武夷山不同类型森林土壤细菌、丝状真菌优势菌属的初步研究

本文对武夷山不同类型森林土壤优势细菌、丝状真菌属的生态分布进行了初步研究。结果表明：不同类型森林土壤或同一种类型森林土壤剖面的不同层次，均有其特殊和优势的异养细菌、丝状真菌。大致是“肥沃”的生境（或小生境）即适宜土壤异养微生物繁殖的环境，优势菌属种类多、密度也大。从而进一步揭示了生物与环境的相互作用和统一性，为自然保护区管理和开发提供了理论依据。

华北地区水产用光合细菌液体制剂的优势菌属分析

为了解目前水产用光合细菌液体制剂优势菌属的实际情况,从华北地区养殖户和水产动保产品销售商处采集了12种典型菌剂,运用16S高通量测序分析菌群组成,去除非光合细菌数据,进而统计光合细菌的百分构成比。结果显示,水产用光合细菌液体制剂中最常见的菌属是紫硫细菌的外硫红螺菌,而不是紫非硫细菌的红假单胞菌。生产厂家、管理机构和研究人员应根据光合细菌制剂菌种的实际情况开展相应的工作。

基于高通量测序分析年糕菌群结构和优势菌属

结合宏基因组DNA进行高通量测序,分析新鲜年糕菌群结构和优势菌属。使用Usearch等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTU)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性,获得了用于分析的有效序列25 896条,OTU数为81。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。年糕样品的Chao1指数为90.23,Shannon多样性指数为1.80。基于OTU的物种分类分析,年糕内生细菌种类覆盖29个属8个纲5个门,其中年糕内生细菌优势菌属为玫瑰色半光合菌属(Roseateles,36.75%)、芽胞杆菌属(Bacillus,24.38%)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.36%)。

不同储藏年限稻谷真菌群落多样性与优势菌属探究

为有效防控储藏稻谷霉变,确保稻谷在储藏期的品质与安全,本研究先后对同一粮库点新入库、储藏1年、储藏2年及储藏3年稻谷样品进行了采集,并对其真菌群落多样性进行了探究。通过Illumina MiSeq序列分析法,探究了不同储藏年限稻谷的真菌群落多样性,优势菌属以及真菌群落随储藏年限增加的演变规律。结果发现新入库储藏稻谷的真菌群落多样性远大于储藏期稻谷。此外,储藏稻谷的优势菌属包括假丝酵母菌属(Gibberella),曲霉属(Aspergillus),帚枝霉属(Sarocladium),枝孢霉属(Cladosporium),链格孢属(Alternaria)和青霉属(Penicillium)等。储藏年限不同,对应的优势菌属不同,其中曲霉属均是储藏期稻谷的优势菌属之一。

紫花苜蓿根际土壤真菌和不同部位内生真菌的菌群组成及多样性分析

采用ITS扩增子测序技术分析紫花苜蓿根、茎、叶内生真菌及根际土壤真菌的群落组成、内生真菌核心属、Alpha和Beta多样性及真菌群落相关性,结果表明紫花苜蓿根、茎、叶内生真菌和根际土壤真菌分属于13门、176科、348属、498种,不同部位真菌群落组成和多样性有一定差异。其中,根际土壤真菌类群最丰富,Alpha多样性分析表明,其ACE指数、Chao指数和Shannon指数显著高于植株各组织,Simpson指数则显著低于各组织部位,优势真菌属为赤霉菌属(Gibberella)、亚隔孢壳科未分类属(unclassified_f_Didymellaceae)、被孢霉属(Mortierella)、白僵菌属(Beauveria)和Lectera;Beta多样性分析表明,紫花苜蓿根际土壤真菌与不同部位内生真菌群落组成差异显著。属水平上,根系的优势内生真菌属为亚隔孢壳科未分类属、枝孢属(Cladosporium)、线黑粉酵母属(Filobasidium)、Titaea及双足囊菌科未分类属(unclassified_f_Dipodascaceae);茎的优势内生真菌属为线黑粉酵母属、亚隔孢壳科未分类属、壳二孢属(Ascochyta)、维希尼克氏酵母(Vishniacozyma)和枝孢属;叶的优势内生真菌为亚隔孢壳科未分类属、壳二孢属、线黑粉酵母属、Apiotrichum和枝孢属。紫花苜蓿根、茎、叶内生真菌核心菌属以亚隔孢壳科未分类属、线黑粉酵母属、枝孢属、壳二孢属、Apiotrichum及维希尼克氏酵母为主。部分真菌可由根际土壤进入根系定殖然后向上迁移,不同部位内生真菌及根际土壤真菌菌属间具有显著的相互作用,以正相关关系为主导,占66.56%。

基于高通量测序的黄羽肉鸡屠宰过程中菌群多样性分析

利用传统培养和高通量测序技术分析黄羽肉鸡打毛、净膛、预冷和包装屠宰过程中鸡胴体表面和预冷水的微生物污染情况。结果表明:经打毛、净膛和预冷后的鸡胴体菌落总数分别为4.82、5.03、4.68(lg(CFU/g)),说明该屠宰工艺未起到较好的减菌效果,宰后胴体微生物污染严重;高通量测序技术分析发现,肉鸡屠宰加工过程中的胴体表面和预冷水的优势腐败菌在属水平上为莫拉氏菌属、假单胞菌属、葡萄球菌属、乳杆菌属、巨大球菌属、嗜冷杆菌属和不动杆菌属等。主成分分析表明,一阶、二阶预冷水、预冷后鸡胴体及包装后鸡胴体相距较近,差异性不大,但与打毛鸡胴体和净膛后鸡胴体2组样品有较大差异,说明预冷水中的污染菌组成决定了宰后胴体的污染菌种类。本研究说明不同屠宰流程后的黄羽肉鸡胴体污染菌的组成与丰度存在差异,需针对不同屠宰流程特性采取对应的控制手段保障黄羽肉鸡制品的质量与安全。

Wistar大鼠口腔优势菌的初步检测

本文选取Ｗｉｓｔａｒ大鼠作为实验对象，从微生态学角度初步探索了大鼠口腔菌群的测定技术。文中探讨了大鼠活体取菌方法，初步确立口腔优势菌属，摸索出以纸片法取菌滴种培养基的最佳稀释度及四种口腔优势菌定量检测结果，为开展口腔微生态学的研究提供一定参考。

北京城市空气细菌群落结构与动态变化特征

在北京市选择3个典型的功能区，通过定点系统取样，运用BIOLOG鉴定技术，着重研究了北京城市空气细菌的群落结构与动态变化特征。结果表明：北京市空气中革兰氏阳性菌明显多于革兰氏阴性菌，约占80％～85％，其中阳性球菌占总数的50％～55％。不同功能区共发现47属空气细菌，其中革兰氏阳性菌31属，革兰氏阴性菌16属。优势菌属依次为微球菌属（Micrococcus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、棒杆菌属（Corynebacterium）和假单胞菌属（Pseudomonas），它们总和约占50％。在优势菌属中，微球菌属约占总数的20％～30％，是北京市空气中比例最大的菌属，假单胞菌属约占2．5％～5．0％。文教区和交通干线细菌浓度明显高于公园绿地（P〈0．01）；并且文教区和交通干线空气细菌浓度四季变化特征显著，夏季和秋季较高，春季和冬季较低，公园绿地空气细菌浓度四季没有显著差异；3个功能区13：00时的细菌浓度明显低于9：00时和17：00。

北京市室外空气真菌分布特征

通过定点取样研究北京市空气真菌的种类组成,浓度特征及其动态变化规律.监测结果表明,北京市空气真菌平均浓度为(1164.8±73.2)CFU·m-3,浓度变异很大,变化范围为23.6～13959.5CFU·m-3.空气中优势真菌为枝孢属(Cladosporium)、青霉属(Penicillium)、链格孢属(Alternaria)、曲霉属(Aspergillus)和无孢菌(non-sporing),其中枝孢属是绝对优势真菌,浓度约占真菌总浓度的1/3以上.文教区和公园绿地空气真菌浓度夏季和秋季较高,春季和秋季较低,而交通干线空气真菌浓度4季变化趋势不明显.文教区和公园绿地空气真菌浓度明显高于交通干线(p＜0.05),文教区和公园绿地之间则没有显著差异.

合肥城区空气真菌浓度的时空分布特征

研究空气真菌群落结构和分布特征可为制定空气真菌污染防治对策和环境治理提供科学依据。我们于2005年7月至2006年6月,采用仪器采样法分别在居住区、交通干线、中心商业区、公园绿地4个功能区对合肥城区空气中的真菌进行了监测。结果表明,合肥城区空气已受到不同程度的真菌污染。城区空气中共分离得到真菌35个属,优势属为曲霉属(Aspergillus)、青霉属(Penicillium)、毛霉属(Mucor)、根霉属(Rhizopus)、木霉属(Trichoderma)。空气真菌平均浓度为2,744CFU/m3,真菌浓度在居住区、中心商业区、公园绿地3个功能区由早、中、晚逐渐升高;在交通干线中午较高、早晚较低。空气真菌浓度的季节变化在居住区和交通干线不明显,而在中心商业区和公园绿地表现为春秋季较高,夏冬季较低。空气真菌浓度的全年变化在居住区和交通干线不明显,而在中心商业区的4月与10月、公园绿地的4月与9月,空气真菌浓度显著高于全年其他月份。空气真菌浓度分布的时空特征不仅与环境因素、大气污染等因素有关,还受到人类活动和植被等因素的影响。

短期玉米秸秆还田对冷凉地区土壤真菌多样性的影响

在玉米吐丝期,利用传统涂布平板法和高通量测序技术,设置常规秸秆不还田(CK)、秸秆深翻还田(SF)和秸秆旋耕还田(XG)3个处理,研究0~10 cm、10~20 cm和20~30 cm土层真菌群落丰富度、多样性和群落结构变化,揭示冷凉地区玉米秸秆还田真菌群落结构及其差异。结果表明:冷凉地区玉米秸秆还田对土壤真菌多样性的影响较大,秸秆还田土壤中可培养真菌数为SF>XG>CK;秸秆还田后土壤真菌优势菌群发生变化,CK优势菌为马拉色氏霉菌属、被孢霉属和葡萄孢属,XG优势菌为被孢霉属;XG和SF表层土壤中耐冷酵母菌属和被孢霉属是优势菌;SF处理20~30 cm土层优势菌为葡萄孢属。真菌菌群Alpha多样性、群落组成丰度、RDA(Redundancy analysis)和菌群相似性综合分析可知,SF和XG 0~20 cm土层菌群差异小;SF和XG均能增加10~30 cm土层真菌群落丰度。

土壤氨氧化细菌对大气CO_2浓度增高的响应

利用FACE(free aircarbondioxideenrichment,开放式空气CO2浓度增高)试验平台,研究大气CO2浓度增高对土壤氨氧化细菌的数量、优势菌群及其硝化活性的影响。结果表明,大气CO2浓度增高时,土壤氨氧化细菌的数量在常氮水平上趋于减少,而在高氮水平上与对照没有差异。大气CO2浓度增高对土壤氨氧化细菌的优势菌群也产生明显影响。CO2浓度增高条件下,亚硝化球菌(Nitrosococcussp )和亚硝化弧菌(Nitrosovibriosp )是优势菌属;而在对照条件下,亚硝化单胞菌(Nitrosomonassp )和亚硝化球菌(Nitrosococcussp )是优势菌属。另外,CO2浓度增高条件下优势菌株的硝化活性也有不同程度的减弱。

城市室内外空气真菌群落及影响因素研究进展

空气中绝大多数真菌与人类的健康及生产活动密切相关,当空气真菌孢子进入人体之后,会对身体造成严重的危害,引发各类疾病,全面了解城市空气真菌群落特征对于保护城市环境,控制城市疾病的发生具有重要的意义。城市绿化植物是空气真菌主要的来源之一,因此研究城市空气真菌群落与绿化植物之间的关系可为城市绿化植物选择、树种配置和管理方式提供科学的指导。通过系统的文献调研,分析了城市室内外空气真菌的群落特征,探讨了城市真菌群落与各种环境因素之间的关系。结果表明,除北极外,各地空气真菌的优势菌属均为枝孢属(Cladosporium),链格孢属(Alternaria)和青霉属(Penicillium);一年中城市空气真菌浓度夏季高,冬季低;它主要受到空气温度、湿度、风速风向、降雨等气象因素的影响。室内空气真菌的群落组成和数量特征及其动态变化都与城市室外空气真菌保持相对一致。但由于受室内特殊环境因素如房屋通风状况、卫生条件、房子结构及室内拥有者行为活动等的影响,室内空气真菌的优势菌属和浓度特征与室外真菌具有不同的特点。室内真菌总浓度高于室外,并以枝孢属和青霉属为优势菌属,适当的自然通风或使用空调等通风系统能有效降低室内空气真菌的浓度。文中最后指出了城市空气真菌将来的主要研究方向与迫切需要解决的科学问题。

芽孢杆菌活性污泥的好氧反硝化特性

为验证芽孢杆菌在活性污泥混合菌体系中的好氧反硝化效果,以添加芽孢杆菌纯菌的活性污泥(以下称芽孢杆菌活性污泥)为研究主体,经过培养驯化,发现在好氧条件下有较高的脱氮率.研究该污泥在不同氮源(硝酸钠和亚硝酸钠)、溶解氧质量浓度在0.6~2.5 mg/L条件下的好氧反硝化特性,并进行反应动力学分析.实验表明,芽孢杆菌活性污泥具有好氧反硝化特性,在好氧条件下只能还原亚硝态氮而不能还原硝态氮,好氧反硝化效果随着溶解氧质量浓度的升高而降低.在缺氧段芽孢杆菌活性污泥反硝化速率为12.45 mg/(g·h)(以亚硝态计),在好氧段最大好氧反硝化速率可达缺氧段的50%,并且随着溶解氧质量浓度的升高而降低.

贮藏温度对即食小龙虾品质及微生物菌群多样性的影响

先通过测定理化指标确定即食小龙虾货架期,再分别从4,25℃两种贮藏温度下中、末期的样品中提取即食小龙虾总DNA,通过高通量测序技术探究贮藏期间其微生物菌群变化。结果表明:随贮藏时间的延长,物种多样性逐渐降低;4℃贮藏条件下,末期优势菌群为海洋杆菌属(Oceanobacillus,81.522%)和希瓦氏菌属(Shewanella,3.625%);25℃贮藏条件下,末期优势菌群为哈撒韦氏菌属(Hathewaya,78.700%)、芽孢杆菌属(Bacillus,12.380%)和狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto,8.707%)。

2型糖尿病患者肠道菌群变化及意义

目的探讨2型糖尿病(T2DM)患者肠道菌群变化的临床意义。方法选取8例T2DM患者与10例体检健康者,提取其粪便基因组DNA,应用菌属16S rRNA V4序列特异性引物,采用高通量测序技术分析肠道菌群多样性(以香农多样性指数表示)及种类(以丰度表示)。观察不同性别T2DM患者的肠道菌群种类差异,分析T2DM患者肠道优势菌属与空腹血糖(FPG)、餐后1 h血糖(1 h PG)和餐后2 h血糖(2 h PG)的关系。结果 T2DM患者与体检健康者香农多样性指数分别为3.70±0.29、3.30±0.20,二者比较P>0.05。门水平下T2DM患者和体检健康者的肠道共同优势菌门为厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和放线菌门,二者上述4种优势菌门丰度比较差异均无统计学意义(P均>0.05)。属水平下T2DM患者和体检健康者的肠道共同优势菌属为拟杆菌属和毛螺杆菌科,体检健康者罗斯氏菌属丰度高于T2DM患者(P<0.05)。女性T2DM患者拟杆菌属科丰度高于男性患者,假单胞菌属丰度低于男性患者(P均<0.05)。T2DM患者柔嫩梭菌属丰度与2 h PG呈正相关(r=0.75,P<0.05),其他肠道优势菌属与FPG、1 h PG、2 h PG均无关(P均>0.05)。结论 T2DM患者肠道内存在菌群失调,并具有性别差异;柔嫩梭菌属与血糖水平有关,可为T2DM的治疗提供一种新的思路。

饮用水中剑水蚤体表携带细菌机制研究

研究我国饮用水中剑水蚤体表携带细菌的来源,其细菌种属、优势菌属与自然水体中细菌种属、优势菌属的区别,以及细菌在剑水蚤体表分布的情况。结果表明:剑水蚤体表细菌主要来源于自然水体,其细菌种属与自然水体中的细菌种属相似度高达74.8%,而剑水蚤体表细菌的优势菌属与自然水体中细菌的优势菌属存在的差别较小;自然水体中的优势菌属在剑水蚤体表不一定是优势菌属;自然水体中自由细菌数量上比剑水蚤体表携带的细菌多。利用绿色荧光蛋白标记技术,发现标记绿色荧光蛋白的大肠杆菌在剑水蚤体表分布不均匀,细菌主要聚集在剑水蚤足部、尾部等长有刚毛的部位,剑水蚤背部与腹部关节部位也附着部分细菌,雌性剑水蚤的卵囊是细菌的重要载体。

冰鲜鸡预冷过程中微生物菌群多样性动态分析

为了对肉鸡屠宰预冷过程中预冷水、鸡胴体的微生物群落结构进行动态分析,研究二者优势菌群的消长规律。本文对第一批屠宰鸡通过预冷水0、2、4、6、8 h时预冷池中一阶、二阶预冷水以及鸡胴体进行菌落总数(TVC)检测,然后采用高通量测序的方法对二者的群落结构进行动态分析。菌落总数测定结果表明:在预冷过程中,一阶预冷水菌落总数由10;CFU/mL增长到10;CFU/mL,二阶预冷水菌落总数由10;CFU/mL增长到10;CFU/mL,在预冷前,鸡胴体的菌落总数为4.53 lg CFU/g,经预冷后在6~8 h内,鸡胴体表面菌落总数高于预冷前,说明预冷水已经失去了清洗减菌的作用,还可能会对鸡胴体造成交叉污染。高通量测序发现:在预冷过程中,一阶预冷水中气单胞菌属减少,假单胞菌属、链球菌属增加;二阶预冷水的不动杆菌属减少,假单胞菌属增加;与预冷前相比,预冷过程中鸡胴体的魏斯氏菌和漫球菌属减少,金黄杆菌属和假单胞菌属增加。本研究表明预冷后期预冷水失去减菌作用,对鸡胴体造成污染,预冷工艺主要对气单胞菌属、魏斯氏菌和漫球菌属有较好的减菌效果,对金黄杆菌和假单胞菌属减菌效果不佳。这为宰后胴体预冷工艺的优化提供参考依据,同时为冰鲜鸡产品的质量安全提供保障。

海南不同区域槟榔根际土壤细菌多样性研究

为了解海南省不同区域槟榔根际土壤细菌多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析了海南省3个槟榔主产区(万宁、陵水、三亚)的槟榔根际土壤细菌群落组成和多样性特征。由3个地区共获得4989个细菌操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs),隶属于33门770属,优势属为伯克霍尔德菌属(Burkholderia)和肠杆菌属(Enterobacter),相对丰度分别为10.94%~46.96%和12.16%~28.14%;陵水地区槟榔根际土壤细菌shannon指数为3.11,高于万宁(2.41)和三亚(2.07)地区。3个地区在属水平上共有的槟榔根际土壤细菌核心菌属有431个,主要核心菌属为伯克霍尔德菌属、肠杆菌属和假单胞菌属(Pseudomonas),分别占总核心菌属的23.40%、17.70%和11.90%。通过3个两两组间差异分析发现万宁和陵水地区的槟榔根际土壤细菌中伯克霍尔德菌属、芽孢杆菌属(Bacillus)和假单胞菌属的相对丰度具有显著差异(P<0.05),万宁和三亚地区的伯克霍尔德菌属、肠杆菌属和假单胞菌属的相对丰度具有显著差异(P<0.05),陵水和三亚地区的肠杆菌属和假单胞菌属的相对丰度具有显著差异(P<0.05)。对3个地区槟榔根际土壤细菌群落中相对丰度排在前50位的属进行单因素网络分析,结果显示Micropepsaceae、Subgroup-6和独活假丝酵母属(Candidatus Solibacter)在根系互作网络中与其他细菌类群有密切的互作。研究结果为进一步研究槟榔根际土壤微生物互作奠定了基础。

豆酱不同发酵阶段细菌群落多样性及动态变化分析

以东北传统自然发酵豆酱为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reactiondenaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术结合高通量测序方法分析豆酱发酵过程中细菌的多样性及动态变化。结果显示,细菌的可操作分类单元数值在发酵过程中上下波动,并在后发酵第21天时达到最大值,此时细菌数目最多;整理分析PCR-DGGE图谱鉴定结果以及细菌在属水平上的分布得出,明串珠菌属、肠球菌属、四联球菌属和乳杆菌属为豆酱样品不同发酵阶段的优势细菌菌属,其中四联球菌属波动性较大,易受内外环境的影响;屎肠球菌、明串珠菌属、绿色魏斯菌随着发酵时间的延长在减少,说明这些细菌主要参与豆酱发酵初期产酶分解物质过程,并在整个发酵过程中起到调整发酵内环境等作用。