hsa-miR-221调控非小细胞肺癌分子网络的生物信息学分析

目的应用生物信息学的方法研究hsa-miR-221在非小细胞肺癌(non-small cell lung carcinoma,NSCLC)中的分子调控网络。方法运用UCSC基因组浏览器、人类miRNA疾病数据库、TF-miRNA结合数据库、miRNA靶基因预测数据库、GeneCards数据库、肺癌相关因子整合数据库和转录因子结合谱数据库等,研究hsa-miR-221上游转录因子、下游靶基因及与其有相互作用的lncRNA的多个调控途径,绘制hsa-miR-221在NSCLC中分子调控网络。利用GEO数据库验证关键基因。结果UCSC数据库显示hsa-miR-221位于X染色体,在多个物种中保守。hsa-miR-221与多种癌症包括NSCLC相关。分析表明hsa-miR-221受6个与NSCLC相关的转录因子如MYC、MYCN等的调控,同时又调控下游基因PTEN、RB1和BCL2等26个基因。另外,lncRNA基因GAS5、HOTAIR和TUG1及其转录因子Snail、n-MYC、ARNT和SOX5等也可能参与调控hsa-miR-221,从而构成一个以hsa-miR-221为核心的调控网络,在NSCLC的发生和发展中起重要作用。通过对GEO数据库hsa-miR-221高表达NSCLC细胞系差异基因分析,最终验证了5个基因。结论用生物信息学的方法预测hsa-miR-221的分子调控网络,为阐明其调控NSCLC的发病机制提供指导。