削偶合今祖法的提出

以低等真核生物的5.8S rRNA为材料进行研究。发现在用今祖法消除了进化速度之差的影响所得到的差异矩阵d＇中,各组理应彼此相等的数值会因核苷酸偶合的影响而成为不等值的。取各组中各自的的最大值作为受偶合的影响最小者,以之对今祖法所得到的分枝型式进行校正,即可得到更为正确的结果。在此基础上提出了对差异矩阵d＇进行最大值成聚以代替原法中的平均值成聚的削偶合今祖法。新法在结果的正确性、稳定性和一致性上都优于原法。

一种考虑到不同物种同源大分子间的偶合关系的新的今祖法

今祖法可以在建立分子进化树时避免由于进化速率的差异而造成的误差。但是在实地应用中发现,在理论上应该存在的一些等式关系往往并不存在,而且在用不同物种的同源大分子作为参证时,往往竟会得到各不相同的结果。作者以前的分析表明,这是由于参证物种与被研究物种同源大分子之间的不同程度的偶合关系所造成的。据此作者提出了一种新方法,以DC′i_(a)i_(b)代替今祖法中所用的d'i_(a)i_(b)来进行成聚分析,在此DC′i_(a)i_(b)=d'i_(a)i_(b)-COi_(a)j-COi_(b)j(j代表参证物种),CO_(ij)则为d'_(ij)与任意选定的一个基准数之差。这样,同时也就避免了参证物种与被研究物种同源大分子之间的偶合关系所造成的混乱。

分子进化研究中的今祖法,其理论基础、存在的问题和解释

在分子进化树的建立上,今祖法(Present-Day Ancestor Method)由于能够避免由于不同进化枝进化速率的不同所造成的错误,对于相距较远的各类群低等生物的进化关系的研究有着特别重要的意义。但是在应用此法于具体的研究时,也遇到了一些令人困惑的带根本性的问题。为此我们对它的理论基础、适用范围和所遇到的问题等等进行了一番认真的考察,并对存在的问题给予了合理的说明。

5S rRNA分子进化的研究

截至目前为止,人们已测出了300余种5SrRNA分子的一级结构。本文在其中选择了具有代表性的脊椎动物、无脊椎动物、原生动物以及植物和细菌等共130个种的5SrRNA一级结构,通过运用分子进化研究中的“今祖法”,在TRS—80型微机上,进行了比较和计算,作出了相应的系统树,并得到了与其它一些研究结果基本一致的结论。同时,讨论了分子进化的研究本身以及“今祖法”在分子进化研究中的问题和局限性。