我国重要人类病毒核酸和蛋白质序列微机数据库的建立和应用

利用微型计算机对病毒的核苷酸和多肽序列进行检索和分析,是分子病毒学研究的一项重要的新技术,而建立序列资料数据库是进行序列检索和分析的基础。目前国际上最大的两个核苷酸序列库GenBank(由美国政府支持)和EMBL(由欧洲分子生物学实验室支持),以及另一最大的NBRF(National Biomedical Resource Foundation)蛋白质序列库,都可提供供IBM微机使用的序列资料。但由于上述数据库系统需要囊括动物、植物和微生物的所有序列资料,难免不能及时反映重要人类病毒基因和蛋白质序列研究的最新进展。又因为上述几个序列库的序列资料均用二进制密码文件的方式存储,许多软件不能直接提取使用这些数据。因此,需要在吸取GenBank、EMBL和NBRF序列库资料的基础上,着手建立一套既及时反映分子病毒学最新进展,又便于同各种核酸和蛋白质序列分析软件联系的我国重要医学病毒的核苷酸和蛋白质序列库。

决策树算法预测人类病毒的蛋白质磷酸化位点

本文基于决策树分类算法构建人类病毒蛋白质磷酸化修饰位点的预测模型。采用氨基酸物理化学性质对蛋白质序列进行特征提取,并分析丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点邻近序列的氨基酸性质。同时考察了不同分类算法对预测结果的影响。通过10倍交叉验证,利用决策树算法预测丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点的MCC分别达到77.31%、75.91%和71.94%,表明本文提出的方法能有效地预测人类病毒的磷酸化修饰位点。

人类病毒蛋白质磷酸化修饰位点的识别研究

蛋白质磷酸化翻译后修饰在病毒的复制和抑制宿主细胞功能方面发挥重要的作用。然而,利用实验的方法识别磷酸化位点既费时费力又耗财。因此基于蛋白质氨基酸序列发展一种机器学习方法对病毒蛋白磷酸化位点进行预测显得非常有必要。研究结合支持向量机提出识别病毒蛋白磷酸化位点的新方法。采用权重氨基酸成分和属性分组编码对病毒蛋白残基的氨基酸物理化学性质和序列信息进行特征提取,通过10倍交叉验证,丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点的预测准确率分别达到82.0%、85.8%和92.4%。运用该预测模型对丝氨酸残基磷酸化的激酶组进行分类评估,CMGC、AGC和CAMK激酶组的马氏相关系数分别达到69.3%、68.8%和68.2%。结果表明:构建的方法可以有效地预测激酶特异性的磷酸化位点。

人类病毒组——预测莫测之事,识别真正之敌

人和动物的基因组有很大部分由各种内源性病毒组成,它们快速复制和突变,并呈现出时间和空间的变化性,导致或者不导致疾病。但是人类对于其组成、复杂性和动态变化了解不足。迄今为止,高通量基因组学、转录组学和蛋白质组学研究对病毒组-微生物组-人类行为三者之间的相互作用有了一些重要的发现,结果表明其相互作用极大地影响着人体的生理和内稳态。大量的内源性病毒为宿主提供了益处,也带来不良的免疫调节和继发感染。很多寄宿于人体的病毒来源于哺乳动物和鸟类的跨物种传播,这种传播往往导致致死性高的流行病。理解病毒分类以及病毒蛋白质组中负责与宿主病毒组相互作用的元素和因子会帮助我们制订应对未来病毒爆发的策略。本文对病毒宏基因组学研究中与人类健康和疾病相关的一些关键内容进行了综述。

HIV-1与其他人类病毒间的交叉激活

据医学空间网6月14日报道（原载Virology．2006May22），越来越多罕见的临床症状在HIV-1感染患者中被发现，其中大部分是由于其它病毒存在的缘故。 这些与AIDS相关的疾病的出现反映出了机体的免疫系统由于受到HIV-1的感染已经无法对病毒产生足够的免疫力。然而，在许多情况下，人们发现HIV-1可以增加其它病毒的表达水平，通过一种特殊的相互作用形式来对病毒起到一个免疫抑制的作用。这种作用可以直接通过HIV-1蛋白，例如Tat蛋白增加其他病毒启动区域的活性或者间接的通过HIV-1诱导细胞因子的表达然后激活它们下游的信号通路，最终促使其他病毒的大量表达。

凉山州某县人类免疫缺陷病毒/获得性免疫缺陷综合征合并肺结核患者的临床特征及影响因素分析

目的探讨人类免疫缺陷病毒/获得性免疫缺陷综合征(HIV/AIDS)合并肺结核(HIV/PTB)患者的临床特征及相关危险因素,为预防、诊断和治疗该类患者提供依据。方法纳入2023年1—8月就诊于四川省凉山州某县的HIV/PTB患者作为调查对象,调查分析患者的临床特征。结果共纳入HIV/PTB患者60例,其中男52例(86.7%),女8例(13.3%),年龄16~81岁,平均(42.0±11.3)岁,临床表现主要为咳嗽咳痰39例(65.0%)、腹痛腹泻26例(43.3%)、胸痛胸闷18例(30.0%)、头痛头晕14例(23.3%)等;影像学表现主要为斑片实变影(38例,63.3%),其次为纤维钙化灶(21例,35.0%)和胸腔积液(10例,16.7%)。35例(58.3%)进行了痰抗酸杆菌涂片检测,4例(6.7%)进行了痰结核菌培养,7例(11.7%)进行了痰X-pert MTB/RIF检测,阳性率分别为37.1%、75.0%和100.0%。60例患者中53例(88.3%)接受了抗结核药物治疗,55例(91.7%)接受了抗病毒药物治疗;3例(5.0%)患者死亡。Logistic回归分析显示,HIV患者合并丙肝者患PTB的风险是不合并丙肝者的3.44倍,血清白蛋白≤30 g/L者患PTB的风险是血清白蛋白>30 g/L者的15.79倍,病毒载量>500拷贝/ml者患PTB的风险是病毒载量≤500拷贝/ml者的3.61倍。结论凉山州某县HIV/PTB患者以男性为主,主要临床表现为咳嗽咳痰,影像学表现以斑片实变影为主,多累及3个以上肺野,病原学送检率低;合并丙肝、血清白蛋白≤30 g/L以及病毒载量>500拷贝/ml是HIV/PTB的危险因素。

3例人类免疫缺陷病毒暴露后预防分析并文献复习

总结3例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)暴露者进行暴露后预防的阻断用药特点,对暴露后预防的求询者进行暴露后预防评估,分析暴露后时间、暴露者行为风险、暴露源感染状况、暴露后阻断药物的选择与阻断的效果,并复习相关文献,为临床HIV暴露后预防提供借鉴。

2018-2022年北京市密云区医院孕产妇人类免疫缺陷病毒、梅毒螺旋体、乙型肝炎病毒检测结果分析

目的:分析2018-2022年北京市密云区医院孕产妇人类免疫缺陷病毒(HIV)、梅毒螺旋体、乙型肝炎病毒(HBV)检测结果。方法:选取2018年1月-2022年12月于密云区医院进行孕产期保健及分娩的孕产妇19 327例作为研究对象,收集并分析孕产妇一般资料及HIV、梅毒螺旋体和HBV初筛结果。结果:19 327例孕产妇中,HIV阳性0例,梅毒螺旋体阳性101例(0.52%),HBV阳性175例(0.91%)。2018-2022年梅毒螺旋体和HBV阳性呈小幅度波动,其中以2021年明显降低。孕产妇梅毒螺旋体、HBV阳性率及构成比均以20~29岁最高,40~45岁最低。结论:2018-2022年北京市密云区医院孕产妇HIV、梅毒螺旋体、HBV阳性率较低,以20~29岁最多,临床应针对此情况采取应对措施,消除艾滋病、梅毒、乙型肝炎的母婴传播。

药物超敏反应综合征并人类免疫缺陷病毒感染1例及文献复习

目的 提高临床医师对药物超敏反应综合征和人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者/艾滋病病人药疹的认识,减少误诊。方法回顾性分析2021年11月于兰州大学第二医院住院的1例药物超敏反应综合征伴HIV感染者的临床资料,并行文献复习。结果 病人因“全身出红斑伴痒20 d”入院,入院前有复杂的用药史,入院后反复发热,查体面部水肿、淋巴结肿大、脾大,辅助检查提示嗜酸性粒细胞明显升高、HIV抗体筛查阳性,明确诊断为药物超敏反应综合征,予以糖皮质激素联合人免疫球蛋白为主的治疗,病情缓解。结论 药物超敏反应综合征是一种病毒激活相关的重症药疹,典型特征为发热、皮疹、面部水肿、嗜酸性粒细胞升高、淋巴结肿大、肝酶异常和病情反复,系统使用糖皮质激素联合人免疫球蛋白治疗有效。HIV感染可参与该病的发生发展。

2016~2023年温州地区献血人群人类嗜T淋巴细胞病毒感染情况分析

人类嗜T淋巴细胞病毒(human T-lymphotropic virus,HTLV)是第一个被报道的具有高度侵袭性的逆转录RNA病毒,以HTLV-Ⅰ型和HTLV-Ⅱ型最为常见,主要经输血、静脉输注、性接触、母婴垂直等途径传播[1]。目前预防HTLV感染的最有效方式是阻断传播途径。

赣州市人类免疫缺陷病毒抗体筛查方法假阳性分析

目的探讨2015年1月至2022年12月赣州市疾病预防控制中心(CDC)人类免疫缺陷病毒(HIV)抗体筛查实验室4697份样本的假阳性。方法对赣州市辖区内筛查阳性的4697份样本采用免疫印迹法进行确诊实验,统计分析获得各县区及各年份的假阳性率。结果通过人口特征分析发现女性的检测假阳性率高于男性,孕产期检测和献血人员检测假阳性率高于其他样本来源,差异有统计学意义(P<0.05),提示临床检测时需注意特殊人群;在2015年1月至2022年12月收集的4697份样本总的假阳性率高达12.14%,并且呈现不断增长趋势,不同年份样本的假阳性率比较,差异有统计学意义(P<0.05);18个县区中有10个县区假阳性率大于10%,CDC均使用第三代酶联免疫法试剂,而医疗机构以化学发光试剂为主。结论HIV抗体筛查阳性时依然非常有必要进行确诊实验检测,进一步确诊HIV感染,为临床诊断提供参考依据。

人类免疫缺陷病毒感染者睡眠障碍发生率及其影响因素研究

目的 探讨人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者睡眠障碍发生率及其影响因素。方法 选取2022年10月至2023年2月浙江大学医学院附属杭州市西溪医院就诊的HIV感染者260例为研究对象,收集患者临床资料和睡眠障碍发生率,并对其情况进行单因素及多因素logistic回归分析。结果 260例HIV感染者中,睡眠障碍110例。单因素分析结果显示,HIV感染者不同工作类型、药物类型、焦虑、抑郁、不同治疗时间HIV感染者比较,差异有统计学意义(P<0.05)。多因素分析结果显示,不同工作(无稳定工作)[OR(95%CI)=0.479(0.287~0.801)]、药物类型(EFV)[OR(95%CI)=3.179(1.011~10.000)]、焦虑(有)[OR(95%CI)=16.721(8.786~31.822)]、抑郁(有)[OR(95%CI)=8.050(4.219~15.360)]、治疗时间(≥3个月)[OR(95%CI)=0.178(0.099~0.321)]是HIV感染者睡眠障碍的影响因素(P<0.05)。结论 不同工作、焦虑、抑郁、治疗时间是HIV感染者睡眠障碍的影响因素,应给予针对性干预,为降低睡眠障碍,提高临床效果提供依据。

非人类免疫缺陷病毒相关隐球菌性脑膜炎患者55例临床特征分析

目的分析55例非人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)相关隐球菌性脑膜炎(cryptococcal meningitis,CM)患者的临床特征,为该病早期临床诊断提供科学依据。方法回顾性分析2004年1月至2023年10月广西医科大学附属武鸣医院及其他五家基层医院实验室诊断为非HIV相关CM患者的电子病历资料,分析其既往史、首发临床特征、实验室检查、影像学检查等。结果55例非HIV相关CM患者中,男性27例(49.1%),中位年龄为57岁(43,67),40例(72.73%)居住在乡村,32例(58.18%)有基础疾病。头痛为最典型的首发临床症状(76.36%),其次为恶心呕吐(50.91%)、头晕(45.45%)、脑膜刺激征阳性(43.64%)、发热(41.82%)。颅内压升高、脑脊液(cerebrospinal fluid,CSF)白细胞计数升高、CSF蛋白定量检测增高、CSF糖定量检测降低和CSF氯化物定量检测降低分别占73.33%、94.34%、86.00%、68.52%和64.81%。白细胞计数升高占50.91%,中性粒细胞百分比升高占67.27%。影像学检查异常占50.91%,以梗死、异常信号病变和脱髓鞘病变为主。结论非HIV相关CM发病以中老年患者为主,居住环境多在乡村,首发临床特征以头痛、恶心呕吐、头晕、脑膜刺激征阳性和发热为主,颅内压和CSF相关指标大多异常,提高医生对非HIV相关CM的认识有助于患者的早期诊疗。

合并人类乳头瘤病毒16型、18型感染的宫颈小细胞癌1例及文献复习

持续高危型人乳头瘤病毒(HPV)感染是导致宫颈恶性肿瘤发生发展的主要病因,因此,人们通常认为宫颈小细胞癌的发病与HPV感染的关系密切。目前在宫颈癌症患者中,超过90%可以检测到高危型HPV16型和18型感染。宫颈小细胞神经内分泌癌(SCNECC)是一种发病率低、侵袭性强、预后较差的原发性宫颈恶性肿瘤,最近的研究表明,SCNECC是HPV驱动的,但尚未建立像HPV感染与宫颈鳞状细胞癌、腺癌一样的因果关系。主要原因是其临床样本量少,相关研究证据不足,其与HPV感染之间的相关性难以定论。本文报告了一例罕见的合并HPV16型、18型感染的宫颈小细胞癌,详细描述了其临床诊断和治疗过程,分析宫颈小细胞癌的免疫学组化特点,总结经验,并结合最新文献进一步探讨宫颈小细胞癌与HPV感染的相关性,以期与临床医师一同进行探讨与学习,为宫颈小细胞癌的诊疗提供新思路。

2018-2022年厦门市某三甲医院人类免疫缺陷病毒抗体确认试验结果调研

目的了解2018-2022年厦门市某三甲医院人类免疫缺陷病毒(HIV)抗体筛查试验阳性患者的确认试验结果和相关资料,为临床制定有效防控措施提供参考依据。方法回顾性分析2018-2022年医院就诊人群的HIV抗体筛查试验结果及经过厦门市疾病控制中心(CDC)免疫印迹法(WB)确认HIV抗体阳性患者的检验结果和临床资料。统计HIV筛查试验和确认试验结果,统计HIV抗体阳性样本的人群分布和科室分布、WB条带分布及HIV-1抗体条带模式。结果1323例需送确认试验患者中882例送检,确认HIV抗体阴性339例,阳性466例(465例经WB检测阳性,1例经核酸RNA检测阳性),不确定结果77例中随访确认5例阳性;未送检的441例患者中,既往已确认HIV抗体阳性82例。最终可追踪到的HIV抗体阳性患者共553例,阳性率41.80%。首次确认试验阳性的466例患者中,男女占比差异有统计学意义(P<0.05),不同年龄占比差异有统计学意义(P<0.05);394例患者的首诊科室为内科相关科室,72例为外科相关科室。465例经WB检测阳性样本共检出9条HIV-1抗体条带,1条HIV-2抗体条带;检出率最高的是包膜蛋白抗体gp160(100.00%)、gp120(100.00%)和gp41(99.78%),HIV-2包膜蛋白抗体条带gp36检出12例(2.58%)。465例经WB检测阳性样本共检出21种HIV-1抗体条带模式,其中3种模式含有HIV-2包膜蛋白抗体条带gp36;最常见的3种HIV-1抗体条带模式分别为HIV-1抗体全条带(148例)、缺失HIV-1抗体条带p55(134例)及缺失HIV-1抗体条带p55和p17(102例),3种模式合计占比82.58%,其他条带模式较少见。结论HIV抗体确认试验阳性率较高,阳性患者首诊科室以内科为主。医疗机构应重视HIV筛查,尽量避免漏诊、误诊,并加强临床诊疗过程中有创医疗处置措施时的职业防护,减少职业暴露。

临床标本人类疱疹病毒检测阳性的意义及其处理

病毒是导致人类感染最为重要和常见的病原微生物之一,其结构非常简单,无法完成自我复制的过程,需要借助宿主细胞,利用宿主的营养才能完成病毒复制。随着宏基因二代测序(mNGS)的广泛应用,在临床上从患者呼吸道和血液等标本中检测到许多我们以往不太熟悉的病毒,然而有些病毒对人类有何意义尚不清楚。其中人类疱疹病毒(HHV),从1型到8型,这些病毒在临床上有何意义,是否会导致人类感染和需要抗病毒治疗等,都需要积极探讨。

广西壮族自治区壮族人群人类免疫缺陷病毒感染者及艾滋病患者心电图特征分析

目的对广西壮族自治区壮族人群人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染者及获得性免疫缺陷综合征(acquired immunodeficiency syndrome,AIDS)患者的心电图特征进行分析,为这类人群的诊断及治疗提供临床依据。方法纳入在广西壮族自治区内居住且在本院住院治疗的壮族人群中HIV感染者及AIDS患者各200例,分别作为感染组及患者组,并选取同期健康体检人群200例作为对照组。对三组研究对象进行常规12导联心电图检测,比较三组主动性心律失常、被动性心律失常、ST-T改变、QT间期/QTc延长及其他心电图异常改变的情况。结果感染组和患者组的主动性心律失常、被动性心律失常、QT间期/QTc延长发生率均明显高于对照组,且患者组这三类心电图异常改变的发生率亦显著高于感染组(P均<0.05)。结论广西壮族自治区壮族人群HIV感染者及AIDS患者心电图异常改变较为普遍,多是心律失常、ST-T改变和QT间期/QTc延长,需要临床医师密切关注这部分人群中HIV感染者及AIDS患者的心电图异常改变,以防不良心脏事件发生。

人类免疫缺陷病毒合并结核分枝杆菌感染患者的病原菌分布特征及药敏性

目的探讨人类免疫缺陷病毒(HIV)合并结核分枝杆菌(MTB)感染患者病原菌分布特征及药敏性。方法选取2021年1月至2023年5月九江市第三人民医院收治的142例HIV及结核分枝杆菌感染患者作为研究对象,按感染情况分为单纯HIV感染组(42例)、单纯MTB感染组(42例)和HIV合并MTB感染组(58例)。记录三组患者病原菌分布情况及对抗结核药物的初始耐药情况。结果HIV合并MTB感染组以真菌最为常见,其次为革兰阴性菌,单纯HIV感染组、单纯MTB组中以革兰阴性菌最为常见。HIV合并MTB感染组真菌分布比例高于单纯HIV感染组、单纯MTB组,差异有统计学意义(P<0.017);三组革兰阳性菌、革兰阴性菌、其他病原体相比,差异无统计学意义(P>0.05);HIV合并MTB感染组对一线抗结核药物耐异烟肼(INH)、耐链霉素(SM)及总初始耐药比例均高于单纯MTB组,差异有统计学意义(P<0.05);两组对二线抗结核药物的耐利福平(RFP)、耐乙胺丁醇(EMB)及对二线抗结核药物耐药情况相比,差异无统计学意义(P>0.05)。结论HIV合并MTB感染患者较两者单纯感染者携带更多真菌,且合并感染者的耐INH、耐SM及总初始耐药比例较高,临床需加以重视。

LiCA800光激化学发光法在人类免疫缺陷病毒血清抗体检测中的评价

目的评价LiCA800光激化学发光法在人类免疫缺陷病毒(HIV)抗体检测中的准确性。方法回顾性分析2021年5—10月于苏州大学附属第三医院送检的临床血液标本中,符合检测要求并通过LiCA800光激化学发光法检测HIV抗体,结果S/CO≥1的标本53例。以疾控中心反馈的WB结果为HIV抗体检测结果的金标准,分析LiCA800的检测结果。结果LiCA800检测有反应性结果(S/CO≥1)样本53例,采用酶联免疫吸附法(ELISA)和RT方法进行初筛试验:两种初筛方法均为阴性24例,对其余29例初筛呈反应性的样本进行WB抗体确证试验,WB条带阴性6例(11.32%),WB条带不确定7例(13.21%),WB条带阳性16例(30.19%)。WB条带阳性样本的S/CO值在30.31~223.97,S/CO值>100的病例占比75.00%。WB条带阳性样本S/CO值明显高于WB条带不确定、WB结果阴性和ELISA和RT法初筛阴性标本S/CO值,差异有统计学意义(P<0.05)。WB阳性结果中,gp160、gp120、p24出现率为100.00%,p55出现率较最低为43.75%。结论LiCA800检测血清HIV抗体时阳性符合率不高,仅为30.19%,S/CO值与血清HIV抗体WB确证结果相关,实验人员应对S/CO值和WB结果予以关注,避免纠纷。

成都市某幼儿园一起人类偏肺病毒感染聚集性疫情调查分析

目的:对成都市某幼儿园一起人类偏肺病毒感染疫情进行分析,以期为相关疫情防控提供参考。方法:回顾性分析2022年6月成都市某幼儿园发生的一起疫情,探讨传染源、传播链等内容。结果:14例病例呈班级聚集性,发病时间持续5天,6月21日发病1例、22日2例、23日7例、24日4例、25日1例,发病高峰集中在6月23—24日;所发热、咳嗽13例,扁桃体肿大8例,咽部充血7例,咳痰4例;临床诊断为急性支气管炎5例、急性上呼吸道感染3例、细菌性感染2例、急性扁桃体炎1例、肺炎1例,另外2例发病儿童暂未就诊;不同性别患病率差异无统计学意义(χ^(2)=0.486,P>0.05);采集发热病例咽拭子3份,检测阳性率为100.00%。结论:结合病例的临床症状及实验室检测结果,该疫情可定性为一起人类偏肺病毒感染引起的聚集性发热疫情。适时停课对于学校疫情虽是最有效的防控措施,但实际难度很大;除了采取加强消毒、暂停集体活动、健康宣传等措施外,勤洗手、佩戴口罩是最有效的预防手段。