人膀胱癌相关基因cDNA片段的克隆与鉴定

目的 分离和鉴定与人原发性膀胱移行细胞癌发生发展相关的新基因。 方法 采用mRNA差异显示技术 ,以 8例原发性膀胱移行细胞癌组织及自身远离肿瘤的正常膀胱粘膜上皮为对照 ,通过基因表达的比较 ,找出差异条带进行再扩增、克隆及DNA序列分析 ,并通过Genbank数据库进行同源性检索。 结果 (1)共分离并回收差异条带 37条。其中正常组织不表达或低表达而肿瘤组织出现表达或表达增强者 36条 ,正常组织表达而肿瘤组织失表达者 1条。 (2 )差异条带中与TBX3基因 (T box3基因 )同源 1条 ,同源性 99% ;与铜 ,锌 超氧化物歧化酶基因 (Cu ,Zn SOD基因 )同源 1条 ,同源性 99% ;与Ca2 激活氯离子通道基因家族成员 4 (cl.Ca4基因 )同源 1条 ,同源性 99% ;3条与人类已知基因或片段无明显同源 ,分别命名为YHHQ1,XHL ,LHX。 结论 Cu ,Zn SOD基因可能是新的与膀胱癌相关的癌基因。TBX3及cl.Ca4基因可能与人膀胱癌有相关性。YHHQ1可能是膀胱癌相关的候选抑癌基因 ;XHL 。

糖尿病性高血压大鼠肾损害相关基因cDNA片段的克隆与初步鉴定

为筛选大鼠糖尿病性高血压病所致的肾损害相关基因 ,自发性高血压大鼠以STZ 5 0mg/kg一次性尾静脉注射 ,建立糖尿病性高血压大鼠模型 ,4周后该模型大鼠尿蛋白持续阳性 ,电镜观察到肾小球基质增生、足突融合或扁平 .应用荧光标记的差异显示反转录聚合酶链反应 (DDRT PCR)及RNA印迹技术 ,比较两种模型大鼠肾皮质的基因表达差异 ,并进行差异条带的cDNA序列生物信息学分析 .其中 4个差异条带与Genbank数据库比较 ,2个为未知基因 ,2个为已知基因 ,即成淀粉样糖蛋白 (amyloidogenicglycoprotein ,AGG)、CDK10 9,两者可能与糖尿病性高血压肾损害的发生相关 ,对它们的进一步研究将为肾损害发病机理的发现提供思路 .

人大肠癌转移相关基因片段的筛选和鉴定

目的:初步筛选和鉴定大肠癌转移相关基因,阐述大肠癌转移的分子机制. 方法:利用抑制消减杂交技术(suppression subtractive hybridization,SSH),在一对来自同一亲本、转移能力不同的人大肠癌细胞株SW620和SW480间,已成功构建了人大肠癌转移促进基因和转移抑制基因的两个cDNA消减文库.从以上两个文库中随机挑取约200个菌液PCR片段,利用Differential screening(DS)方法筛选真正差异表达的cDNA片段,之后通过Northern blot对部分差异cDNA 片段的DS筛选结果进行验证.最后对筛选出的差异cDNA 片段进行测序和同源检索,分析其性质并初步探讨其在大肠癌中转移中的可能机制. 结果:约200个菌液PCR片段经过DS筛选后,共获得29 个真正差异表达cDNA片段,利用Northern blot对其中4 种cDNA片段的表达情况进行验证,结果与DS筛选一致. 然后对29个差异cDNA片段进行测序和同源性分析,得到25个差异表达基因,10个为已知基因,其中5个基因在高转移细胞株SW620中差异表达,可能有促进转移的作用, 包括热休克蛋白10(heat shock protein10,HSP10)、细胞色素氧化酶Ⅱ(cytochrome C oxidaseⅡ,COXⅡ)、有丝分裂调控蛋白dis3人同源物(mitotic control protein dis3 homolog, DIS3)、骨骼肌α1-肌动蛋白(skeletal muscle actin alphal, ACTA1)及血浆淀粉样蛋白A(serum amyloid A,SAA);另外5个基因的表达仅见于在SW480低转移细胞株,具有潜在的转移抑制作用,包括egl nine homolog 2(EGLN2)、真核翻译起始因子4A(eukaryotic translation initiation factor 4A,EIF4A)、人细胞色素氧化酶Ⅲ的类似物(similar to cytochrome c oxidase Ⅲ,COXⅢ)、谷胱甘肽S转移酶3(glutathione S-transferase mu 3,GSTM3)及线粒体DNA (mitochondrion DNA,mtDNA).10个已知基因基本上是一些与细胞生长分化、代谢合成、转录、凋亡及信号转导等相关的基因.除DIS3和SAA外,其余基因与大肠癌转移的关系在本研究中首次被报道.此外,还筛选到15个未知基因片段,通过与人基因组序列进行比对,发现其中6个基因定位于5号染色体上,包括4个可能促进大肠癌转移的基因和2个抑制基因.目前这15个未知基因片段已经被GeneBank dbEST库收录,GeneBank登陆号为CD485499- CD485513. 结论:DS技术是一种筛查表达文库的有效途径;细胞的生长分化、转录、凋亡、信号转导等变化可能在大肠癌转移过程中发挥重要作用;5号染色体上可能存在多个与大肠癌转移相关的新基因位点.

抗人膀胱癌单克隆抗体重链可变区基因的克隆及其原核表达载体的构建

目的 克隆抗人膀胱癌单克隆抗体重链可变区基因(VH)，并构建其原核表达载体。方法从能分泌抗人膀胱癌单克隆抗体的杂交瘤细胞BDI-1中提取总RNA，通过RT-PCR扩增出VHcDNA。用HindⅢ和XhoⅠ酶切纯化的RT-PCR产物和原核表达载体pET28a(+)，在T4DNA连接酶作用下室温连接。重组质粒经酶切鉴定，阳性克隆测序并进行序列分析。结果扩增出VHcDNA片段，大小约为370bp，重组质粒的酶切鉴定结果与预期一致。VH基因序列长度为366bp，编码122个氨基酸。VH基因属于鼠免疫球蛋白重链11亚类。结论成功克隆出抗人膀胱癌单克隆抗体重链可变区基因，并成功构建其原核表达载体。

花椰菜(Brassica oleracea var.botrytis)抗黑腐病差异表达cDNA片段的克隆及功能的初步研究

采用花椰菜抗黑腐病近等基因系C731（感病系）和C712（抗病系）作为材料，利用cDNA—AFLP技术，研究了花椰菜黑腐病抗性在黑腐病菌侵染和非侵染条件下基因表达的情况．获得了两个阳性克隆M2和M6．Northern杂交和点杂交进一步证明M2是组成型表达的cDNA片段，只是在病菌侵染与非侵染条件下表达丰度不同．而M6是差异表达的cDNA片段．Southern杂交表明M6 cDNA片段在花椰菜基因组中是单拷贝序列．随后的序列分析发现M6cDNA片段与拟南芥1号染色体的BACF19P19中66665～66813bp有84％同源性，该片段编码拟南芥的2A6蛋白的部分序列．推测的氨基酸序列与拟南芥的2A6蛋白部分序列有91％同源性．用H2O2作为外源分子胁迫处理的初步功能分析发现：M6cDNA片段受H2O2诱导，在诱导早期16～24h高度表达，其在叶片中的积累呈逐渐上升趋势．根据序列分析和初步的功能分析的结果推测：M6cDNA片段可能就是编码花椰菜中类2A6蛋白的部分基因片段．是参与花椰菜抗病反应信号途径的相关调控基因片段．

心脏圆锥动脉干发育相关基因的筛选研究

目的检测剔除心脏神经嵴心脏组织与正常心脏组织之间表达差异基因,筛选心脏圆锥动脉干发育相关基因。方法用电刺激方法建立鸡胚实验模型;用抑制消减杂交法筛选出实验组和对照组心脏组织之间存在的差异表达基因;构建减数杂交文库,用cDNA基因芯片技术验证,并进行测序。结果31.8%克隆在实验组表达显著减少。经检验确定13种不同基因片段,有7种与已知鸡基因序列完全匹配,分别为心脏αactin、DEADboxRNA解旋酶、核糖体蛋白L7a、线粒体基因组、GAPDH、肽延长因子-1;有4种基因片段与人、鼠等种属已知基因存在83%～89%的同源性,分别为核糖体蛋白S3、L10a、SNX1、CIRBP等;有2种在公共数据库未查到同源序列。结论有多种基因参与心脏圆锥动脉干胚胎发育;抑制消减杂交和基因芯片技术是筛选差异表达基因的有效方法。

蒿甲醚预防日本血吸虫病诱导的兔特异抗体相关靶抗原编码基因的筛选

目的寻找应用蒿甲醚预防血吸虫后,引起免疫保护作用的抗原分子,为血吸虫病疫苗研究提供新的候选抗原。方法感染血吸虫7天后的家免口服蒿甲醚,收集血清,用蒿甲醚预防后的免疫免血清筛选日本血吸虫(Schistosoma japonicum,Sj)成虫 cDNA 文库,并对阳性克隆的插入基因片段进行 PCR 扩增及测序分析。结果经三轮筛选,获8个阳性克隆。测序分折所获的这8个序列,其中5个序列分别与日本血吸虫三磷酸甘油醛脱氢酶基因(Sj GAPDH)基因同源,其余3个序列为日本血吸虫28kD 谷胱甘肽-S-转移酶(Sj.GST)基因。结论 Sj.GAPDH 和 Sj.28kDGST 可能是蒿甲醚杀伤血吸虫后,引起对再感染起免疫保护作用的抗原分子。

根癌农杆菌胁迫下多花蔷薇(Rosamultiflora‘Inermis4’)的基因表达分析

多花蔷薇无刺4号(Rosamultiflora‘Inermis4’)对根癌病有较强抗性。以根癌农杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)接种多花蔷薇无刺4号为目的材料,刺伤处理为对照,采用抑制差减杂交(suppressionsubtractivehybridization,SSH)方法,构建了富集多花蔷薇根癌病抗性相关基因的差减cDNA文库。差异筛选差减cDNA文库后,随机选取增强表达的92个克隆进行测序,去除冗余的cDNA和病菌的基因片段,共得到53个单一序列。利用GenBank数据库进行核酸和蛋白质同源性比较,获得的cDNA片段功能涉及:细胞分裂、生长(22个克隆),逆境防御、信号转导及激素调节(11个克隆)以及初生与次生代谢(10个克隆)。另有10个基因片段功能未知,可能为新的EST。根据测序及比对分析结果,对多花蔷薇无刺4号抗根癌病的分子机理进行了探讨。

香蕉果实炭疽病病程相关基因cDNA片段克隆

A suppression subtractive hybridization(SSH) cDNA library was constructed from 5 d lesion of banana fruit inoculated with Colletotrichum musae F1.70 cDNA clones selected randomly were sequenced and analysed.The result showed that 29 cDNA clones were related to disease resistance.They were chitinase,se-rine/threonine phosphate,Leucine-rich repeat(LRR),isoflavone reductase and so on.

应用抑制性消减杂交技术克隆乙型肝炎病毒前-X蛋白反式激活基因

目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建乙型肝炎病毒(HBV)前-X基因反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,克隆前-X反式激活相关基因,了解该段基因的可能生物学功能. 方法:构建表达质粒pcDNA3.1(-)-前-X,转染HepG2 细胞,以空载体pcDNA3.1(-)转染的HepG2细胞为对照;提取转染后细胞的mRNA,反转录为cDNA.cDNA经RsaI 酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制多聚酶链反应(PCR),将产物与pGEM-Teasy载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析. 结果:成功构建前-X基因反式激活基因差异表达的cDNA 消减文库.文库扩增后得到45个白色克隆,进行茵落PCR 分析,均得到200-1000 bp插入片段.挑取含有插入片段的30个克隆进行测序,并通过生物信息学分析获得13种已知功能基因序列. 结论:应用SSH技术成功构建了前-X基因反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.该文库的建立为阐明该基因生物学功能提供理论依据.

存活素基因表达与膀胱癌细胞增殖活性的关系

目的:探讨存活素基因在膀胱移行细胞癌中的表达,以及存活素基因表达与癌线胞的凋亡和增值活性的关系。方法:应用Western blot定量分析检测存活素蛋白在128例膀胱移行细胞瘤组织中的表达水平,原位DNA片段末端标记法检测肿瘤细胞的凋亡指数(Al),Ki-67单克隆抗体检测肿瘤细胞的增殖活性(Ki-67LI)。结果:Wstern blot分析结果表明在肿瘤组织中可检测到存活素的高表达,而正常膀胱组织中无存活素蛋白的表达。存活素蛋白的表达水平在肿瘤的临床分期和病理分级间差异具有显著性(P<0.05)。Spearman秩和相关检验提示存活素蛋白的表达水平与肿瘤的增值活性呈正相关(P<0.001),而与肿瘤细胞的AI无明显的相关性(P>0.005).结论:存活素蛋白表达在膀胱移行细胞癌的恶性进展中起重要作用,可作为评估膀胱移行细胞癌的恶性程度和预后的指标。

柔嫩艾美耳球虫抗马杜拉霉素、地克珠利虫株特异消减文库的构建

以遗传背景一致的柔嫩艾美耳球虫(Eimeria tenella)敏感株孢子化卵囊为驱动组,马杜拉霉素抗药株和地克珠利抗药株孢子化卵囊为试验组,利用抑制消减杂交(SSH)方法,通过两轮杂交和两次PCR分别构建了富含两个抗药株孢子化卵囊与敏感株孢子化卵囊之间差异表达基因的消减cDNA文库。随机从两个消减文库中分别挑取50个克隆,经PCR鉴定马杜拉霉素抗药株和地克珠利抗药株孢子化卵囊的消减文库重组率分别为96%和98%,差异基因片段大小分布在250bp～1.0kb之间。从每个文库中随机挑取65个阳性克隆经斑点杂交试验,分别选择表达量上调的6个克隆进行序列分析和同源性比较。结果发现,有4个cDNA片段可能是新基因片段,与地克珠利抗药株的产生有关;有3个新的cDNA片段可能与马杜拉霉素抗药株的产生有关。这些结果将为克隆全长cDNA和探索球虫抗药性产生及发展的分子机理奠定了一定的基础。

兔眼慢性高眼压模型视网膜损害相关基因的克隆及筛选

目的 构建慢性高眼压条件下兔眼视网膜组织差异表达基因的消减cDNA文库并鉴定、克隆及筛选与慢性高眼压视网膜损害相关的基因表达片段。方法 于兔眼前房注射1%甲基纤维素每周1次,连续5周,制作慢性高眼压模型。提取实验组和对照组兔眼视网膜组织总RNA及纯化mRNA。采用原位杂交技术,进行视网膜组织差异表达基因抑制性消减文库的构建及初步的基因筛选。对一个上调的cDNA片段用地高辛标记,采用原位杂交的方法在实验组和对照组的视网膜中进行相关基因片段的细胞定位。结果 成功构建慢性高眼压条件下兔眼视网膜损害相关基因的抑制性消减cDNA文库,经基因片段测序及同源性检索,得到有效基因序列16个,经NCBI BLAST信息途径分析,发现高度同源序列(同源性>98% )2个。其中一个编号F9基因片段与Ras家族基因相似,原位杂交结果确定其大量表达于实验组视网膜神经节细胞及内核层细胞中,而对照组视网膜组织未表达。结论 慢性高眼压条件下视网膜组织基因表达失调,F9片段在慢性高眼压视网膜损害过程中表达明显增高。建立慢性高眼压条件下视网膜损害相关基因的抑制性消减cDNA文库,可为今后青光眼视神经损害机制及视神经保护的研究奠定基础。

实验性脑脓肿组织中G蛋白信号系统相关基因的克隆

目的筛选和克隆实验性脑脓肿的早期相关基因,研究脑组织对病原菌的免疫反应过程中所涉及的分子机制。方法通过脑组织内直接注射金黄色葡萄球菌获得大鼠脑脓肿,利用mRNA荧光差异显示PCR技术比较脑脓肿组脑组织中mRNA的表达与正常对照组、手术对照组之间的差异,获得的差异表达cDNA片段经克隆、测序及BLAST软件进行同源性比较分析,并采用Northern杂交和RTPCR进行鉴定。结果共获得25条差异表达的cDNA条带,经Northern杂交和RTPCR鉴定其中17条为阳性(阳性率为68%)。克隆和测序结果显示其中3个差异表达片段与G蛋白相关的细胞信号传导系统有关:片段G181代表的鸟苷二磷酸解离抑制因子3(GDI3)、片段G201代表的交集素(ITSN)以及片段C21代表的Ras相关蛋白(Rap1)。结论在实验性脑脓肿早期GDI3、ITSN和Rap1差异表达,推导G蛋白信号系统的激活可能与脑脓肿的发病相关。