基于生物信息学分析FBXO45蛋白在胰腺导管腺癌中的表达及其临床意义

目的探讨FBXO45蛋白变异对胰腺导管腺癌预后的影响,FBXO45蛋白参与胰腺导管腺癌发生发展的可能作用机制。方法GEPIA数据库在线分析FBXO45 mRNA在不同肿瘤中的表达,UALCAN在线分析FBXO45 mRNA在胰腺导管腺癌中与正常胰腺组织中的表达差异,进一步GEPIA数据库扩大正常胰腺组织对比标本数目,分析FBXO45 mRNA在胰腺导管腺癌中与正常胰腺组织中的表达差异,分析FBXO45基因表达与胰腺导管腺癌患者无病生存期(Disease-free survival,DFS、总生存期(Overall Survival,OS)的关系。Human Protein Atlas数据库中确定FBXO45蛋白在细胞中的定位表达,并检索FBXO45蛋白在胰腺导管腺癌与正常胰腺组织中的表达差异,分析FBXO45蛋白的表达与胰腺导管腺癌患者生存的关系。在cBioPortal数据库中检索FBXO45基因在胰腺癌中的改变,并分析FBXO45基因变异与胰腺导管腺癌预后的关系。从String数据库中分析FBXO45蛋白在信号转导中关系密切的蛋白网络,探讨可能的作用机制。结果GEPIA数据库在线分析FBXO45 mRNA在24种恶性肿瘤中的表达不同,胰腺导管腺癌组织FBXO45基因的表达明显高于正常胰腺组织(P<0.05),FBXO45 mRNA表达水平与胰腺癌患者的无病生存期(DFS)、总生存期(OS)显著相关(P<0.05)。Human Protein Atlas数据库分析结果显示,FBXO45蛋白主要表达于细胞的细胞质中,FBXO45蛋白在胰腺癌组织中显著表达增高(P<0.05),通过生存分析进一步证明高表达FBXO45蛋白的胰腺导管腺癌患者总生存期较差(P<0.05)。在cBioPortal数据库中分析显4%(7/175)的胰腺导管腺癌患者表现出FBXO45基因改变,FBXO45基因变异的患者总生存预后较差(P<0.05)。String数据库显示在PPI网络中与FBXO45蛋白相互作用的蛋白有MYCBP2、TP73、SKP1、CUL1、SPRYD3、KCTD6、MAP3K12、MPP3、UNC13A、UNC13B等。结论FBXO45蛋白在胰腺癌组织中呈现高表达,与患者预后显著相关。FBXO45基因变异的患者总生存预后较差。FBXO45基因变异的患者总生存预后较差,与FBXO45相互作用比较密切的前3位蛋白有MYCBP2、TP73、SKP1,FBXO45蛋白参与蛋白质泛素化途径,是蛋白质修饰的一部分,推测FBXO45通过基因变异、促进蛋白泛素化,在胰腺癌的发生发展中起重要作用,影响其预后。

HSPH1在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的基于癌症基因组图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)及人类蛋白质图谱数据库(Human Protein Atls,HPA)等生物信息学数据库探讨热休克蛋白H1(heat shock protein H1,HSPH1)在肝细胞癌中的表达及临床意义。方法下载TCGA和GEO数据库肝细胞癌相关mRNA微阵列表达谱,比较肝细胞癌和癌旁组织的HSPH1 mRNA表达差异,并利用HPA数据库信息验证其蛋白水平的表达。分析HSPH1表达与肝细胞癌患者预后的相关性。建立ROC曲线和列线图模型,比较不同HSPH1表达组患者的生存差异。采用R软件分析HSPH1表达与肝细胞癌组织中免疫细胞浸润、免疫细胞生物标志物和免疫检查点的相关性。采用STRING数据库分析HSPH1相关蛋白质-蛋白质相互作用网络信息。并利用基因本体分析(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)等数据库分析HSPH1在肝细胞癌中的功能及信号通路。结果HSPH1在肝细胞癌组织中的表达水平高于癌旁组织(P=0.000),Kaplan-Meier图显示HSPH1高表达肝细胞癌患者的总体生存期(P=0.000)、疾病特异性生存期(P=0.000)和无进展间隔期(P=0.010)均较HSPH1低表达者更短,HSPH1对肝细胞癌具有较好的诊断价值(AUC=0.895,95%CI:0.862~0.928,P=0.000)。多因素Cox回归分析显示,HSPH1是肝细胞癌患者预后的预测因素(HR=2.226,95%CI:1.393~3.557,P=0.000)。时间依赖性ROC曲线图显示1年、3年和5年AUC分别为0.699、0.581、0.588。在肝细胞癌组织中,HSPH1蛋白表达水平与树突状细胞和细胞毒性细胞浸润呈负相关,与巨噬细胞、CD56高表达的NK细胞等免疫细胞浸润及免疫检查点程序性死亡受体1和细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4表达呈弱正相关。蛋白质-蛋白质相互作用、GO、KEGG和GSEA通路富集分析显示HSPH1与HSPA2、HSPA4、HSPA8和HSPA9等分子相互作用,并与HSPA4、HSPA8表达呈正相关,且具有调节凋亡、抗原加工和提呈、调节免疫等功能。结论HSPH1在肝细胞癌组织中高表达,是肝细胞癌潜在的诊断和预后标志物。HSPH1参与了肝细胞癌的免疫调节过程,可能成为其治疗靶点之一。

IL-33和炎症细胞因子在结肠腺癌中的表达及相关性

目的基于人类蛋白质图谱(HPA)数据库探讨细胞因子白细胞介素33(IL-33)和炎症细胞因子在结肠腺癌(COAD)中的蛋白质表达差异及相关性。方法COAD患者IL-33和炎症细胞因子的表达通过TIMER 2.0数据库进行分析,为了进一步验证,借助HPA生物信息学分析和免疫组化,检测了15例健康人和47例COAD患者结肠组织IL-33和炎症细胞因子(TNF、IL-4、IL-6和TGF-β1)的蛋白表达水平,并且基于免疫组织化学的蛋白表达数据分析COAD患者结肠组织IL-33与炎症细胞因子的相关性。结果HPA数据库中提取出相应条件下的所有样本,通过免疫组织化学和生物信息学分析IL-33和炎症细胞因子(TNF、IL-4、IL-6和TGF-β1)的差异表达,确定了四种促炎和抗炎细胞因子,IL-33表达与TNF相关性,具体结果显示:HPA024426、CAB078469、CAB078477、CAB023406和CAB000361抗体,分别检测COAD结肠组织IL-33、TNF、IL-4、IL-6和TGF-β1阳性细胞的表达,COAD癌变结肠组织IL-33和TNF的表达升高,而IL-4和IL-6的表达降低,且IL-33与TNF的表达呈正相关性,差异有统计学意义(P<0.05)。此外,TIMER 2.0数据库进一步证实了COAD患者IL-33和炎症细胞因子的表达水平上调。结论结肠组织IL-33调控COAD炎症促进其发生、发展,特异性靶向IL-33可能是COAD免疫治疗的有效新策略。

黄连素对人耐紫杉醇去势性前列腺癌细胞活力、增殖及HMGB1表达的影响

目的探讨黄连素(BBR)对去势抵抗性前列腺癌(CRPC)紫杉醇(PTX)耐药细胞活力、增殖及高迁移率族蛋白1(HMGB1)表达的影响。方法取对数生长期的PTX耐药前列腺癌细胞株DU145 R,用0、5、10、20、30及50μmol/LBBR处理,采用细胞计数试剂盒8(CCK8)分别于48和72 h评估6组DU145 R细胞的细胞活力;分别用二甲基亚砜(DMSO)、10及20μmol/L BBR处理对数生长期的DU145 R细胞,采用细胞克隆形成实验检测3组DU145 R细胞的克隆形成数;利用Oncomine数据库与人类蛋白质图谱数据库(HPA)分别分析HMGB1 mRNA及蛋白在前列腺癌和正常组织中的表达,利用TIMER2.0数据库分析HMGB1表达与前列腺癌患者生存的相关性;取对数生长期细胞DU145及DU145 R(分为0、10及20μmol/L BBR处理组),采用蛋白印迹法检测2组细胞中HMGB1蛋白表达。结果与0μmol/L BBR组相比,各浓度组DU145 R细胞的细胞活力降低(P<0.05);与DMSO组相比,5和10μmol/L BBR组DU145 R细胞的克隆形成数量减少(P<0.05);与正常组织相比,前列腺癌组织中HMGB1 mRNA及蛋白表达增加(P<0.001),且HMGB1高表达与前列腺癌患者不良预后相关(P=0.0193);与DU145组相比,DU145 R各组细胞HMGB1的表达明显增高(P<0.001);与0μmol/L BBR组相比,10和20μmol/L BBR组DU145 R细胞HMGB1蛋白表达下调(P<0.05)。结论BBR可抑制CRPC PTX耐药细胞增殖、细胞活力及HMGB1的表达。

LDHA及LDHB对胃癌组织中免疫微环境的影响及临床意义

目的探讨LDHA及LDHB在胃癌组织中的表达、预后意义及对免疫微环境的影响。方法从HPA和TCGA数据库中筛选出375例胃癌患者的免疫组化染色图片、临床信息和转录组数据,分析LDHA及LDHB表达与胃癌临床病理特征的关系。采用Kaplan-Meier法和Cox回归分析探究LDHA及LDHB表达与胃癌患者总生存期(overall survival,OS)及无瘤生存期(disease-free survival,DFS)的关系;采用生物信息学ssGSEA算法分析LDHA及LDHB对胃癌组织中免疫微环境的影响。结果与癌旁正常组织相比,胃癌组织中LDHA及LDHB的mRNA及蛋白均明显上调(P均<0.05)。LDHA高表达胃癌患者比低表达患者具有更短的OS,LDHB高表达胃癌患者比低表达患者具有更短的DFS(HR=1.36、1.65,P均<0.05)。多因素Cox回归分析显示,LDHA及LDHB的表达可影响包括Th2细胞、NK细胞在内的多种免疫细胞的含量(P均<0.05)。LDHA及LDHB均是胃癌患者预后的独立影响因素(HR=1.31、1.55,P均<0.05)。结论LDHA及LDHB在胃癌组织中高表达,提示患者预后较差,并对胃癌组织中免疫微环境造成一定程度的影响。

肝癌免疫相关预后标志物的分析

目的:筛选与免疫相关的、稳定的肝癌预后标志物。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载肝癌患者的相关数据,筛选出差异表达的肝癌免疫相关基因。通过对这些基因进行单因素、多因素分析,筛选肝癌预后标志物。用DAVID在线工具进行GO和KEGG富集途径分析。利用HPA数据库和GSE14520对结果进行验证。结果:本研究获得了一个由9个与肝癌免疫相关的基因(PSMD14、STC2、SPP1、ISG20L2、MAPT、NR6A1、PSME3、HSP90AA1和CSPG5)组成的肝癌预后标志物,这一标志物与肝癌患者的总生存期显著相关(P<0.001)。结论:由PSMD14、STC2、SPP1、ISG20L2、MAPT、NR6A1、PSME3、HSP90AA1和CSPG5组成的标志物可作为评估肝癌预后的分子标志物,为肝癌的有效免疫治疗策略提供了新的见解。