普通烟草CCCH类锌指蛋白家族的全基因组鉴定和表达分析

为了解烟草CCCH类锌指蛋白家族特性,利用拟南芥CCCH类锌指蛋白结构域比对烟草基因组数据库,共鉴定到86个CCCH类锌指蛋白基因家族成员,并对其进行蛋白质理化性质、系统进化、染色体分布、基序、启动子顺式作用元件、基因表达模式分析以及对激素的响应分析。结果显示,烟草CCCH类锌指蛋白家族86个基因中37个成员分布在17条不同的染色体上;基序分析显示,该家族所有成员均含有C-X_(7/8)-C-X_(5)-C_(3)-H基序,除此之外,在烟草中也发现了一些新的CCCH基序,如C-X_(6)-C-X_(4)-C-X_(3)-H等;系统进化树显示,86个CCCH类锌指蛋白中的51个成员分为9个亚家族;启动子分析表明,NtC3H-39基因含有多个应激响应元件和激素响应元件。基因表达模式和激素响应分析表明,NtC3H-39具有明显的组织表达特异性,并对激素和干旱胁迫具有明显响应。

异染色质相关蛋白TRIM28调控锌指蛋白和原钙黏蛋白家族基因的转录

目的TRIM28是一种异染色质相关蛋白,通过和SETDB1、HP1相互作用参与H3K9me3修饰的建立,本文旨在更深入地研究TRIM28的相关功能。方法本文利用CRISPR/Cas9技术、染色质免疫共沉淀技术、免疫印迹技术和实时荧光定量PCR技术,建立HEK293F Trim28基因敲除细胞系,分析一系列实验数据结果。结果Trim28主要抑制内源表达水平较低的基因转录,进一步分析发现Trim28调控锌指蛋白家族基因和原钙黏蛋白β家族基因的转录。在Trim28敲除细胞系中,锌指蛋白家族基因H3K27ac修饰、H3K4me1修饰和H3K4me3修饰都显著上升,H3K9me3修饰下降。原钙黏蛋白β家族基因的H3K4me3修饰显著上升,H3K9me3修饰下降。结论这些结果提示TRIM28通过改变染色质的开放程度调控锌指蛋白和原钙黏蛋白β家族基因的转录,为更深入研究TRIM28的功能提供了新的思路。

甲状腺癌患者组织及手术前后血清中NR3C2和ZEB1表达水平及其与预后价值研究

目的探讨核受体亚家族3C组成员2(nuclear receptor subfamily 3,group C,member 2,NR3C2)和E盒结合锌指蛋白1(E-box-bindingzincfingerprotein1,ZEB1)在甲状腺癌组织中的表达差异及手术前后血清NR3C2mRNA和ZEB1 mRNA的相对表达水平,分析其与患者预后的关系。方法选取2018年3月~2019年5月在邹城市人民医院进行手术治疗的85例甲状腺癌患者的癌组织和癌旁组织(距癌组织>3cm)样本,采用免疫组织化学法(ICC)检测癌组织和癌旁组织中NR3C2和ZEB1的表达;分别收集甲状腺癌患者(实验组)手术前、术后1周、术后1个月的血清样本,以及同期到该院体检的30例健康者(对照组)的血清样本,采用实时荧光定量PCR检测NR3C2 mRNA和ZEB1 mRNA相对表达水平;分析NR3C2mRNA和ZEB1mRNA相对表达水平与临床病理特征的关系;术前NR3C2和ZEB1表达水平与甲状腺癌患者三年生存率的关系用Kaplan-Meier法分析,采用对数秩检验进行组间生存曲线差异分析;采用多因素COX回归分析甲状腺癌患者预后影响因素。结果免疫组织化学法观察显示,癌组织中NR3C2阳性表达率(36.47%)低于癌旁组织(72.94%),癌组织中ZEB1阳性表达率(67.06%)高于癌旁组织(30.59%),差异具有统计学意义(χ^(2)=22.814,22.624,均P<0.001);实验组术前血清NR3C2 mRNA表达水平(0.55±0.14)低于对照组表达水平(0.97±0.22),术前、术后1周和术后1个月血清NR3C2mRNA表达水平(0.55±0.14,0.69±0.15,0.89±0.19)依次升高,差异具有统计学意义(t=12.038,F=95.217,P<0.001);实验组术前ZEB1 mRNA表达水平(1.88±0.28)高于对照组表达水平(1.02±0.41),术前、术后1周、术后1个月血清ZEB1mRNA表达水平(1.88±0.28,1.43±0.32,1.15±0.29)依次降低,差异具有统计学意义(t=12.716,F=130.564,P<0.001);甲状腺癌患者血清NR3C2 mRNA表达和ZEB1mRNA表达水平与TNM分期、淋巴结转移、分化程度和包膜浸润有关(t=2.449,2.081,3.938,2.212;2.013,2.348,2.029,2.096,均P<0.05);NR3C2 mRNA高表达组三年生存率(86.00%)显著高于低表达组(40.00%),ZEB1 mRNA高表达组三年生存率(35.29%)显著低于低表达组(88.24%),差异均有统计学意义(χ^(2)=4.168,5.593,均P<0.05);多因素COX回归分析显示,TNM分期、淋巴结转移、包膜浸润、NR3C2 mRNA和ZEB1 mRNA均为甲状腺癌患者预后影响因素(P<0.05)。结论甲状腺癌组织和血清中NR3C2表达下调,ZEB1表达上调,NR3C2和ZEB1表达水平影响患者预后生存率,对甲状腺癌患者预后评估具有重要意义。

NSCLC癌组织中DCLK1、Caspase-3和GLI3蛋白表达情况与淋巴结转移和预后的相关性

目的研究非小细胞肺癌(NSCLC)癌组织中双肾上腺素样激酶1(DCLK1)、半胱氨酸蛋白酶-3(Caspase-3)和GLI家族锌指蛋白3(GLI3)表达情况与其淋巴结转移和预后的相关性。方法以2016年2月至2017年3月该院诊治的NSCLC患者60例作为研究对象,均予以安罗替尼靶向治疗3个月后随访3年,根据患者是否死亡将其分为死亡组和生存组,所有患者均进行肺部活检,取患者的癌组织以及癌旁组织,比较癌组织以及癌旁组织DCLK1、Caspase-3和GLI3蛋白表达情况的差异;比较不同病理状态、不同预后的患者癌组织DCLK1、Caspase-3和GLI3蛋白表达情况的差异,分析不良预后以及肿瘤淋巴结转移与癌组织中DCLK1、Caspase-3和GLI3蛋白表达的相关性。结果癌组织的Caspase-3和GLI3蛋白高表达比例显著高于癌旁组织,DCLK1蛋白的高表达比例显著低于癌旁组织,差异均有统计学意义(P<0.05);不同性别、年龄、TNM分期患者癌组织中DCLK1、Caspase-3和GLI3蛋白表达情况的差异均无统计学意义(P>0.05);腺癌患者癌组织中的Caspase-3和GLI3蛋白高表达比例显著高于鳞癌患者,DCLK1蛋白高表达比例显著低于鳞癌患者,差异均有统计学意义(P<0.05);有淋巴结转移的患者癌组织中的Caspase-3和GLI3蛋白高表达比例显著高于无淋巴结转移的患者,DCLK1蛋白高表达比例显著低于无淋巴结转移的患者,差异均有统计学意义(P<0.05);相关性分析显示,NSCLC的淋巴结转移以及不良预后分别与癌组织中Caspase-3(r=0.459、0.767,P<0.05)和GLI3蛋白表达(r=0.334、0.456,P<0.05)呈正相关,与DCLK1蛋白表达呈负相关(r=-0.553、-0.877,P<0.05)。结论NSCLC的淋巴结转移以及不良预后分别与癌组织中Caspase-3和GLI3蛋白表达呈正相关,与DCLK1蛋白表达呈负相关,可指导NSCLC的临床诊断。

miR-103a-3p、FEZF1在结直肠癌组织中的表达及其预后相关性

研究 microRNA (miR-103a-3p)和FEZF1在大肠癌(CRC)中的表达,并分析它们与患者的预后相关性。方法 从2017年2月至2023年2月,对99例结直肠癌病人的癌周和癌周组织进行了观察。采用qRT-PCR方法,测定miR-103a-3p和FEZF1的 mRNA表达。探讨miR-103a-3p和FEZF1在结直肠癌中的表达量及其与肿瘤发生、发展的相关性;应用皮尔逊方法,对结直肠癌病人的肿瘤组织中miR-103a-3p和FEZF1的 mRNA进行了关联分析;应用Kaplan-Meier生存曲线,研究miR-103a-3p和FEZF1在结直肠癌中的表达与病人的预后之间的相关性;对结直肠癌病人的预后进行多变量多项式回归分析。结果结直肠癌病人的癌组织中miR-103a-3p的表达量较癌旁组织中miR-103a-3p的表达量显著降低(P<0.05);在结直肠癌中,miR-103a-3p和FEZF1的 mRNA在结直肠癌中的表达量与 TNM分期、淋巴结转移和癌变程度呈正相关(P<0.05);结直肠癌组织中miR-103a-3p的表达与FEZF1的 mRNA的表达之间存在显著的负相关(P<0.05);与miR-103a-3p高表达组和FEZF1 mRNA高表达组相比,miR-103a-3p低表达组和FEZF1 mRNA高表达组明显提高(P<0.05);我们前期研究发现,miR-103a-3p和FEZF1 mRNA分别与结直肠癌病人的预后相关(P<0.05)和结直肠癌病人的预后相关(P<0.05)。结论 在结直肠癌中,miR-103a-3p和FEZF1在结直肠癌中的表达明显增高,而FEZF1在结直肠癌中的表达明显下降,二者在结直肠癌的进展中起着重要作用,并与病人的预后密切相关。

隔药饼灸调节大鼠免疫抑制机制的转录组测序分析

背景:免疫抑制会导致机体免疫功能受损,加重病情。隔药饼灸能有效调节机体免疫功能,提高机体免疫力,但其调节机制目前仍不清楚。目的:基于转录组学的生物信息学技术对隔药饼灸干预的免疫抑制模型大鼠进行测序,探究隔药饼灸调控免疫的机制。方法:将24只SD大鼠随机分为空白组、模型组和隔药饼灸组,每组8只,模型组与隔药饼灸组采用腹腔注射环磷酰胺制备免疫抑制模型,35 mg/kg,连续3 d,造模结束后空白组与模型组不做干预,隔药饼灸组在大鼠中脘、神阙、关元及足三里穴位进行艾炷与药饼结合的隔药饼灸干预,连续10 d,1次/d,干预结束后次日取材。取各组大鼠外周血进行白细胞数量检测;采用Illumina测序平台进行RNA-seq,筛选差异基因,结合GO与KEGG数据库,对差异基因进行生物信息学相关分析。结果与结论:①与空白组比较,模型组白细胞数量显著减少(P<0.001)。②RNA-seq共筛选出模型组与空白组间差异基因3026个,其中1565个上调、1461个下调,隔药饼灸组与模型组间差异基因535个,其中280个上调、255个下调。③韦恩图分析获得模型组与空白组159个下调基因经隔药饼灸干预后上调,蛋白互作网络分析获得Oasl,Oas2,Isg15,Herc6,Mx2,Helz2,Mx1,Syk,Hspa1a及Ret等10个核心靶点;④GO与KEGG分析隔药饼灸调节机体的机制有免疫应答途径、病毒相关、血管新生和自身免疫系统等通路。⑤上述结果证实,实验筛选出隔药饼灸干预免疫抑制与Oasl,Oas2,Isg15,Herc6,Mx2,Helz2及Mx1靶点有明显关联,并且在免疫应答、病毒相关及血管新生等通路中发挥调控作用。

敲减FEZF1-AS1通过阻断JAK2/STAT3通路抑制食管鳞状细胞癌细胞的侵袭和迁移

目的探讨长链非编码RNA Fez家族锌指蛋白1反义核糖核酸1(FEZF1-AS1)与食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞侵袭、迁移以及与Janus激酶2/信号转导子和转录激活子3(JAK2/STAT3)信号通路的关系。方法用实时定量PCR检测ESCC的癌组织和ESCC细胞系中FEZF1-AS1的表达;构建敲减FEZF1-AS1的慢病毒表达载体,敲减KYSE150、KYSE510细胞的FEZF1-AS1后,流式细胞术检测细胞周期的变化,集落形成实验检测细胞增殖能力,TranswellTM侵袭实验检测细胞侵袭能力,TranswellTM迁移和划痕实验检测细胞迁移能力,Western blot法检测JAK2和磷酸化的STAT3(p-STAT3)蛋白水平。结果在ESCC的癌组织FEZF1-AS1高表达;与正常食管鳞状上皮细胞相比,KYSE150、KYSE510细胞FEZF1-AS1表达高;敲减FEZF1-AS1表达后,ESCC癌细胞的细胞周期和增殖无明显变化,但明显抑制细胞的侵袭和迁移,且JAK2蛋白水平降低,p-STAT3蛋白水平增加。结论敲减FEZF1-AS1阻断JAK2/STAT3通路抑制ESCC细胞的侵袭和迁移。

IKZF3基因单核苷酸多态性与儿童急性淋巴细胞白血病的相关性研究

目的探讨IKZF3基因单核苷酸多态性(SNP)与儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)的相关性。方法选取2018年9月至2021年2月于本院及广东省妇幼保健院接受治疗的78例ALL患儿作为观察组,另选本院同期健康体检的80名儿童作为对照组,采集两组外周血样本进行IKZF3基因SNP位点rs2952144 C>T与rs4795395 T>A基因分型检测,比较两组IKZF3基因SNP位点rs2952144 C>T与rs4795395 T>A基因分型分布情况及分析其与ALL相关性。结果两组IKZF3基因SNP位点rs2952144与rs4795395基因型基因频率分布均符合HWE定律,达到遗传平衡;两组IKZF3基因SNP位点rs2952144基因型TT、CT、CC频率分布与等位基因T、C频率分布比较差异有统计学意义(P<0.05),观察组TT、CT基因型及T等位基因比例高于对照组;两组IKZF3基因SNP位点rs4795395基因型TT、TA、AA频率分布及等位基因T、A频率分布比较差异无统计学意义;IKZF3基因SNP位点rs2952144基因型及等位基因分布情况与ALL具有一定相关性(P<0.05),IKZF3基因SNP位点rs4795395基因型及等位基因分布情况与ALL无相关性。结论IKZF3基因SNP位点rs2952144基因型及等位基因分布情况与儿童ALL发病情况具有相关性,位点rs2952144中TT与CT基因型增加、等位基因T占比上升会增加儿童患ALL疾病风险。

miR-103a-3p、FEZF1在结直肠癌组织中的表达及其预后相关性

探讨微小RNA-103a-3p(miR-103a-3p)、Fez家族锌指蛋白1(FEZF1)在结直肠癌(CRC)组织中的表达水平及其与预后的关系。方法:选取2015年2月~2017年2月诊治的99例CRC患者的癌组织及其癌旁正常组织进行研究。利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测miR-103a-3p、FEZF1 mRNA表达水平;分析CRC患者癌组织miR-103a-3p、FEZF1 mRNA表达水平与临床病理特征的关系;Pearson法分析CRC患者癌组织miR-103a-3p表达水平与FEZF1 mRNA的相关性;采用Kaplan-Meier生存曲线分析癌组织miR-103a-3p、FEZF1 mRNA表达水平与CRC患者预后的关系;COX回归分析CRC患者预后的影响因素。结果:CRC患者癌组织miR-103a-3p表达水平明显高于癌旁正常组织(P<0.05),FEZF1 mRNA表达水平明显低于癌旁正常组织(P<0.05);CRC患者癌组织miR-103a-3p、FEZF1 mRNA表达水平与CRC患者TNM分期、淋巴结转移及肿瘤分化程度相关(P<0.05);CRC患者癌组织miR-103a-3p表达水平与FEZF1 mRNA表达水平呈负相关(P<0.05);miR-103a-3p低表达组、FEZF1 mRNA高表达组CRC患者术后36个月生存率显著高于miR-103a-3p高表达组、FEZF1 mRNA低表达组(P<0.05);miR-103a-3p是影响CRC患者预后的独立危险因素(P<0.05),FEZF1 mRNA是影响CRC患者预后的独立保护因素(P<0.05)。结论:CRC患者癌组织miR-103a-3p表达水平升高,FEZF1 mRNA表达水平降低,miR-103a-3p与FEZF1可能相互作用共同影响CRC发生发展,且两者均与CRC患者预后有关。

来那度胺诱导多发性骨髓瘤细胞凋亡机制

目的探讨来那度胺通过降解转录因子伊卡洛斯家族锌指蛋白(Ikaros family zinc finger,IKZF)1、IKZF3诱导多发性骨髓瘤细胞凋亡的机制。方法对数生长期人源多发性骨髓瘤细胞株RPMI 8226细胞分为0μmol/L组、1μmol/L组、2.5μmol/L组、5μmol/L组、10μmol/L组、20μmol/L组,分别添加浓度为0、1、2.5、5、10、20μmol/L来那度胺至细胞培养基中,培养24h后采用台盼蓝染色法测定各组细胞活力,采用流式细胞术检测各组细胞凋亡情况,应用实时PCR检测各组细胞CRBN mRNA表达水平,采用ELISA法检测各组细胞内IKZF1、IKZF3、干扰素调节因子4(interferon regulatory factor 4,IRF4)、白细胞介素-2(interleukin-2,IL-2)蛋白表达水平。结果 0μmol/L组、1μmol/L组、2.5μmol/L组、5μmol/L组、10μmol/L组、20μmol/L组的RPMI 8226细胞生存率[(100.00±0.00)%、(98.25±0.63)%、(80.02±2.37)%、(57.24±4.55)%、(22.86±4.13)%、(18.41±3.06)%]依次降低,细胞凋亡率[0、(1.88±0.21)%、(18.64±3.50)%、(41.04±5.62)%、(70.49±10.11)%、(79.70±12.35)%]依次升高,CRBN mRNA上调倍数(0、0.68±0.11、1.35±0.24、2.23±0.30、2.99±0.35、3.21±0.38)依次升高,IKZF1[(36.75±3.04)、(33.18±3.11)、(30.55±3.84)、(28.71±2.18)、(25.60±2.05)、(20.44±1.84)μg/L]、IKZF3[(41.04±3.13)、(38.26±3.45)、(33.60±3.02)、(30.58±2.87)、(22.03±2.22)、(19.66±2.15)μg/L]、IRF4[(12.30±1.65)、(11.66±1.33)、(10.24±0.87)、(8.35±1.21)、(6.04±1.03)、(5.74±1.00)μg/L]和IL-2[(8.63±1.21)、(8.02±1.15)、(6.80±0.96)、(5.34±0.69)、(4.87±0.52)、(4.22±0.37)μg/L]水平依次降低,组间比较差异均有统计学意义(P<0.05)。结论来那度胺可调节CRL4-CRBN复合物的活性,增加转录因子IKZF1和IKZF3的泛素化,降低IKZF1和IKZF3蛋白活性,下调IRF4、IL-2蛋白表达水平,最终诱导多发性骨髓瘤细胞凋亡。