结合亲和力和结合构象进行分析并进行基于SARS-CoV-2 Mpro蛋白的体外抑制活性测试。结果 与N3(亲和力为-7.7 kcal/Mol)相比,双黄酮类化合物狼毒素和异狼毒素呈现了最高的Mpro靶点亲和力(-9.7 kcal/Mol),且优于利托那韦、更昔洛韦、利巴韦林、氯喹、达芦那韦、阿巴卡韦等已知抗病毒药物以及其他天然产物的亲和力。对接构象分析发现二者均能有效占据Mpro蛋白结合位点并形成若干重要的氢键结合,其中以异狼毒素为最优,这对于二者与Mpro靶点的结合以及Mpro靶点抑制构象的稳定起着重要作用。异狼毒素在50μM浓度下显示出优于狼毒素的较好的Mpro体外抑制活性。结论 狼毒素和异狼毒素具有基于Mpro靶点抑制SARS-CoV-2病毒的潜在活性,可作为结构优化和抗SARS-CoV-2体内外活性研究的先导化合物。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 瑞香狼毒 狼毒大戟 冠状病毒3cl水解酶 虚拟筛选
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口服小分子抗新型冠状病毒药物的研究进展 被引量:2
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作者 王立 张丽荣 +1 位作者 彭军 凌云 《现代药物与临床》 CAS 2023年第1期224-228,共5页
新型冠状病毒肺炎是由严重急性呼吸道综合征冠状病毒2引起的急性呼吸道传染病,是近百年来人类遭遇的影响范围最广的全球性大流行疾病。抗病毒药物是治疗新型冠状病毒感染的首选。口服小分子抗新型冠状病毒药物使用方便,且适用于轻中症... 新型冠状病毒肺炎是由严重急性呼吸道综合征冠状病毒2引起的急性呼吸道传染病,是近百年来人类遭遇的影响范围最广的全球性大流行疾病。抗病毒药物是治疗新型冠状病毒感染的首选。口服小分子抗新型冠状病毒药物使用方便,且适用于轻中症患者。目前小分子抗新型冠状病毒药物有血管紧张素转换酶2(ACE2)抑制剂、膜融合抑制剂、RNA聚合酶抑制剂和3CL蛋白酶抑制剂。归纳了口服小分子抗新型冠状病毒药物的研究进展,为口服小分子抗新型冠状病毒药物的研发提供思路。 展开更多
关键词 新型冠状病毒药物 口服小分子 ACE2抑制剂 膜融合抑制剂 RNA聚合酶抑制剂 3cl蛋白酶抑制剂
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冠状病毒3CL蛋白酶活性调控机制及抑制剂研究 被引量:8
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作者 李春梅 孙琦 +2 位作者 陆阳彬 刘莹 来鲁华 《中国科学:化学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期1250-1279,共30页
由冠状病毒感染引发的全球性疫情对人类健康造成了巨大威胁,时至今日尚未有特效的治疗药物或疫苗问世,因此开发具有临床应用价值的抗冠状病毒药物刻不容缓. 3CL蛋白酶在冠状病毒的复制过程中起关键作用,其序列具有高度保守性,是进行抗... 由冠状病毒感染引发的全球性疫情对人类健康造成了巨大威胁,时至今日尚未有特效的治疗药物或疫苗问世,因此开发具有临床应用价值的抗冠状病毒药物刻不容缓. 3CL蛋白酶在冠状病毒的复制过程中起关键作用,其序列具有高度保守性,是进行抗冠状病毒药物设计的关键靶标.本文围绕SARS-CoV、MERS-CoV和SARS-CoV-2 3CL蛋白酶的结构与功能关系、已报道抑制剂的结构类型与活性及可能的作用机制进行归纳总结,探讨3CL蛋白酶抑制剂研发的新方向,为抗新型冠状病毒药物研发提供参考. 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 冠状病毒 3cl蛋白酶 抑制剂 药物研发
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首个口服非共价、非肽性严重急性呼吸综合征冠状病毒23CL蛋白酶抑制剂——Ensitrelvir 被引量:3
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作者 王欢 王宏亮 谢菲 《临床药物治疗杂志》 2022年第8期17-21,共5页
北海道大学和盐野义制药公司基于结构的药物设计策略联合研发了第一个口服非共价、非肽性严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL蛋白酶抑制剂Ensitrelvir。Ensitrelvir对SARS-CoV-2各变异株均表现出抗病毒活性,并在体内显示出良... 北海道大学和盐野义制药公司基于结构的药物设计策略联合研发了第一个口服非共价、非肽性严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL蛋白酶抑制剂Ensitrelvir。Ensitrelvir对SARS-CoV-2各变异株均表现出抗病毒活性,并在体内显示出良好的药物代谢动力学特性。2022年4月盐野义制药公司公布Ensitrelvir临床Ⅱ/Ⅲ期试验中Ⅱb期部分结果,其能够快速清除传染性SARS-CoV-2,在治疗的第4天,病毒滴度阳性的患者比例比安慰剂组减少了约90%;同时试验中未观察到严重不良反应。Ensitrelvir有望摆脱对细胞色素P450酶抑制剂(如利托那韦)的依赖,实现单药治疗新型冠状病毒肺炎(新冠肺炎),满足正在服用慢性病药物的高风险新冠肺炎患者治疗需求。本文对Ensitrelvir的基本信息、作用机制、临床前研究、临床研究等作一综述。 展开更多
关键词 Ensitrelvir 3cl蛋白酶抑制剂 严重急性呼吸综合征冠状病毒2 新型冠状病毒肺炎
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基于网络药理学与分子对接技术的补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)恢复期治疗的分子机制研究 被引量:22
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作者 郭盛 武文星 +3 位作者 谢红 李全 王恒斌 段金廒 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期2307-2316,共10页
目的探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM、中国知网(CNKI)和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点... 目的探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM、中国知网(CNKI)和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,并采用交集法筛选出与补肺活血胶囊活性组分作用的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建"中药-化合物-靶点"网络,并通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,并运用R version 3.6.3软件将结果进行可视化;采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接研究。结果从补肺活血胶囊中共筛选出潜在活性成分32个,对应靶点203个,核心化合物11个,核心靶点52个;PPI网络分析获得补肺活血胶囊干预COVID-19关键作用靶点25个;GO及KEGG富集分析得出与补肺活血胶囊治疗COVID-19作用相关的生物过程251个(P<0.05),相关信号通路93条(P<0.05);分子对接结果显示补肺活血胶囊核心化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶和血管紧张素转化酶II(ACE2)具有较好的亲和。结论补肺活血胶囊含有的核心化合物可作用于IL6、MAPK8、PTGS2、PTGS1、NCOA2等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。 展开更多
关键词 补肺活血胶囊 新型冠状病毒肺炎 SARS-CoV-23cl水解酶 血管紧张素转化酶Ⅱ 网络药理学
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基于Mpro和PLP筛选潜在抗新型冠状病毒中药研究 被引量:36
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作者 马婧 霍晓乾 +4 位作者 陈茜 朱卫星 姚美村 乔延江 张燕玲 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1219-1224,共6页
新型冠状病毒感染疫情发展迅速,中药在这场防治疫情的战争中发挥着积极作用,已有大量确有疗效的方剂应用于临床。然而由于中药具有多成分、多靶点、多途径协同作用的特点,传统的抗病毒中药筛选研究受限于实验室条件和实验周期,极大地限... 新型冠状病毒感染疫情发展迅速,中药在这场防治疫情的战争中发挥着积极作用,已有大量确有疗效的方剂应用于临床。然而由于中药具有多成分、多靶点、多途径协同作用的特点,传统的抗病毒中药筛选研究受限于实验室条件和实验周期,极大地限制了筛选速度。该文基于分子对接进行潜在抗新型冠状病毒中药的筛选,通过获取2019-nCoV冠状病毒3CL水解酶(3CL protease,Mpro)和冠状病毒木瓜样蛋白酶(papain-like protease,PLP)的晶体结构,对中药化学成分数据库(traditional Chinese medicine database,TCMD 2009)进行基于分子对接的虚拟筛选,选择打分值排名前100的成分作为潜在抗新型冠状病毒活性的中药成分,并对成分来源中药进行频数统计,挑选命中成分数目较多的中药作为潜在抗新型冠状病毒活性的中药。研究结果显示,基于Mpro靶点筛选获得潜在抗新型冠状病毒活性成分12322个,代表性活性成分有紫菀五肽A、川芎嗪、丹酚酸B等,筛选得到的中药为生姜、紫菀、三七、川芎、丹参、干姜、瞿麦、大黄、肉苁蓉等;基于PLP靶点筛选获得潜在抗新型冠状病毒活性成分11294个,代表性活性成分有姜酮酚、白果醇、阿魏酸等,筛选得到的中药为党参、羌活、生姜、白果、川芎、瓜蒌、白芍、补骨脂、苦参、三七、当归等。结合文献报道的基于分子对接筛选的血管紧张素转换酶2(angiotensin converting enzyme 2,ACE2)靶点抑制活性候选中药,该文在湖南省新型冠状病毒肺炎中医药诊疗方案的基础上,将Mpro抑制、PLP抑制和ACE2抑制候选中药针对该疫情的合理应用进行了探讨,分析结果表明,PLP抑制活性筛选获得的瓜蒌及ACE2筛选获得的贝母包含于桑贝止嗽散、小陷胸汤之中,有清化热痰之功效,主治痰热壅肺所致的痰多咳喘或燥痰犯肺、干咳少痰、咯痰不爽,可应用于病毒作用初期外邪闭肺所致的咳嗽微喘等证型;Mpro抑制活性筛选获得的中药大黄佐以PLP筛选获得的瓜蒌,清泻腑气,二者包含于麻杏石甘汤、宣白承气汤中,可应用于疾病重症期邪热壅肺、疫毒闭肺以致腑实里结等证型;ACE2抑制活性筛选获得的中药桑叶、金银花及连翘包含于桑菊饮和银翘散中,轻清宣透,可应用于疾病初期温邪犯肺及咳嗽微喘等证型。研究结果旨在为进一步开展中医药应对新型冠状病毒疫情的治疗方案提供参考。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 分子对接 2019-nCoV冠状病毒3cl水解酶 冠状病毒木瓜样蛋白酶 血管紧张素转换酶2 中药
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