探究影响生物代谢物注释准确性的因素

代谢物作为生物体表型指标,在生物体研究中具有重要意义。然而,由于代谢物的结构非常复杂,一个样品可能包含大量具有不同化学结构和浓度的代谢物,因此,对代谢物的研究常常面临较大困难。在代谢组学中,代谢物注释作为一个重要的组成部分能够提供关于生物体的丰富信息,因此代谢物注释的精确性显得至关重要。为了深入了解代谢物注释的影响因素,本研究采用了控制变量法,从加合物列表、分子式列表、P值、皮尔逊系数和保留时间这五个方面对代谢物注释进行了探究。研究结果显示,在应用较小的加合物列表、分子式列表和代谢物数据集时,代谢物注释的准确性高于使用较多的加合物列表、分子式列表和代谢物数据集,从而影响了注释的精确性。相比之下,改变P值、皮尔逊系数和保留时间对代谢物注释准确性的影响较为有限。

基于离子淌度质谱的代谢物碰撞截面积测量方法和数据库研究进展

代谢组学旨在全面系统地分析复杂生物样本中的代谢物。近年来,离子淌度质谱(IM-MS)技术快速发展,为代谢组学分析提供了强大的技术支撑。离子淌度质谱根据代谢物的化学结构进行气相分离,其衍生的碰撞截面积(CCS)可作为一种新的物理化学性质,辅助用于鉴定已知和未知代谢物的化学结构。碰撞截面积在代谢组学中的应用需要确保对其准确测量,同时需要构建高覆盖、高准确的碰撞截面积数据库。本文旨在介绍常见的不同类型商业化离子淌度质谱及其对小分子代谢物碰撞截面积测量和校正的原理,归纳目前可用于代谢组学应用的碰撞截面积数据库,并展望碰撞截面积在代谢组学中的应用。

基于质谱数据的计算代谢组学方法学研究进展

代谢组学旨在对代谢组进行全景的分析,从而发现生物现象或规律.由于代谢物的种类和数量都非常庞大,对代谢组的分析高度依赖于分析仪器和方法.质谱是代谢组分析最有用的工具,超高效液相色谱-高分辨质谱可以从生物样品中获得大量的代谢物离子特征,获得丰富的代谢组信息,但如何对质谱数据进行挖掘和利用仍面临极大的挑战.计算代谢组学可以充分利用质谱采集的数据,结合统计、化学计量学、人工智能等方法实现对代谢组学数据的高效处理和分析,推动代谢组学的发展.本文在给出代谢组数据特点的基础上,综述了数据驱动的计算代谢组学方法学进展,包括特征提取、代谢物的注释和鉴定,并简要介绍了知识辅助的计算代谢组学方法,最后对计算代谢组学方法学下一步的发展进行了展望.