贵州都匀仙女虾的分子鉴定

2021年9月在贵州省都匀市甲登村一池塘内发现一种仙女虾,采用PCR扩增技术和DNA测序技术对该仙女虾进行鉴定。结果显示,都匀仙女虾COI、16S rRNA基因序列与鹄沼枝额虫(Branchinella kugenumaensis)相似度分别为98.71%、98.96%。结合GenBank中无背甲目部分科物种的同源序列,开展遗传距离和系统发育关系分析,基于COI、16S rRNA基因遗传距离显示,都匀仙女虾与鹄沼枝额虫的遗传距离分别为0.017、0.000。系统发育树显示,都匀仙女虾与鹄沼枝额虫聚在一起形成单支系,COI-based树和16S rRNA-based树的支持率分别为100%和99%。鉴定结果表明,贵州省都匀市甲登村的仙女虾是钗额虫科(Thamnocephalidae)枝额虫属(Branchinella)的鹄沼枝额虫。

云南丘北仙女虾一物种的分子鉴定

为了从分子水平上明确云南丘北仙女虾一物种的具体种类,采用PCR产物直接测序法测定了30个样本的COI基因与18S r DNA基因的部分序列片段(长度分别为658 bp和325 bp)。基于NCBI数据库BLAST相似性比对发现COI基因与18S r DNA基因序列同Streptocephalus sirindhornae相似度最高,分别为96%和100%。序列分析发现COI基因序列中共检测到15个简约信息位点,22个变异位点,8个单倍型;18S r DNA基因序列中只检测到1个简约信息位点,1个变异位点,2个单倍型。此外,结合Gen Bank中无背甲目部分科物种的同源序列,进行遗传距离和系统发育关系分析。结果显示:丘北仙女虾与弯头虫科的S.sirindhornae种间遗传距离为4.3%,属于种内水平;与钗额虫科的Thamnocephalus platyurus种间遗传距离为21.1%,属于种间水平。此外,系统发育树显示:丘北仙女虾与S.sirindhornae聚在一起形成一个单系枝,COI树的支持率为100%,18S r DNA树的支持率为72%。上述结果表明云南丘北仙女虾是弯头虫科的Streptocephalus sirindhornae,而不是钗额虫科的物种。同时,还表明COI基因相比18S r DNA基因更适合用于仙女虾物种的分子鉴定。

红尾仙女虾养殖群体ISSR反应体系建立及遗传多样性分析

针对24尾养殖红尾仙女虾Branchinella thailandensis样本的25μL PCR体系,进行了Mg2+、引物浓度、Taq DNA聚合酶3因素3水平L9(34)正交实验;退火温度范围设置为48~59℃(间隔1℃),优化了ISSR反应体系及筛选的6个多态性和重复性较好的引物,分析了红尾仙女虾养殖群体的遗传多样性。结果共扩增出37个位点,其中32个多态位点,多态位点比率86.49%,Nei's指数和Shannon's指数分别为0.2570和0.3962,表明ISSR分子标记技术能够稳定可靠地应用于红尾仙女虾遗传多样性分析研究;红尾仙女虾养殖群体具有较高的遗传多样性,人工养殖环境对其遗传多样性的影响较小。