人类白细胞抗原基因HLA-B*58∶01基因型的快速低成本鉴别方法

采用焦磷酸测序技术和改进的全血基因组提取方法,建立了位于6号染色体的银屑病易感基因1候选基因1(Psoriasis susceptibility 1 candidate 1,PSORS1C1)rs9263726位点的焦磷酸测序方法,检出限达到0.4 ng/μL基因组DNA,20例标本的焦磷酸法和Sanger法测序结果完全一致。利用本方法对683例标本的rs9263726位点进行测序,得到中国人群该位点野生型(GG型)分布频率为87.6%,突变的GA型分布频率为11.7%、AA型分布频率为0.7%。通过对随机选取的46例标本rs9263726位点与人类白细胞抗原基因HLA-B*58∶01基因型的连锁关系进行分析,结果表明,该位点预测HLA-B*58∶01基因型的灵敏度为100%、特异性为91.3%。本方法可用于HLA-B*58∶01基因型的检测。

人类白细胞抗原HLA-A/C和HLA-B/DR座位基因重组家系分析

目的探讨2个家系人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)A/C和B/DR座位的重组情况。方法采集2个家系成员外周血标本,抽提DNA,对其HLA-A,-C,-B,-DRB1,-DQB1位点进行PCR-SSP基因分型和SBT分析,然后通过家系遗传分析确定HLA基因重组相关位点,检测短串联重复序列位点确定其家系成员亲权关系。结果家系1:父亲的1条HLA单体型A*24∶02-C*04∶01-B*15∶27-DRB1*04∶06-DQB1*03∶02保持连锁特性遗传给子女。而母亲的1条HLA单体型遗传给子女时,当母源单体型为A*11∶01-C*14∶02-B*51∶01-DRB1*04∶05-DQB1*04∶01,则遗传给女儿的单体型存在HLA-A和HLA-C座位重组;

人类白细胞抗原新等位基因B＊07：110的序列分析及确认

背景:近几年来,随着中华骨髓库的建立和人类白细胞抗原分型技术的不断发展和提高,中国人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。目的:采用序列分析确认1例中国人的人类白细胞抗原新等位基因。方法:应用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针基因分型技术进行样本的人类白细胞抗原基因分型,并应用基于测序的方法分析该基因序列及与最相近等位基因序列的差异。结果与结论:聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针结果显示,该样本人类白细胞抗原B基因座反应格局出现异常;基因测序结果表明,其B基因座第2外显子序列与所有已知人类白细胞抗原B等位基因序列均不一致,在所检测的第2、3外显子中,与序列同源性最高的等位基因B*07:01:02的差异是在第2外显子发生了nt 226和nt 228两个A->G核苷酸取代,导致第76位密码子由ATA->GTG,相应的导致氨基酸由异亮氨酸(I)改变为缬氨酸(V)。将其序列提交国际基因数据库(Gen Bank)及IMGT/HLA数据库,证实该新人类白细胞抗原等位基因为国际上首次发现,被世界卫生组织织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为人类白细胞抗原B*07:110(HM989017)。

人类白细胞抗原B27的检测及临床应用

人类白细胞抗原B27是一种I类组织相容性复合体（MHC）基因，即人类白细胞抗原基因，其表达产物即HLA-B27抗原分子。HLA-B27是第一个被发现的人类某一疾病与一种MHC分子相关的抗原。1973年由Brewerton报道了HLA-B27与强直性脊柱炎（AS）的密切相关性。HLA-B27是脊柱关节疾病病闲及发病机制的关键。

人类白细胞抗原-B27检测的方法学评析与选择

人类白细胞抗原-B27（HLA-B27）是人类主要组织相容性复合物（MHC）Ⅰ类分子B位点的等位基因,位于人的第6号染色体短臂上,是由8个外显子和7个内含子组成[1]。HLA-B27分子含有2条多肽链,一条是α链或重链,另一条是β链或轻链,相对分子质量约56000。

HLA-B和-DRB1、HLA-DQB1和-DPB1座位基因重组的分析

目的:探讨2个家系人类白细胞抗原(HLA)座位的重组情况。方法:采集家系成员的外周血,提取基因组DNA,采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)和二代测序技术检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1座位,通过家系遗传分析确定个体HLA单体型。结果:家系1中单体型HLA-A*11:01~C*03:04~B*13:01~DRB1*12:02~DQB1*03:01~DPB1*05:01:01G与HLA-A*03:01~C*04:01~B*35:03~DRB1*12:01~DQB1*03:01~DPB1*04:01:01G在HLA-B和HLA-DRB1座位间进行了交换,形成HLA-A*11:01~C*03:04~B*13:01~DRB1*12:01~DQB1*03:01~DPB1*04:01:01G。家系2中单体型HLA-A*02:06~C*03:03~B*35:01~DRB1*08:02~DQB1*04:02~DPB1*13:01:01G与HLA-A*11:01~C*07:02~B*38:02~DRB1*15:02~DQB1*05:01~DPB1*05:01:01G在HLA-DQB1和HLA-DPB1座位间进行了交换,形成HLA-A*02:06~C*03:03~B*35:01~DRB1*08:02~DQB1*04:02~DPB1*05:01:01G。结论:2个中国汉族人群家系分别发生了HLA-B和-DRB1、HLA-DQB1和-DPB1座位间的基因重组。

HLA-B27抗原检测与基因检测在强直性脊柱炎诊断中的应用

目的研究强直性脊柱炎(AS)中HLA-B27抗原表达与基因亚型分布特点,探讨HLA-B27抗原和基因检测在AS诊断中的应用价值。方法收集103例AS患者及105例健康人群对照静脉全血,分别采用流式细胞术(FCM)及基于序列分析的PCR分型法(PCR-SBT)检测HLA-B27。结果 FCM检测HLA-B27诊断AS的灵敏度和特异度分别为97.09%和92.38%,PCR-SBT诊断AS的灵敏度和特异度为96.12%和97.14%。AS组HLA-B位点等位基因检出频率以B27最高。结论 HLA-B27抗原和基因检测对AS诊断均具有较高价值。FCM检出灵敏度略高于PCR-SBT,但特异度低于PCR-SBT。

PCR-SSP基因分型技术检出HLA-B新等位基因B＊5516一例

目的 识别确认中国人群的HLA新等位基因。方法 使用PCR SSP以及以测序为基础的分型技术 ,分析HLA新等位基因和B 5 5 0 2基因顺序的差异及血清学方法分析特异性。结果 在四川成都骨髓供者中检测出一例新的HLA B等位基因。该基因和B 5 5 0 2基因顺序的差异 ,只是在外显子 2区域中 97C >A一个碱基取代 ,导致相应的密码子 33由酪氨酸变为组氨酸。血清学分析表明B 5 5 16与B2 2特异性相关。并由此建立起PCR SSP方法鉴定B 5 5 16基因。结论 四川成都骨髓库中检出的HLA B等位基因是HLA新等位基因 ,2 0 0 3年 8月已被世界卫生组织 (WHO)命名为HLA B 5 5 16。在大约 14 0 0例随机骨髓供者中 ,未发现其他带有B 5 5 16基因的个体。

南方汉族强直性脊柱炎患者及健康人群HLA-B27基因的分子多态性及分布

目的研究南方汉族强直性脊柱炎(AS)患者及健康人群HLA-B27亚型等位基因的多态性和分布特点。方法采用HLA测序分型方法,对收集到的46份B*27阳性的南方汉族AS患者血样以及随机选择的80份经rS-SOHLA流式磁珠低分辨检测为B*27阳性的造血干细胞南方汉族捐献者血样,做HLA-B基因的第2—4外显子测序分型,测序反应产物用ABI PrismTM3730测序仪检测,Assign3.5分析软件分析结果。对检出的模棱两可结果及"罕见型"等位基因,辅以PCR-SSP法HLA-B27高分辨基因分型。结果46名南方汉族AS患者中,共检出4个HLA-B*27相关的等位基因:B*2704的检出比例最高,为82.98%(39/47);其次是B*2705,为12.77%(6/47);B*2707和B*2724各为2.13%(1/47)。80名南方汉族造血干细胞捐献者中,共检出7种B*27相关等位基因:以B*2704的检出比例最高,为57.32%(47/82);其次为是B*2705,为26.83%(22/82);B*2706和B*2707各为6.10%(5/82);B*2703、B*2715和B*2724各为1.22%(1/82)。结论南方汉族AS患者HLA-B*27基因中以B*2704最为常见,健康人群以B*2704和B*2705等位基因为主要亚型。

HLA新等位基因HLA-B*35:155的确认

目的发现和认定一个人类白细胞抗原(HLA)新等位基因。方法应用多聚酶链式反应—基于测序的分型技术(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)进行HLA常规分型,HLA-B位点分型结果与等位基因B*35:03:01,51:01:01在112位有一个碱基不匹配,不能指定为任何HLA-B位点等位基因,用针对于B*35、B*51的序列特异性SSSP引物测序,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果测序结果表明该等位基因与其同源性最高的等位基因B*35:03:01的差异是在第2外显子112位的C>T,其突变导致密码子CGG>TGG,结果造成B*35:03:01氨基酸序列中14位的精氨酸(R)变为色氨酸(W)。结论该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,世界卫生组织(WHO)HLA命名委员会将其正式命名为HLA-B*35:155。

新等位基因HLA-A~＊11：97与HLA-B~＊44：127的确认

背景:近几年来,随着分子生物学的发展及人类白细胞抗原分型技术的提高,人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。目的:识别并确认两个新的人类白细胞抗原等位基因。方法:应用PCR-SBT、GSSP及单链测序基因分型技术对两份中华骨髓库供者样本进行人类白细胞抗原A,B,DRB1位点进行基因分型,对新等位基因进行DNA测序并与已知同源性最高的等位基因型进行序列比对。结果与结论:两个样本各有一个位点与目前已知的相应人类白细胞抗原A、B等位基因序列均不一致,样本1与其同源性最高的A*11:01:01的差异表现在第2外显子区域中的193G>T,194C>T,导致第41位密码子由丙氨酸变为亮氨酸,样本2与其同源性最高的B*44:02比较差异表现在第2外显子区域中第320位碱基由G>A,导致编码的第83位密码子由精氨酸变为组氨酸。说明两个样本分别为人类白细胞抗原A和B位点的新等位基因,并已被WHO人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为人类白细胞抗原A*11:97和B*44:127。

HLA新等位基因HLA-B*13:68的序列分析

目的:分析确认中国人群中HLA-B位点的1个新等位基因。方法:应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因采用组序列特异性引物(GSSP)进行测序,并与已知同源性最高的等位基因进行序列比对,分析二者之间的差异。结果:其中1例样本HLA-B位点与目前已知的HLA-B基因序列均不一致,与其同源性最高的HLA-B*13:01:01序列相比,第2外显子137位碱基T>C,导致第22位密码子由苯丙氨酸(TTT,Phe)变为丝氨酸(TCT,Ser)。结论:该基因为HLA-B位点的新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*13:68。

人类白细胞抗原新等位基因B＊46：01：18的确认及家系调查

目的鉴定一个人类白细胞抗原（human leukocyte antigen，HLA）B位点的新等位基因，并调查其家系遗传情况。方法应用聚合酶链反应一基于测序的分型技术（polymerase chain reaction—sequence based typing，PCR—SBT）进行HLA常规实验分型，HLA-B位点分型结果与等位基因B＊46：01：01，B＊15：25：01在384位有一个碱基不匹配，不能指定为任何HLA_B位点等位基因。用针对B＊46、B＊15的组特异性测序引物，确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异，并对先证者家系进行调查。结果测序结果证实，该等位基因与其同源性最高的等位基因是B＊46：01：01，两者的差异是在第3外显子384位的G〉T，密码子104由GGG变为GGT，但是两者编码的氨基酸序列中104位仍然是甘氨酸（G）。家系调查结果显示该新基因遗传自父亲。结论该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因，世界卫生组织HLA命名委员会将其正式命名为HLA-B＊46：01：18，是在广西壮族人群中发现的新等位基因。

对HLA-B座位中低分辨中模棱两可基因分型的调查分析

人类白细胞抗原（HLA）是目前所知的最具有多态性的遗传系统之一,它位于人类第6号染色体短臂上,总长度3600 kb,约占人类基因组总长度的1/3000。整个HLA复合体共有数十个基因座,可分为HLA-Ⅰ类、HLA-Ⅱ类、HLA-Ⅲ类基因。HLA-B基因座属于HLA-Ⅰ类基因,它是HLA编码系统中最复杂,多态性最多的区域,由于其高变区各个等位基因差异仅在几个碱基,且只有极少等位基因某个高变区具有独立的碱基序列,因而交叉反应众多,故B位点往往出现定型困难［1］。尽管现有特异性寡核苷酸探针技术已经达到了中等分辨水平,但对于HLA-B座位上有些模棱两可的基因型尚不能分辨识别。作者所在实验室采用特异性寡核苷酸探针（PCR-SSO）技术对13485例HLA-B座位进行中低分辨调查分析,并对筛选出的模棱两可等位基因通过采用聚合酶链反应-序列特异性引物扩增（PCR-SSP）技术进行进一步确认。

科学家发现人类抵抗HIV的关键基因

新一期英国《自然》杂志报道，一个多国科学家小组对来自南部非洲的375名女性艾滋病病毒感染者进行了三年研究发现，HLA-B(人类白细胞抗原)基因在人体与病毒之间的斗争中发挥着关键作用。科学家说，HLA共有三种类型，分别为A、B、C型。研究发现，HLA-B基因的副本“是好是坏”，对于艾滋病患者存活状况以及这些女性患者是否会将病毒传染给其婴儿具有重要意义。

中国大陆汉族人卡马西平过敏性药疹与HLA-B*1502的关联性分析

【目的】探讨我国大陆地区汉族人群中HLA-B*1502与卡马西平引起的过敏性药疹的关联性。【方法】收集48例卡马西平过敏性药疹患者,其中9例为重型过敏性药疹患者(包括Stevens-Johnson综合征、中毒性表皮坏死松解症),39例为轻型过敏性药疹患者;以及80例服用卡马西平无过敏患者和62例正常对照者,采用PCR-SSP法进行HLA-B*1502的基因型测定,观察卡马西平引起过敏性药疹与HLA-B*1502基因型是否存在关联。【结果】卡马西平重型过敏性药疹组HLA-B*1502基因型携带率为100%,显著高于卡马西平无过敏组(13.75%)及正常对照组(17.74%),差异均具有统计学意义(P<0.001)。卡马西平轻型过敏性药疹组HLA-B*1502基因型携带率与卡马西平无过敏组(25.64%vs.13.75%,P=0.110)及正常对照组(25.64%vs.17.74%,P=0.341)比较,差异均无统计学意义。【结论】我国大陆地区汉族人群中,卡马西平引起的重型过敏性药疹与HLA-B*1502基因型具有高度关联性。尚未发现卡马西平引起的轻型过敏性药疹与HLA-B*1502基因型有关联。

强直性脊柱炎患者T、B及NK淋巴细胞亚群检测的临床价值

目的:探讨强直性脊柱炎(AS)患者人类白细胞抗原B27(HLA-B27)基因和T、B及自然杀伤(NK)淋巴细胞亚群检测的临床价值。方法:收集中日友好医院2018年~2020年间确诊的121例AS患者以及120例健康体检人群外周血样本,检测HLA-B27基因及分型,流式细胞术检测其标记为T、B及NK的淋巴细胞亚群。结果:121例AS患者中HLA-B27基因阳性101例,其中HLA-B2704型58例、HLA-B2705型40例、HLA-B2702型1例、HLA-B2704*HLA-B2705复合杂合子2例。AS组HLA-B27基因阳性率明显高于健康对照组(83.5%vs2.5%,P<0.01)。HLA-B2705型AS组T%、Th%、Th/Ts明显高于HLA-B2704型AS患者(P<0.01),B1%、NK%显著低于HLA-B2704型AS患者(P<0.01)。101例HLA-B27基因阳性与20例HLA-B27基因阴性AS患者T、B及NK淋巴细胞亚群差异暂无统计学意义(P>0.05)。结论:AS患者淋巴细胞亚群分布异常,免疫功能紊乱,与HLA-B27基因亚型具有相关性。

序列分析及确认HLA新等位基因B*55:46

背景:近几年来,随着中华骨髓库的建立和人类白细胞抗原分型技术的不断发展和提高,中国人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。目的:探索中国人的人类白细胞抗原新等位基因。方法:应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针基因分型技术,对1名27岁男性汉族造血干细胞志愿捐献者进行HLA基因分型,并应用基于测序的方法分析该基因序列及与最相近等位基因序列的差异。结果与结论:PCR-序列特异性寡核苷酸探针结果显示该样本HLA-B基因座反应格局出现异常提示;基因测序结果表明其B基因座第3外显子序列与所有已知HLA-B等位基因序列均不一致,在所检测的第2、3外显子中,与序列最相近的等位基因B*55:02:01的差异只是在第3外显子发生了nt 412 A→G一个核苷酸替代,导致第138位密码子由AAC→GAC,相应的编码的天冬酰胺改变为天冬氨酸。将其序列提交国际基因数据库及IMGT/HLA数据库,证实该HLA等位基因为国际上首次发现,被世界卫生组织织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为HLA-B*55:46(HM989018)。