与甲型流感病毒NP蛋白相互作用的宿主因子的筛选与分析

筛选与甲型流感病毒(Influenza A virus,IAV)NP蛋白相互作用的人类宿主蛋白,并对其进行分析,为抗流感病毒新药的研发提供依据。利用蛋白质芯片技术,将两张HuProtTM 20K芯片分别与实验组(NP蛋白)和对照组(灭活生物素)样本杂交孵育,扫描芯片读取数据。计算各位点的原始信号强度I(I=F635 Median/B635 Media)用于数据分析,并进行Z-Score标准化处理,筛选出芯片上两重复位点均满足Z-Score≥3的蛋白,即认为该蛋白与样本相结合。对NP样本特异性结合蛋白进行GO、KEGG分析,计算这些蛋白在各组内两原始信号强度的均值IMean及组间比值IMean_Ratio(实验组_vs_对照组),筛选出IMean_Ratio≥1.4的NP显著特异结合蛋白,将实验组显著特异结合蛋白导入Human proteome map、VirHostNet3.0数据库,在malacards数据库中检索Influenza,将得到的流感相关蛋白与显著特异结合蛋白进行比较分析。筛选出NP宿主蛋白176种,GO分析结果显示,这些蛋白主要是作为结合蛋白参与剪接过程。KEGG富集分析结果显示NP宿主蛋白显著富集到剪接体通路、内吞通路、抗原加工与呈递通路(P<0.05)。有5个显著特异结合蛋白同时参与到与流感最相关的两条通路中,这5个蛋白分别是RASAL3、PTK2、PSMC4、PSME1和CD80,其中,除蛋白RASAL3、CD80外,蛋白PTK2、PSME1和PSMC4在成人肺组织中皆有表达。查阅相关资料,蛋白PTK2已被证实可与甲型流感病毒NP蛋白相互作用,参与调控病毒的复制过程。后续可进一步展开实验,验证蛋白PSMC4、PSME1与甲型流感病毒NP蛋白的相互作用,并探讨这两种蛋白在流感病毒感染过程中发挥的作用。