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融合关键反应段特征信息的代谢路径排序方法
1
作者
谢雨丝
卢吉晓
+1 位作者
黄毅然
钟诚
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2023年第8期1672-1679,共8页
针对现有代谢路径预测算法仅以单一代谢反应为特征进行路径排序,难以得到高质量路径预测结果的问题,本文引入代谢路径关键反应段的概念,用以捕捉和度量代谢路径的结构功能特征,为充分利用路径的结构功能特征信息,提出一种融合代谢路径...
针对现有代谢路径预测算法仅以单一代谢反应为特征进行路径排序,难以得到高质量路径预测结果的问题,本文引入代谢路径关键反应段的概念,用以捕捉和度量代谢路径的结构功能特征,为充分利用路径的结构功能特征信息,提出一种融合代谢路径关键反应段的信息熵与互信息对代谢路径进行评分和排序的模型,在此基础上设计一种融合关键反应段特征信息的代谢路径排序方法KPRank.在KEGG代谢数据库上的实验结果表明,本文方法KPRank有效提高了代谢路径预测结果的质量.
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关键词
代谢路径排序
关键反应段
信息熵
互信息
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职称材料
题名
融合关键反应段特征信息的代谢路径排序方法
1
作者
谢雨丝
卢吉晓
黄毅然
钟诚
机构
广西大学计算机与电子信息学院
广西医科大学附属肿瘤医院放疗技术中心
出处
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2023年第8期1672-1679,共8页
基金
国家自然科学基金项目(61862006,61861004)资助
广西自然科学基金项目(2020GXNSFAA159074)资助。
文摘
针对现有代谢路径预测算法仅以单一代谢反应为特征进行路径排序,难以得到高质量路径预测结果的问题,本文引入代谢路径关键反应段的概念,用以捕捉和度量代谢路径的结构功能特征,为充分利用路径的结构功能特征信息,提出一种融合代谢路径关键反应段的信息熵与互信息对代谢路径进行评分和排序的模型,在此基础上设计一种融合关键反应段特征信息的代谢路径排序方法KPRank.在KEGG代谢数据库上的实验结果表明,本文方法KPRank有效提高了代谢路径预测结果的质量.
关键词
代谢路径排序
关键反应段
信息熵
互信息
Keywords
metabolic pathway sorting
key reaction set
information entropy
mutual information
分类号
TP393 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
融合关键反应段特征信息的代谢路径排序方法
谢雨丝
卢吉晓
黄毅然
钟诚
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2023
0
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参考文献
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