2015年人腺病毒C亚属辽宁分离株的全基因组序列特征及其分子进化分析

人腺病毒C亚属(Human mastadenovirus species C,HAdV-C)是呼吸系统疾病最常见的病原体。本文从辽宁省2015年急性弛缓性麻痹(AFP)监测病例的粪便标本中分离出一株HAdV-C的重组毒株LN2015,对其全基因组序列进行了测序和分析,并对HAdV-C的分子进化机制进行了研究。我们从GenBank数据库中选取了77条代表各个地区各个年份毒株的全(近)基因组序列,以猴腺病毒SAdV-40.1和SAdV-42.1为外类群,分别构建了基于邻接法和最大似然法的系统发育树,并用软件simplot3.5.1对基因组特征进行分析。结果表明,LN2015与北京株BJ09(MF315029)序列一致性最高,其Penton base、DBP、pV、pVI和HAdV-1相似,Hexon和Fiber为HAdV-2,3’端的E1B和5’的E4和HAdV-5相似,其基因型为P1H2F2。在两个系统发育树中,HAdV-2都聚为5个不同的谱系,每个谱系几乎都没有HAdV-6基因的参与,因此推测出HAdV-C的一条进化路线,即先由HAdV-5(或其共同祖先病毒)进化出HAdV-1,然后再进化出HAdV-2。HAdV-6和HAdV-2是HAdV-C两条独立的进化分支。未来有必要对HAdV-C的进化和变异进行更深入的研究。

宁夏人腺病毒临床标本的首次全基因组序列分析

目的 对宁夏1例人腺病毒临床标本进行全基因组测序及遗传进化分析。方法 从2020年宁夏中卫市海原县1例发热患儿的咽拭子标本中检测出人腺病毒阳性,对该标本进行全基因组测序,利用MEGA构建系统发育进化树,用Simplot软件进行重组分析。结果 宁夏该腺病毒是由HAdV-C2、HAdV-C89和HAdV-C104组成的重组病毒,并与human/CHN/BJ04/2012腺病毒株存在高度相似进化关系。结论 宁夏该腺病毒基因组可能包含多个型内重组事件,人腺病毒C亚属的基因重组应引起高度重视。

2014年湖南省C亚属人腺病毒1株临床分离株的全基因组特征分析

目的了解2014年湖南省C亚属人腺病毒(HAdV-C)分离株的基因特征。方法2014年从湖南省长沙市严重急性呼吸道感染儿童病例咽拭子标本中分离到一株HAdV-C病毒株(Hunan2014-s024),分段扩增目的基因片段,拼接后获得全基因组序列,同时下载GenBank数据库中国内外流行的HAdV-C代表株全基因组序列构建HAdV-C数据库,使用生物信息学软件进行全基因组序列特征分析。结果Hunan2014-s024株与2006年山西省健康儿童粪便标本中分离到的HAdV-C病毒株(MK041244-CHN-2006)的同源性最高,并以该病毒基因组元件为主要骨架,在penton base基因上交换了2012年湖南省急性下呼吸道感染患儿分离株(MK041246-CHN-2012)的基因片段。结论2014湖南株(Hunan2014-s024)为2006年山西省病毒株(MK041244-CHN-2006)与2012年湖南株(MK041246-CHN-2012)的重组病毒,由于其致病性可能发生了改变,因此有必要加强HAdV-C的分子流行病学监测,以了解其潜在疾病负担和公共卫生意义。